# TARGET T0302 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0302.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 386 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.077 0.233 0.107 0.016 0.227 0.014 0.046 0.093 0.064 0.084 0.040 2 M 0.085 0.346 0.182 0.006 0.254 0.004 0.012 0.029 0.022 0.035 0.026 3 V 0.067 0.423 0.200 0.006 0.224 0.004 0.013 0.021 0.011 0.013 0.018 4 S 0.015 0.559 0.304 0.005 0.093 0.001 0.002 0.012 0.003 0.003 0.003 5 P 0.022 0.109 0.053 0.005 0.059 0.005 0.012 0.380 0.298 0.045 0.011 6 E 0.012 0.055 0.036 0.006 0.031 0.008 0.025 0.561 0.225 0.034 0.007 7 E 0.031 0.075 0.024 0.005 0.062 0.005 0.021 0.490 0.156 0.115 0.016 8 A 0.076 0.051 0.014 0.004 0.095 0.009 0.032 0.448 0.152 0.095 0.024 9 V 0.035 0.155 0.036 0.009 0.120 0.020 0.060 0.331 0.134 0.078 0.023 10 K 0.051 0.166 0.067 0.008 0.134 0.008 0.047 0.308 0.105 0.083 0.023 11 W 0.046 0.073 0.030 0.021 0.064 0.030 0.064 0.292 0.173 0.147 0.059 12 G 0.062 0.150 0.104 0.053 0.096 0.036 0.021 0.111 0.081 0.212 0.073 13 E 0.027 0.428 0.196 0.021 0.158 0.017 0.026 0.084 0.014 0.018 0.010 14 S 0.014 0.637 0.236 0.002 0.043 0.001 0.001 0.045 0.004 0.015 0.003 15 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.770 0.223 0.005 0.001 16 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.951 0.047 0.001 0.001 17 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.932 0.062 0.004 0.001 18 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.925 0.067 0.005 0.001 19 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.874 0.076 0.036 0.001 20 S 0.003 0.013 0.004 0.001 0.007 0.013 0.113 0.222 0.064 0.547 0.013 21 H 0.121 0.281 0.094 0.002 0.392 0.001 0.002 0.019 0.012 0.036 0.040 22 R 0.002 0.005 0.005 0.002 0.003 0.006 0.012 0.743 0.190 0.030 0.003 23 D 0.001 0.020 0.011 0.006 0.004 0.002 0.025 0.748 0.119 0.061 0.002 24 G 0.001 0.002 0.002 0.004 0.001 0.004 0.003 0.890 0.058 0.036 0.001 25 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.944 0.050 0.004 0.001 26 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.978 0.020 0.001 0.001 27 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.974 0.021 0.004 0.001 28 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.962 0.035 0.003 0.001 29 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.966 0.033 0.001 0.001 30 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.981 0.015 0.001 0.001 31 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.956 0.033 0.005 0.001 32 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.879 0.103 0.011 0.001 33 K 0.002 0.005 0.001 0.001 0.003 0.004 0.035 0.801 0.128 0.019 0.002 34 T 0.006 0.062 0.024 0.009 0.034 0.013 0.098 0.553 0.120 0.073 0.006 35 E 0.060 0.067 0.039 0.009 0.060 0.021 0.128 0.357 0.120 0.097 0.044 36 F 0.051 0.051 0.022 0.025 0.043 0.018 0.050 0.322 0.143 0.218 0.055 37 S 0.042 0.177 0.042 0.017 0.083 0.013 0.024 0.286 0.190 0.099 0.028 38 E 0.007 0.021 0.008 0.006 0.016 0.014 0.033 0.549 0.317 0.022 0.006 39 E 0.006 0.026 0.015 0.007 0.016 0.013 0.070 0.682 0.134 0.026 0.004 40 N 0.025 0.018 0.004 0.002 0.030 0.003 0.022 0.683 0.109 0.093 0.011 41 I 0.034 0.013 0.002 0.001 0.036 0.004 0.005 0.671 0.158 0.049 0.028 42 E 0.006 0.005 0.001 0.001 0.009 0.002 0.015 0.864 0.087 0.008 0.003 43 F 0.010 0.012 0.004 0.002 0.017 0.001 0.005 0.835 0.086 