# TARGET T0302 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0302.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 386 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.055 0.013 0.003 0.016 0.020 0.022 0.027 0.005 0.001 0.001 0.839 2 M 0.128 0.011 0.004 0.020 0.011 0.022 0.054 0.005 0.001 0.004 0.741 3 V 0.120 0.008 0.013 0.040 0.017 0.033 0.096 0.004 0.001 0.007 0.663 4 S 0.079 0.004 0.004 0.018 0.012 0.014 0.240 0.001 0.001 0.003 0.626 5 P 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.986 6 E 0.007 0.001 0.001 0.017 0.007 0.017 0.378 0.001 0.001 0.005 0.569 7 E 0.268 0.006 0.001 0.013 0.008 0.014 0.326 0.001 0.001 0.027 0.336 8 A 0.188 0.183 0.002 0.058 0.018 0.032 0.053 0.002 0.001 0.003 0.460 9 V 0.110 0.267 0.002 0.061 0.037 0.062 0.069 0.002 0.001 0.005 0.385 10 K 0.167 0.221 0.002 0.020 0.019 0.035 0.044 0.006 0.001 0.003 0.482 11 W 0.213 0.273 0.009 0.017 0.018 0.030 0.029 0.017 0.001 0.002 0.392 12 G 0.301 0.161 0.020 0.017 0.008 0.019 0.065 0.027 0.001 0.007 0.374 13 E 0.163 0.071 0.053 0.020 0.008 0.019 0.086 0.007 0.001 0.007 0.565 14 S 0.047 0.030 0.004 0.007 0.004 0.005 0.186 0.005 0.001 0.001 0.712 15 F 0.033 0.053 0.005 0.007 0.002 0.003 0.045 0.001 0.001 0.002 0.849 16 D 0.010 0.152 0.001 0.006 0.006 0.011 0.277 0.001 0.001 0.006 0.531 17 K 0.059 0.180 0.001 0.004 0.009 0.018 0.562 0.007 0.001 0.017 0.144 18 L 0.138 0.799 0.001 0.002 0.001 0.002 0.005 0.003 0.001 0.001 0.049 19 L 0.041 0.923 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.004 0.001 0.001 0.023 20 S 0.094 0.743 0.006 0.002 0.003 0.005 0.007 0.035 0.001 0.001 0.103 21 H 0.337 0.417 0.016 0.003 0.001 0.002 0.008 0.062 0.001 0.001 0.152 22 R 0.084 0.215 0.055 0.004 0.001 0.001 0.016 0.015 0.001 0.001 0.610 23 D 0.026 0.050 0.006 0.004 0.001 0.002 0.277 0.007 0.001 0.003 0.623 24 G 0.186 0.132 0.017 0.006 0.001 0.002 0.208 0.007 0.001 0.008 0.433 25 L 0.049 0.713 0.002 0.003 0.001 0.001 0.066 0.001 0.001 0.002 0.162 26 E 0.012 0.677 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.002 0.001 0.001 0.271 27 A 0.024 0.887 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.080 28 F 0.007 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.010 29 T 0.005 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 30 R 0.007 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.011 31 F 0.025 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.008 32 L 0.024 0.952 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.010 33 K 0.023 0.927 0.009 0.001 0.001 0.002 0.002 0.017 0.001 0.001 0.020 34 T 0.089 0.742 0.010 0.001 0.001 0.001 0.003 0.039 0.001 0.001 0.115 35 E 0.203 0.553 0.010 0.003 0.001 0.001 0.006 0.062 0.001 0.001 0.159 36 F 0.227 0.356 0.083 0.006 0.003 0.004 0.081 0.032 0.001 0.007 0.199 37 S 0.064 0.323 0.079 0.009 0.003 0.005 0.146 0.011 0.001 0.002 0.358 38 E 0.023 0.286 0.005 0.010 0.002 0.003 0.033 0.004 0.001 0.002 0.632 39 E 0.058 0.221 0.003 0.003 0.003 0.004 0.285 0.004 0.001 0.011 0.408 40 N 0.127 0.420 0.004 0.007 0.006 0.010 0.254 0.028 0.001 0.017 0.127 41 I 0.027 0.913 0.005 0.003 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.042 42 E 0.005 0.898 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.003 0.001 0.001 0.070 43 F 0.016 0.921 0.001 0.001 0.002 0.004 