# TARGET T0302 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0302.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 386 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.012 0.001 0.001 0.006 0.010 0.013 0.082 0.001 0.001 0.014 0.862 2 M 0.003 0.001 0.001 0.006 0.032 0.025 0.127 0.001 0.001 0.013 0.792 3 V 0.009 0.005 0.001 0.007 0.017 0.013 0.126 0.003 0.001 0.014 0.805 4 S 0.207 0.158 0.002 0.010 0.012 0.011 0.100 0.023 0.001 0.040 0.436 5 P 0.209 0.391 0.003 0.006 0.002 0.003 0.048 0.010 0.001 0.027 0.299 6 E 0.151 0.445 0.005 0.007 0.006 0.012 0.043 0.008 0.001 0.022 0.299 7 E 0.116 0.372 0.005 0.013 0.021 0.034 0.059 0.007 0.002 0.038 0.333 8 A 0.125 0.206 0.011 0.016 0.035 0.046 0.082 0.014 0.005 0.051 0.409 9 V 0.303 0.108 0.003 0.014 0.022 0.025 0.070 0.011 0.001 0.043 0.399 10 K 0.091 0.033 0.001 0.017 0.022 0.034 0.114 0.004 0.001 0.066 0.616 11 W 0.011 0.050 0.001 0.017 0.009 0.020 0.098 0.002 0.001 0.024 0.767 12 G 0.064 0.212 0.006 0.018 0.026 0.029 0.086 0.005 0.001 0.072 0.481 13 E 0.013 0.351 0.003 0.015 0.017 0.015 0.074 0.008 0.001 0.053 0.450 14 S 0.027 0.932 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.001 0.003 0.026 15 F 0.062 0.890 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.012 0.001 0.004 0.022 16 D 0.098 0.496 0.003 0.006 0.003 0.005 0.036 0.011 0.002 0.155 0.184 17 K 0.060 0.456 0.017 0.013 0.004 0.008 0.061 0.013 0.007 0.190 0.171 18 L 0.272 0.139 0.020 0.019 0.006 0.009 0.091 0.022 0.008 0.094 0.319 19 L 0.091 0.103 0.011 0.030 0.013 0.022 0.114 0.004 0.007 0.050 0.554 20 S 0.011 0.094 0.001 0.006 0.003 0.009 0.080 0.001 0.001 0.014 0.780 21 H 0.038 0.808 0.002 0.002 0.001 0.001 0.015 0.009 0.001 0.020 0.104 22 R 0.049 0.861 0.002 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.001 0.016 0.057 23 D 0.006 0.921 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.007 0.055 24 G 0.011 0.949 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.011 0.022 25 L 0.008 0.180 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.789 0.013 26 E 0.003 0.872 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.096 0.020 27 A 0.003 0.972 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.004 0.014 28 F 0.001 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 29 T 0.009 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.012 30 R 0.012 0.155 0.004 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.002 0.775 0.040 31 F 0.030 0.334 0.058 0.002 0.001 0.001 0.030 0.009 0.027 0.438 0.072 32 L 0.244 0.237 0.064 0.006 0.001 0.001 0.063 0.028 0.024 0.101 0.230 33 K 0.166 0.124 0.010 0.013 0.002 0.002 0.074 0.010 0.007 0.066 0.528 34 T 0.067 0.048 0.001 0.004 0.001 0.004 0.111 0.002 0.001 0.026 0.736 35 E 0.020 0.067 0.004 0.012 0.001 0.007 0.093 0.009 0.002 0.052 0.734 36 F 0.134 0.227 0.014 0.006 0.002 0.003 0.092 0.007 0.006 0.109 0.402 37 S 0.114 0.542 0.003 0.005 0.001 0.003 0.038 0.005 0.001 0.061 0.225 38 E 0.056 0.680 0.002 0.005 0.001 0.004 0.030 0.002 0.001 0.035 0.184 39 E 0.011 0.770 0.001 0.012 0.007 0.013 0.030 0.002 0.001 0.052 0.103 40 N 0.003 0.913 0.001 0.005 0.005 0.009 0.008 0.001 0.001 0.025 0.031 41 I 0.005 0.932 0.001 0.006 0.006 0.009 0.005 0.001 0.001 0.020 0.017 42 E 0.002 0.928 0.001 0.008 0.009 0.010 0.003 0.001 0.001 0.025 