# TARGET T0300 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0300.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 13 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.824 0.137 0.030 0.007 0.001 0.001 0.001 2 A 0.753 0.152 0.060 0.028 0.006 0.001 0.001 3 S 0.831 0.119 0.031 0.013 0.005 0.001 0.001 4 K 0.848 0.116 0.024 0.008 0.002 0.001 0.001 5 K 0.779 0.140 0.057 0.019 0.004 0.001 0.001 6 P 0.816 0.144 0.028 0.009 0.002 0.001 0.001 7 D 0.789 0.157 0.043 0.010 0.001 0.001 0.001 8 K 0.797 0.147 0.042 0.012 0.002 0.001 0.001 9 T 0.764 0.184 0.040 0.010 0.001 0.001 0.001 10 Y 0.728 0.167 0.069 0.031 0.005 0.001 0.001 11 E 0.906 0.083 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 12 E 0.868 0.115 0.015 0.002 0.001 0.001 0.001 13 M 0.682 0.157 0.084 0.059 0.017 0.001 0.001 14 V 0.775 0.161 0.048 0.014 0.002 0.001 0.001 15 K 0.878 0.112 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 16 E 0.680 0.204 0.080 0.030 0.006 0.001 0.001 17 V 0.733 0.154 0.067 0.035 0.010 0.001 0.001 18 E 0.741 0.204 0.045 0.009 0.001 0.001 0.001 19 R 0.699 0.221 0.062 0.015 0.002 0.001 0.001 20 L 0.568 0.217 0.106 0.074 0.030 0.005 0.001 21 K 0.604 0.260 0.094 0.035 0.007 0.001 0.001 22 L 0.654 0.230 0.083 0.026 0.006 0.001 0.001 23 E 0.494 0.259 0.124 0.085 0.032 0.006 0.001 24 N 0.297 0.245 0.199 0.179 0.067 0.013 0.001 25 K 0.438 0.355 0.159 0.041 0.006 0.001 0.001 26 T 0.469 0.377 0.124 0.028 0.003 0.001 0.001 27 L 0.138 0.154 0.178 0.299 0.197 0.033 0.001 28 K 0.051 0.180 0.320 0.340 0.101 0.007 0.001 29 Q 0.486 0.447 0.057 0.008 0.001 0.001 0.001 30 K 0.069 0.279 0.422 0.204 0.025 0.001 0.001 31 V 0.028 0.075 0.144 0.418 0.305 0.030 0.001 32 K 0.375 0.396 0.177 0.045 0.007 0.001 0.001 33 S 0.713 0.216 0.053 0.016 0.002 0.001 0.001 34 S 0.631 0.263 0.084 0.020 0.003 0.001 0.001 35 G 0.651 0.230 0.082 0.029 0.008 0.001 0.001 36 A 0.587 0.247 0.107 0.047 0.010 0.001 0.001 37 V 0.329 0.230 0.199 0.172 0.063 0.008 0.001 38 S 0.529 0.317 0.114 0.034 0.006 0.001 0.001 39 S 0.540 0.250 0.125 0.069 0.016 0.001 0.001 40 D 0.689 0.233 0.058 0.017 0.003 0.001 0.001 41 D 0.520 0.299 0.122 0.047 0.010 0.001 0.001 42 S 0.406 0.360 0.152 0.065 0.015 0.002 0.001 43 I 0.171 0.354 0.261 0.153 0.050 0.010 0.001 44 L 0.021 0.043 0.127 0.311 0.372 0.121 0.005 45 T 0.125 0.278 0.286 0.223 0.076 0.011 0.001 46 A 0.477 0.330 0.133 0.049 0.010 0.002 0.001 47 A 0.481 0.299 0.136 0.062 0.017 0.003 0.001 48 K 0.283 0.307 0.194 0.141 0.059 0.014 0.002 49 R 0.161 0.232 0.236 0.218 0.115 