# TARGET T0302 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0302.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 386 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.008 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.984 2 M 0.057 0.045 0.004 0.005 0.013 0.016 0.860 3 V 0.089 0.046 0.004 0.006 0.132 0.020 0.702 4 S 0.043 0.013 0.002 0.004 0.050 0.010 0.879 5 P 0.020 0.005 0.062 0.605 0.067 0.112 0.130 6 E 0.014 0.002 0.051 0.717 0.064 0.067 0.085 7 E 0.030 0.009 0.084 0.656 0.028 0.039 0.155 8 A 0.050 0.024 0.045 0.611 0.025 0.035 0.211 9 V 0.068 0.014 0.067 0.505 0.063 0.094 0.189 10 K 0.056 0.016 0.075 0.336 0.091 0.279 0.147 11 W 0.055 0.010 0.037 0.180 0.191 0.273 0.255 12 G 0.067 0.013 0.045 0.069 0.233 0.128 0.445 13 E 0.045 0.023 0.016 0.052 0.356 0.039 0.468 14 S 0.011 0.046 0.005 0.075 0.065 0.019 0.780 15 F 0.001 0.001 0.006 0.988 0.001 0.004 0.002 16 D 0.001 0.001 0.007 0.991 0.001 0.001 0.001 17 K 0.001 0.001 0.017 0.981 0.001 0.002 0.001 18 L 0.001 0.001 0.024 0.965 0.001 0.010 0.001 19 L 0.001 0.001 0.021 0.822 0.001 0.153 0.001 20 S 0.001 0.001 0.013 0.350 0.007 0.624 0.005 21 H 0.001 0.001 0.002 0.051 0.356 0.045 0.543 22 R 0.001 0.001 0.055 0.642 0.048 0.201 0.053 23 D 0.001 0.002 0.073 0.728 0.020 0.161 0.016 24 G 0.001 0.002 0.046 0.879 0.006 0.045 0.021 25 L 0.001 0.001 0.003 0.982 0.002 0.005 0.006 26 E 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.004 0.001 27 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 28 F 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 29 T 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 30 R 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 31 F 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.010 0.001 32 L 0.001 0.001 0.003 0.964 0.002 0.027 0.004 33 K 0.001 0.001 0.010 0.867 0.011 0.098 0.012 34 T 0.001 0.001 0.017 0.678 0.045 0.219 0.040 35 E 0.001 0.003 0.013 0.472 0.069 0.332 0.111 36 F 0.001 0.007 0.013 0.238 0.150 0.297 0.293 37 S 0.002 0.003 0.013 0.076 0.096 0.040 0.771 38 E 0.001 0.001 0.183 0.697 0.024 0.079 0.016 39 E 0.001 0.001 0.123 0.768 0.012 0.084 0.012 40 N 0.001 0.001 0.046 0.916 0.002 0.025 0.010 41 I 0.001 0.001 0.003 0.981 0.002 0.004 0.008 42 E 0.002 0.001 0.002 0.987 0.001 0.004 0.003 43 F 0.002 0.001 0.001 0.992 0.001 0.004 0.001 44 W 0.002 0.001 0.001 0.994 0.001 0.002 0.001 45 I 0.003 0.001 0.001 0.992 0.001 0.003 0.001 46 A 0.002 0.001 0.002 0.982 0.001 0.011 0.002 47 C 0.003 0.001 0.007 0.960 0.002 0.020 0.009 48 E 0.007 0.001 0.024 0.900 0.014 0.042 0.012 49 D 0.015 0.003 0.038 0.787 0.012 0.126 0.020 50 F 0.018 0.005 0.067 0.629 0.032 0.161 0.087 51 K 0.033 0.016 0.059 0.380 0.112 0.204 0.195 52 K 0.032 0.006 0.057 0.180 0.148 0.211 0.367 53 S 0.027 0.009 0.023 0.114 0.211 0.119 0.496 54 K 0.014 0.008 0.006 0.090 0.374 0.082 0.425 55 G 0.007 0.004 0.002 0.044 0.266 0.016 0.662 56 P 0.001 0.001 0.013 0.866 0.016 0.059 0.044 57 Q 0.001 0.001 0.006 0.955 0.009 0.019 0.011 58 Q 0.002 0.001 0.007 0.962 0.003 0.006 0.019 59 I 0.001 0.001 0.001 0.986 0.001 0.003 0.007 60 H 0.001 0.001 0.001 0.989 0.002 0.004 0.004 61 L 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.005 0.001 62 K 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.005 0.002 63 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 64 K 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 65 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 