# TARGET T0300 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0300.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8.03554 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.085 0.050 0.048 0.043 0.082 0.106 0.010 0.577 2 A 0.159 0.069 0.044 0.050 0.083 0.206 0.019 0.371 3 S 0.235 0.082 0.040 0.053 0.077 0.122 0.031 0.360 4 K 0.170 0.037 0.035 0.012 0.023 0.039 0.039 0.645 5 K 0.174 0.022 0.040 0.020 0.030 0.347 0.010 0.356 6 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 7 D 0.026 0.010 0.016 0.013 0.037 0.151 0.006 0.742 8 K 0.437 0.007 0.038 0.006 0.006 0.104 0.013 0.388 9 T 0.122 0.016 0.014 0.005 0.010 0.411 0.004 0.418 10 Y 0.108 0.052 0.030 0.006 0.038 0.087 0.003 0.677 11 E 0.012 0.032 0.005 0.002 0.005 0.391 0.002 0.551 12 E 0.030 0.047 0.001 0.001 0.001 0.607 0.002 0.311 13 M 0.030 0.807 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.143 14 V 0.002 0.933 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.057 15 K 0.003 0.931 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.059 16 E 0.005 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 17 V 0.005 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 18 E 0.003 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 19 R 0.005 0.948 0.003 0.002 0.002 0.003 0.004 0.034 20 L 0.014 0.958 0.004 0.006 0.003 0.001 0.004 0.008 21 K 0.015 0.914 0.011 0.012 0.009 0.004 0.007 0.029 22 L 0.028 0.777 0.044 0.041 0.031 0.012 0.011 0.056 23 E 0.069 0.704 0.050 0.045 0.035 0.028 0.012 0.057 24 N 0.072 0.555 0.036 0.036 0.044 0.028 0.036 0.193 25 K 0.093 0.321 0.050 0.015 0.027 0.026 0.019 0.448 26 T 0.029 0.137 0.015 0.007 0.011 0.338 0.012 0.451 27 L 0.099 0.220 0.005 0.006 0.019 0.279 0.017 0.354 28 K 0.042 0.716 0.005 0.005 0.013 0.051 0.004 0.164 29 Q 0.013 0.747 0.004 0.005 0.007 0.059 0.005 0.160 30 K 0.024 0.884 0.003 0.004 0.004 0.008 0.005 0.068 31 V 0.025 0.920 0.003 0.005 0.009 0.003 0.006 0.029 32 K 0.035 0.803 0.017 0.022 0.035 0.011 0.014 0.065 33 S 0.067 0.597 0.023 0.018 0.028 0.020 0.039 0.208 34 S 0.173 0.259 0.021 0.016 0.017 0.026 0.089 0.400 35 G 0.284 0.081 0.032 0.023 0.011 0.052 0.106 0.411 36 A 0.125 0.017 0.109 0.034 0.036 0.197 0.025 0.458 37 V 0.044 0.010 0.044 0.056 0.066 0.090 0.005 0.685 38 S 0.029 0.011 0.054 0.092 0.148 0.141 0.004 0.519 39 S 0.011 0.004 0.017 0.021 0.033 0.045 0.002 0.868 40 D 0.020 0.006 0.022 0.014 0.032 0.254 0.007 0.645 41 D 0.149 0.009 0.016 0.015 0.020 0.171 0.018 0.602 42 S 0.173 0.019 0.044 0.024 0.027 0.334 0.018 0.361 43 I 0.120 0.014 0.053 0.032 0.055 0.225 0.013 0.487 44 L 0.135 0.034 0.173 0.077 0.149 0.169 0.006 0.256 45 T 0.024 0.029 0.028 0.070 0.137 0.243 0.004 0.464 46 A 0.011 0.020 0.012 0.014 0.068 0.025 0.002 0.848 47 A 0.011 0.017 0.003 0.006 0.020 0.502 0.003 0.438 48 K 0.086 0.030 0.001 0.002 0.005 0.712 0.009 0.154 49 R 0.051 0.849 0.003 0.004 0.004 0.016 0.003 0.070 50 E 0.032 0.748 0.010 0.008 0.012 0.043 