# TARGET T0300 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-strand_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 22 (1 strand_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0300.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8.88843 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.024 0.253 0.239 0.139 0.013 0.031 0.077 0.060 0.005 0.004 0.008 0.011 0.006 0.011 0.003 0.015 0.020 0.014 0.024 0.012 0.021 0.009 2 A 0.013 0.082 0.496 0.200 0.009 0.019 0.069 0.030 0.004 0.001 0.002 0.007 0.004 0.004 0.003 0.007 0.006 0.003 0.010 0.005 0.006 0.017 3 S 0.034 0.200 0.183 0.162 0.013 0.012 0.300 0.023 0.003 0.002 0.005 0.005 0.003 0.004 0.004 0.007 0.008 0.014 0.006 0.003 0.007 0.004 4 K 0.043 0.202 0.284 0.222 0.020 0.031 0.127 0.005 0.002 0.001 0.002 0.006 0.003 0.005 0.003 0.005 0.002 0.001 0.016 0.004 0.006 0.009 5 K 0.005 0.375 0.074 0.459 0.009 0.012 0.014 0.004 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.003 0.003 0.014 0.004 0.006 0.001 0.002 0.001 6 P 0.003 0.064 0.144 0.724 0.008 0.023 0.014 0.005 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 7 D 0.015 0.281 0.066 0.279 0.012 0.030 0.250 0.028 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.002 0.009 0.002 0.001 0.009 0.002 0.001 0.002 0.002 8 K 0.008 0.168 0.242 0.214 0.004 0.236 0.050 0.044 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 0.006 0.003 0.004 0.003 9 T 0.001 0.575 0.004 0.365 0.001 0.007 0.005 0.037 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 Y 0.001 0.001 0.025 0.002 0.001 0.952 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 0.011 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.005 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 M 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.009 0.001 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 V 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.003 0.005 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 K 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.009 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 E 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.003 0.003 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 V 0.001 0.001 0.014 0.004 0.001 0.004 0.003 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 E 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 0.006 0.015 0.948 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 R 0.001 0.002 0.063 0.002 0.001 0.007 0.063 0.857 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 L 0.007 0.009 0.118 0.016 0.001 0.013 0.071 0.745 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 21 K 0.099 0.033 0.081 0.013 0.002 0.040 0.065 0.619 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.001 0.003 0.002 0.002 0.015 0.002 0.006 0.008 22 L 0.010 0.075 0.193 0.045 0.001 0.055 0.031 0.510 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.003 0.003 0.005 0.003 0.007 0.029 0.002 0.004 0.016 23 E 0.016 0.055 0.314 0.097 0.003 0.018 0.095 0.331 0.002 0.001 0.002 0.012 0.004 0.005 0.001 0.007 0.006 0.002 0.008 0.005 0.008 0.008 24 N 0.143 0.102 0.071 0.058 0.016 0.143 0.174 0.237 0.001 0.001 0.002 0.005 0.002 0.003 0.005 0.003 0.001 0.003 0.010 0.002 0.008 0.010 25 K 0.008 0.018 0.208 0.009 0.001 0.531 0.010 0.186 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.014 0.002 0.002 0.002 26 T 0.001 0.011 0.028 0.016 0.001 0.008 0.050 0.873 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.003 27 L 0.004 0.021 0.035 0.025 0.001 0.047 0.032 0.814 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.002 0.001 0.002 0.004 28 K 0.004 0.016 0.080 0.012 0.001 0.028 0.049 0.787 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.005 0.002 0.004 0.003 29 Q 0.002 0.017 0.067 0.010 0.001 0.016 0.072 0.776 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.002 0.009 0.006 0.004 0.007 30 K 0.005 0.028 0.072 0.027 0.001 0.022 0.056 0.722 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.013 0.007 0.005 0.005 0.003 0.025 31 V 0.005 0.120 0.152 0.149 0.001 0.018 0.021 0.414 0.003 0.001 0.001 0.002 0.004 0.004 0.003 0.006 0.021 0.019 0.014 0.005 0.006 0.031 32 K 0.019 0.103 0.249 0.085 0.007 0.012 0.086 0.215 0.005 0.003 0.005 0.008 0.006 0.007 0.003 0.015 0.036 0.043 0.013 0.015 0.022 0.044 33 S 0.023 0.135 0.314 0.118 0.006 0.012 0.187 0.054 0.004 0.003 0.007 0.009 0.005 0.005 