# TARGET T0300 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0300.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8.88843 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.078 0.268 0.146 0.023 0.210 0.012 0.026 0.119 0.047 0.043 0.028 2 A 0.061 0.188 0.100 0.019 0.132 0.017 0.037 0.191 0.143 0.087 0.026 3 S 0.044 0.238 0.161 0.024 0.147 0.020 0.055 0.174 0.080 0.043 0.014 4 K 0.072 0.161 0.130 0.025 0.126 0.019 0.043 0.115 0.090 0.158 0.061 5 K 0.030 0.430 0.324 0.015 0.138 0.004 0.009 0.026 0.008 0.006 0.009 6 P 0.033 0.275 0.084 0.010 0.113 0.023 0.075 0.190 0.113 0.060 0.026 7 D 0.167 0.199 0.117 0.006 0.218 0.010 0.016 0.057 0.038 0.081 0.091 8 K 0.058 0.338 0.097 0.013 0.245 0.014 0.014 0.073 0.031 0.079 0.039 9 T 0.011 0.630 0.281 0.001 0.035 0.001 0.001 0.029 0.003 0.010 0.001 10 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.932 0.065 0.002 0.001 11 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.985 0.014 0.001 0.001 12 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.009 0.001 0.001 13 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.978 0.021 0.002 0.001 14 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.976 0.023 0.001 0.001 15 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.007 0.001 0.001 16 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.975 0.023 0.002 0.001 17 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.962 0.035 0.002 0.001 18 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.960 0.037 0.001 0.001 19 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.979 0.015 0.002 0.001 20 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.944 0.038 0.010 0.001 21 K 0.002 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.924 0.057 0.004 0.001 22 L 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 0.928 0.048 0.004 0.001 23 E 0.001 0.010 0.009 0.002 0.005 0.005 0.030 0.881 0.040 0.015 0.001 24 N 0.038 0.085 0.017 0.001 0.054 0.001 0.002 0.709 0.044 0.041 0.009 25 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.907 0.086 0.002 0.001 26 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.973 0.017 0.006 0.001 27 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.954 0.035 0.009 0.001 28 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.949 0.047 0.001 0.001 29 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.961 0.032 0.001 0.001 30 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.947 0.030 0.006 0.001 31 V 0.006 0.008 0.002 0.001 0.010 0.001 0.008 0.809 0.109 0.045 0.003 32 K 0.005 0.008 0.005 0.002 0.004 0.006 0.061 0.741 0.133 0.032 0.003 33 S 0.011 0.067 0.043 0.012 0.036 0.024 0.150 0.423 0.112 0.111 0.010 34 S 0.031 0.465 0.191 0.033 0.150 0.009 0.018 0.019 0.016 0.046 0.022 35 G 0.043 0.052 0.093 0.131 0.039 0.034 0.018 0.053 0.074 0.357 0.106 36 A 0.086 0.212 0.079 0.015 0.228 0.016 0.040 0.112 0.080 0.098 0.033 37 V 0.065 0.368 0.171 0.019 0.202 0.012 0.022 0.039 0.030 0.041 0.030 38 S 0.045 0.361 0.340 0.027 0.138 0.011 0.016 0.023 0.010 0.011 0.016 39 S 0.034 0.219 0.167 0.030 0.091 0.028 0.045 0.169 0.141 0.057 0.019 40 D 0.032 0.155 0.086 0.016 0.079 0.019 0.032 0.136 0.205 0.202 0.037 41 D 0.059 0.103 0.040 0.009 0.127 0.006 0.022 0.149 0.232 0.208 0.045 42 S 0.085 0.193 0.056 0.003 0.240 0.004 0.024 0.176 0.107 0.075 0.037 43 I 0.144 0.275 0.065 0.002 0.266 0.004 0.016 0.087 0.039 0.066 0.036 44 L 0.137 0.329 0.082 0.007 0.328 0.003 0.007 0.030 0.010 0.024 0.043 45 T 0.006 0.527 0.411 0.005 0.032 0.001 0.001 0.011 0.002 0.003 0.001 46 A 0.003 0.009 0.007 0.001 0.006 0.001 0.003 0.763 0.196 0.010 0.001 47 A 0.002 0.013 0.004 0.001 0.005 0.001 0.006 0.895 0.066 0.006 0.001 48 K 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 0.880 0.074 0.028 0.001 49 R 0.002 0.003 0.001 0.001 0.004 0.002 0.004 0.938 0.039 0.006 0.001 50 E 0.009 0.009 0.001 0.001 0.018 0.002 0.011 0.837 0.069 0.038 0.004 51 S 0.015 0.036 0.006 