# TARGET T0302 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0302.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 386 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.018 0.005 0.010 0.013 0.031 0.103 0.020 0.801 2 M 0.012 0.008 0.011 0.018 0.034 0.154 0.015 0.749 3 V 0.020 0.018 0.014 0.022 0.021 0.134 0.018 0.754 4 S 0.202 0.288 0.009 0.014 0.013 0.063 0.048 0.363 5 P 0.176 0.492 0.009 0.008 0.010 0.041 0.043 0.222 6 E 0.089 0.418 0.019 0.014 0.018 0.056 0.054 0.330 7 E 0.100 0.361 0.022 0.022 0.027 0.069 0.076 0.324 8 A 0.083 0.231 0.026 0.027 0.047 0.096 0.134 0.356 9 V 0.177 0.181 0.015 0.018 0.036 0.078 0.066 0.429 10 K 0.082 0.072 0.012 0.028 0.032 0.090 0.210 0.474 11 W 0.028 0.178 0.006 0.008 0.012 0.092 0.090 0.586 12 G 0.066 0.387 0.007 0.010 0.016 0.086 0.037 0.391 13 E 0.029 0.343 0.011 0.019 0.012 0.087 0.030 0.467 14 S 0.031 0.926 0.002 0.001 0.002 0.005 0.010 0.024 15 F 0.088 0.837 0.005 0.002 0.002 0.008 0.029 0.029 16 D 0.069 0.461 0.040 0.015 0.012 0.035 0.186 0.181 17 K 0.099 0.265 0.040 0.012 0.015 0.059 0.267 0.242 18 L 0.279 0.173 0.049 0.008 0.014 0.108 0.115 0.254 19 L 0.068 0.079 0.053 0.016 0.024 0.123 0.075 0.561 20 S 0.009 0.050 0.008 0.003 0.005 0.061 0.041 0.824 21 H 0.090 0.684 0.004 0.002 0.002 0.034 0.050 0.135 22 R 0.049 0.780 0.005 0.002 0.002 0.035 0.020 0.107 23 D 0.010 0.837 0.005 0.001 0.002 0.018 0.028 0.099 24 G 0.011 0.956 0.001 0.001 0.001 0.002 0.022 0.007 25 L 0.009 0.292 0.003 0.001 0.001 0.004 0.681 0.009 26 E 0.002 0.612 0.005 0.001 0.001 0.004 0.360 0.014 27 A 0.003 0.974 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.009 28 F 0.005 0.968 0.004 0.001 0.001 0.002 0.011 0.006 29 T 0.035 0.893 0.006 0.001 0.002 0.006 0.032 0.024 30 R 0.028 0.187 0.014 0.003 0.002 0.022 0.653 0.092 31 F 0.026 0.314 0.025 0.004 0.003 0.036 0.522 0.071 32 L 0.173 0.412 0.021 0.003 0.005 0.057 0.087 0.241 33 K 0.094 0.140 0.014 0.004 0.006 0.066 0.078 0.597 34 T 0.045 0.245 0.017 0.004 0.006 0.058 0.122 0.503 35 E 0.049 0.238 0.019 0.007 0.009 0.167 0.053 0.459 36 F 0.035 0.073 0.054 0.011 0.008 0.104 0.198 0.517 37 S 0.344 0.347 0.009 0.004 0.003 0.035 0.092 0.167 38 E 0.165 0.446 0.013 0.002 0.002 0.040 0.052 0.279 39 E 0.010 0.425 0.023 0.010 0.022 0.077 0.028 0.405 40 N 0.011 0.695 0.012 0.005 0.018 0.030 0.061 0.168 41 I 0.006 0.860 0.006 0.014 0.011 0.014 0.047 0.043 42 E 0.005 0.789 0.033 0.021 0.033 0.010 0.083 0.025 43 F 0.005 0.908 