0.035 0.003 50 E 0.356 0.302 0.190 0.099 0.040 0.013 0.001 51 S 0.288 0.250 0.209 0.143 0.080 0.027 0.003 52 I 0.262 0.206 0.143 0.164 0.145 0.072 0.007 53 I 0.230 0.128 0.127 0.196 0.175 0.124 0.020 54 V 0.525 0.257 0.126 0.063 0.023 0.006 0.001 55 S 0.522 0.274 0.127 0.056 0.018 0.003 0.001 56 S 0.629 0.153 0.085 0.075 0.042 0.014 0.001 57 S 0.620 0.198 0.095 0.064 0.020 0.003 0.001 58 R 0.729 0.215 0.044 0.010 0.002 0.001 0.001 59 A 0.591 0.260 0.108 0.034 0.007 0.001 0.001 60 L 0.573 0.202 0.102 0.083 0.034 0.007 0.001 61 G 0.534 0.264 0.132 0.059 0.010 0.001 0.001 62 A 0.733 0.215 0.042 0.009 0.001 0.001 0.001 63 V 0.605 0.269 0.092 0.027 0.006 0.001 0.001 64 A 0.331 0.207 0.178 0.179 0.086 0.019 0.001 65 M 0.291 0.283 0.203 0.154 0.057 0.012 0.001 66 R 0.557 0.320 0.094 0.024 0.005 0.001 0.001 67 K 0.197 0.284 0.263 0.172 0.065 0.017 0.002 68 I 0.057 0.069 0.094 0.229 0.329 0.208 0.014 69 E 0.084 0.149 0.226 0.309 0.191 0.040 0.002 70 A 0.309 0.457 0.170 0.049 0.013 0.002 0.001 71 K 0.045 0.159 0.358 0.326 0.097 0.015 0.001 72 V 0.017 0.026 0.043 0.169 0.429 0.304 0.012 73 R 0.102 0.260 0.302 0.242 0.083 0.011 0.001 74 S 0.440 0.449 0.091 0.017 0.002 0.001 0.001 75 R 0.223 0.258 0.289 0.186 0.039 0.004 0.001 76 A 0.194 0.169 0.152 0.227 0.197 0.059 0.002 77 A 0.484 0.280 0.133 0.076 0.024 0.003 0.001 78 K 0.451 0.369 0.137 0.036 0.006 0.001 0.001 79 A 0.093 0.134 0.187 0.292 0.220 0.073 0.003 80 V 0.098 0.255 0.258 0.213 0.141 0.034 0.002 81 T 0.210 0.341 0.234 0.163 0.045 0.007 0.001 82 E 0.227 0.402 0.268 0.089 0.013 0.001 0.001 83 Q 0.719 0.241 0.035 0.005 0.001 0.001 0.001 84 E 0.129 0.311 0.321 0.198 0.038 0.003 0.001 85 L 0.075 0.098 0.143 0.292 0.312 0.078 0.002 86 T 0.089 0.393 0.344 0.143 0.028 0.003 0.001 87 S 0.195 0.568 0.197 0.036 0.004 0.001 0.001 88 L 0.018 0.047 0.130 0.349 0.377 0.078 0.001 89 L 0.028 0.071 0.137 0.306 0.331 0.123 0.004 90 Q 0.290 0.510 0.157 0.036 0.006 0.001 0.001 91 S 0.176 0.407 0.284 0.112 0.018 0.003 0.001 92 L 0.021 0.053 0.120 0.287 0.376 0.136 0.007 93 T 0.066 0.193 0.290 0.263 0.155 0.031 0.002 94 L 0.094 0.145 0.169 0.214 0.214 0.147 0.017 95 R 0.029 0.065 0.173 0.313 0.269 0.133 0.017 96 V 0.019 0.031 0.057 0.148 0.291 0.372 0.081 97 D 0.092 0.178 0.253 0.261 0.154 0.055 0.007 98 V 0.072 0.083 0.107 0.214 0.283 0.214 0.026 99 S 0.253 0.278 0.201 0.161 0.080 0.026 0.002 100 M 0.400 0.214 0.179 0.140 0.055 0.012 0.001 101 E 0.767 0.167 0.046 0.016 0.004 0.001 0.001 102 E 0.754 0.154 0.054 0.026 0.009 0.002 0.001