0.015 43 F 0.002 0.967 0.001 0.002 0.003 0.004 0.002 0.001 0.001 0.009 0.008 44 W 0.012 0.881 0.002 0.005 0.008 0.007 0.003 0.002 0.001 0.064 0.016 45 I 0.010 0.809 0.010 0.005 0.008 0.008 0.009 0.002 0.004 0.103 0.032 46 A 0.020 0.891 0.008 0.002 0.003 0.003 0.010 0.006 0.004 0.013 0.041 47 C 0.124 0.705 0.018 0.003 0.006 0.008 0.012 0.025 0.007 0.012 0.080 48 E 0.076 0.482 0.003 0.006 0.009 0.017 0.042 0.007 0.002 0.051 0.305 49 D 0.039 0.130 0.053 0.011 0.005 0.018 0.064 0.005 0.025 0.139 0.511 50 F 0.267 0.060 0.036 0.014 0.008 0.015 0.080 0.016 0.009 0.161 0.334 51 K 0.167 0.020 0.003 0.014 0.008 0.021 0.075 0.006 0.003 0.056 0.626 52 K 0.047 0.005 0.001 0.006 0.002 0.003 0.055 0.001 0.001 0.012 0.870 53 S 0.007 0.004 0.001 0.006 0.010 0.012 0.108 0.002 0.001 0.025 0.826 54 K 0.011 0.020 0.001 0.004 0.004 0.007 0.123 0.008 0.001 0.021 0.802 55 G 0.131 0.644 0.002 0.004 0.002 0.002 0.029 0.011 0.001 0.037 0.138 56 P 0.038 0.909 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.007 0.038 57 Q 0.017 0.927 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.006 0.039 58 Q 0.005 0.932 0.001 0.002 0.002 0.002 0.006 0.001 0.001 0.026 0.022 59 I 0.003 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 0.009 60 H 0.004 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.007 61 L 0.003 0.828 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.147 0.013 62 K 0.001 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.015 0.006 63 A 0.003 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.005 64 K 0.006 0.905 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.064 0.018 65 A 0.010 0.882 0.003 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.054 0.042 66 I 0.038 0.720 0.054 0.002 0.001 0.001 0.015 0.019 0.016 0.085 0.050 67 Y 0.215 0.573 0.015 0.004 0.001 0.001 0.021 0.029 0.008 0.049 0.084 68 E 0.130 0.286 0.003 0.006 0.001 0.004 0.057 0.006 0.002 0.058 0.446 69 K 0.051 0.057 0.006 0.018 0.003 0.008 0.124 0.003 0.002 0.089 0.638 70 F 0.039 0.032 0.019 0.054 0.007 0.019 0.193 0.005 0.006 0.126 0.500 71 I 0.092 0.024 0.006 0.041 0.008 0.018 0.124 0.009 0.004 0.065 0.610 72 Q 0.375 0.013 0.001 0.015 0.004 0.007 0.085 0.004 0.001 0.060 0.433 73 T 0.029 0.004 0.001 0.015 0.004 0.012 0.123 0.002 0.001 0.043 0.767 74 D 0.022 0.004 0.002 0.016 0.004 0.011 0.118 0.001 0.001 0.023 0.797 75 A 0.168 0.010 0.003 0.024 0.026 0.030 0.130 0.025 0.001 0.098 0.486 76 P 0.191 0.011 0.001 0.015 0.004 0.006 0.104 0.005 0.001 0.055 0.609 77 K 0.047 0.004 0.001 0.041 0.031 0.053 0.112 0.007 0.001 0.048 0.655 78 E 0.021 0.005 0.001 0.040 0.017 0.039 0.150 0.001 0.001 0.028 0.698 79 V 0.005 0.001 0.001 0.060 0.079 0.091 0.144 0.002 0.001 0.026 0.590 80 N 0.067 0.020 0.001 0.074 0.035 0.048 0.143 0.002 0.001 0.048 0.560 81 L 0.015 0.013 0.001 0.021 0.014 0.017 0.119 0.005 0.001 0.095 0.700 82 D 0.053 0.733 0.001 0.005 0.002 0.003 0.027 0.004 0.001 0.026 0.146 83 F 0.044 0.785 0.003 0.005 0.001 0.002 0.019 0.003 0.001 0.022 0.115 84 H 0.004 0.930 0.001 0.002 0.003 0.003 0.007 0.001 0.001 0.007 0.043 85 T 0.016 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.002 0.014 86 K 0.012 0.111 0.001 0.002 0.002 0.002 0.004 0.002 0.001 0.846 0.017 87 E 0.008 0.548 0.018 0.004 0.002 0.003 0.021 0.003 0.005 0.316 0.073 88 V 