# TARGET T0302 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0302.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 386 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.085 0.202 0.089 0.023 0.239 0.020 0.061 0.083 0.075 0.078 0.046 2 M 0.087 0.304 0.147 0.012 0.207 0.006 0.017 0.042 0.047 0.089 0.040 3 V 0.107 0.393 0.120 0.005 0.297 0.004 0.015 0.019 0.009 0.011 0.021 4 S 0.014 0.582 0.291 0.006 0.087 0.001 0.002 0.008 0.003 0.003 0.003 5 P 0.017 0.052 0.022 0.006 0.045 0.008 0.016 0.474 0.329 0.023 0.008 6 E 0.018 0.027 0.018 0.004 0.029 0.006 0.024 0.568 0.238 0.056 0.015 7 E 0.016 0.085 0.035 0.005 0.041 0.003 0.014 0.502 0.177 0.116 0.007 8 A 0.077 0.050 0.014 0.004 0.101 0.006 0.028 0.506 0.136 0.057 0.022 9 V 0.024 0.078 0.024 0.015 0.063 0.035 0.080 0.393 0.183 0.088 0.019 10 K 0.069 0.134 0.056 0.008 0.147 0.007 0.044 0.291 0.099 0.113 0.032 11 W 0.055 0.092 0.040 0.027 0.068 0.031 0.053 0.264 0.151 0.164 0.055 12 G 0.062 0.132 0.130 0.071 0.089 0.029 0.020 0.104 0.074 0.216 0.073 13 E 0.023 0.370 0.211 0.037 0.116 0.034 0.044 0.113 0.022 0.023 0.007 14 S 0.012 0.610 0.264 0.003 0.042 0.001 0.001 0.049 0.004 0.012 0.004 15 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.730 0.262 0.004 0.001 16 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.913 0.083 0.001 0.001 17 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.912 0.078 0.007 0.001 18 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.874 0.103 0.015 0.001 19 L 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.819 0.113 0.044 0.001 20 S 0.005 0.016 0.005 0.002 0.012 0.015 0.064 0.218 0.105 0.540 0.017 21 H 0.149 0.194 0.070 0.002 0.393 0.002 0.009 0.054 0.015 0.057 0.056 22 R 0.004 0.007 0.003 0.004 0.005 0.007 0.018 0.719 0.187 0.039 0.006 23 D 0.005 0.038 0.023 0.009 0.013 0.007 0.042 0.626 0.096 0.131 0.009 24 G 0.001 0.011 0.012 0.010 0.002 0.005 0.004 0.835 0.063 0.055 0.002 25 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.949 0.043 0.003 0.001 26 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.969 0.026 0.001 0.001 27 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.975 0.021 0.003 0.001 28 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.961 0.036 0.002 0.001 29 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.970 0.029 0.001 0.001 30 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.983 0.013 0.001 0.001 31 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.969 0.026 0.003 0.001 32 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.897 0.088 0.011 0.001 33 K 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 0.005 0.038 0.837 0.097 0.013 0.001 34 T 0.005 0.024 0.013 0.008 0.014 0.012 0.090 0.661 0.105 0.063 0.005 35 E 0.027 0.063 0.051 0.018 0.038 0.046 0.216 0.380 0.093 0.049 0.019 36 F 0.036 0.028 0.013 0.015 0.026 0.010 0.032 0.384 0.144 0.250 0.062 37 S 0.045 0.132 0.028 0.011 0.073 0.013 0.022 0.412 0.164 0.076 0.024 38 E 0.005 0.017 0.006 0.004 0.014 0.006 0.015 0.688 0.225 0.015 0.004 39 E 0.003 0.011 0.010 0.005 0.008 0.012 0.059 0.782 0.094 0.014 0.002 40 N 0.010 0.010 0.003 0.001 0.012 0.002 0.010 0.763 0.092 0.090 0.008 41 I 0.028 0.011 0.001 0.001 0.034 0.002 0.005 0.688 0.151 0.058 0.021 42 E 0.003 0.004 0.001 0.001 0.007 0.001 0.013 0.884 0.078 0.006 0.002 43 F 0.005 0.006 0.002 0.001 0.008 