0.010 0.137 51 S 0.063 0.755 0.029 0.021 0.018 0.016 0.011 0.087 52 I 0.057 0.726 0.028 0.033 0.052 0.015 0.011 0.078 53 I 0.017 0.640 0.059 0.046 0.080 0.018 0.005 0.136 54 V 0.011 0.743 0.042 0.033 0.058 0.016 0.005 0.093 55 S 0.015 0.719 0.021 0.024 0.025 0.032 0.008 0.156 56 S 0.051 0.664 0.015 0.011 0.021 0.042 0.013 0.184 57 S 0.048 0.750 0.012 0.006 0.014 0.028 0.009 0.135 58 R 0.031 0.817 0.004 0.003 0.005 0.019 0.010 0.111 59 A 0.058 0.772 0.004 0.002 0.002 0.019 0.017 0.125 60 L 0.056 0.854 0.005 0.002 0.002 0.010 0.012 0.060 61 G 0.033 0.832 0.010 0.003 0.005 0.016 0.011 0.090 62 A 0.016 0.822 0.007 0.003 0.004 0.016 0.004 0.128 63 V 0.013 0.866 0.003 0.002 0.003 0.015 0.003 0.095 64 A 0.008 0.952 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.028 65 M 0.006 0.961 0.002 0.001 0.001 0.004 0.002 0.023 66 R 0.004 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 67 K 0.004 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 68 I 0.003 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 69 E 0.002 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 70 A 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 71 K 0.006 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 72 V 0.005 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 73 R 0.004 0.973 0.003 0.001 0.002 0.002 0.002 0.014 74 S 0.010 0.938 0.002 0.002 0.002 0.003 0.005 0.037 75 R 0.042 0.870 0.004 0.002 0.002 0.006 0.017 0.057 76 A 0.040 0.886 0.006 0.002 0.002 0.009 0.014 0.040 77 A 0.047 0.817 0.016 0.008 0.007 0.014 0.019 0.071 78 K 0.132 0.451 0.024 0.012 0.010 0.030 0.043 0.296 79 A 0.413 0.212 0.080 0.017 0.020 0.038 0.036 0.183 80 V 0.117 0.299 0.155 0.048 0.039 0.076 0.013 0.252 81 T 0.020 0.187 0.072 0.043 0.057 0.092 0.009 0.520 82 E 0.023 0.137 0.056 0.018 0.073 0.031 0.006 0.656 83 Q 0.020 0.036 0.010 0.003 0.009 0.464 0.005 0.453 84 E 0.031 0.016 0.001 0.001 0.001 0.850 0.003 0.098 85 L 0.030 0.875 0.002 0.001 0.002 0.009 0.001 0.081 86 T 0.003 0.886 0.002 0.001 0.003 0.011 0.001 0.093 87 S 0.020 0.825 0.001 0.001 0.003 0.017 0.005 0.127 88 L 0.041 0.915 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.034 89 L 0.007 0.976 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.011 90 Q 0.033 0.911 0.003 0.003 0.003 0.003 0.021 0.025 91 S 0.342 0.399 0.012 0.007 0.003 0.004 0.165 0.069 92 L 0.486 0.144 0.144 0.023 0.014 0.010 0.112 0.068 93 T 0.059 0.057 0.351 0.067 0.060 0.094 0.029 0.283 94 L 0.016 0.019 0.480 0.109 0.084 0.043 0.015 0.233 95 R 0.026 0.007 0.479 0.103 0.116 0.056 0.003 0.210 96 V 0.003 0.003 0.391 0.137 0.117 0.027 0.001 0.320 97 D 0.002 0.003 0.364 0.159 0.217 0.025 0.001 0.228 98 V 0.009 0.004 0.197 0.157 0.251 0.052 0.002 0.328 99 S 0.015 0.015 0.112 0.177 0.310 0.161 0.004 0.206 100 M 0.070 0.014 0.055 0.068 0.199 0.067 0.008 0.520 101 E 0.039 0.012 0.023 0.020 0.053 0.360 0.008 0.486 102 E 0.114 0.017 0.007 0.009 0.020 0.339 0.017 0.476