0.001 0.055 0.003 0.011 0.809 0.044 0.016 0.003 52 I 0.017 0.020 0.003 0.001 0.035 0.001 0.005 0.862 0.042 0.011 0.005 53 I 0.034 0.009 0.001 0.001 0.027 0.002 0.012 0.816 0.059 0.026 0.012 54 V 0.005 0.013 0.003 0.005 0.014 0.008 0.028 0.837 0.072 0.013 0.004 55 S 0.008 0.016 0.009 0.002 0.015 0.005 0.026 0.856 0.053 0.006 0.004 56 S 0.005 0.009 0.006 0.002 0.004 0.003 0.011 0.854 0.073 0.029 0.004 57 S 0.005 0.012 0.003 0.002 0.007 0.003 0.008 0.856 0.081 0.021 0.003 58 R 0.001 0.013 0.003 0.002 0.004 0.007 0.012 0.888 0.062 0.007 0.002 59 A 0.002 0.003 0.002 0.001 0.002 0.002 0.009 0.921 0.038 0.017 0.003 60 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.924 0.047 0.020 0.001 61 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.961 0.035 0.001 0.001 62 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.985 0.013 0.001 0.001 63 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.984 0.012 0.002 0.001 64 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.965 0.029 0.006 0.001 65 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.975 0.024 0.001 0.001 66 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.007 0.001 0.001 67 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.006 0.001 0.001 68 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.978 0.020 0.002 0.001 69 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.976 0.023 0.001 0.001 70 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.991 0.007 0.001 0.001 71 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.984 0.010 0.001 0.001 72 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.934 0.051 0.009 0.001 73 R 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.007 0.847 0.129 0.007 0.001 74 S 0.001 0.007 0.004 0.002 0.003 0.006 0.065 0.820 0.085 0.007 0.001 75 R 0.007 0.013 0.010 0.008 0.010 0.015 0.143 0.573 0.109 0.104 0.008 76 A 0.046 0.068 0.024 0.011 0.047 0.012 0.036 0.275 0.163 0.272 0.046 77 A 0.014 0.120 0.053 0.026 0.049 0.033 0.049 0.424 0.181 0.040 0.010 78 K 0.031 0.103 0.039 0.010 0.087 0.014 0.049 0.350 0.171 0.116 0.031 79 A 0.105 0.116 0.039 0.003 0.143 0.007 0.037 0.192 0.098 0.183 0.077 80 V 0.080 0.312 0.072 0.009 0.239 0.011 0.034 0.110 0.027 0.055 0.052 81 T 0.012 0.630 0.253 0.003 0.058 0.001 0.001 0.026 0.005 0.010 0.003 82 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.835 0.151 0.007 0.001 83 Q 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.960 0.033 0.002 0.001 84 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.961 0.025 0.012 0.001 85 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.951 0.045 0.004 0.001 86 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.946 0.051 0.001 0.001 87 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.952 0.034 0.005 0.001 88 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.900 0.073 0.010 0.001 89 L 0.005 0.006 0.001 0.001 0.005 0.001 0.006 0.725 0.194 0.051 0.004 90 Q 0.002 0.011 0.006 0.003 0.005 0.013 0.137 0.689 0.124 0.011 0.001 91 S 0.036 0.047 0.014 0.003 0.070 0.006 0.073 0.201 0.134 0.371 0.045 92 L 0.212 0.270 0.018 0.001 0.448 0.001 0.001 0.003 0.002 0.010 0.034 93 T 0.256 0.040 0.006 0.018 0.263 0.065 0.166 0.037 0.021 0.051 0.076 94 L 0.144 0.132 0.009 0.002 0.703 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 95 R 0.184 0.053 0.002 0.001 0.746 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 96 V 0.218 0.063 0.005 0.001 0.680 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 97 D 0.407 0.025 0.003 0.001 0.437 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.118 98 V 0.233 0.200 0.020 0.004 0.429 0.005 0.004 0.004 0.006 0.024 0.071 99 S 0.138 0.302 0.089 0.006 0.395 0.002 0.005 0.010 0.008 0.018 0.028 100 M 0.126 0.103 0.035 0.022 0.133 0.018 0.027 0.140 0.210 0.133 0.055 101 E 0.016 0.236 0.193 0.085 0.071 0.048 0.054 0.155 0.108 0.029 0.007 102 E 0.071 0.105 0.048 0.022 0.101 0.022 0.073 0.298 0.130 0.083 0.045