# TARGET T0300 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0300.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8.85162 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.390 0.170 0.148 0.111 0.084 0.045 0.024 0.013 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 2 A 0.361 0.147 0.127 0.133 0.113 0.056 0.029 0.016 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 3 S 0.438 0.179 0.127 0.119 0.070 0.033 0.017 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 4 K 0.654 0.164 0.083 0.047 0.027 0.013 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 5 K 0.450 0.161 0.149 0.108 0.074 0.031 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 P 0.483 0.160 0.115 0.099 0.072 0.042 0.017 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 7 D 0.488 0.179 0.128 0.086 0.070 0.028 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 K 0.556 0.168 0.096 0.094 0.048 0.019 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 T 0.380 0.231 0.168 0.101 0.055 0.039 0.015 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 Y 0.077 0.059 0.088 0.164 0.224 0.189 0.090 0.051 0.042 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 11 E 0.624 0.257 0.065 0.035 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 E 0.520 0.337 0.118 0.018 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 M 0.020 0.021 0.053 0.122 0.253 0.291 0.140 0.066 0.028 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 14 V 0.135 0.184 0.202 0.250 0.162 0.036 0.018 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 K 0.815 0.163 0.019 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 E 0.210 0.306 0.186 0.140 0.099 0.043 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 V 0.023 0.034 0.074 0.227 0.319 0.151 0.091 0.048 0.024 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 18 E 0.667 0.243 0.059 0.018 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 R 0.438 0.226 0.184 0.070 0.047 0.020 0.009 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 L 0.037 0.029 0.070 0.154 0.261 0.209 0.124 0.064 0.025 0.018 0.006 0.002 0.001 0.001 21 K 0.363 0.190 0.187 0.092 0.088 0.042 0.022 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 L 0.195 0.063 0.057 0.122 0.164 0.123 0.078 0.098 0.047 0.037 0.010 0.004 0.002 0.001 23 E 0.083 0.108 0.102 0.220 0.192 0.138 0.080 0.033 0.024 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 24 N 0.115 0.096 0.126 0.168 0.180 0.135 0.069 0.040 0.041 0.021 0.007 0.002 0.001 0.001 25 K 0.553 0.183 0.112 0.072 0.040 0.020 0.010 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 T 0.319 0.227 0.192 0.124 0.069 0.038 0.016 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 L 0.032 0.023 0.044 0.098 0.208 0.200 0.147 0.127 0.086 0.025 0.006 0.002 0.001 0.001 28 K 0.138 0.180 0.192 0.236 0.136 0.053 0.034 0.018 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 29 Q 0.770 0.176 0.038 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 K 0.072 0.118 0.166 0.215 0.243 0.097 0.052 0.023 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 31 V 0.027 0.022 0.054 0.097 0.185 0.204 0.212 0.132 0.043 0.018 0.005 0.002 0.001 0.001 32 K 0.234 0.171 0.192 0.153 0.121 0.073 0.030 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 33 S 0.540 0.143 0.096 0.085 0.063 0.033 0.018 0.008 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 34 S 0.181 0.158 0.143 0.184 0.165 0.078 0.038 0.022 0.016 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 35 G 0.385 0.202 0.132 0.105 0.067 0.052 0.028 0.017 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 36 A 0.253 0.157 0.157 0.140 0.131 0.084 0.042 0.016 0.011 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 37 V 0.146 0.078 0.102 0.152 0.171 0.153 0.102 0.048 0.025 0.013 0.008 0.002 0.001 0.001 38 S 0.265 0.202 0.160 0.148 0.108 0.058 0.031 0.015 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 39 S 0.390 0.167 0.146 0.111 0.081 0.051 0.025 0.014 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 40 D 0.431 0.198 0.125 0.103 0.074 0.034 0.017 0.008 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 41 D 0.401 0.225 0.150 0.099 0.059 0.032 0.017 0.008 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 42 S 0.393 0.201 0.136 0.105 0.076 0.044 0.022 0.011 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 43 I 0.173 0.107 0.139 0.136 0.163 0.117 0.080 0.045 0.022 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 44 L 0.077 0.051 0.064 0.131 0.209 0.173 0.116 0.093 0.042 0.028 0.009 0.004 0.002 0.001 45 T 0.241 0.179 0.158 0.167 0.116 0.060 0.039 0.018 0.013 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 46 A 0.238 0.125 0.145 0.157 0.136 0.081 0.048 0.029 0.022 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 47 A 0.333 0.192 0.167 0.119 0.084 0.053 0.026 0.013 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 48 K 0.264 0.175 0.144 0.151 0.132 0.062 0.028 0.020 0.013 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 49 R 0.109 0.087 0.092 0.169 0.186 0.144 0.083 0.066 0.035 0.019 0.007 0.002 0.001 0.001 50 E 0.088 0.091 0.098 