# TARGET T0300 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-strand_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 22 (1 strand_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0300.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8.03554 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.016 0.058 0.323 0.033 0.003 0.026 0.180 0.278 0.002 0.001 0.003 0.006 0.003 0.005 0.001 0.009 0.013 0.005 0.009 0.007 0.011 0.008 2 A 0.018 0.046 0.473 0.039 0.004 0.011 0.247 0.088 0.002 0.001 0.002 0.006 0.002 0.003 0.001 0.007 0.007 0.003 0.010 0.007 0.007 0.014 3 S 0.070 0.145 0.206 0.113 0.011 0.014 0.323 0.036 0.002 0.002 0.004 0.004 0.002 0.004 0.002 0.008 0.011 0.012 0.014 0.004 0.009 0.005 4 K 0.079 0.158 0.315 0.168 0.023 0.030 0.123 0.006 0.002 0.001 0.002 0.005 0.002 0.006 0.004 0.005 0.003 0.001 0.037 0.005 0.007 0.017 5 K 0.004 0.410 0.058 0.439 0.006 0.010 0.009 0.004 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.002 0.002 0.003 0.017 0.005 0.015 0.002 0.003 0.001 6 P 0.002 0.052 0.081 0.823 0.005 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 7 D 0.015 0.327 0.060 0.278 0.012 0.032 0.202 0.021 0.001 0.002 0.003 0.006 0.002 0.003 0.012 0.002 0.001 0.013 0.002 0.001 0.003 0.002 8 K 0.008 0.169 0.248 0.238 0.004 0.203 0.052 0.038 0.002 0.001 0.001 0.007 0.003 0.005 0.001 0.005 0.001 0.001 0.006 0.003 0.004 0.004 9 T 0.001 0.590 0.005 0.338 0.001 0.009 0.006 0.042 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 Y 0.001 0.001 0.025 0.002 0.001 0.952 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 0.010 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.004 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 V 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.003 0.004 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 K 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.008 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 E 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.002 0.003 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 V 0.001 0.002 0.019 0.006 0.001 0.005 0.004 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 E 0.002 0.002 0.036 0.002 0.001 0.007 0.019 0.928 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 R 0.001 0.003 0.072 0.003 0.001 0.008 0.065 0.839 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 20 L 0.010 0.015 0.132 0.024 0.001 0.018 0.068 0.703 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.007 0.002 0.003 0.001 0.002 0.008 21 K 0.091 0.041 0.081 0.017 0.003 0.041 0.062 0.604 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.004 0.002 0.004 0.003 0.002 0.016 0.003 0.008 0.010 22 L 0.011 0.081 0.198 0.045 0.001 0.065 0.031 0.483 0.002 0.001 0.002 0.002 0.003 0.003 0.004 0.006 0.003 0.008 0.027 0.002 0.004 0.018 23 E 0.016 0.052 0.302 0.095 0.002 0.018 0.100 0.343 0.002 0.001 0.002 0.012 0.005 0.005 0.001 0.007 0.006 0.002 0.008 0.006 0.008 0.009 24 N 0.140 0.095 0.065 0.057 0.018 0.141 0.169 0.260 0.001 0.001 0.002 0.005 0.002 0.003 0.004 0.003 0.001 0.003 0.010 0.003 0.009 0.009 25 K 0.007 0.015 0.189 0.007 0.001 0.554 0.008 0.192 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.012 0.002 0.002 0.002 26 T 0.001 0.009 0.029 0.013 0.001 0.007 0.050 0.880 