0.005 0.011 0.001 0.001 0.038 44 W 0.010 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 45 I 0.002 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 46 A 0.011 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.015 47 C 0.014 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.006 48 E 0.015 0.963 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.012 49 D 0.024 0.851 0.006 0.001 0.002 0.002 0.007 0.034 0.001 0.001 0.074 50 F 0.134 0.788 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.049 51 K 0.089 0.711 0.026 0.003 0.004 0.004 0.014 0.033 0.001 0.002 0.114 52 K 0.100 0.497 0.069 0.005 0.004 0.008 0.018 0.028 0.001 0.001 0.270 53 S 0.263 0.276 0.009 0.011 0.003 0.005 0.010 0.053 0.001 0.001 0.368 54 K 0.278 0.121 0.030 0.019 0.005 0.006 0.034 0.026 0.001 0.004 0.478 55 G 0.101 0.022 0.028 0.009 0.004 0.006 0.170 0.006 0.001 0.002 0.652 56 P 0.004 0.002 0.006 0.003 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.974 57 Q 0.009 0.008 0.001 0.008 0.001 0.003 0.283 0.001 0.001 0.003 0.685 58 Q 0.151 0.041 0.001 0.005 0.002 0.003 0.404 0.001 0.001 0.013 0.380 59 I 0.085 0.685 0.001 0.005 0.001 0.002 0.033 0.001 0.001 0.001 0.188 60 H 0.038 0.875 0.001 0.002 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.069 61 L 0.019 0.869 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.001 0.001 0.099 62 K 0.022 0.900 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.069 63 A 0.011 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 64 K 0.003 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.012 65 A 0.019 0.953 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.021 66 I 0.018 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.008 67 Y 0.006 0.978 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.009 68 E 0.008 0.952 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 0.022 69 K 0.049 0.873 0.002 0.002 0.002 0.004 0.002 0.034 0.001 0.001 0.032 70 F 0.120 0.754 0.008 0.004 0.004 0.004 0.003 0.055 0.001 0.001 0.048 71 I 0.075 0.718 0.038 0.037 0.015 0.018 0.005 0.042 0.001 0.001 0.053 72 Q 0.097 0.360 0.034 0.038 0.043 0.060 0.059 0.053 0.001 0.002 0.254 73 T 0.052 0.024 0.018 0.014 0.005 0.011 0.016 0.008 0.001 0.001 0.851 74 D 0.115 0.014 0.012 0.047 0.015 0.023 0.138 0.015 0.001 0.006 0.614 75 A 0.403 0.005 0.039 0.023 0.009 0.010 0.153 0.002 0.001 0.023 0.332 76 P 0.005 0.001 0.005 0.010 0.002 0.005 0.023 0.001 0.001 0.001 0.948 77 K 0.030 0.002 0.001 0.112 0.052 0.076 0.164 0.001 0.001 0.005 0.557 78 E 0.268 0.007 0.002 0.065 0.025 0.040 0.085 0.001 0.001 0.012 0.496 79 V 0.047 0.024 0.003 0.161 0.078 0.134 0.076 0.001 0.001 0.004 0.471 80 N 0.042 0.010 0.002 0.117 0.070 0.127 0.150 0.001 0.001 0.005 0.476 81 L 0.049 0.009 0.005 0.125 0.040 0.068 0.089 0.001 0.001 0.007 0.606 82 D 0.026 0.009 0.003 0.052 0.018 0.043 0.335 0.001 0.001 0.005 0.507 83 F 0.025 0.006 0.003 0.019 0.004 0.005 0.084 0.001 0.001 0.006 0.847 84 H 0.027 0.021 0.001 0.007 0.003 0.005 0.502 0.001 0.001 0.010 0.425 85 T 0.072 0.088 0.003 0.007 0.005 0.010 0.459 0.002 0.001 0.014 0.340 86 K 0.027 0.712 0.001 0.007 0.003 0.006 0.044 0.001 0.001 0.002 0.199 87 E 0.016 0.727 0.001 0.001 0.001 0.003 0.057 0.001 0.001 0.003 0.191 88 V 0.028 0.903 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.061 