# TARGET T0300 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0300.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8.03554 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.067 0.015 0.003 0.027 0.024 0.049 0.095 0.004 0.001 0.059 0.656 2 A 0.035 0.002 0.001 0.018 0.034 0.043 0.095 0.002 0.001 0.045 0.724 3 S 0.008 0.001 0.001 0.025 0.032 0.049 0.123 0.001 0.001 0.035 0.724 4 K 0.032 0.002 0.001 0.024 0.014 0.016 0.121 0.003 0.001 0.039 0.747 5 K 0.174 0.005 0.001 0.019 0.014 0.011 0.155 0.016 0.001 0.073 0.532 6 P 0.037 0.006 0.001 0.009 0.002 0.004 0.122 0.002 0.001 0.024 0.793 7 D 0.027 0.021 0.001 0.017 0.006 0.010 0.132 0.002 0.001 0.025 0.759 8 K 0.007 0.080 0.001 0.025 0.010 0.016 0.149 0.006 0.001 0.043 0.663 9 T 0.016 0.915 0.001 0.002 0.001 0.001 0.009 0.002 0.001 0.014 0.039 10 Y 0.008 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 0.011 11 E 0.010 0.928 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.038 0.017 12 E 0.003 0.917 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.059 0.014 13 M 0.002 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.005 14 V 0.003 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.009 15 K 0.002 0.882 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.090 0.017 16 E 0.010 0.951 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.025 0.009 17 V 0.007 0.931 0.012 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.005 0.024 0.014 18 E 0.031 0.892 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.028 0.035 19 R 0.005 0.835 0.001 0.003 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.065 0.077 20 L 0.028 0.469 0.006 0.007 0.002 0.003 0.037 0.006 0.001 0.375 0.069 21 K 0.054 0.508 0.004 0.017 0.001 0.003 0.015 0.004 0.001 0.346 0.048 22 L 0.060 0.165 0.012 0.010 0.002 0.003 0.036 0.003 0.002 0.567 0.141 23 E 0.013 0.730 0.005 0.005 0.002 0.003 0.029 0.006 0.002 0.053 0.152 24 N 0.029 0.908 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.001 0.006 0.044 25 K 0.018 0.893 0.003 0.002 0.001 0.001 0.008 0.004 0.002 0.014 0.053 26 T 0.010 0.951 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.003 0.027 27 L 0.008 0.963 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.002 0.016 28 K 0.026 0.860 0.003 0.002 0.001 0.001 0.009 0.007 0.001 0.043 0.045 29 Q 0.026 0.353 0.014 0.009 0.002 0.003 0.035 0.005 0.004 0.399 0.150 30 K 0.063 0.101 0.123 0.016 0.003 0.005 0.044 0.011 0.032 0.470 0.133 31 V 0.246 0.030 0.054 0.020 0.005 0.010 0.079 0.017 0.028 0.178 0.333 32 K 0.113 0.015 0.005 0.014 0.004 0.009 0.064 0.003 0.006 0.030 0.735 33 S 0.054 0.003 0.001 0.003 0.002 0.004 0.062 0.003 0.001 0.016 0.852 34 S 0.037 0.002 0.001 0.005 0.002 0.009 0.114 0.014 0.001 0.033 0.784 35 G 0.040 0.001 0.001 0.011 0.003 0.009 0.097 0.002 0.001 0.031 0.805 36 A 0.014 0.002 0.001 0.035 0.011 0.027 0.115 0.001 0.001 0.031 0.765 37 V 0.003 0.001 0.001 0.027 0.017 0.026 0.125 0.001 0.001 0.018 0.781 38 S 0.172 0.024 0.002 0.029 0.034 0.026 0.133 0.007 0.002 0.063 0.509 39 S 0.155 0.064 0.003 0.017 0.003 0.004 0.121 0.005 0.001 0.058 0.568 40 D 0.124 0.107 0.002 0.009 0.003 0.007 0.109 0.015 0.001 0.039 0.584 41 D 0.231 0.162 0.002 0.016 0.008 0.017 0.091 0.012 0.001 0.055 0.406 42 S 0.083 0.102 0.001 0.023 0.053 0.086 0.104 0.005 0.001 0.045 0.498 43 I 0.029 0.096 0.002 0.026 0.085 0.109 0.099 0.002 0.001 0.027 0.524 44 L 0.011 0.150 0.004 0.025 0.064 0.052 0.098 0.005 0.001 0.013 0.578 45 T 0.128 0.694 0.001 0.003 0.013 0.015 0.024 0.017 0.001 0.017 0.087 46 A 0.140 0.617 0.008 0.005 0.003 0.006 0.021 0.006 0.003 0.051 0.139 47 A 0.041 0.535 0.009 0.007 0.008 0.018 0.040 0.003 0.003 0.100 0.236 48 K 0.021 0.725 0.003 0.004 0.012 0.017 0.025 0.003 0.001 0.076 0.115 49 R 0.016 0.798 0.001 0.006 0.014 0.014 0.019 0.002 0.001 0.044 0.085 50 E 0.008 0.807 0.001 0.013 0.011 0.020 0.015 0.001 0.001 