0.182 0.204 0.130 0.076 0.052 0.043 0.023 0.007 0.004 0.001 0.001 51 S 0.048 0.030 0.042 0.078 0.097 0.132 0.143 0.169 0.121 0.072 0.035 0.019 0.010 0.003 52 I 0.036 0.030 0.046 0.089 0.129 0.161 0.143 0.135 0.092 0.058 0.037 0.026 0.012 0.006 53 I 0.025 0.013 0.020 0.037 0.063 0.106 0.134 0.129 0.151 0.120 0.099 0.063 0.029 0.012 54 V 0.062 0.053 0.065 0.106 0.137 0.155 0.130 0.095 0.085 0.053 0.031 0.017 0.008 0.004 55 S 0.113 0.105 0.115 0.148 0.151 0.119 0.090 0.057 0.045 0.025 0.020 0.008 0.003 0.002 56 S 0.039 0.039 0.052 0.113 0.142 0.180 0.169 0.120 0.082 0.036 0.017 0.006 0.002 0.001 57 S 0.033 0.046 0.081 0.119 0.175 0.198 0.157 0.091 0.060 0.024 0.010 0.003 0.001 0.001 58 R 0.293 0.232 0.184 0.110 0.082 0.043 0.027 0.017 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 59 A 0.183 0.175 0.185 0.158 0.141 0.078 0.042 0.023 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 60 L 0.027 0.024 0.044 0.104 0.171 0.207 0.190 0.116 0.079 0.024 0.008 0.002 0.001 0.001 61 G 0.060 0.083 0.116 0.194 0.198 0.161 0.097 0.047 0.030 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 62 A 0.565 0.257 0.105 0.040 0.018 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 V 0.217 0.211 0.200 0.155 0.111 0.054 0.031 0.015 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 A 0.026 0.028 0.072 0.127 0.209 0.222 0.181 0.080 0.040 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 65 M 0.213 0.191 0.186 0.177 0.128 0.057 0.026 0.011 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 66 R 0.736 0.179 0.051 0.020 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 K 0.159 0.176 0.167 0.205 0.169 0.070 0.030 0.013 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 68 I 0.027 0.022 0.055 0.109 0.203 0.220 0.176 0.114 0.052 0.015 0.005 0.001 0.001 0.001 69 E 0.216 0.185 0.202 0.178 0.115 0.056 0.028 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 70 A 0.743 0.154 0.051 0.026 0.013 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 K 0.115 0.134 0.172 0.205 0.202 0.086 0.050 0.023 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 72 V 0.035 0.022 0.047 0.087 0.161 0.220 0.197 0.142 0.058 0.022 0.006 0.002 0.001 0.001 73 R 0.181 0.139 0.195 0.181 0.152 0.087 0.037 0.015 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 74 S 0.668 0.163 0.076 0.046 0.026 0.010 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 R 0.182 0.188 0.167 0.180 0.140 0.075 0.039 0.018 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 76 A 0.075 0.056 0.086 0.127 0.170 0.180 0.146 0.091 0.050 0.014 0.005 0.001 0.001 0.001 77 A 0.248 0.175 0.154 0.166 0.118 0.074 0.038 0.014 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 78 K 0.515 0.251 0.139 0.048 0.025 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 A 0.161 0.090 0.120 0.148 0.205 0.132 0.075 0.046 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 80 V 0.125 0.114 0.178 0.215 0.182 0.090 0.056 0.026 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 81 T 0.386 0.169 0.114 0.133 0.092 0.061 0.021 0.009 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 82 E 0.331 0.247 0.154 0.160 0.066 0.024 0.009 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 Q 0.792 0.169 0.032 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 E 0.311 0.339 0.198 0.082 0.047 0.017 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 L 0.022 0.020 0.034 0.141 0.273 0.227 0.141 0.077 0.054 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 86 T 0.316 0.373 0.186 0.084 0.028 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 S 0.699 0.241 0.054 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 L 0.026 0.044 0.086 0.180 0.306 0.210 0.094 0.040 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 89 L 0.013 0.027 0.053 0.158 0.308 0.169 0.140 0.078 0.040 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 90 Q 0.463 0.323 0.114 0.059 0.020 0.012 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 S 0.209 0.237 0.224 0.132 0.094 0.055 0.028 0.008 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 92 L 0.011 0.012 0.049 0.095 0.203 0.238 0.168 0.098 0.055 0.041 0.018 0.006 0.003 0.002 93 T 0.051 0.067 0.078 0.134 0.207 0.155 0.120 0.073 0.057 0.035 0.012 0.008 0.003 0.003 94 L 0.018 0.007 0.011 0.026 0.038 0.066 0.083 0.118 0.163 0.180 0.136 0.089 0.048 0.015 95 R 0.010 0.017 0.025 0.068 0.095 0.096 0.128 0.140 0.143 0.101 0.071 0.062 0.024 0.019 96 V 0.004 0.002 0.003 0.006 0.010 0.026 0.047 0.098 0.135 0.201 0.209 0.165 0.067 0.028 97 D 0.012 0.017 0.029 0.050 0.092 0.096 0.112 0.205 0.152 0.100 0.064 0.036 0.022 0.015 98 V 0.018 0.011 0.014 0.029 0.045 0.072 0.073 0.093 0.117 0.177 0.154 0.111 0.056 0.029 99 S 0.032 0.039 0.052 0.124 0.149 0.138 0.151 0.112 0.112 0.051 0.021 0.011 0.004 0.003 100 M 0.043 0.054 0.062 0.121 0.130 0.164 0.138 0.092 0.093 0.050 0.038 0.010 0.004 0.002 101 E 0.293 0.239 0.190 0.108 0.069 0.046 0.028 0.014 0.008 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 102 E 0.359 0.237 0.179 0.088 0.067 0.032 0.018 0.010 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001