# TARGET T0300 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0300.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.094 0.106 0.054 0.028 0.162 0.018 0.030 0.202 0.112 0.142 0.052 2 A 0.108 0.143 0.060 0.034 0.158 0.024 0.033 0.110 0.083 0.190 0.056 3 S 0.062 0.250 0.191 0.047 0.195 0.013 0.019 0.088 0.053 0.053 0.030 4 K 0.031 0.191 0.120 0.026 0.074 0.014 0.030 0.203 0.170 0.108 0.033 5 K 0.082 0.291 0.129 0.011 0.193 0.007 0.017 0.108 0.067 0.070 0.026 6 P 0.023 0.127 0.069 0.021 0.068 0.083 0.199 0.216 0.112 0.068 0.014 7 D 0.136 0.267 0.093 0.007 0.197 0.004 0.010 0.042 0.032 0.137 0.074 8 K 0.038 0.418 0.122 0.015 0.170 0.026 0.036 0.076 0.030 0.049 0.019 9 T 0.030 0.556 0.304 0.004 0.074 0.001 0.001 0.011 0.002 0.007 0.011 10 Y 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.833 0.150 0.006 0.001 11 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.955 0.037 0.001 0.001 12 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.937 0.048 0.010 0.001 13 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.954 0.039 0.004 0.001 14 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.939 0.049 0.004 0.001 15 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.941 0.040 0.005 0.001 16 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.918 0.063 0.009 0.001 17 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.877 0.105 0.008 0.001 18 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.903 0.077 0.003 0.001 19 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.884 0.087 0.018 0.001 20 L 0.003 0.010 0.002 0.001 0.010 0.002 0.009 0.836 0.113 0.012 0.002 21 K 0.003 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.019 0.783 0.157 0.025 0.003 22 L 0.003 0.008 0.003 0.001 0.007 0.003 0.026 0.848 0.089 0.010 0.002 23 E 0.006 0.034 0.017 0.012 0.014 0.018 0.049 0.738 0.075 0.030 0.006 24 N 0.033 0.007 0.003 0.001 0.037 0.002 0.007 0.768 0.115 0.019 0.010 25 K 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.004 0.883 0.099 0.006 0.001 26 T 0.001 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.934 0.035 0.009 0.001 27 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.912 0.070 0.011 0.001 28 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.889 0.091 0.007 0.001 29 Q 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 0.900 0.075 0.006 0.001 30 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.021 0.853 0.095 0.019 0.001 31 V 0.009 0.006 0.001 0.001 0.016 0.002 0.029 0.737 0.143 0.048 0.007 32 K 0.006 0.016 0.006 0.004 0.014 0.014 0.130 0.646 0.120 0.042 0.003 33 S 0.030 0.252 0.094 0.022 0.117 0.022 0.109 0.191 0.061 0.084 0.017 34 S 0.106 0.169 0.156 0.043 0.130 0.019 0.031 0.070 0.053 0.142 0.081 35 G 0.067 0.160 0.106 0.071 0.106 0.046 0.074 0.095 0.083 0.131 0.061 36 A 0.052 0.110 0.094 0.107 0.101 0.055 0.056 0.080 0.085 0.202 0.058 37 V 0.062 0.195 0.170 0.063 0.131 0.028 0.033 0.053 0.055 0.154 0.056 38 S 0.056 0.190 0.178 0.058 0.127 0.037 0.059 0.094 0.060 0.098 0.043 39 S 0.064 0.160 0.142 0.049 0.147 0.030 0.042 0.100 0.078 0.141 0.045 40 D 0.052 0.201 0.161 0.061 0.129 0.036 0.049 0.088 0.076 0.112 0.034 41 D 0.091 0.222 0.104 0.019 0.209 0.011 0.021 0.080 0.103 0.097 0.042 42 S 0.044 0.330 0.206 0.011 0.164 0.011 0.023 0.078 0.081 0.033 0.019 43 I 0.157 0.304 0.069 0.002 0.292 0.003 0.011 0.034 0.025 0.053 0.050 44 L 0.148 0.314 0.091 0.012 0.280 0.014 0.020 0.017 0.011 0.047 0.046 45 T 0.005 0.522 0.412 0.020 0.030 0.002 0.001 0.003 0.001 0.003 0.002 46 A 0.020 0.018 0.013 0.007 0.029 0.006 0.013 0.621 0.241 0.022 0.008 47 A 0.004 0.029 0.016 0.003 0.008 0.005 0.019 0.692 0.180 0.039 0.005 48 K 0.013 0.019 0.005 0.002 0.027 0.004 0.019 0.709 0.127 0.066 0.009 49 R 0.005 0.012 0.007 0.004 0.009 0.005 0.015 0.844 0.079 0.018 0.002 50 E 0.008 0.012 0.004 0.002 0.016 0.002 0.010 0.809 0.105 0.026 0.006 51 S 0.009 0.021 0.005 0.002 0.028 0.003 0.006 0.842 0.073 0.008 