0.049 0.074 51 S 0.009 0.634 0.002 0.015 0.016 0.026 0.022 0.001 0.001 0.195 0.078 52 I 0.008 0.317 0.003 0.015 0.010 0.014 0.014 0.002 0.001 0.576 0.040 53 I 0.009 0.384 0.003 0.011 0.009 0.010 0.011 0.002 0.001 0.518 0.043 54 V 0.012 0.746 0.005 0.009 0.005 0.006 0.012 0.004 0.001 0.128 0.073 55 S 0.019 0.861 0.005 0.004 0.002 0.003 0.009 0.007 0.001 0.029 0.060 56 S 0.029 0.867 0.004 0.002 0.001 0.001 0.008 0.008 0.002 0.024 0.054 57 S 0.030 0.783 0.005 0.002 0.001 0.001 0.014 0.005 0.003 0.067 0.089 58 R 0.016 0.884 0.003 0.001 0.001 0.001 0.011 0.003 0.001 0.025 0.055 59 A 0.014 0.898 0.003 0.001 0.001 0.001 0.011 0.004 0.001 0.016 0.051 60 L 0.006 0.921 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 0.001 0.022 0.035 61 G 0.006 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.014 0.017 62 A 0.004 0.913 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.054 0.019 63 V 0.007 0.961 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.011 0.011 64 A 0.007 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.013 0.016 65 M 0.009 0.902 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.055 0.023 66 R 0.018 0.890 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.049 0.031 67 K 0.015 0.787 0.020 0.003 0.001 0.001 0.015 0.004 0.006 0.091 0.058 68 I 0.044 0.837 0.002 0.003 0.001 0.001 0.017 0.005 0.001 0.031 0.059 69 E 0.027 0.759 0.002 0.005 0.001 0.003 0.014 0.002 0.001 0.084 0.103 70 A 0.028 0.510 0.004 0.006 0.002 0.003 0.037 0.003 0.001 0.168 0.241 71 K 0.020 0.642 0.014 0.010 0.002 0.004 0.030 0.007 0.004 0.145 0.122 72 V 0.069 0.769 0.008 0.003 0.002 0.003 0.014 0.013 0.002 0.027 0.091 73 R 0.038 0.816 0.003 0.004 0.002 0.002 0.011 0.005 0.002 0.015 0.102 74 S 0.095 0.479 0.018 0.004 0.003 0.005 0.041 0.009 0.011 0.040 0.296 75 R 0.161 0.446 0.014 0.009 0.004 0.007 0.050 0.023 0.006 0.057 0.224 76 A 0.188 0.263 0.012 0.009 0.003 0.006 0.064 0.017 0.006 0.053 0.380 77 A 0.107 0.138 0.005 0.021 0.006 0.011 0.094 0.006 0.002 0.108 0.501 78 K 0.022 0.226 0.003 0.021 0.010 0.019 0.093 0.004 0.001 0.051 0.551 79 A 0.056 0.138 0.008 0.019 0.020 0.022 0.109 0.006 0.002 0.069 0.552 80 V 0.009 0.346 0.003 0.035 0.017 0.015 0.068 0.006 0.001 0.043 0.455 81 T 0.070 0.860 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.008 0.001 0.006 0.045 82 E 0.038 0.173 0.005 0.009 0.001 0.001 0.012 0.004 0.001 0.676 0.081 83 Q 0.004 0.091 0.003 0.002 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.814 0.066 84 E 0.016 0.662 0.004 0.002 0.001 0.001 0.015 0.007 0.001 0.171 0.120 85 L 0.010 0.897 0.008 0.001 0.001 0.001 0.004 0.023 0.001 0.010 0.045 86 T 0.051 0.779 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.005 0.001 0.024 0.128 87 S 0.028 0.331 0.059 0.002 0.001 0.002 0.031 0.012 0.045 0.254 0.235 88 L 0.343 0.195 0.028 0.002 0.001 0.001 0.062 0.042 0.014 0.152 0.161 89 L 0.130 0.024 0.043 0.011 0.001 0.003 0.126 0.008 0.045 0.163 0.445 90 Q 0.049 0.009 0.002 0.011 0.003 0.006 0.237 0.001 0.001 0.050 0.631 91 S 0.004 0.001 0.001 0.034 0.004 0.015 0.215 0.001 0.001 0.093 0.630 92 L 0.006 0.001 0.001 0.073 0.044 0.067 0.207 0.004 0.001 0.169 0.427 93 T 0.003 0.001 0.001 0.269 0.032 0.120 0.086 0.001 0.001 0.156 0.330 94 L 0.001 0.001 0.001 0.197 0.135 0.277 0.031 0.001 0.001 0.095 0.262 95 R 0.002 0.001 0.001 0.319 0.144 0.199 0.034 0.001 0.001 0.066 0.234 96 V 0.001 0.001 0.001 0.235 0.302 0.233 0.026 0.001 0.001 0.030 0.172 97 D 0.006 0.001 0.001 0.303 0.169 0.231 0.045 0.001 0.001 0.060 0.185 98 V 0.004 0.001 0.001 0.227 0.144 0.220 0.083 0.001 0.001 0.032 0.286 99 S 0.079 0.012 0.003 0.133 0.099 0.171 0.101 0.004 0.004 0.059 0.336 100 M 0.217 0.032 0.006 0.047 0.022 0.033 0.098 0.008 0.005 0.064 0.468 101 E 0.117 0.030 0.003 0.013 0.013 0.024 0.095 0.006 0.003 0.049 0.645 102 E 0.080 0.032 0.004 0.013 0.015 0.027 0.105 0.007 0.002 0.040 0.677