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.003 27 L 0.003 0.016 0.030 0.021 0.001 0.038 0.032 0.841 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.002 0.001 0.002 0.003 28 K 0.005 0.015 0.081 0.012 0.001 0.029 0.051 0.785 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.005 0.002 0.004 0.003 29 Q 0.002 0.016 0.072 0.012 0.001 0.015 0.075 0.768 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.002 0.009 0.006 0.003 0.007 30 K 0.006 0.030 0.079 0.029 0.001 0.024 0.065 0.698 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.015 0.005 0.005 0.005 0.003 0.023 31 V 0.006 0.144 0.159 0.167 0.001 0.021 0.024 0.365 0.003 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.003 0.006 0.018 0.020 0.016 0.004 0.005 0.028 32 K 0.019 0.116 0.246 0.099 0.007 0.014 0.091 0.204 0.003 0.002 0.004 0.007 0.005 0.006 0.003 0.013 0.026 0.046 0.013 0.013 0.019 0.042 33 S 0.020 0.175 0.281 0.142 0.007 0.016 0.154 0.062 0.003 0.003 0.006 0.008 0.004 0.004 0.006 0.009 0.012 0.030 0.010 0.011 0.013 0.025 34 S 0.089 0.102 0.343 0.199 0.016 0.025 0.119 0.019 0.003 0.003 0.007 0.007 0.004 0.004 0.004 0.006 0.016 0.009 0.006 0.003 0.005 0.009 35 G 0.261 0.097 0.161 0.076 0.056 0.019 0.203 0.022 0.003 0.001 0.005 0.008 0.004 0.005 0.005 0.008 0.007 0.006 0.025 0.005 0.007 0.016 36 A 0.033 0.325 0.159 0.177 0.007 0.017 0.096 0.014 0.003 0.002 0.007 0.005 0.005 0.005 0.014 0.010 0.005 0.024 0.054 0.004 0.006 0.029 37 V 0.015 0.361 0.165 0.219 0.012 0.010 0.062 0.005 0.003 0.002 0.005 0.017 0.005 0.007 0.003 0.014 0.005 0.006 0.025 0.010 0.017 0.032 38 S 0.008 0.448 0.043 0.382 0.021 0.006 0.012 0.002 0.001 0.002 0.002 0.004 0.001 0.002 0.003 0.005 0.002 0.020 0.020 0.003 0.007 0.007 39 S 0.010 0.060 0.505 0.240 0.029 0.084 0.016 0.004 0.003 0.001 0.002 0.006 0.003 0.002 0.001 0.005 0.004 0.004 0.008 0.003 0.003 0.006 40 D 0.019 0.120 0.235 0.128 0.029 0.035 0.333 0.033 0.002 0.001 0.003 0.010 0.002 0.003 0.002 0.006 0.006 0.005 0.005 0.013 0.005 0.005 41 D 0.032 0.092 0.250 0.140 0.016 0.203 0.130 0.057 0.003 0.001 0.004 0.005 0.003 0.003 0.002 0.006 0.026 0.002 0.008 0.006 0.005 0.006 42 S 0.017 0.131 0.180 0.162 0.005 0.058 0.205 0.150 0.003 0.001 0.003 0.007 0.003 0.004 0.003 0.012 0.006 0.002 0.011 0.006 0.009 0.018 43 I 0.049 0.230 0.092 0.095 0.004 0.047 0.185 0.130 0.003 0.002 0.006 0.006 0.004 0.005 0.011 0.016 0.010 0.024 0.031 0.009 0.014 0.029 44 L 0.022 0.238 0.154 0.153 0.003 0.035 0.075 0.043 0.005 0.002 0.004 0.012 0.003 0.009 0.003 0.031 0.015 0.002 0.062 0.021 0.038 0.070 45 T 0.006 0.443 0.017 0.325 0.017 0.032 0.009 0.032 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.002 0.007 0.005 0.036 0.030 0.006 0.014 0.008 46 A 0.003 0.007 0.169 0.033 0.005 0.722 0.003 0.037 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.005 47 A 0.002 0.008 0.021 0.023 0.001 0.014 0.070 0.840 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.005 48 K 0.006 0.035 0.031 0.057 0.001 0.099 0.036 0.657 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 0.010 0.001 0.004 0.022 0.017 0.010 49 R 0.005 0.025 0.054 0.031 0.001 0.039 0.038 0.731 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.011 0.001 0.004 0.010 0.021 0.014 50 E 0.005 0.016 0.066 0.014 0.001 0.028 0.066 0.674 0.004 