0.025 0.003 44 W 0.007 0.009 0.001 0.001 0.020 0.001 0.008 0.884 0.065 0.003 0.002 45 I 0.007 0.007 0.002 0.001 0.008 0.004 0.017 0.904 0.044 0.003 0.003 46 A 0.011 0.008 0.005 0.003 0.011 0.003 0.021 0.796 0.085 0.050 0.007 47 C 0.015 0.014 0.002 0.002 0.011 0.005 0.016 0.680 0.210 0.038 0.006 48 E 0.001 0.012 0.003 0.002 0.004 0.012 0.037 0.741 0.181 0.004 0.001 49 D 0.015 0.009 0.004 0.002 0.013 0.003 0.039 0.651 0.121 0.132 0.011 50 F 0.039 0.031 0.012 0.005 0.049 0.010 0.029 0.446 0.220 0.133 0.027 51 K 0.016 0.064 0.014 0.008 0.046 0.020 0.051 0.533 0.217 0.024 0.008 52 K 0.074 0.037 0.015 0.004 0.075 0.006 0.049 0.259 0.189 0.235 0.056 53 S 0.066 0.143 0.079 0.014 0.212 0.024 0.104 0.158 0.071 0.098 0.031 54 K 0.042 0.123 0.100 0.068 0.075 0.062 0.166 0.139 0.067 0.109 0.050 55 G 0.127 0.190 0.205 0.045 0.177 0.010 0.008 0.048 0.025 0.064 0.101 56 P 0.017 0.040 0.007 0.002 0.045 0.004 0.006 0.501 0.311 0.054 0.012 57 Q 0.009 0.026 0.009 0.004 0.019 0.014 0.035 0.624 0.164 0.083 0.013 58 Q 0.025 0.031 0.009 0.002 0.037 0.002 0.012 0.724 0.093 0.057 0.009 59 I 0.010 0.019 0.008 0.001 0.011 0.001 0.003 0.852 0.061 0.029 0.004 60 H 0.002 0.006 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.946 0.032 0.002 0.001 61 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.975 0.015 0.001 0.001 62 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.974 0.015 0.009 0.001 63 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.971 0.027 0.002 0.001 64 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.976 0.022 0.001 0.001 65 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.008 0.001 0.001 66 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.980 0.017 0.001 0.001 67 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.902 0.090 0.005 0.001 68 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.914 0.068 0.002 0.001 69 K 0.001 0.004 0.004 0.004 0.002 0.009 0.104 0.774 0.083 0.016 0.001 70 F 0.007 0.003 0.001 0.002 0.005 0.006 0.081 0.668 0.114 0.106 0.007 71 I 0.044 0.079 0.010 0.008 0.050 0.023 0.081 0.343 0.189 0.120 0.052 72 Q 0.037 0.167 0.103 0.036 0.123 0.017 0.025 0.223 0.159 0.079 0.031 73 T 0.008 0.083 0.055 0.016 0.036 0.057 0.229 0.368 0.137 0.008 0.003 74 D 0.030 0.010 0.007 0.005 0.016 0.004 0.027 0.031 0.070 0.699 0.102 75 A 0.072 0.444 0.132 0.007 0.243 0.004 0.012 0.023 0.020 0.025 0.017 76 P 0.120 0.194 0.046 0.011 0.225 0.032 0.072 0.086 0.100 0.053 0.060 77 K 0.083 0.215 0.100 0.038 0.264 0.028 0.047 0.064 0.082 0.050 0.030 78 E 0.297 0.076 0.013 0.003 0.389 0.007 0.034 0.051 0.039 0.038 0.053 79 V 0.079 0.332 0.057 0.009 0.399 0.013 0.016 0.031 0.014 0.020 0.031 80 N 0.391 0.078 0.012 0.001 0.350 0.001 0.002 0.006 0.003 0.034 0.124 81 L 0.069 0.356 0.103 0.013 0.198 0.012 0.016 0.064 0.050 0.082 0.037 82 D 0.107 0.340 0.110 0.007 0.310 0.003 0.010 0.059 0.018 0.017 0.020 83 F 0.004 0.008 0.004 0.001 0.008 0.003 0.008 0.638 0.298 0.025 0.004 84 H 0.003 0.014 0.007 0.001 0.008 0.001 0.013 0.850 0.076 0.024 0.003 85 T 0.005 0.007 0.002 0.001 0.005 0.001 0.002 0.867 0.063 0.045 0.002 86 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.949 0.042 0.003 0.001 87 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.973 0.015 0.001 0.001 88 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.962 0.020 0.009 0.001 89 I 0.004 