# TARGET T0302 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0302.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 386 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.038 0.007 0.026 0.021 0.029 0.098 0.007 0.774 2 M 0.046 0.008 0.032 0.021 0.037 0.056 0.005 0.796 3 V 0.042 0.008 0.030 0.021 0.040 0.098 0.007 0.754 4 S 0.033 0.008 0.014 0.024 0.039 0.211 0.004 0.668 5 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 6 E 0.007 0.003 0.005 0.007 0.019 0.553 0.002 0.404 7 E 0.368 0.014 0.004 0.004 0.006 0.331 0.010 0.263 8 A 0.178 0.455 0.016 0.015 0.027 0.041 0.003 0.265 9 V 0.052 0.462 0.038 0.039 0.064 0.071 0.008 0.265 10 K 0.101 0.284 0.030 0.030 0.043 0.064 0.018 0.430 11 W 0.164 0.315 0.023 0.020 0.046 0.045 0.021 0.367 12 G 0.185 0.208 0.034 0.028 0.046 0.066 0.032 0.402 13 E 0.093 0.086 0.036 0.011 0.018 0.103 0.015 0.637 14 S 0.053 0.121 0.012 0.010 0.016 0.202 0.010 0.576 15 F 0.128 0.236 0.033 0.011 0.042 0.059 0.012 0.479 16 D 0.036 0.210 0.018 0.007 0.019 0.260 0.007 0.443 17 K 0.088 0.264 0.005 0.003 0.010 0.392 0.010 0.228 18 L 0.040 0.911 0.002 0.001 0.003 0.005 0.002 0.036 19 L 0.030 0.894 0.006 0.003 0.005 0.007 0.009 0.046 20 S 0.356 0.426 0.015 0.006 0.006 0.015 0.064 0.112 21 H 0.630 0.144 0.034 0.004 0.006 0.008 0.066 0.110 22 R 0.057 0.081 0.037 0.004 0.006 0.040 0.014 0.761 23 D 0.013 0.036 0.015 0.003 0.004 0.203 0.007 0.720 24 G 0.092 0.107 0.018 0.004 0.006 0.277 0.010 0.487 25 L 0.053 0.333 0.035 0.003 0.007 0.134 0.003 0.432 26 E 0.014 0.397 0.006 0.002 0.003 0.221 0.002 0.355 27 A 0.011 0.902 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.069 28 F 0.007 0.959 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.028 29 T 0.002 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 30 R 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 31 F 0.004 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 32 L 0.009 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 33 K 0.013 0.958 0.004 0.001 0.002 0.002 0.005 0.015 34 T 0.059 0.853 0.005 0.002 0.002 0.006 0.025 0.048 35 E 0.132 0.732 0.010 0.004 0.002 0.007 0.035 0.077 36 F 0.115 0.554 0.038 0.010 0.008 0.041 0.037 0.197 37 S 0.104 0.294 0.043 0.013 0.022 0.116 0.029 0.379 38 E 0.043 0.212 0.022 0.005 0.017 0.066 0.010 0.624 39 E 0.023 0.217 0.008 0.003 0.005 0.215 0.009 0.521 40 N 0.067 0.391 0.006 0.003 0.003 0.185 0.018 0.327 41 I 0.072 0.797 0.007 0.005 0.005 0.020 0.005 0.088 42 E 0.021 0.798 0.016 0.017 0.025 0.046 0.003 0.075 43 F 0.011 0.862 0.006 0.023 0.020 0.013 0.003 0.062 44 W 0.016 0.909 0.006 0.009 0.024 0.005 0.002 0.029 45 I 0.004 0.928 0.004 0.013 0.014 0.006 0.002 0.029 46 A 0.005 0.957 0.002 0.004 0.006 0.003 0.002 0.021 47 C 0.020 0.916 0.003 0.004 0.011 0.004 0.008 0.035 48 E 0.020 0.910 0.003 0.004 0.006 0.006 0.007 0.044 49 D 0.050 0.795 0.003 0.004 0.004 0.006 0.021 0.114 50 F 0.149 0.646 0.014 0.006 0.010 0.013 0.035 0.126 51 K 0.054 0.732 0.016 0.012 0.012 0.018 0.015 0.143 52 K 0.060 0.309 0.021 0.009 0.013 0.040 0.039 0.508 53 S 0.216 0.249 0.032 0.011 0.011 0.041 0.044 0.395 54 K 0.079 0.113 0.035 0.006 0.007 0.067 0.034 0.661 55 G 0.027 0.020 0.010 0.005 0.006 0.128 0.005 0.798 56 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 57 Q 0.007 0.010 0.004 0.003 0.008 0.309 0.002 0.657 58 Q 0.205 0.035 0.003 0.002 0.003 0.333 0.005 0.414 59 I 0.044 0.794 0.003 0.003 0.004 0.020 0.001 0.130 60 H 0.011 0.879 0.003 0.003 0.006 0.016 0.001 0.082 61 L 0.009 0.916 0.002 0.002 0.002 0.009 0.001 0.058 62 K 0.014 0.945 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.030 63 A 0.009 0.974 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.011 64 K 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 65 A 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 