0.007 0.011 0.015 0.023 0.010 0.012 0.014 0.026 34 S 0.115 0.099 0.276 0.202 0.019 0.017 0.156 0.012 0.004 0.004 0.010 0.008 0.005 0.006 0.005 0.007 0.019 0.008 0.008 0.004 0.007 0.009 35 G 0.275 0.117 0.107 0.090 0.096 0.013 0.166 0.011 0.004 0.002 0.006 0.009 0.004 0.007 0.006 0.009 0.008 0.005 0.033 0.007 0.010 0.015 36 A 0.014 0.406 0.112 0.249 0.005 0.010 0.041 0.005 0.003 0.003 0.006 0.004 0.005 0.004 0.019 0.009 0.004 0.021 0.048 0.003 0.006 0.023 37 V 0.010 0.360 0.151 0.259 0.014 0.008 0.048 0.003 0.003 0.003 0.006 0.021 0.008 0.009 0.004 0.013 0.005 0.007 0.014 0.009 0.017 0.029 38 S 0.006 0.461 0.038 0.392 0.016 0.004 0.012 0.001 0.002 0.002 0.003 0.004 0.002 0.002 0.005 0.005 0.002 0.016 0.013 0.002 0.006 0.005 39 S 0.010 0.078 0.440 0.301 0.031 0.065 0.018 0.003 0.003 0.001 0.002 0.009 0.004 0.002 0.002 0.005 0.004 0.004 0.006 0.002 0.003 0.005 40 D 0.016 0.151 0.254 0.164 0.035 0.038 0.247 0.023 0.003 0.001 0.004 0.014 0.003 0.003 0.003 0.006 0.006 0.005 0.004 0.011 0.005 0.004 41 D 0.027 0.076 0.295 0.138 0.018 0.218 0.115 0.045 0.003 0.001 0.005 0.006 0.003 0.003 0.002 0.005 0.023 0.002 0.005 0.003 0.003 0.005 42 S 0.014 0.137 0.185 0.152 0.005 0.053 0.240 0.140 0.003 0.001 0.002 0.007 0.003 0.004 0.003 0.011 0.005 0.002 0.008 0.005 0.008 0.013 43 I 0.050 0.253 0.089 0.114 0.004 0.047 0.195 0.110 0.003 0.002 0.005 0.005 0.004 0.004 0.012 0.013 0.007 0.025 0.020 0.005 0.010 0.022 44 L 0.021 0.272 0.158 0.169 0.003 0.032 0.081 0.033 0.005 0.002 0.004 0.011 0.003 0.009 0.003 0.028 0.012 0.002 0.049 0.019 0.033 0.054 45 T 0.004 0.493 0.010 0.354 0.015 0.019 0.006 0.017 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.032 0.020 0.003 0.009 0.004 46 A 0.002 0.004 0.152 0.023 0.004 0.781 0.002 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 47 A 0.001 0.007 0.019 0.018 0.001 0.011 0.085 0.845 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 48 K 0.006 0.034 0.030 0.052 0.001 0.108 0.045 0.664 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.007 0.001 0.003 0.016 0.014 0.008 49 R 0.005 0.026 0.061 0.032 0.001 0.041 0.039 0.732 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.009 0.001 0.003 0.007 0.018 0.011 50 E 0.006 0.015 0.067 0.014 0.001 0.028 0.073 0.674 0.004 0.001 0.001 0.003 0.003 0.004 0.001 0.013 0.009 0.001 0.026 0.014 0.027 0.015 51 S 0.006 0.014 0.032 0.013 0.001 0.025 0.022 0.762 0.006 0.001 0.002 0.001 0.004 0.005 0.002 0.015 0.025 0.001 0.013 0.006 0.015 0.030 52 I 0.007 0.013 0.046 0.009 0.001 0.026 0.014 0.651 0.005 0.003 0.005 0.009 0.007 0.013 0.002 0.020 0.024 0.001 0.028 0.046 0.050 0.021 53 I 0.004 0.012 0.038 0.012 0.001 0.030 0.013 0.718 0.006 0.003 0.005 0.006 0.008 0.011 0.002 0.017 0.017 0.002 0.012 0.020 0.030 0.034 54 V 0.005 0.011 0.065 0.008 0.001 0.041 0.024 0.653 0.006 0.004 0.004 0.010 0.008 0.011 0.001 0.019 0.008 0.003 0.006 0.044 0.051 0.018 55 S 0.005 0.008 0.049 0.010 0.001 0.023 0.027 0.811 0.003 0.001 0.001 0.003 0.003 0.005 0.001 0.007 0.005 0.001 0.002 0.015 0.014 0.007 56 S 0.010 0.017 0.127 0.012 0.001 0.052 0.056 0.673 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.006 0.003 0.001 0.002 0.010 0.011 0.008 57 S 0.006 0.013 0.128 0.012 0.001 0.065 0.051 0.701 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.004 0.007 0.002 58 R 0.006 0.003 0.068 0.005 0.001 0.043 0.040 0.827 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 A 0.002 0.004 0.045 0.003 0.001 0.039 0.060 0.842 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 L 0.004 0.007 0.065 0.007 0.001 0.052 0.047 0.814 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 G 0.003 0.002 0.028 0.003 0.001 0.073 0.012 0.874 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 A 0.001 0.001 0.016 0.002 0.001 0.028 0.013 0.938 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 V 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.007 0.018 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 A 0.001 0.001 0.013 0.003 0.001 0.009 0.005 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 M 0.001 0.002 0.034 0.002 0.001 0.026 0.038 0.894 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 R 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.012 0.015 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 K 0.001 0.001 0.009 0.002 0.001 0.011 0.004 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 I 0.001 0.002 0.008 