0.001 0.004 0.854 0.097 0.020 0.002 44 W 0.004 0.003 0.001 0.001 0.007 0.001 0.006 0.900 0.074 0.003 0.001 45 I 0.003 0.003 0.001 0.001 0.005 0.002 0.014 0.921 0.048 0.002 0.001 46 A 0.008 0.005 0.003 0.002 0.007 0.003 0.018 0.812 0.094 0.041 0.005 47 C 0.005 0.007 0.001 0.003 0.005 0.005 0.013 0.767 0.172 0.019 0.002 48 E 0.002 0.011 0.004 0.003 0.004 0.009 0.036 0.740 0.182 0.009 0.001 49 D 0.013 0.007 0.004 0.001 0.013 0.004 0.055 0.654 0.129 0.109 0.010 50 F 0.024 0.030 0.010 0.006 0.035 0.008 0.023 0.484 0.260 0.105 0.015 51 K 0.025 0.095 0.029 0.012 0.059 0.019 0.056 0.427 0.221 0.044 0.013 52 K 0.070 0.049 0.019 0.007 0.080 0.014 0.105 0.267 0.144 0.200 0.046 53 S 0.081 0.166 0.091 0.024 0.199 0.021 0.073 0.142 0.065 0.094 0.043 54 K 0.037 0.098 0.069 0.062 0.060 0.075 0.175 0.169 0.081 0.131 0.043 55 G 0.100 0.238 0.220 0.038 0.179 0.009 0.011 0.068 0.025 0.052 0.060 56 P 0.008 0.024 0.006 0.002 0.022 0.003 0.005 0.601 0.273 0.048 0.007 57 Q 0.007 0.018 0.006 0.002 0.017 0.009 0.025 0.730 0.135 0.044 0.007 58 Q 0.011 0.013 0.004 0.001 0.015 0.001 0.006 0.837 0.074 0.033 0.006 59 I 0.005 0.008 0.003 0.001 0.007 0.001 0.003 0.903 0.053 0.014 0.002 60 H 0.002 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.943 0.042 0.002 0.001 61 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.970 0.017 0.001 0.001 62 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.968 0.020 0.008 0.001 63 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.955 0.041 0.003 0.001 64 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.966 0.030 0.001 0.001 65 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.982 0.015 0.001 0.001 66 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.971 0.024 0.002 0.001 67 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.899 0.089 0.008 0.001 68 E 0.001 0.004 0.001 0.001 0.003 0.005 0.022 0.832 0.120 0.011 0.001 69 K 0.001 0.006 0.006 0.006 0.003 0.015 0.195 0.671 0.076 0.020 0.001 70 F 0.008 0.006 0.003 0.005 0.008 0.012 0.135 0.538 0.133 0.141 0.011 71 I 0.061 0.081 0.020 0.008 0.061 0.017 0.094 0.319 0.163 0.111 0.065 72 Q 0.024 0.290 0.212 0.030 0.120 0.012 0.014 0.137 0.090 0.056 0.014 73 T 0.007 0.159 0.102 0.029 0.047 0.052 0.159 0.326 0.108 0.007 0.003 74 D 0.038 0.008 0.007 0.003 0.015 0.002 0.009 0.023 0.041 0.668 0.186 75 A 0.041 0.521 0.156 0.008 0.205 0.003 0.009 0.023 0.013 0.012 0.009 76 P 0.115 0.242 0.069 0.021 0.230 0.032 0.065 0.081 0.052 0.044 0.048 77 K 0.063 0.282 0.168 0.045 0.232 0.025 0.030 0.056 0.049 0.028 0.023 78 E 0.228 0.110 0.018 0.003 0.393 0.006 0.029 0.069 0.038 0.046 0.060 79 V 0.087 0.286 0.060 0.009 0.400 0.010 0.015 0.030 0.017 0.036 0.050 80 N 0.374 0.079 0.018 0.001 0.332 0.001 0.003 0.007 0.005 0.052 0.130 81 L 0.058 0.362 0.152 0.019 0.157 0.010 0.010 0.050 0.047 0.098 0.038 82 D 0.059 0.401 0.176 0.011 0.233 0.004 0.006 0.060 0.014 0.020 0.016 83 F 0.002 0.005 0.002 0.001 0.004 0.003 0.006 0.706 0.255 0.015 0.002 84 H 0.002 0.005 0.003 0.001 0.004 0.001 0.010 0.867 0.074 0.031 0.002 85 T 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.888 0.066 0.034 0.001 86 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.947 0.047 0.002 0.001 87 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.972 0.020 0.001 0.001 88 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.965 