# TARGET T0300 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t3c1-near-backbone-11-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0300.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8.03554 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.059 0.057 0.057 0.115 0.098 0.105 0.178 0.117 0.095 0.071 0.047 2 A 0.074 0.064 0.055 0.078 0.087 0.106 0.169 0.133 0.111 0.074 0.048 3 S 0.131 0.139 0.155 0.206 0.130 0.085 0.072 0.035 0.025 0.014 0.008 4 K 0.249 0.141 0.137 0.162 0.112 0.077 0.064 0.027 0.016 0.009 0.004 5 K 0.242 0.128 0.070 0.130 0.101 0.088 0.097 0.057 0.045 0.026 0.015 6 P 0.205 0.194 0.085 0.140 0.105 0.095 0.089 0.042 0.027 0.011 0.005 7 D 0.232 0.129 0.124 0.184 0.122 0.079 0.069 0.032 0.017 0.009 0.004 8 K 0.442 0.120 0.132 0.116 0.059 0.047 0.041 0.021 0.012 0.006 0.003 9 T 0.060 0.409 0.096 0.133 0.107 0.088 0.049 0.034 0.017 0.005 0.002 10 Y 0.010 0.021 0.016 0.053 0.074 0.160 0.285 0.162 0.114 0.061 0.043 11 E 0.467 0.078 0.202 0.147 0.067 0.023 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 12 E 0.050 0.077 0.151 0.348 0.191 0.119 0.048 0.013 0.003 0.001 0.001 13 M 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.011 0.046 0.229 0.358 0.352 14 V 0.001 0.002 0.013 0.029 0.146 0.341 0.354 0.078 0.022 0.012 0.002 15 K 0.003 0.006 0.953 0.032 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 E 0.001 0.004 0.025 0.049 0.072 0.250 0.467 0.114 0.014 0.004 0.001 17 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.025 0.059 0.219 0.336 0.357 18 E 0.008 0.019 0.411 0.211 0.160 0.101 0.073 0.010 0.004 0.003 0.001 19 R 0.004 0.026 0.681 0.175 0.062 0.032 0.015 0.004 0.001 0.001 0.001 20 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.010 0.080 0.126 0.265 0.262 0.250 21 K 0.060 0.062 0.093 0.149 0.182 0.196 0.172 0.054 0.022 0.008 0.002 22 L 0.040 0.030 0.637 0.126 0.045 0.030 0.031 0.018 0.018 0.016 0.008 23 E 0.014 0.043 0.083 0.100 0.112 0.173 0.303 0.094 0.045 0.019 0.013 24 N 0.019 0.032 0.045 0.044 0.035 0.062 0.174 0.166 0.188 0.149 0.087 25 K 0.087 0.072 0.181 0.206 0.173 0.122 0.093 0.032 0.018 0.012 0.006 26 T 0.277 0.162 0.292 0.147 0.067 0.034 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 27 L 0.009 0.018 0.019 0.037 0.040 0.073 0.200 0.181 0.182 0.144 0.096 28 K 0.016 0.024 0.036 0.051 0.079 0.136 0.247 0.146 0.125 0.084 0.057 29 Q 0.045 0.053 0.421 0.248 0.102 0.055 0.043 0.014 0.010 0.007 0.003 30 K 0.023 0.043 0.156 0.219 0.171 0.158 0.155 0.049 0.015 0.008 0.003 31 V 0.002 0.002 0.005 0.004 0.005 0.012 0.067 0.109 0.234 0.296 0.263 32 K 0.045 0.082 0.097 0.190 0.180 0.146 0.141 0.058 0.030 0.020 0.011 33 S 0.083 0.129 0.247 0.178 0.112 0.077 0.067 0.044 0.032 0.022 0.009 34 S 0.171 0.101 0.050 0.119 0.131 0.131 0.136 0.077 0.045 0.025 0.016 35 G 0.463 0.131 0.038 0.082 0.064 0.057 0.058 0.038 0.038 0.020 0.010 36 A 0.299 0.161 0.074 0.161 0.113 0.065 0.049 0.031 0.024 0.015 0.009 37 V 0.054 0.047 0.018 0.041 0.059 0.092 0.173 0.161 0.145 0.109 0.101 38 S 0.225 0.242 0.069 0.178 0.099 0.062 0.047 0.033 0.022 0.012 0.010 39 S 0.216 0.165 0.061 0.133 0.107 0.087 0.083 0.053 0.043 0.030 0.021 40 D 0.338 0.239 0.041 0.136 0.099 0.058 0.038 0.022 0.017 0.008 0.005 41 D 0.225 0.112 0.029 0.131 0.117 0.109 0.112 0.061 0.058 0.030 0.017 42 S 0.243 0.108 0.092 0.176 0.126 0.086 0.075 0.035 0.031 0.018 0.010 43 I 0.052 0.055 0.081 0.154 0.120 0.117 0.176 0.099 0.073 0.047 0.027 44 L 0.011 0.018 0.037 0.039 0.045 0.070 0.166 0.175 0.166 0.150 0.122 45 T 0.051 0.096 0.110 0.140 0.123 0.124 0.142 0.100 0.060 0.034 0.021 46 A 0.215 0.180 0.185 0.166 0.116 0.067 0.036 0.018 0.011 0.005 0.002 47 A 0.350 0.148 0.073 0.118 0.098 0.079 0.061 0.034 0.024 0.010 0.004 48 K 0.251 0.162 0.075 0.155 0.116 0.093 0.074 0.034 0.025 0.010 0.004 49 R 0.031 0.056 0.081 0.112 0.108 0.137 0.194 0.103 0.086 0.062 0.033 50 E 0.018 0.040 0.130 0.189 0.166 0.166 0.161 