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.926 0.051 0.008 0.001 90 T 0.003 0.005 0.001 0.001 0.005 0.004 0.020 0.791 0.157 0.011 0.001 91 N 0.004 0.017 0.011 0.006 0.013 0.011 0.106 0.725 0.089 0.016 0.002 92 S 0.037 0.032 0.015 0.006 0.053 0.012 0.093 0.388 0.158 0.182 0.024 93 I 0.138 0.051 0.013 0.006 0.107 0.013 0.037 0.240 0.148 0.177 0.070 94 T 0.021 0.085 0.059 0.058 0.046 0.078 0.139 0.172 0.130 0.184 0.026 95 Q 0.060 0.264 0.312 0.028 0.150 0.008 0.011 0.040 0.031 0.054 0.041 96 P 0.055 0.334 0.107 0.010 0.185 0.009 0.031 0.115 0.090 0.040 0.024 97 T 0.024 0.491 0.193 0.006 0.101 0.003 0.006 0.063 0.037 0.061 0.014 98 L 0.012 0.019 0.006 0.003 0.021 0.006 0.014 0.589 0.294 0.026 0.010 99 H 0.005 0.012 0.007 0.004 0.010 0.010 0.022 0.686 0.169 0.065 0.010 100 S 0.008 0.033 0.009 0.001 0.011 0.001 0.004 0.654 0.115 0.160 0.004 101 F 0.003 0.004 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.873 0.091 0.021 0.002 102 D 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.948 0.040 0.003 0.001 103 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.973 0.025 0.002 0.001 104 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.973 0.024 0.002 0.001 105 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.980 0.019 0.001 0.001 106 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.007 0.001 0.001 107 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.011 0.001 0.001 108 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.968 0.030 0.001 0.001 109 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.951 0.048 0.001 0.001 110 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.973 0.017 0.001 0.001 111 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.923 0.044 0.009 0.001 112 M 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.767 0.173 0.036 0.002 113 E 0.003 0.016 0.004 0.003 0.004 0.012 0.053 0.713 0.173 0.018 0.003 114 Q 0.007 0.071 0.022 0.012 0.026 0.033 0.167 0.428 0.133 0.091 0.011 115 D 0.087 0.108 0.060 0.010 0.134 0.009 0.053 0.137 0.090 0.220 0.092 116 S 0.051 0.077 0.026 0.008 0.051 0.010 0.033 0.273 0.166 0.266 0.041 117 Y 0.031 0.134 0.048 0.020 0.085 0.009 0.014 0.384 0.178 0.072 0.024 118 T 0.009 0.022 0.008 0.008 0.023 0.012 0.043 0.693 0.165 0.014 0.005 119 R 0.011 0.037 0.019 0.004 0.028 0.006 0.031 0.660 0.167 0.032 0.005 120 F 0.008 0.011 0.005 0.003 0.020 0.004 0.015 0.736 0.149 0.044 0.006 121 L 0.015 0.053 0.010 0.002 0.024 0.012 0.075 0.632 0.107 0.058 0.014 122 K 0.050 0.042 0.016 0.005 0.065 0.007 0.028 0.051 0.038 0.575 0.124 123 S 0.037 0.523 0.156 0.001 0.238 0.001 0.001 0.020 0.007 0.010 0.006 124 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.726 0.255 0.009 0.001 125 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.941 0.045 0.007 0.001 126 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.897 0.079 0.022 0.001 127 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.919 0.077 0.002 0.001 128 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.932 0.052 0.003 0.001 129 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.042 0.848 0.077 0.026 0.001 130 M 0.008 0.008 0.003 0.002 0.006 0.003 0.029 0.717 0.146 0.072 0.008 131 E 0.005 0.110 0.040 0.031 0.021 0.052 0.142 0.401 0.140 0.054 0.005 132 G 0.031 0.051 0.048 0.038 0.040 0.030 0.055 0.182 0.112 0.339 0.073