# TARGET T0301 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0301.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 110 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.026 0.010 0.022 0.016 0.622 0.303 2 G 0.037 0.038 0.026 0.011 0.621 0.266 3 V 0.079 0.044 0.032 0.023 0.525 0.297 4 T 0.090 0.059 0.057 0.040 0.502 0.252 5 F 0.106 0.032 0.063 0.024 0.602 0.174 6 P 0.138 0.023 0.047 0.014 0.576 0.204 7 A 0.142 0.020 0.059 0.011 0.505 0.262 8 A 0.389 0.014 0.025 0.008 0.321 0.244 9 E 0.612 0.008 0.015 0.005 0.122 0.237 10 I 0.847 0.018 0.005 0.002 0.043 0.085 11 V 0.900 0.010 0.004 0.003 0.025 0.059 12 L 0.905 0.005 0.004 0.002 0.025 0.058 13 E 0.841 0.006 0.006 0.003 0.052 0.092 14 F 0.760 0.016 0.013 0.007 0.093 0.112 15 L 0.476 0.018 0.013 0.016 0.181 0.296 16 D 0.322 0.034 0.028 0.025 0.270 0.321 17 P 0.167 0.036 0.096 0.056 0.385 0.259 18 S 0.069 0.024 0.085 0.088 0.469 0.265 19 D 0.036 0.019 0.061 0.094 0.627 0.164 20 D 0.022 0.017 0.032 0.078 0.630 0.222 21 G 0.012 0.019 0.035 0.065 0.596 0.273 22 E 0.008 0.014 0.110 0.045 0.659 0.163 23 D 0.012 0.013 0.176 0.076 0.548 0.175 24 G 0.024 0.024 0.164 0.074 0.500 0.214 25 G 0.017 0.026 0.015 0.011 0.324 0.607 26 A 0.056 0.056 0.010 0.008 0.283 0.588 27 I 0.111 0.168 0.008 0.008 0.306 0.398 28 F 0.027 0.092 0.004 0.008 0.622 0.248 29 P 0.022 0.015 0.005 0.006 0.758 0.195 30 T 0.036 0.017 0.008 0.006 0.773 0.160 31 G 0.051 0.029 0.004 0.003 0.745 0.168 32 N 0.105 0.059 0.006 0.002 0.449 0.379 33 L 0.165 0.026 0.063 0.012 0.346 0.388 34 V 0.318 0.019 0.104 0.018 0.267 0.274 35 D 0.581 0.024 0.082 0.011 0.149 0.153 36 D 0.739 0.011 0.026 0.010 0.088 0.126 37 L 0.838 0.009 0.012 0.009 0.066 0.065 38 E 0.797 0.013 0.008 0.008 0.096 0.079 39 V 0.553 0.019 0.029 0.013 0.273 0.112 40 P 0.101 0.005 0.065 0.015 0.734 0.080 41 G 0.030 0.002 0.168 0.038 0.708 0.053 42 V 0.101 0.013 0.071 0.024 0.704 0.087 43 G 0.251 0.039 0.025 0.008 0.476 0.201 44 T 0.405 0.009 0.002 0.001 0.114 0.470 45 F 0.852 0.005 0.001 0.001 0.029 0.113 46 K 0.942 0.001 0.001 0.001 0.006 0.051 47 A 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 48 T 0.977 0.001 0.001 0.001 0.004 0.018 49 M 0.955 0.002 0.002 0.001 0.011 0.030 50 I 0.835 0.005 0.004 0.002 0.058 0.096 51 N 0.310 0.018 0.013 0.004 0.426 0.228 52 A 0.062 0.010 0.021 0.008 0.606 0.292 53 G 0.030 0.017 0.009 0.002 0.451 0.491 54 I 0.027 0.014 0.004 0.017 0.460 0.478 55 P 0.036 0.001 0.003 0.017 0.169 0.775 56 T 0.598 0.018 0.007 0.038 0.105 0.235 57 V 0.858 0.002 0.008 0.033 0.048 0.051 58 F 0.942 0.004 0.004 0.019 0.020 0.012 59 V 0.859 0.008 0.002 0.032 0.034 0.065 60 N 0.390 0.022 0.014 0.214 0.118 0.242 61 A 0.024 0.004 0.529 0.251 0.138 0.055 62 E 0.005 0.001 0.744 0.076 0.147 0.027 63 E 0.003 0.002 0.791 0.079 0.108 0.017 64 I 0.021 0.010 0.280 0.133 0.347 0.209 65 G 0.021 0.010 0.014 0.015 0.332 0.608 66 Y 0.047 0.014 0.014 0.009 0.323 0.594 67 R 0.097 0.014 0.018 0.013 0.364 0.494 68 G 0.130 0.021 0.054 0.047 0.388 0.359 69 T 0.200 0.041 0.038 0.044 0.221 0.456 70 E 0.167 0.062 0.036 0.078 0.213 0.444 71 L 0.061 0.018 0.015 0.091 0.169 0.646 72 R 0.006 0.003 0.189 0.664 0.087 0.051 73 E 0.003 0.002 0.212 0.661 0.097 0.026 74 E 0.002 0.001 0.220 0.672 0.090 0.015 75 I 0.002 0.003 0.088 0.795 0.082 0.030 76 N 0.002 0.004 0.026 0.733 0.152 0.084 77 G 0.001 0.002 0.017 0.523 0.203 0.254 78 D 0.001 0.001 0.003 0.113 0.152 0.732 79 P 0.001 