# TARGET T0302 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0302.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 386 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.691 0.178 0.067 0.039 0.018 0.006 0.001 2 M 0.420 0.251 0.167 0.105 0.044 0.011 0.001 3 V 0.377 0.256 0.182 0.127 0.046 0.012 0.001 4 S 0.490 0.265 0.136 0.075 0.028 0.006 0.001 5 P 0.576 0.225 0.129 0.053 0.015 0.003 0.001 6 E 0.768 0.168 0.045 0.015 0.004 0.001 0.001 7 E 0.502 0.309 0.134 0.045 0.009 0.001 0.001 8 A 0.250 0.258 0.226 0.176 0.075 0.013 0.001 9 V 0.352 0.311 0.197 0.099 0.035 0.006 0.001 10 K 0.451 0.325 0.138 0.062 0.019 0.004 0.001 11 W 0.133 0.165 0.212 0.281 0.163 0.044 0.002 12 G 0.182 0.252 0.247 0.202 0.090 0.025 0.002 13 E 0.289 0.405 0.207 0.074 0.020 0.004 0.001 14 S 0.065 0.212 0.292 0.252 0.141 0.036 0.002 15 F 0.006 0.014 0.047 0.213 0.433 0.270 0.017 16 D 0.067 0.321 0.365 0.190 0.049 0.008 0.001 17 K 0.083 0.394 0.362 0.137 0.022 0.002 0.001 18 L 0.008 0.018 0.055 0.250 0.443 0.217 0.009 19 L 0.008 0.057 0.179 0.348 0.310 0.093 0.005 20 S 0.184 0.443 0.232 0.100 0.032 0.008 0.001 21 H 0.109 0.282 0.310 0.213 0.069 0.016 0.001 22 R 0.447 0.282 0.153 0.078 0.031 0.009 0.001 23 D 0.314 0.377 0.192 0.081 0.029 0.007 0.001 24 G 0.057 0.079 0.130 0.246 0.303 0.170 0.015 25 L 0.020 0.082 0.160 0.311 0.288 0.129 0.009 26 E 0.065 0.311 0.361 0.194 0.057 0.011 0.001 27 A 0.009 0.032 0.141 0.319 0.364 0.130 0.006 28 F 0.002 0.002 0.003 0.016 0.147 0.675 0.154 29 T 0.004 0.039 0.170 0.412 0.269 0.100 0.005 30 R 0.013 0.199 0.381 0.301 0.090 0.015 0.001 31 F 0.003 0.011 0.049 0.236 0.450 0.242 0.010 32 L 0.008 0.011 0.026 0.129 0.424 0.382 0.020 33 K 0.167 0.446 0.286 0.085 0.014 0.001 0.001 34 T 0.333 0.434 0.176 0.049 0.008 0.001 0.001 35 E 0.108 0.216 0.249 0.251 0.132 0.041 0.003 36 F 0.094 0.206 0.210 0.235 0.166 0.080 0.009 37 S 0.239 0.189 0.169 0.203 0.156 0.041 0.004 38 E 0.318 0.362 0.198 0.084 0.029 0.007 0.001 39 E 0.126 0.326 0.291 0.178 0.058 0.019 0.002 40 N 0.065 0.099 0.123 0.178 0.271 0.236 0.029 41 I 0.038 0.066 0.125 0.262 0.321 0.170 0.017 42 E 0.026 0.174 0.332 0.318 0.116 0.031 0.003 43 F 0.006 0.006 0.018 0.097 0.339 0.472 0.062 44 W 0.013 0.048 0.080 0.155 0.278 0.351 0.075 45 I 0.056 0.146 0.222 0.244 0.184 0.129 0.019 46 A 0.011 0.060 0.230 0.393 0.244 0.059 0.004 47 C 0.010 0.012 0.030 0.124 0.390 0.396 0.038 48 E 0.136 0.266 0.256 0.219 0.101 0.021 0.001 49 D 0.206 0.452 0.239 0.081 0.019 0.003 0.001 50 F 0.044 0.077 0.186 0.376 0.268 0.048 0.002 51 K 0.126 0.319 0.283 0.202 0.062 0.007 0.001 52 K 0.527 0.309 0.113 0.040 0.010 0.001 0.001 53 S 0.572 0.243 0.121 0.050 0.012 0.001 0.001 54 K 0.709 0.212 0.055 0.018 0.005 0.001 0.001 55 G 0.614 0.238 0.088 0.045 0.013 0.002 0.001 56 P 0.420 0.337 0.167 0.059 0.015 0.002 0.001 57 Q 0.824 0.136 0.028 0.009 0.003 0.001 0.001 58 Q 0.471 0.361 0.123 0.036 0.007 0.001 0.001 59 I 0.053 0.091 0.188 0.361 0.262 0.044 0.001 60 H 0.101 0.284 0.308 0.235 0.064 0.009 0.001 61 L 0.150 0.465 0.281 0.085 0.017 0.002 0.001 62 K 0.019 0.077 0.243 0.371 0.239 0.050 0.002 63 A 0.003 0.003 0.009 0.064 0.355 0.536 0.030 64 K 0.020 0.160 0.385 0.332 0.089 0.015 0.001 65 A 0.044 0.287 0.407 