0.001 0.001 0.003 0.003 0.004 0.001 0.014 0.011 0.001 0.023 0.017 0.031 0.017 51 S 0.006 0.015 0.032 0.014 0.001 0.025 0.023 0.750 0.006 0.002 0.002 0.001 0.004 0.006 0.002 0.016 0.026 0.001 0.012 0.008 0.017 0.033 52 I 0.007 0.014 0.043 0.010 0.001 0.025 0.013 0.635 0.006 0.003 0.005 0.008 0.007 0.013 0.002 0.022 0.029 0.002 0.027 0.053 0.054 0.023 53 I 0.004 0.013 0.038 0.014 0.001 0.029 0.012 0.702 0.007 0.003 0.005 0.006 0.009 0.011 0.003 0.018 0.019 0.002 0.012 0.021 0.031 0.040 54 V 0.005 0.012 0.062 0.008 0.001 0.040 0.022 0.637 0.006 0.004 0.004 0.010 0.009 0.012 0.002 0.020 0.009 0.004 0.006 0.049 0.057 0.021 55 S 0.005 0.008 0.047 0.011 0.001 0.020 0.025 0.810 0.003 0.001 0.002 0.003 0.004 0.005 0.001 0.008 0.006 0.002 0.002 0.015 0.014 0.008 56 S 0.010 0.019 0.135 0.013 0.001 0.046 0.055 0.657 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.001 0.007 0.004 0.002 0.002 0.012 0.013 0.011 57 S 0.007 0.016 0.145 0.013 0.001 0.059 0.057 0.671 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.005 0.009 0.002 58 R 0.008 0.004 0.086 0.006 0.001 0.045 0.053 0.787 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 59 A 0.003 0.005 0.058 0.003 0.001 0.043 0.080 0.801 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 60 L 0.005 0.012 0.080 0.011 0.001 0.058 0.056 0.769 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 61 G 0.006 0.005 0.035 0.006 0.001 0.098 0.017 0.827 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 62 A 0.001 0.001 0.020 0.003 0.001 0.047 0.015 0.911 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 V 0.001 0.001 0.008 0.002 0.001 0.009 0.017 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 A 0.001 0.001 0.013 0.003 0.001 0.010 0.006 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 M 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 0.026 0.033 0.905 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 R 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.010 0.013 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 K 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.009 0.005 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 I 0.001 0.002 0.008 0.004 0.001 0.008 0.002 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 E 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.015 0.008 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 A 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.006 0.007 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 K 0.001 0.001 0.011 0.002 0.001 0.005 0.005 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 V 0.001 0.008 0.031 0.009 0.001 0.006 0.006 0.933 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 R 0.003 0.005 0.108 0.006 0.001 0.012 0.030 0.825 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 74 S 0.003 0.006 0.102 0.007 0.001 0.012 0.085 0.775 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 75 R 0.023 0.022 0.230 0.017 0.001 0.035 0.113 0.537 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 0.005 76 A 0.022 0.079 0.383 0.041 0.001 0.029 0.118 0.278 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.006 0.007 0.001 0.010 0.003 0.005 0.007 77 A 0.038 0.067 0.300 0.104 0.005 0.038 0.148 0.188 0.002 0.002 0.004 0.003 0.003 0.004 0.002 