0.001 0.012 0.892 0.050 0.046 80 Q 0.001 0.001 0.009 0.947 0.029 0.015 81 Q 0.001 0.001 0.004 0.982 0.009 0.005 82 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 83 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 84 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 85 F 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 86 E 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 87 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 88 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 89 R 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 90 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 91 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 92 G 0.001 0.001 0.001 0.994 0.004 0.002 93 A 0.001 0.001 0.003 0.983 0.011 0.003 94 L 0.001 0.001 0.014 0.962 0.015 0.008 95 R 0.001 0.001 0.015 0.960 0.012 0.013 96 M 0.001 0.001 0.007 0.911 0.015 0.066 97 G 0.001 0.001 0.003 0.073 0.065 0.857 98 L 0.010 0.005 0.016 0.162 0.166 0.641 99 I 0.047 0.014 0.029 0.192 0.281 0.438 100 K 0.057 0.022 0.048 0.279 0.251 0.344 101 T 0.044 0.008 0.034 0.338 0.123 0.454 102 P 0.021 0.008 0.028 0.587 0.097 0.259 103 E 0.007 0.005 0.049 0.793 0.078 0.068 104 E 0.005 0.002 0.082 0.819 0.069 0.023 105 A 0.002 0.001 0.078 0.847 0.063 0.010 106 A 0.001 0.001 0.084 0.813 0.083 0.018 107 T 0.002 0.001 0.040 0.567 0.268 0.122 108 R 0.005 0.004 0.054 0.176 0.532 0.228 109 Q 0.011 0.007 0.010 0.020 0.587 0.365 110 H 0.030 0.013 0.008 0.003 0.440 0.506 111 T 0.195 0.011 0.001 0.001 0.312 0.480 112 P 0.323 0.003 0.002 0.001 0.118 0.554 113 K 0.920 0.006 0.001 0.001 0.013 0.060 114 I 0.977 0.001 0.001 0.001 0.004 0.017 115 A 0.981 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 116 F 0.983 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 117 V 0.946 0.002 0.001 0.001 0.007 0.045 118 A 0.791 0.009 0.001 0.002 0.030 0.168 119 P 0.416 0.013 0.002 0.002 0.116 0.451 120 P 0.175 0.019 0.006 0.004 0.249 0.547 121 R 0.076 0.016 0.021 0.009 0.479 0.399 122 D 0.073 0.015 0.037 0.018 0.571 0.286 123 Y 0.095 0.023 0.048 0.034 0.527 0.272 124 R 0.146 0.060 0.056 0.052 0.409 0.277 125 T 0.194 0.047 0.062 0.052 0.439 0.206 126 A 0.123 0.024 0.072 0.046 0.574 0.161 127 S 0.082 0.009 0.051 0.026 0.643 0.190 128 G 0.129 0.011 0.021 0.011 0.579 0.248 129 K 0.366 0.021 0.010 0.009 0.236 0.358 130 L 0.524 0.057 0.011 0.007 0.164 0.237 131 V 0.483 0.054 0.012 0.008 0.194 0.248 132 A 0.276 0.025 0.027 0.018 0.376 0.279 133 A 0.084 0.006 0.189 0.049 0.620 0.052 134 G 0.027 0.001 0.230 0.047 0.649 0.047 135 D 0.118 0.010 0.176 0.026 0.601 0.069 136 I 0.462 0.020 0.017 0.020 0.294 0.186 137 D 0.573 0.007 0.003 0.005 0.081 0.331 138 L 0.953 0.002 0.001 0.003 0.011 0.029 139 L 0.987 0.001 0.001 0.002 0.004 0.006 140 V 0.985 0.001 0.001 0.002 0.003 0.008 141 R 0.971 0.001 0.002 0.004 0.007 0.015 142 A 0.923 0.004 0.003 0.004 0.018 0.048 143 L 0.760 0.012 0.006 0.014 0.074 0.134 144 S 0.505 0.016 0.007 0.010 0.315 0.147 145 M 0.162 0.010 0.009 0.012 0.580 0.227 146 G 0.079 0.022 0.012 0.011 0.698 0.178 147 K 0.176 0.060 0.011 0.020 0.561 0.171 148 L 0.134 0.053 0.016 0.059 0.372 0.366 149 H 0.039 0.020 0.032 0.079 0.419 0.410 150 H 0.022 0.014 0.090 0.252 0.410 0.211 151 A 0.011 0.010 0.051 0.397 0.273 0.258 152 M 0.007 0.009 0.036 0.659 0.143 0.146 153 M 0.004 0.005 0.017 0.875 0.035 0.064 154 G 0.001 0.001 0.005 0.983 0.005 0.006 155 T 0.001 0.001 0.003 