0.004 52 I 0.003 0.008 0.003 0.001 0.011 0.001 0.009 0.917 0.043 0.004 0.001 53 I 0.006 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.005 0.904 0.066 0.007 0.003 54 V 0.001 0.005 0.002 0.004 0.004 0.005 0.012 0.898 0.067 0.002 0.001 55 S 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.010 0.921 0.054 0.003 0.001 56 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.911 0.060 0.011 0.001 57 S 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.880 0.094 0.008 0.001 58 R 0.001 0.004 0.002 0.002 0.001 0.004 0.013 0.889 0.077 0.005 0.001 59 A 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.002 0.028 0.880 0.062 0.018 0.002 60 L 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.004 0.014 0.840 0.098 0.031 0.003 61 G 0.003 0.026 0.004 0.002 0.008 0.003 0.014 0.867 0.064 0.008 0.002 62 A 0.001 0.005 0.004 0.003 0.002 0.012 0.024 0.877 0.052 0.018 0.003 63 V 0.004 0.008 0.004 0.001 0.005 0.003 0.011 0.860 0.065 0.032 0.007 64 A 0.001 0.006 0.002 0.001 0.002 0.001 0.004 0.889 0.078 0.014 0.002 65 M 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.009 0.916 0.056 0.007 0.001 66 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.014 0.927 0.039 0.008 0.001 67 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.009 0.923 0.046 0.012 0.002 68 I 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.927 0.055 0.009 0.001 69 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.939 0.051 0.002 0.001 70 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.939 0.039 0.003 0.001 71 K 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 0.899 0.059 0.021 0.002 72 V 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.827 0.124 0.032 0.003 73 R 0.001 0.013 0.002 0.001 0.006 0.002 0.017 0.817 0.132 0.009 0.001 74 S 0.001 0.011 0.005 0.007 0.005 0.013 0.120 0.707 0.108 0.021 0.002 75 R 0.010 0.007 0.004 0.003 0.013 0.008 0.156 0.609 0.095 0.084 0.012 76 A 0.031 0.013 0.005 0.005 0.023 0.006 0.017 0.260 0.194 0.363 0.082 77 A 0.005 0.159 0.054 0.029 0.032 0.042 0.044 0.393 0.211 0.030 0.002 78 K 0.026 0.047 0.024 0.004 0.058 0.007 0.042 0.376 0.233 0.165 0.020 79 A 0.157 0.107 0.026 0.002 0.163 0.009 0.040 0.124 0.069 0.219 0.084 80 V 0.089 0.306 0.058 0.006 0.281 0.009 0.035 0.102 0.029 0.050 0.036 81 T 0.010 0.585 0.334 0.009 0.034 0.001 0.001 0.010 0.004 0.009 0.003 82 E 0.003 0.002 0.001 0.001 0.007 0.002 0.005 0.828 0.146 0.005 0.001 83 Q 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.907 0.075 0.005 0.002 84 E 0.001 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.005 0.912 0.053 0.018 0.001 85 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.932 0.059 0.007 0.001 86 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.936 0.058 0.001 0.001 87 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.940 0.045 0.004 0.001 88 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.839 0.141 0.007 0.001 89 L 0.008 0.003 0.001 0.001 0.006 0.001 0.010 0.608 0.295 0.061 0.006 90 Q 0.001 0.026 0.012 0.006 0.005 0.038 0.095 0.552 0.255 0.011 0.001 91 S 0.124 0.006 0.001 0.001 0.032 0.001 0.006 0.054 0.084 0.525 0.166 92 L 0.137 0.323 0.018 0.001 0.458 0.001 0.001 0.002 0.004 0.019 0.035 93 T 0.328 0.018 0.002 0.005 0.267 0.027 0.052 0.057 0.038 0.075 0.130 94 L 0.222 0.146 0.028 0.012 0.551 0.001 0.001 0.003 0.003 0.015 0.019 95 R 0.217 0.050 0.003 0.003 0.697 0.003 0.004 0.004 0.002 0.003 0.015 96 V 0.200 0.097 0.013 0.003 0.644 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.034 97 D 0.344 0.039 0.004 0.001 0.470 0.001 0.002 0.002 0.001 0.012 0.125 98 V 0.168 0.185 0.040 0.012 0.444 0.021 0.016 0.008 0.008 0.044 0.053 99 S 0.096 0.381 0.142 0.011 0.333 0.002 0.001 0.003 0.003 0.007 0.021 100 M 0.032 0.025 0.011 0.011 0.062 0.012 0.021 0.276 0.479 0.055 0.015 101 E 0.009 0.034 0.035 0.020 0.018 0.023 0.101 0.407 0.256 0.087 0.011 102 E 0.035 0.065 0.024 0.011 0.070 0.020 0.070 0.252 0.158 0.262 0.031