0.007 0.048 0.002 0.016 0.003 0.008 0.009 78 K 0.058 0.053 0.122 0.072 0.016 0.043 0.275 0.245 0.003 0.001 0.003 0.010 0.005 0.007 0.003 0.011 0.008 0.001 0.032 0.007 0.011 0.014 79 A 0.024 0.220 0.092 0.161 0.002 0.059 0.117 0.160 0.003 0.004 0.007 0.006 0.007 0.009 0.021 0.010 0.004 0.014 0.033 0.004 0.009 0.034 80 V 0.014 0.208 0.192 0.165 0.003 0.030 0.048 0.108 0.005 0.003 0.006 0.033 0.010 0.021 0.002 0.023 0.013 0.001 0.024 0.029 0.036 0.024 81 T 0.006 0.524 0.016 0.340 0.003 0.022 0.009 0.037 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.008 0.002 0.001 0.005 0.005 0.002 0.007 0.004 82 E 0.003 0.004 0.109 0.008 0.003 0.833 0.002 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 Q 0.001 0.001 0.014 0.003 0.001 0.022 0.027 0.931 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 E 0.001 0.004 0.003 0.003 0.001 0.020 0.011 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 L 0.001 0.001 0.013 0.003 0.001 0.023 0.005 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 T 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.002 0.005 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 S 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.004 0.018 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 L 0.001 0.001 0.052 0.003 0.001 0.019 0.010 0.912 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 L 0.001 0.009 0.294 0.004 0.001 0.007 0.093 0.583 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 Q 0.006 0.005 0.129 0.004 0.001 0.005 0.338 0.499 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.004 91 S 0.021 0.018 0.223 0.009 0.002 0.015 0.539 0.123 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.001 0.006 0.004 0.002 0.005 0.005 0.007 0.009 92 L 0.029 0.173 0.179 0.202 0.001 0.015 0.058 0.037 0.020 0.011 0.006 0.006 0.011 0.012 0.006 0.041 0.098 0.012 0.040 0.004 0.021 0.018 93 T 0.135 0.060 0.054 0.032 0.013 0.010 0.047 0.017 0.035 0.015 0.013 0.027 0.058 0.038 0.018 0.100 0.168 0.002 0.044 0.010 0.043 0.060 94 L 0.002 0.118 0.013 0.042 0.001 0.003 0.005 0.003 0.031 0.108 0.055 0.022 0.050 0.069 0.087 0.088 0.121 0.009 0.076 0.010 0.061 0.026 95 R 0.002 0.012 0.008 0.007 0.002 0.001 0.002 0.001 0.047 0.075 0.091 0.160 0.169 0.070 0.012 0.077 0.151 0.002 0.007 0.020 0.052 0.030 96 V 0.001 0.045 0.004 0.009 0.001 0.001 0.002 0.001 0.045 0.145 0.124 0.029 0.055 0.065 0.213 0.080 0.028 0.014 0.007 0.014 0.062 0.056 97 D 0.003 0.017 0.005 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 0.057 0.125 0.093 0.115 0.176 0.067 0.036 0.079 0.040 0.042 0.002 0.036 0.074 0.021 98 V 0.002 0.068 0.018 0.017 0.001 0.003 0.004 0.001 0.049 0.097 0.112 0.057 0.055 0.054 0.103 0.083 0.022 0.026 0.003 0.063 0.083 0.079 99 S 0.005 0.168 0.026 0.072 0.013 0.012 0.005 0.006 0.044 0.062 0.054 0.082 0.115 0.040 0.020 0.072 0.030 0.096 0.003 0.017 0.035 0.022 100 M 0.010 0.083 0.349 0.121 0.016 0.111 0.015 0.017 0.014 0.015 0.025 0.019 0.021 0.017 0.018 0.027 0.016 0.017 0.003 0.013 0.026 0.046 101 E 0.021 0.146 0.198 0.116 0.013 0.037 0.144 0.115 0.009 0.009 0.012 0.019 0.013 0.012 0.004 0.024 0.017 0.024 0.004 0.018 0.028 0.018 102 E 0.046 0.139 0.197 0.138 0.014 0.114 0.136 0.078 0.004 0.003 0.005 0.005 0.004 0.005 0.003 0.018 0.010 0.008 0.010 0.014 0.026 0.023