0.987 0.005 0.004 156 A 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.002 157 A 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 158 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 159 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 160 I 0.001 0.001 0.001 0.989 0.005 0.005 161 G 0.001 0.001 0.004 0.983 0.006 0.006 162 T 0.001 0.001 0.020 0.965 0.010 0.004 163 A 0.001 0.001 0.043 0.933 0.017 0.006 164 A 0.004 0.002 0.074 0.839 0.047 0.034 165 A 0.006 0.016 0.028 0.753 0.097 0.101 166 I 0.008 0.034 0.014 0.270 0.565 0.110 167 P 0.007 0.006 0.008 0.187 0.626 0.166 168 G 0.004 0.004 0.012 0.103 0.687 0.190 169 T 0.011 0.019 0.045 0.324 0.450 0.152 170 L 0.003 0.003 0.064 0.870 0.038 0.023 171 V 0.003 0.002 0.129 0.826 0.036 0.005 172 N 0.002 0.001 0.144 0.797 0.050 0.005 173 L 0.003 0.001 0.112 0.791 0.079 0.014 174 A 0.004 0.004 0.075 0.773 0.114 0.031 175 A 0.009 0.021 0.051 0.747 0.114 0.058 176 G 0.024 0.014 0.032 0.223 0.387 0.321 177 G 0.034 0.011 0.043 0.072 0.402 0.439 178 G 0.033 0.007 0.039 0.020 0.472 0.429 179 E 0.054 0.017 0.055 0.012 0.531 0.332 180 R 0.082 0.013 0.055 0.009 0.461 0.380 181 S 0.268 0.012 0.039 0.007 0.304 0.369 182 A 0.649 0.011 0.014 0.005 0.102 0.219 183 V 0.813 0.016 0.005 0.005 0.046 0.114 184 R 0.863 0.015 0.002 0.003 0.037 0.080 185 F 0.725 0.005 0.004 0.004 0.107 0.155 186 G 0.531 0.011 0.006 0.003 0.169 0.280 187 H 0.410 0.020 0.006 0.002 0.365 0.198 188 P 0.348 0.010 0.009 0.001 0.393 0.239 189 S 0.439 0.011 0.003 0.001 0.304 0.242 190 G 0.688 0.004 0.002 0.001 0.168 0.138 191 T 0.882 0.002 0.001 0.001 0.023 0.093 192 L 0.962 0.001 0.001 0.001 0.007 0.029 193 R 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 194 V 0.988 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 195 G 0.985 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 196 A 0.989 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 197 E 0.987 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 198 A 0.977 0.004 0.001 0.001 0.007 0.012 199 S 0.908 0.007 0.003 0.001 0.053 0.028 200 Q 0.593 0.012 0.021 0.003 0.314 0.056 201 A 0.128 0.006 0.044 0.011 0.746 0.064 202 N 0.042 0.007 0.052 0.020 0.847 0.032 203 G 0.068 0.006 0.047 0.034 0.760 0.085 204 E 0.281 0.011 0.014 0.014 0.438 0.241 205 W 0.749 0.006 0.002 0.003 0.090 0.149 206 T 0.918 0.003 0.001 0.002 0.014 0.063 207 V 0.974 0.002 0.001 0.002 0.004 0.018 208 T 0.975 0.001 0.001 0.007 0.004 0.013 209 K 0.964 0.001 0.001 0.014 0.005 0.014 210 A 0.840 0.001 0.001 0.046 0.020 0.092 211 I 0.825 0.007 0.002 0.069 0.016 0.081 212 M 0.712 0.006 0.004 0.187 0.012 0.078 213 S 0.504 0.006 0.007 0.403 0.015 0.065 214 R 0.163 0.004 0.028 0.699 0.027 0.079 215 S 0.049 0.002 0.024 0.886 0.018 0.021 216 A 0.011 0.001 0.017 0.953 0.014 0.005 217 R 0.009 0.001 0.024 0.930 0.029 0.007 218 I 0.005 0.001 0.024 0.895 0.057 0.019 219 L 0.007 0.002 0.022 0.897 0.048 0.023 220 M 0.022 0.014 0.025 0.769 0.108 0.063 221 E 0.029 0.003 0.018 0.434 0.221 0.296 222 G 0.135 0.007 0.012 0.077 0.241 0.528 223 W 0.454 0.012 0.006 0.048 0.141 0.340 224 V 0.722 0.016 0.002 0.034 0.047 0.180 225 R 0.664 0.015 0.002 0.033 0.052 0.234 226 V 0.467 0.018 0.007 0.038 0.093 0.377 227 P 0.159 0.006 0.065 0.070 0.222 0.478 228 G 0.024 0.003 0.362 0.055 0.299 0.256 229 D 0.018 0.012 0.331 0.052 0.266 0.322 230 A 0.014 0.021 0.133 0.053 0.197 0.582 231 F 0.001 0.002 0.002 0.004 0.025 0.967