0.023 0.004 0.001 89 I 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.903 0.077 0.010 0.001 90 T 0.003 0.006 0.001 0.001 0.004 0.003 0.020 0.783 0.164 0.013 0.001 91 N 0.003 0.012 0.006 0.004 0.007 0.014 0.165 0.646 0.118 0.023 0.002 92 S 0.025 0.022 0.011 0.005 0.030 0.013 0.103 0.349 0.188 0.229 0.024 93 I 0.138 0.144 0.024 0.007 0.179 0.012 0.041 0.151 0.128 0.116 0.061 94 T 0.032 0.067 0.059 0.053 0.059 0.052 0.079 0.138 0.136 0.281 0.043 95 Q 0.054 0.329 0.302 0.021 0.165 0.006 0.015 0.035 0.024 0.029 0.021 96 P 0.060 0.389 0.150 0.016 0.194 0.008 0.024 0.061 0.043 0.031 0.023 97 T 0.034 0.495 0.206 0.013 0.134 0.004 0.006 0.038 0.024 0.030 0.015 98 L 0.026 0.045 0.012 0.004 0.059 0.011 0.023 0.424 0.341 0.039 0.016 99 H 0.018 0.025 0.017 0.006 0.031 0.010 0.036 0.532 0.201 0.098 0.025 100 S 0.018 0.059 0.021 0.004 0.028 0.002 0.009 0.487 0.161 0.201 0.010 101 F 0.011 0.039 0.016 0.003 0.029 0.002 0.003 0.696 0.135 0.059 0.006 102 D 0.001 0.028 0.017 0.003 0.005 0.003 0.005 0.861 0.068 0.008 0.001 103 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.930 0.064 0.003 0.001 104 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.958 0.036 0.005 0.001 105 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.957 0.042 0.001 0.001 106 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.986 0.013 0.001 0.001 107 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.983 0.016 0.001 0.001 108 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.972 0.027 0.001 0.001 109 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.949 0.050 0.001 0.001 110 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.957 0.031 0.001 0.001 111 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.918 0.051 0.008 0.001 112 M 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.738 0.190 0.049 0.003 113 E 0.003 0.018 0.005 0.004 0.006 0.016 0.092 0.705 0.129 0.021 0.002 114 Q 0.012 0.071 0.029 0.021 0.035 0.040 0.144 0.338 0.136 0.154 0.020 115 D 0.094 0.066 0.048 0.017 0.110 0.021 0.102 0.134 0.092 0.192 0.124 116 S 0.048 0.087 0.036 0.017 0.064 0.012 0.036 0.228 0.165 0.257 0.051 117 Y 0.044 0.228 0.073 0.019 0.113 0.011 0.020 0.216 0.149 0.100 0.027 118 T 0.016 0.055 0.025 0.014 0.046 0.018 0.044 0.530 0.222 0.021 0.008 119 R 0.021 0.042 0.024 0.006 0.051 0.006 0.043 0.610 0.160 0.029 0.009 120 F 0.013 0.023 0.009 0.006 0.028 0.011 0.040 0.618 0.163 0.082 0.008 121 L 0.033 0.058 0.019 0.005 0.042 0.014 0.066 0.545 0.114 0.068 0.035 122 K 0.038 0.050 0.026 0.007 0.065 0.009 0.015 0.052 0.045 0.621 0.071 123 S 0.029 0.486 0.193 0.005 0.204 0.001 0.001 0.055 0.011 0.008 0.006 124 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.818 0.164 0.010 0.001 125 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.947 0.038 0.005 0.001 126 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.932 0.051 0.013 0.001 127 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.917 0.076 0.004 0.001 128 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.922 0.047 0.004 0.001 129 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.055 0.844 0.073 0.019 0.001 130 M 0.013 0.012 0.006 0.005 0.011 0.013 0.076 0.641 0.134 0.078 0.012 131 E 0.013 0.126 0.054 0.043 0.034 0.045 0.118 0.361 0.117 0.078 0.010 132 G 0.034 0.090 0.099 0.073 0.053 0.050 0.064 0.177 0.093 0.212 0.056