66 I 0.004 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 67 Y 0.003 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 68 E 0.003 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 69 K 0.013 0.963 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.010 70 F 0.032 0.925 0.005 0.003 0.002 0.001 0.013 0.017 71 I 0.040 0.820 0.039 0.016 0.014 0.007 0.016 0.047 72 Q 0.069 0.538 0.060 0.043 0.048 0.032 0.031 0.181 73 T 0.095 0.237 0.034 0.022 0.033 0.033 0.041 0.506 74 D 0.074 0.104 0.029 0.016 0.015 0.043 0.077 0.644 75 A 0.342 0.019 0.040 0.022 0.020 0.111 0.036 0.410 76 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 77 K 0.008 0.004 0.067 0.090 0.175 0.135 0.005 0.515 78 E 0.129 0.004 0.046 0.016 0.032 0.055 0.003 0.715 79 V 0.071 0.019 0.254 0.161 0.143 0.043 0.005 0.303 80 N 0.042 0.006 0.089 0.057 0.062 0.066 0.004 0.674 81 L 0.044 0.014 0.270 0.081 0.127 0.055 0.004 0.406 82 D 0.012 0.006 0.021 0.016 0.054 0.345 0.003 0.544 83 F 0.041 0.009 0.007 0.006 0.017 0.113 0.004 0.804 84 H 0.027 0.032 0.004 0.003 0.004 0.518 0.003 0.407 85 T 0.096 0.150 0.006 0.005 0.009 0.318 0.011 0.406 86 K 0.027 0.703 0.008 0.006 0.012 0.028 0.003 0.212 87 E 0.009 0.761 0.005 0.006 0.011 0.042 0.003 0.163 88 V 0.024 0.858 0.003 0.003 0.006 0.013 0.004 0.089 89 I 0.010 0.958 0.001 0.002 0.004 0.003 0.002 0.020 90 T 0.006 0.961 0.002 0.002 0.005 0.002 0.002 0.019 91 N 0.020 0.922 0.002 0.003 0.003 0.003 0.010 0.037 92 S 0.210 0.613 0.008 0.005 0.005 0.008 0.065 0.086 93 I 0.166 0.524 0.040 0.012 0.013 0.015 0.040 0.191 94 T 0.063 0.236 0.044 0.014 0.023 0.146 0.065 0.409 95 Q 0.214 0.085 0.040 0.013 0.012 0.072 0.026 0.538 96 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.993 97 T 0.028 0.020 0.041 0.015 0.027 0.201 0.007 0.662 98 L 0.048 0.043 0.042 0.008 0.015 0.045 0.004 0.795 99 H 0.035 0.072 0.014 0.011 0.022 0.315 0.005 0.527 100 S 0.184 0.112 0.010 0.005 0.010 0.394 0.005 0.280 101 F 0.052 0.787 0.010 0.005 0.007 0.024 0.003 0.112 102 D 0.017 0.665 0.008 0.004 0.010 0.058 0.005 0.233 103 A 0.021 0.767 0.002 0.002 0.004 0.038 0.003 0.163 104 A 0.013 0.942 0.001 0.001 0.001 0.012 0.002 0.030 105 Q 0.009 0.970 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.014 106 S 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 107 R 0.007 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 108 V 0.006 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 109 Y 0.001 0.987 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 110 Q 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 111 L 0.003 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 112 M 0.012 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 113 E 0.093 0.844 0.008 0.003 0.002 0.004 0.023 0.024 114 Q 0.104 0.763 0.020 0.005 0.003 0.005 0.039 0.061 115 D 0.357 0.322 0.023 0.008 0.006 0.014 0.092 0.179 116 S 0.195 0.174 0.105 0.017 0.015 0.069 0.058 0.366 117 Y 0.069 0.092 0.162 0.021 0.039 0.216 0.023 0.379 118 T 0.031 0.051 0.056 0.012 0.021 0.175 0.007 0.647 119 R 0.038 0.124 0.038 0.012 0.018 0.170 0.006 0.595 120 F 0.095 0.339 0.054 0.015 0.027 0.121 0.010 0.338 121 L 0.117 0.402 0.074 0.045 0.051 0.082 0.018 0.211 122 K 0.103 0.378 0.062 0.039 0.053 0.079 0.017 0.270 123 S 0.106 0.316 0.050 0.023 0.054 0.057 0.023 0.370 124 D 0.053 0.182 0.018 0.007 0.016 0.049 0.010 0.663 125 I 0.040 0.216 0.011 0.006 0.010 0.267 0.009 0.442 126 Y 0.061 0.401 0.009 0.004 0.013 0.257 0.011 0.244 127 L 0.017 0.900 0.003 0.002 0.005 0.008 0.002 0.063 128 D 0.004 0.944 0.002 0.002 0.002 0.004 0.002 0.040 129 L 0.028 0.922 0.003 0.002 0.003 0.003 0.008 0.031 130 M 0.061 0.901 0.002 0.003 0.004 0.002 0.010 0.017 131 E 0.149 0.668 0.023 0.012 0.015 0.017 0.049 0.066 132 G 0.332 0.332 0.016 0.008 0.007 0.012 0.069 0.224