0.007 0.010 0.012 0.003 0.044 0.011 44 W 0.022 0.829 0.039 0.016 0.021 0.005 0.047 0.020 45 I 0.022 0.527 0.078 0.110 0.059 0.018 0.112 0.074 46 A 0.022 0.796 0.012 0.008 0.011 0.017 0.027 0.107 47 C 0.129 0.651 0.025 0.010 0.010 0.018 0.056 0.101 48 E 0.074 0.505 0.016 0.023 0.015 0.043 0.054 0.271 49 D 0.102 0.156 0.016 0.007 0.012 0.044 0.209 0.453 50 F 0.204 0.098 0.026 0.024 0.016 0.078 0.216 0.338 51 K 0.163 0.033 0.015 0.020 0.021 0.071 0.072 0.605 52 K 0.042 0.010 0.003 0.002 0.003 0.066 0.013 0.861 53 S 0.017 0.015 0.008 0.006 0.007 0.140 0.018 0.788 54 K 0.027 0.033 0.004 0.003 0.003 0.097 0.013 0.820 55 G 0.206 0.532 0.002 0.002 0.002 0.031 0.038 0.187 56 P 0.054 0.785 0.003 0.001 0.001 0.020 0.034 0.101 57 Q 0.013 0.891 0.003 0.001 0.002 0.009 0.023 0.058 58 Q 0.010 0.915 0.004 0.002 0.002 0.008 0.026 0.035 59 I 0.007 0.957 0.001 0.001 0.001 0.003 0.018 0.011 60 H 0.007 0.944 0.001 0.001 0.001 0.002 0.036 0.008 61 L 0.002 0.966 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 0.009 62 K 0.002 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.004 63 A 0.001 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.002 64 K 0.002 0.959 0.002 0.001 0.001 0.001 0.031 0.004 65 A 0.005 0.947 0.004 0.001 0.001 0.003 0.030 0.009 66 I 0.026 0.869 0.013 0.002 0.002 0.006 0.067 0.015 67 Y 0.089 0.664 0.016 0.004 0.004 0.020 0.115 0.087 68 E 0.052 0.345 0.017 0.006 0.007 0.038 0.126 0.410 69 K 0.048 0.136 0.037 0.014 0.015 0.104 0.214 0.433 70 F 0.033 0.032 0.078 0.043 0.040 0.137 0.268 0.369 71 I 0.119 0.009 0.029 0.015 0.019 0.098 0.040 0.670 72 Q 0.520 0.006 0.012 0.008 0.008 0.055 0.047 0.345 73 T 0.011 0.002 0.005 0.003 0.006 0.119 0.012 0.842 74 D 0.007 0.001 0.005 0.002 0.004 0.089 0.006 0.885 75 A 0.176 0.011 0.012 0.018 0.014 0.125 0.066 0.578 76 P 0.089 0.011 0.023 0.017 0.019 0.121 0.079 0.642 77 K 0.039 0.011 0.066 0.033 0.076 0.106 0.050 0.618 78 E 0.013 0.004 0.058 0.040 0.076 0.083 0.035 0.691 79 V 0.012 0.009 0.136 0.082 0.093 0.119 0.035 0.515 80 N 0.036 0.031 0.104 0.046 0.087 0.118 0.055 0.522 81 L 0.064 0.044 0.064 0.035 0.031 0.091 0.232 0.438 82 D 0.081 0.446 0.023 0.012 0.014 0.055 0.109 0.260 83 F 0.038 0.621 0.013 0.007 0.012 0.050 0.020 0.240 84 H 0.011 0.764 0.015 0.013 0.016 0.027 0.021 0.134 85 T 0.031 0.886 0.003 0.002 0.005 0.007 0.040 0.026 86 K 0.009 0.102 0.006 0.004 0.004 0.009 0.844 0.022 87 E 0.004 0.181 0.009 0.009 0.011 0.016 0.731 0.039 88 V 0.055 