66 I 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 67 Y 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 68 E 0.001 0.001 0.003 0.987 0.001 0.009 0.001 69 K 0.001 0.001 0.004 0.931 0.001 0.062 0.001 70 F 0.001 0.001 0.016 0.730 0.007 0.232 0.013 71 I 0.003 0.015 0.018 0.599 0.080 0.172 0.114 72 Q 0.004 0.004 0.042 0.121 0.098 0.093 0.637 73 T 0.001 0.001 0.113 0.182 0.111 0.550 0.041 74 D 0.002 0.003 0.095 0.044 0.110 0.662 0.083 75 A 0.012 0.012 0.027 0.008 0.188 0.024 0.729 76 P 0.039 0.019 0.038 0.021 0.102 0.059 0.722 77 K 0.259 0.015 0.063 0.039 0.228 0.074 0.322 78 E 0.444 0.029 0.052 0.051 0.061 0.033 0.331 79 V 0.531 0.048 0.017 0.037 0.048 0.021 0.298 80 N 0.225 0.016 0.004 0.014 0.026 0.028 0.687 81 L 0.050 0.013 0.004 0.014 0.066 0.038 0.814 82 D 0.023 0.011 0.004 0.042 0.053 0.037 0.830 83 F 0.002 0.001 0.019 0.784 0.047 0.126 0.021 84 H 0.002 0.001 0.010 0.901 0.009 0.057 0.020 85 T 0.003 0.001 0.006 0.958 0.003 0.011 0.018 86 K 0.001 0.001 0.001 0.987 0.002 0.003 0.006 87 E 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.003 0.001 88 V 0.001 0.001 0.002 0.989 0.001 0.005 0.002 89 I 0.003 0.001 0.003 0.977 0.002 0.010 0.005 90 T 0.005 0.001 0.010 0.943 0.006 0.026 0.009 91 N 0.003 0.001 0.010 0.828 0.006 0.143 0.010 92 S 0.002 0.001 0.016 0.609 0.018 0.302 0.052 93 I 0.008 0.010 0.016 0.235 0.193 0.156 0.382 94 T 0.017 0.008 0.019 0.081 0.222 0.206 0.447 95 Q 0.015 0.009 0.007 0.016 0.310 0.032 0.612 96 P 0.012 0.014 0.006 0.011 0.119 0.030 0.807 97 T 0.013 0.019 0.009 0.014 0.084 0.024 0.837 98 L 0.003 0.004 0.251 0.530 0.033 0.125 0.054 99 H 0.002 0.002 0.246 0.544 0.026 0.143 0.037 100 S 0.003 0.007 0.185 0.630 0.030 0.079 0.066 101 F 0.001 0.002 0.010 0.921 0.012 0.014 0.040 102 D 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.003 0.002 103 A 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.002 0.001 104 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 105 Q 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 106 S 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 107 R 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.004 0.001 108 V 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 109 Y 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 110 Q 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.005 0.001 111 L 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.009 0.001 112 M 0.001 0.001 0.004 0.967 0.002 0.024 0.003 113 E 0.001 0.001 0.009 0.859 0.006 0.115 0.010 114 Q 0.001 0.001 0.016 0.671 0.025 0.267 0.020 115 D 0.001 0.002 0.015 0.403 0.130 0.301 0.147 116 S 0.004 0.011 0.023 0.275 0.164 0.232 0.290 117 Y 0.009 0.010 0.034 0.332 0.180 0.059 0.377 118 T 0.005 0.002 0.229 0.473 0.053 0.090 0.148 119 R 0.007 0.003 0.305 0.495 0.040 0.111 0.039 120 F 0.011 0.006 0.405 0.361 0.029 0.150 0.038 121 L 0.023 0.035 0.189 0.367 0.054 0.248 0.084 122 K 0.015 0.010 0.069 0.302 0.091 0.333 0.180 123 S 0.013 0.005 0.014 0.162 0.310 0.049 0.448 124 D 0.001 0.001 0.033 0.872 0.016 0.064 0.014 125 I 0.002 0.001 0.024 0.909 0.006 0.049 0.008 126 Y 0.002 0.001 0.015 0.961 0.002 0.012 0.008 127 L 0.003 0.001 0.027 0.945 0.003 0.014 0.007 128 D 0.008 0.001 0.037 0.877 0.007 0.057 0.013 129 L 0.009 0.002 0.083 0.726 0.022 0.123 0.035 130 M 0.017 0.017 0.030 0.595 0.092 0.173 0.076 131 E 0.011 0.007 0.014 0.329 0.018 0.446 0.176 132 G 0.001 0.001 0.001 0.011 0.009 0.006 0.972