89 I 0.014 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.012 90 T 0.008 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.011 91 N 0.020 0.938 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.032 92 S 0.106 0.831 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 0.030 93 I 0.169 0.716 0.026 0.001 0.001 0.001 0.003 0.031 0.001 0.001 0.051 94 T 0.114 0.439 0.084 0.008 0.005 0.008 0.018 0.101 0.001 0.001 0.223 95 Q 0.322 0.163 0.064 0.014 0.004 0.009 0.026 0.025 0.001 0.002 0.371 96 P 0.010 0.005 0.009 0.007 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.962 97 T 0.057 0.006 0.005 0.033 0.006 0.012 0.191 0.004 0.001 0.003 0.683 98 L 0.052 0.003 0.007 0.009 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 0.002 0.900 99 H 0.029 0.014 0.001 0.018 0.002 0.003 0.302 0.001 0.001 0.002 0.629 100 S 0.224 0.022 0.002 0.009 0.001 0.002 0.225 0.001 0.001 0.010 0.504 101 F 0.112 0.301 0.001 0.029 0.005 0.008 0.201 0.002 0.001 0.006 0.334 102 D 0.035 0.448 0.001 0.003 0.001 0.002 0.153 0.001 0.001 0.003 0.353 103 A 0.022 0.639 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.002 0.001 0.001 0.296 104 A 0.031 0.898 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.004 0.001 0.002 0.042 105 Q 0.025 0.935 0.002 0.001 0.001 0.001 0.011 0.009 0.001 0.001 0.015 106 S 0.007 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.013 107 R 0.008 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.024 108 V 0.008 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.008 109 Y 0.005 0.978 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.006 110 Q 0.011 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.010 111 L 0.032 0.943 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.017 112 M 0.042 0.901 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.041 113 E 0.053 0.775 0.013 0.002 0.003 0.004 0.006 0.038 0.001 0.001 0.105 114 Q 0.155 0.637 0.017 0.003 0.002 0.005 0.009 0.030 0.001 0.001 0.143 115 D 0.174 0.496 0.011 0.005 0.003 0.002 0.013 0.041 0.001 0.001 0.254 116 S 0.178 0.277 0.042 0.011 0.006 0.007 0.050 0.016 0.001 0.004 0.410 117 Y 0.078 0.196 0.038 0.027 0.018 0.031 0.148 0.014 0.001 0.005 0.447 118 T 0.073 0.212 0.015 0.030 0.014 0.028 0.071 0.005 0.001 0.004 0.547 119 R 0.047 0.219 0.003 0.017 0.015 0.016 0.083 0.004 0.001 0.002 0.594 120 F 0.183 0.312 0.005 0.019 0.013 0.024 0.114 0.009 0.001 0.009 0.311 121 L 0.185 0.465 0.014 0.038 0.017 0.035 0.056 0.013 0.001 0.005 0.171 122 K 0.121 0.399 0.011 0.024 0.021 0.036 0.061 0.016 0.001 0.005 0.304 123 S 0.189 0.294 0.013 0.008 0.004 0.009 0.059 0.014 0.001 0.003 0.408 124 D 0.046 0.191 0.007 0.005 0.003 0.002 0.042 0.011 0.001 0.002 0.691 125 I 0.038 0.219 0.008 0.003 0.003 0.004 0.408 0.005 0.001 0.015 0.296 126 Y 0.023 0.420 0.006 0.006 0.010 0.023 0.377 0.009 0.001 0.010 0.115 127 L 0.014 0.925 0.001 0.004 0.004 0.005 0.008 0.002 0.001 0.001 0.037 128 D 0.018 0.909 0.001 0.001 0.002 0.003 0.008 0.005 0.001 0.001 0.053 129 L 0.046 0.910 0.002 0.001 0.002 0.002 0.002 0.009 0.001 0.001 0.025 130 M 0.041 0.909 0.005 0.001 0.002 0.003 0.002 0.017 0.001 0.001 0.019 131 E 0.044 0.809 0.011 0.004 0.005 0.008 0.007 0.043 0.001 0.001 0.067 132 G 0.207 0.403 0.021 0.006 0.006 0.009 0.018 0.097 0.001 0.003 0.230