0.215 0.043 0.004 0.001 66 I 0.004 0.010 0.028 0.118 0.384 0.427 0.030 67 Y 0.005 0.023 0.070 0.245 0.404 0.238 0.016 68 E 0.093 0.369 0.296 0.165 0.062 0.013 0.001 69 K 0.056 0.269 0.360 0.255 0.055 0.006 0.001 70 F 0.008 0.031 0.089 0.281 0.388 0.194 0.010 71 I 0.028 0.073 0.138 0.280 0.332 0.141 0.008 72 Q 0.200 0.365 0.251 0.135 0.043 0.006 0.001 73 T 0.429 0.341 0.155 0.059 0.013 0.002 0.001 74 D 0.359 0.309 0.193 0.104 0.029 0.006 0.001 75 A 0.245 0.214 0.225 0.196 0.099 0.021 0.001 76 P 0.564 0.259 0.110 0.048 0.016 0.003 0.001 77 K 0.429 0.273 0.156 0.094 0.037 0.010 0.001 78 E 0.305 0.321 0.208 0.108 0.043 0.014 0.001 79 V 0.125 0.116 0.153 0.237 0.235 0.120 0.014 80 N 0.202 0.293 0.228 0.151 0.081 0.039 0.007 81 L 0.138 0.143 0.176 0.253 0.203 0.078 0.009 82 D 0.332 0.303 0.195 0.114 0.042 0.012 0.002 83 F 0.439 0.303 0.157 0.072 0.023 0.005 0.001 84 H 0.509 0.288 0.127 0.053 0.018 0.004 0.001 85 T 0.201 0.197 0.194 0.220 0.145 0.041 0.003 86 K 0.123 0.231 0.287 0.241 0.097 0.020 0.001 87 E 0.514 0.366 0.091 0.023 0.006 0.001 0.001 88 V 0.122 0.296 0.326 0.194 0.052 0.009 0.001 89 I 0.040 0.042 0.091 0.298 0.396 0.130 0.004 90 T 0.129 0.279 0.331 0.202 0.052 0.006 0.001 91 N 0.458 0.418 0.101 0.020 0.003 0.001 0.001 92 S 0.154 0.286 0.291 0.195 0.062 0.011 0.001 93 I 0.045 0.082 0.187 0.344 0.270 0.070 0.002 94 T 0.347 0.368 0.184 0.076 0.021 0.004 0.001 95 Q 0.550 0.277 0.106 0.046 0.016 0.004 0.001 96 P 0.118 0.200 0.248 0.251 0.139 0.042 0.003 97 T 0.185 0.300 0.247 0.166 0.074 0.024 0.003 98 L 0.090 0.227 0.270 0.245 0.132 0.034 0.002 99 H 0.144 0.331 0.276 0.152 0.072 0.021 0.003 100 S 0.006 0.027 0.082 0.221 0.363 0.269 0.032 101 F 0.004 0.010 0.021 0.108 0.327 0.463 0.067 102 D 0.022 0.196 0.368 0.295 0.096 0.023 0.001 103 A 0.015 0.129 0.368 0.348 0.122 0.018 0.001 104 A 0.002 0.003 0.008 0.040 0.252 0.628 0.067 105 Q 0.002 0.010 0.038 0.190 0.420 0.321 0.019 106 S 0.022 0.235 0.386 0.262 0.078 0.016 0.001 107 R 0.007 0.026 0.159 0.456 0.302 0.050 0.001 108 V 0.007 0.006 0.007 0.021 0.143 0.676 0.141 109 Y 0.016 0.049 0.128 0.317 0.332 0.151 0.008 110 Q 0.056 0.324 0.317 0.205 0.081 0.017 0.001 111 L 0.021 0.043 0.126 0.371 0.334 0.095 0.010 112 M 0.025 0.046 0.059 0.147 0.296 0.360 0.066 113 E 0.116 0.232 0.241 0.213 0.138 0.054 0.006 114 Q 0.359 0.380 0.167 0.069 0.021 0.004 0.001 115 D 0.178 0.314 0.258 0.172 0.060 0.015 0.002 116 S 0.066 0.078 0.119 0.262 0.304 0.158 0.014 117 Y 0.100 0.180 0.242 0.245 0.166 0.059 0.007 118 T 0.372 0.332 0.172 0.084 0.030 0.009 0.002 119 R 0.116 0.245 0.261 0.226 0.107 0.040 0.005 120 F 0.055 0.067 0.111 0.233 0.319 0.197 0.018 121 L 0.054 0.109 0.160 0.231 0.243 0.174 0.029 122 K 0.131 0.264 0.236 0.193 0.110 0.056 0.009 123 S 0.067 0.159 0.250 0.286 0.178 0.056 0.005 124 D 0.406 0.345 0.157 0.064 0.022 0.006 0.001 125 I 0.123 0.236 0.282 0.228 0.099 0.030 0.002 126 Y 0.157 0.072 0.085 0.207 0.314 0.158 0.007 127 L 0.310 0.305 0.228 0.122 0.030 0.004 0.001 128 D 0.418 0.404 0.133 0.038 0.006 0.001 0.001 129 L 0.226 0.152 0.186 0.240 0.156 0.039 0.001 130 M 0.271 0.183 0.208 0.209 0.108 0.021 0.001 131 E 0.777 0.176 0.036 0.009 0.002 0.001 0.001 132 G 0.729 0.178 0.069 0.020 0.004 0.001 0.001