0.064 0.035 0.021 0.010 51 S 0.014 0.014 0.096 0.075 0.066 0.104 0.197 0.148 0.124 0.107 0.057 52 I 0.007 0.023 0.060 0.108 0.120 0.145 0.211 0.145 0.089 0.059 0.033 53 I 0.001 0.002 0.009 0.007 0.009 0.020 0.073 0.117 0.241 0.277 0.243 54 V 0.025 0.029 0.064 0.115 0.154 0.156 0.189 0.110 0.077 0.051 0.030 55 S 0.084 0.095 0.166 0.200 0.121 0.102 0.102 0.057 0.040 0.022 0.011 56 S 0.013 0.039 0.025 0.059 0.068 0.093 0.182 0.168 0.161 0.115 0.077 57 S 0.023 0.025 0.018 0.047 0.065 0.109 0.213 0.158 0.166 0.106 0.069 58 R 0.195 0.091 0.257 0.234 0.119 0.055 0.030 0.008 0.006 0.003 0.001 59 A 0.054 0.070 0.132 0.250 0.164 0.140 0.132 0.038 0.013 0.005 0.002 60 L 0.001 0.003 0.006 0.005 0.005 0.012 0.068 0.130 0.247 0.277 0.246 61 G 0.014 0.023 0.054 0.086 0.140 0.204 0.260 0.120 0.056 0.029 0.013 62 A 0.107 0.058 0.676 0.103 0.037 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 63 V 0.051 0.050 0.102 0.164 0.147 0.190 0.208 0.057 0.021 0.007 0.002 64 A 0.004 0.011 0.014 0.010 0.010 0.025 0.112 0.163 0.264 0.222 0.164 65 M 0.014 0.044 0.131 0.179 0.194 0.196 0.168 0.044 0.018 0.008 0.003 66 R 0.078 0.052 0.717 0.096 0.033 0.016 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 67 K 0.036 0.037 0.107 0.157 0.141 0.194 0.217 0.072 0.027 0.009 0.003 68 I 0.004 0.010 0.027 0.011 0.011 0.031 0.107 0.157 0.276 0.230 0.135 69 E 0.003 0.014 0.089 0.130 0.194 0.239 0.230 0.053 0.026 0.016 0.006 70 A 0.024 0.025 0.767 0.106 0.033 0.022 0.015 0.005 0.002 0.002 0.001 71 K 0.013 0.023 0.098 0.196 0.133 0.180 0.259 0.068 0.019 0.008 0.002 72 V 0.002 0.004 0.014 0.004 0.005 0.016 0.082 0.143 0.262 0.282 0.185 73 R 0.013 0.045 0.107 0.203 0.221 0.189 0.155 0.037 0.016 0.009 0.004 74 S 0.113 0.079 0.653 0.099 0.032 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 75 R 0.067 0.083 0.076 0.200 0.145 0.148 0.189 0.060 0.020 0.008 0.003 76 A 0.056 0.046 0.042 0.040 0.038 0.070 0.174 0.165 0.176 0.118 0.074 77 A 0.049 0.068 0.168 0.175 0.154 0.132 0.123 0.052 0.040 0.027 0.013 78 K 0.085 0.114 0.408 0.219 0.113 0.043 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 79 A 0.008 0.004 0.015 0.013 0.017 0.042 0.149 0.199 0.211 0.206 0.137 80 V 0.065 0.106 0.075 0.135 0.109 0.137 0.169 0.109 0.055 0.024 0.016 81 T 0.011 0.076 0.157 0.077 0.060 0.078 0.114 0.123 0.141 0.104 0.058 82 E 0.036 0.062 0.073 0.188 0.242 0.207 0.140 0.033 0.012 0.006 0.003 83 Q 0.683 0.077 0.141 0.071 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 84 E 0.025 0.072 0.038 0.197 0.173 0.192 0.213 0.062 0.020 0.007 0.002 85 L 0.001 0.002 0.007 0.003 0.004 0.012 0.071 0.123 0.242 0.278 0.257 86 T 0.006 0.015 0.108 0.198 0.287 0.215 0.133 0.023 0.009 0.005 0.001 87 S 0.034 0.023 0.847 0.072 0.016 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 L 0.001 0.001 0.005 0.010 0.016 0.048 0.274 0.245 0.194 0.133 0.074 89 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.074 0.159 0.243 0.264 0.246 90 Q 0.007 0.032 0.521 0.255 0.112 0.042 0.020 0.006 0.002 0.001 0.001 91 S 0.017 0.052 0.411 0.171 0.160 0.117 0.050 0.017 0.004 0.001 0.001 92 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.038 0.085 0.246 0.304 0.318 93 T 0.067 0.080 0.064 0.188 0.218 0.181 0.119 0.049 0.022 0.008 0.003 94 L 0.002 0.005 0.043 0.033 0.037 0.053 0.129 0.149 0.179 0.218 0.153 95 R 0.007 0.020 0.039 0.090 0.118 0.146 0.214 0.160 0.092 0.060 0.055 96 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.011 0.050 0.110 0.260 0.314 0.247 97 D 0.047 0.070 0.090 0.245 0.225 0.128 0.092 0.049 0.027 0.016 0.011 98 V 0.005 0.005 0.007 0.013 0.016 0.031 0.103 0.114 0.226 0.237 0.243 99 S 0.111 0.150 0.048 0.166 0.132 0.094 0.113 0.078 0.054 0.032 0.022 100 M 0.074 0.076 0.031 0.089 0.080 0.093 0.174 0.121 0.110 0.085 0.066 101 E 0.447 0.217 0.071 0.122 0.077 0.036 0.017 0.007 0.004 0.002 0.001 102 E 0.464 0.173 0.060 0.121 0.073 0.045 0.033 0.015 0.011 0.005 0.002