0.163 0.398 0.053 0.005 0.004 0.007 0.034 0.033 0.009 0.128 0.165 89 I 0.070 0.280 0.087 0.020 0.004 0.007 0.043 0.032 0.044 0.163 0.250 90 T 0.182 0.045 0.003 0.004 0.003 0.007 0.095 0.004 0.003 0.055 0.599 91 N 0.040 0.021 0.008 0.018 0.003 0.015 0.079 0.018 0.004 0.097 0.697 92 S 0.126 0.005 0.004 0.009 0.002 0.005 0.128 0.003 0.002 0.054 0.662 93 I 0.023 0.002 0.001 0.035 0.005 0.012 0.128 0.002 0.001 0.040 0.751 94 T 0.030 0.003 0.001 0.012 0.003 0.005 0.126 0.001 0.001 0.025 0.795 95 Q 0.041 0.001 0.001 0.022 0.013 0.016 0.210 0.014 0.001 0.064 0.618 96 P 0.028 0.006 0.001 0.026 0.005 0.007 0.173 0.004 0.001 0.030 0.721 97 T 0.124 0.154 0.001 0.016 0.005 0.008 0.106 0.008 0.001 0.036 0.541 98 L 0.098 0.304 0.001 0.015 0.005 0.008 0.082 0.009 0.001 0.039 0.438 99 H 0.020 0.570 0.002 0.014 0.006 0.011 0.064 0.005 0.001 0.030 0.277 100 S 0.013 0.899 0.001 0.002 0.003 0.004 0.011 0.002 0.001 0.020 0.045 101 F 0.012 0.940 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.013 0.025 102 D 0.012 0.460 0.001 0.003 0.002 0.003 0.010 0.001 0.001 0.478 0.030 103 A 0.004 0.814 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.145 0.024 104 A 0.005 0.939 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.029 0.018 105 Q 0.004 0.925 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.054 0.012 106 S 0.003 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.017 0.016 107 R 0.002 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.009 0.009 108 V 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 109 Y 0.004 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 110 Q 0.016 0.897 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.001 0.045 0.029 111 L 0.033 0.516 0.054 0.005 0.001 0.001 0.023 0.016 0.025 0.274 0.053 112 M 0.249 0.244 0.084 0.006 0.002 0.002 0.047 0.027 0.046 0.168 0.126 113 E 0.182 0.180 0.011 0.007 0.001 0.003 0.070 0.009 0.009 0.045 0.482 114 Q 0.075 0.018 0.002 0.005 0.002 0.004 0.082 0.002 0.001 0.088 0.721 115 D 0.027 0.107 0.003 0.016 0.003 0.010 0.098 0.005 0.001 0.076 0.655 116 S 0.109 0.196 0.007 0.007 0.003 0.009 0.083 0.008 0.002 0.035 0.539 117 Y 0.049 0.508 0.005 0.011 0.005 0.007 0.043 0.010 0.002 0.020 0.340 118 T 0.111 0.700 0.001 0.002 0.001 0.003 0.019 0.012 0.001 0.006 0.144 119 R 0.132 0.385 0.004 0.019 0.004 0.007 0.042 0.020 0.001 0.107 0.279 120 F 0.060 0.257 0.022 0.022 0.005 0.008 0.094 0.004 0.008 0.217 0.303 121 L 0.052 0.349 0.010 0.018 0.009 0.008 0.091 0.006 0.002 0.105 0.351 122 K 0.024 0.795 0.002 0.004 0.002 0.002 0.019 0.010 0.001 0.011 0.130 123 S 0.038 0.807 0.001 0.003 0.001 0.002 0.016 0.007 0.001 0.015 0.110 124 D 0.009 0.873 0.004 0.003 0.001 0.002 0.010 0.003 0.002 0.035 0.058 125 I 0.036 0.894 0.004 0.001 0.001 0.001 0.008 0.007 0.001 0.016 0.032 126 Y 0.054 0.837 0.006 0.002 0.001 0.002 0.008 0.013 0.003 0.022 0.052 127 L 0.098 0.528 0.007 0.006 0.002 0.005 0.037 0.005 0.004 0.094 0.212 128 D 0.067 0.209 0.065 0.014 0.006 0.013 0.078 0.009 0.030 0.162 0.347 129 L 0.208 0.052 0.033 0.009 0.004 0.010 0.084 0.019 0.015 0.082 0.485 130 M 0.330 0.020 0.004 0.007 0.003 0.008 0.052 0.006 0.003 0.045 0.522 131 E 0.034 0.008 0.001 0.005 0.002 0.005 0.058 0.001 0.001 0.015 0.871 132 G 0.014 0.004 0.001 0.005 0.005 0.011 0.078 0.003 0.001 0.019 0.860