# TARGET T0300 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0300.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8.88843 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.073 0.031 0.005 0.013 0.012 0.015 0.020 0.004 0.001 0.001 0.826 2 A 0.071 0.018 0.004 0.019 0.013 0.023 0.054 0.005 0.001 0.003 0.790 3 S 0.152 0.009 0.005 0.017 0.010 0.016 0.089 0.004 0.001 0.003 0.694 4 K 0.093 0.006 0.005 0.017 0.003 0.005 0.036 0.002 0.001 0.002 0.832 5 K 0.117 0.004 0.005 0.034 0.010 0.018 0.194 0.001 0.001 0.004 0.612 6 P 0.007 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.977 7 D 0.073 0.002 0.001 0.029 0.002 0.009 0.159 0.001 0.001 0.005 0.719 8 K 0.551 0.003 0.006 0.028 0.002 0.004 0.055 0.001 0.001 0.012 0.339 9 T 0.110 0.009 0.001 0.017 0.002 0.002 0.380 0.001 0.001 0.002 0.475 10 Y 0.010 0.010 0.002 0.013 0.001 0.001 0.044 0.001 0.001 0.001 0.917 11 E 0.003 0.085 0.001 0.010 0.002 0.003 0.346 0.001 0.001 0.002 0.549 12 E 0.004 0.032 0.001 0.001 0.001 0.002 0.915 0.001 0.001 0.007 0.036 13 M 0.031 0.935 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.029 14 V 0.006 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 15 K 0.005 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 16 E 0.011 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.022 17 V 0.012 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 18 E 0.011 0.967 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.012 19 R 0.020 0.918 0.013 0.001 0.001 0.002 0.002 0.011 0.001 0.001 0.032 20 L 0.072 0.858 0.002 0.003 0.003 0.002 0.001 0.017 0.001 0.001 0.043 21 K 0.069 0.827 0.012 0.006 0.003 0.004 0.006 0.011 0.001 0.001 0.061 22 L 0.036 0.579 0.084 0.024 0.025 0.032 0.026 0.021 0.001 0.001 0.172 23 E 0.064 0.388 0.013 0.049 0.017 0.043 0.067 0.018 0.001 0.002 0.340 24 N 0.107 0.145 0.009 0.023 0.008 0.018 0.154 0.023 0.001 0.010 0.502 25 K 0.221 0.201 0.034 0.008 0.003 0.003 0.140 0.003 0.001 0.007 0.380 26 T 0.044 0.201 0.007 0.008 0.005 0.004 0.278 0.004 0.001 0.004 0.446 27 L 0.036 0.365 0.007 0.009 0.006 0.013 0.047 0.001 0.001 0.003 0.513 28 K 0.057 0.529 0.002 0.008 0.016 0.061 0.068 0.006 0.001 0.009 0.243 29 Q 0.098 0.672 0.003 0.002 0.003 0.018 0.015 0.003 0.001 0.001 0.184 30 K 0.067 0.682 0.001 0.003 0.011 0.004 0.001 0.019 0.001 0.001 0.212 31 V 0.069 0.853 0.002 0.005 0.006 0.008 0.003 0.007 0.001 0.001 0.047 32 K 0.035 0.681 0.006 0.015 0.024 0.060 0.020 0.034 0.001 0.001 0.123 33 S 0.201 0.490 0.012 0.009 0.007 0.015 0.023 0.039 0.001 0.001 0.203 34 S 0.361 0.264 0.031 0.018 0.009 0.015 0.036 0.034 0.001 0.005 0.229 35 G 0.178 0.036 0.034 0.014 0.018 0.012 0.140 0.027 0.001 0.008 0.533 36 A 0.069 0.007 0.089 0.016 0.011 0.012 0.064 0.003 0.001 0.005 0.722 37 V 0.032 0.005 0.008 0.050 0.023 0.044 0.142 0.003 0.001 0.005 0.689 38 S 0.202 0.004 0.003 0.045 0.030 0.033 0.245 0.003 0.001 0.014 0.421 39 S 0.028 0.001 0.002 0.009 0.003 0.003 0.035 0.001 0.001 0.003 0.915 40 D 0.023 0.001 0.001 0.016 0.005 0.009 0.539 0.001 0.001 0.014 0.391 41 D 0.401 0.002 0.003 0.032 0.004 0.006 0.171 0.001 0.001 0.081 0.299 42 S 0.171 0.015 0.003 0.040 0.008 0.011 0.535 0.002 0.001 0.027 0.189 43 I 0.216 0.012 0.008 0.049 0.011 0.019 0.354 0.004 0.001 0.022 0.304 44 L 0.186 0.024 0.015 0.269 0.039 0.066 0.153 0.004 0.001 0.013 0.231 45 T 0.037 0.008 0.002 0.019 0.016 0.020 0.560 0.001 0.001 0.004 0.333 46 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.991 47 A 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.682 0.001 0.001 0.004 0.306 48 K 0.083 0.008 0.001 0.004 0.002 0.009 0.724 0.002 0.001 0.111 0.057 49 R 0.119 0.804 0.001 0.007 0.001 0.004 0.011 0.003 0.001 0.002 0.048 50 E 0.020 0.939 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.033 51 S 0.028 