0.005 0.001 0.009 0.002 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 E 0.001 0.002 0.015 0.002 0.001 0.022 0.009 0.946 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 A 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.005 0.005 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 K 0.001 0.002 0.011 0.003 0.001 0.004 0.006 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 V 0.001 0.008 0.032 0.009 0.001 0.006 0.006 0.929 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 73 R 0.003 0.005 0.125 0.005 0.001 0.012 0.026 0.810 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.003 74 S 0.003 0.005 0.094 0.006 0.001 0.010 0.077 0.792 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 75 R 0.022 0.021 0.222 0.015 0.001 0.036 0.116 0.543 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.003 0.001 0.002 0.005 76 A 0.021 0.084 0.357 0.045 0.001 0.031 0.109 0.297 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.006 0.008 0.001 0.011 0.004 0.006 0.008 77 A 0.036 0.074 0.288 0.113 0.005 0.046 0.116 0.207 0.002 0.002 0.004 0.003 0.003 0.004 0.002 0.007 0.051 0.002 0.016 0.004 0.008 0.009 78 K 0.041 0.058 0.121 0.093 0.013 0.053 0.240 0.290 0.002 0.001 0.002 0.008 0.004 0.006 0.003 0.008 0.005 0.001 0.023 0.005 0.009 0.012 79 A 0.020 0.194 0.100 0.168 0.002 0.067 0.122 0.213 0.003 0.003 0.005 0.005 0.006 0.007 0.013 0.007 0.003 0.011 0.021 0.003 0.007 0.021 80 V 0.013 0.198 0.192 0.200 0.003 0.033 0.058 0.154 0.004 0.002 0.003 0.019 0.007 0.014 0.002 0.015 0.008 0.001 0.016 0.018 0.023 0.019 81 T 0.005 0.512 0.015 0.347 0.003 0.026 0.008 0.054 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.005 0.003 82 E 0.002 0.002 0.084 0.004 0.001 0.872 0.001 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 Q 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.011 0.018 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 E 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.013 0.009 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 85 L 0.001 0.001 0.009 0.002 0.001 0.014 0.003 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 86 T 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.002 0.005 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 S 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.003 0.017 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 L 0.001 0.001 0.056 0.003 0.001 0.018 0.010 0.909 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 L 0.001 0.008 0.301 0.004 0.001 0.006 0.084 0.589 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 Q 0.008 0.006 0.145 0.005 0.001 0.005 0.355 0.461 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.004 91 S 0.025 0.021 0.218 0.010 0.002 0.015 0.574 0.083 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.001 0.006 0.004 0.003 0.005 0.004 0.007 0.010 92 L 0.036 0.174 0.185 0.181 0.002 0.014 0.057 0.027 0.020 0.013 0.006 0.008 0.011 0.013 0.005 0.045 0.092 0.013 0.051 0.005 0.026 0.015 93 T 0.124 0.065 0.051 0.037 0.011 0.010 0.044 0.014 0.036 0.016 0.014 0.025 0.061 0.037 0.024 0.099 0.160 0.002 0.046 0.008 0.035 0.081 94 L 0.001 0.114 0.012 0.034 0.001 0.002 0.004 0.002 0.032 0.117 0.056 0.025 0.051 0.070 0.072 0.092 0.131 0.010 0.075 0.011 0.066 0.022 95 R 0.003 0.012 0.007 0.007 0.002 0.001 0.002 0.001 0.050 0.075 0.098 0.144 0.170 0.068 0.015 0.078 0.158 0.003 0.008 0.017 0.048 0.033 96 V 0.001 0.039 0.003 0.007 0.001 0.001 0.002 0.001 0.045 0.154 0.127 0.033 0.060 0.066 0.201 0.079 0.028 0.014 0.006 0.016 0.063 0.055 97 D 0.002 0.016 0.004 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.059 0.124 0.099 0.114 0.170 0.064 0.036 0.080 0.045 0.044 0.002 0.039 0.074 0.019 98 V 0.002 0.059 0.017 0.016 0.001 0.003 0.004 0.001 0.051 0.090 0.112 0.058 0.056 0.054 0.105 0.085 0.023 0.023 0.003 0.066 0.081 0.091 99 S 0.005 0.173 0.024 0.066 0.012 0.010 0.005 0.004 0.042 0.066 0.056 0.077 0.108 0.038 0.021 0.072 0.029 0.114 0.003 0.018 0.038 0.020 100 M 0.011 0.079 0.362 0.118 0.017 0.095 0.016 0.013 0.014 0.015 0.025 0.019 0.021 0.017 0.017 0.028 0.016 0.016 0.003 0.014 0.027 0.053 101 E 0.020 0.189 0.177 0.136 0.013 0.030 0.128 0.081 0.009 0.010 0.013 0.019 0.012 0.012 0.005 0.026 0.017 0.029 0.005 0.019 0.031 0.017 102 E 0.046 0.140 0.204 0.174 0.018 0.130 0.099 0.058 0.004 0.003 0.005 0.005 0.004 0.005 0.003 0.016 0.009 0.008 0.009 0.013 0.024 0.024