0.331 0.032 0.016 0.029 0.047 0.355 0.134 89 I 0.127 0.248 0.042 0.039 0.059 0.081 0.181 0.222 90 T 0.061 0.036 0.024 0.015 0.032 0.057 0.324 0.451 91 N 0.056 0.029 0.013 0.017 0.026 0.136 0.123 0.600 92 S 0.113 0.013 0.016 0.014 0.022 0.181 0.042 0.599 93 I 0.021 0.005 0.013 0.013 0.017 0.179 0.034 0.717 94 T 0.036 0.013 0.022 0.006 0.020 0.132 0.050 0.722 95 Q 0.066 0.028 0.036 0.018 0.021 0.176 0.058 0.597 96 P 0.019 0.019 0.033 0.010 0.009 0.110 0.053 0.747 97 T 0.151 0.324 0.024 0.007 0.010 0.066 0.159 0.259 98 L 0.084 0.469 0.024 0.005 0.006 0.069 0.060 0.284 99 H 0.018 0.733 0.028 0.006 0.006 0.032 0.026 0.150 100 S 0.007 0.948 0.003 0.001 0.001 0.005 0.011 0.024 101 F 0.017 0.931 0.003 0.001 0.001 0.004 0.033 0.010 102 D 0.009 0.422 0.003 0.001 0.001 0.004 0.546 0.013 103 A 0.003 0.562 0.002 0.001 0.001 0.005 0.415 0.013 104 A 0.002 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.003 105 Q 0.002 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.005 106 S 0.004 0.909 0.002 0.001 0.002 0.004 0.063 0.016 107 R 0.003 0.966 0.002 0.001 0.001 0.002 0.021 0.005 108 V 0.013 0.938 0.006 0.001 0.001 0.004 0.029 0.009 109 Y 0.033 0.837 0.026 0.004 0.003 0.011 0.049 0.036 110 Q 0.040 0.587 0.072 0.008 0.009 0.026 0.123 0.136 111 L 0.131 0.263 0.146 0.008 0.008 0.055 0.155 0.235 112 M 0.208 0.088 0.062 0.016 0.012 0.082 0.224 0.308 113 E 0.059 0.037 0.007 0.003 0.004 0.060 0.046 0.785 114 Q 0.039 0.033 0.010 0.003 0.006 0.088 0.080 0.740 115 D 0.034 0.078 0.015 0.012 0.011 0.159 0.077 0.614 116 S 0.045 0.196 0.017 0.007 0.010 0.105 0.032 0.587 117 Y 0.092 0.465 0.015 0.008 0.009 0.060 0.030 0.320 118 T 0.207 0.469 0.020 0.006 0.008 0.038 0.063 0.189 119 R 0.092 0.188 0.037 0.012 0.013 0.066 0.345 0.247 120 F 0.039 0.156 0.052 0.008 0.013 0.092 0.342 0.297 121 L 0.049 0.308 0.032 0.011 0.014 0.106 0.089 0.390 122 K 0.033 0.617 0.010 0.004 0.007 0.034 0.033 0.262 123 S 0.023 0.883 0.002 0.001 0.002 0.012 0.020 0.057 124 D 0.015 0.890 0.005 0.004 0.004 0.012 0.025 0.045 125 I 0.010 0.916 0.006 0.005 0.005 0.009 0.019 0.030 126 Y 0.031 0.846 0.016 0.006 0.006 0.010 0.053 0.032 127 L 0.084 0.626 0.040 0.021 0.019 0.019 0.112 0.079 128 D 0.115 0.187 0.077 0.041 0.047 0.046 0.180 0.306 129 L 0.195 0.033 0.037 0.023 0.029 0.087 0.126 0.469 130 M 0.120 0.011 0.014 0.025 0.027 0.085 0.066 0.651 131 E 0.017 0.003 0.003 0.005 0.011 0.062 0.012 0.886 132 G 0.023 0.006 0.006 0.011 0.022 0.091 0.025 0.816