0.930 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.031 52 I 0.026 0.945 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 0.014 53 I 0.007 0.962 0.007 0.002 0.002 0.006 0.002 0.004 0.001 0.001 0.007 54 V 0.011 0.931 0.002 0.010 0.005 0.013 0.003 0.009 0.001 0.001 0.017 55 S 0.022 0.859 0.006 0.003 0.001 0.003 0.009 0.006 0.001 0.001 0.091 56 S 0.031 0.814 0.012 0.004 0.004 0.005 0.022 0.009 0.001 0.001 0.099 57 S 0.033 0.817 0.009 0.006 0.004 0.009 0.041 0.011 0.001 0.002 0.067 58 R 0.015 0.863 0.005 0.003 0.002 0.003 0.021 0.007 0.001 0.001 0.079 59 A 0.033 0.848 0.003 0.001 0.001 0.001 0.012 0.002 0.001 0.001 0.099 60 L 0.033 0.901 0.003 0.001 0.001 0.001 0.010 0.009 0.001 0.001 0.041 61 G 0.045 0.885 0.006 0.001 0.001 0.001 0.009 0.008 0.001 0.002 0.043 62 A 0.013 0.907 0.006 0.001 0.001 0.001 0.008 0.004 0.001 0.001 0.061 63 V 0.017 0.887 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.088 64 A 0.028 0.931 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.034 65 M 0.007 0.968 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.016 66 R 0.020 0.935 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.039 67 K 0.021 0.952 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.024 68 I 0.010 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.024 69 E 0.007 0.975 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.011 70 A 0.010 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.026 71 K 0.038 0.924 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.032 72 V 0.020 0.948 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.021 73 R 0.016 0.916 0.004 0.002 0.002 0.004 0.004 0.008 0.001 0.001 0.043 74 S 0.028 0.878 0.005 0.002 0.002 0.003 0.007 0.009 0.001 0.001 0.065 75 R 0.075 0.825 0.004 0.001 0.002 0.002 0.004 0.014 0.001 0.001 0.073 76 A 0.094 0.770 0.018 0.003 0.003 0.005 0.011 0.018 0.001 0.002 0.077 77 A 0.049 0.707 0.031 0.010 0.012 0.021 0.017 0.016 0.001 0.002 0.134 78 K 0.078 0.591 0.014 0.009 0.007 0.014 0.025 0.025 0.001 0.001 0.234 79 A 0.237 0.509 0.013 0.013 0.006 0.007 0.014 0.037 0.001 0.002 0.162 80 V 0.213 0.462 0.043 0.034 0.015 0.022 0.063 0.028 0.001 0.005 0.114 81 T 0.074 0.262 0.043 0.018 0.013 0.018 0.180 0.014 0.001 0.002 0.377 82 E 0.008 0.079 0.005 0.009 0.002 0.003 0.031 0.002 0.001 0.001 0.860 83 Q 0.007 0.045 0.001 0.001 0.001 0.002 0.503 0.001 0.001 0.007 0.434 84 E 0.063 0.131 0.002 0.002 0.001 0.003 0.661 0.005 0.001 0.012 0.121 85 L 0.028 0.937 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.023 86 T 0.005 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 87 S 0.015 0.947 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.034 88 L 0.036 0.941 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.013 89 L 0.021 0.962 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.006 90 Q 0.020 0.909 0.003 0.001 0.002 0.007 0.001 0.032 0.001 0.001 0.024 91 S 0.213 0.535 0.003 0.004 0.003 0.005 0.001 0.171 0.001 0.001 0.064 92 L 0.538 0.146 0.028 0.020 0.019 0.005 0.006 0.155 0.001 0.001 0.080 93 T 0.084 0.012 0.299 0.085 0.030 0.037 0.043 0.018 0.001 0.004 0.387 94 L 0.003 0.001 0.175 0.364 0.133 0.140 0.060 0.001 0.001 0.001 0.122 95 R 0.003 0.001 0.001 0.506 0.076 0.124 0.070 0.001 0.001 0.001 0.218 96 V 0.003 0.001 0.001 0.608 0.107 0.119 0.023 0.001 0.001 0.001 0.138 97 D 0.001 0.001 0.001 0.583 0.082 0.124 0.047 0.001 0.001 0.001 0.163 98 V 0.003 0.001 0.001 0.470 0.091 0.162 0.036 0.001 0.001 0.004 0.233 99 S 0.004 0.001 0.001 0.353 0.131 0.207 0.115 0.001 0.001 0.005 0.183 100 M 0.008 0.001 0.001 0.075 0.057 0.098 0.096 0.001 0.001 0.006 0.658 101 E 0.015 0.004 0.001 0.072 0.063 0.123 0.236 0.001 0.001 0.011 0.474 102 E 0.050 0.011 0.001 0.016 0.024 0.051 0.239 0.001 0.001 0.021 0.586