# TARGET T0299 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0299.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 77 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.042 0.004 0.003 0.007 0.144 0.800 2 T 0.216 0.014 0.005 0.008 0.104 0.654 3 R 0.514 0.010 0.005 0.010 0.071 0.389 4 Y 0.773 0.008 0.008 0.014 0.040 0.156 5 A 0.916 0.005 0.003 0.009 0.020 0.045 6 L 0.929 0.003 0.004 0.009 0.024 0.031 7 L 0.873 0.005 0.005 0.010 0.049 0.058 8 V 0.822 0.006 0.013 0.020 0.071 0.068 9 R 0.651 0.007 0.025 0.028 0.136 0.153 10 G 0.488 0.015 0.018 0.016 0.208 0.255 11 I 0.413 0.071 0.013 0.010 0.226 0.269 12 N 0.270 0.059 0.015 0.015 0.323 0.318 13 V 0.090 0.020 0.029 0.054 0.547 0.259 14 G 0.038 0.006 0.037 0.110 0.571 0.237 15 G 0.037 0.009 0.058 0.195 0.572 0.128 16 K 0.054 0.012 0.067 0.144 0.541 0.181 17 N 0.129 0.018 0.058 0.170 0.333 0.292 18 K 0.239 0.047 0.051 0.175 0.194 0.293 19 V 0.195 0.080 0.022 0.224 0.103 0.376 20 V 0.114 0.019 0.018 0.263 0.083 0.503 21 M 0.008 0.001 0.046 0.844 0.029 0.072 22 A 0.002 0.001 0.031 0.940 0.014 0.013 23 E 0.001 0.001 0.015 0.971 0.007 0.005 24 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 25 R 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 26 Q 0.001 0.001 0.001 0.997 0.002 0.001 27 E 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 28 L 0.001 0.001 0.002 0.993 0.005 0.001 29 T 0.001 0.001 0.004 0.988 0.006 0.002 30 N 0.001 0.001 0.005 0.954 0.027 0.014 31 L 0.001 0.001 0.014 0.838 0.063 0.084 32 G 0.003 0.002 0.007 0.051 0.167 0.770 33 L 0.015 0.004 0.033 0.029 0.389 0.529 34 E 0.054 0.012 0.073 0.035 0.478 0.348 35 K 0.211 0.018 0.065 0.023 0.367 0.316 36 V 0.514 0.007 0.026 0.055 0.158 0.241 37 E 0.686 0.004 0.009 0.076 0.078 0.147 38 S 0.811 0.008 0.004 0.076 0.032 0.068 39 Y 0.865 0.010 0.005 0.062 0.027 0.031 40 I 0.752 0.010 0.008 0.106 0.060 0.064 41 N 0.649 0.005 0.007 0.090 0.101 0.148 42 S 0.441 0.006 0.012 0.137 0.127 0.277 43 G 0.546 0.021 0.009 0.077 0.118 0.229 44 N 0.748 0.007 0.009 0.045 0.062 0.130 45 I 0.841 0.006 0.016 0.047 0.041 0.049 46 F 0.868 0.007 0.010 0.033 0.034 0.048 47 F 0.800 0.007 0.014 0.044 0.054 0.082 48 T 0.413 0.008 0.020 0.025 0.216 0.319 49 S 0.130 0.011 0.011 0.010 0.294 0.545 50 I 0.019 0.008 0.010 0.005 0.330 0.627 51 D 0.005 0.017 0.005 0.013 0.315 0.645 52 S 0.001 0.003 0.004 0.027 0.128 0.838 53 K 0.001 0.001 0.012 0.966 0.012 0.009 54 A 0.001 0.001 0.006 0.976 0.013 0.005 55 Q 0.001 0.001 0.012 0.979 0.008 0.001 56 L 0.001 0.001 0.006 0.984 0.005 0.004 57 V 0.001 0.001 0.004 0.987 0.005 0.003 58 E 0.001 0.001 0.004 0.979 0.009 0.009 59 K 0.001 0.001 0.003 0.986 0.004 0.006 60 L 0.001 0.001 0.002 0.991 0.002 0.004 61 E 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 62 T 0.001 0.001 0.001 0.990 0.005 0.004 63 F 0.001 0.001 0.001 0.995 0.003 0.001 64 F 0.001 0.001 0.001 0.994 0.005 0.001 65 A 0.001 0.001 0.003 0.982 0.014 0.001 66 V 0.001 0.001 0.006 0.963 0.025 0.006 67 H 0.001 0.001 0.006 0.940 0.032 0.022 68 Y 0.001 0.004 0.006 0.763 0.048 0.178 69 P 0.001 0.001 0.001 0.006 0.054 0.937 70 F 0.011 0.003 0.001 0.003 0.067 0.916 71 I 0.043 0.005 0.001 0.003 0.052 0.897 72 Q 0.184 0.009 0.005 0.022 0.082 0.699 73 S 0.521 0.003 0.017 0.023 0.073 0.363 74 F 0.888 0.008 0.018 0.015 0.022 0.050 75 S 0.953 0.001 0.007 0.006 0.010 0.023 76 L 0.970 0.001 0.002 0.004 0.007 0.016 77 L 0.913 0.015 0.001 0.004 0.013 0.055 78 S 0.437 0.021 0.001 0.023 0.069 0.449 79 L 0.001 0.001 0.012 0.957 0.019 0.010 80 E 0.001 0.001 0.011 0.965 0.020 0.003 81 D 0.001 0.001 0.009 0.975 0.014 0.001 82 F 0.001 0.001 0.001 0.988 0.005 0.005 83 E 0.001 0.001 0.001 0.995 0.003 0.001 84 A 0.001 0.001 0.002 0.989 0.007 0.001 85 E 0.001 0.001 0.005 0.989 0.005 0.001 86 L 0.001 0.001 0.010 0.978 0.008 0.002 87 E 0.001 0.001 0.014 0.966 0.015 0.005 88 N 0.001 0.001 0.011 0.781 0.086 0.122 89 L 0.001 0.002 0.009 0.095 0.294 0.599 90 P 0.005 0.010 0.045 0.066 0.389 0.486 91 A 0.013 0.017 0.136 0.065 0.544 0.225 92 W 0.019 0.009 0.277 0.072 0.468 0.154 93 W 0.035 0.010 0.250 0.088 0.422 0.196 94 S 0.044 0.009 0.139 0.061 0.445 0.302 95 R 0.044 0.033 0.076 0.066 0.462 0.319 96 D 0.028 0.017 0.060 0.063 0.489 0.343 97 L 0.031 0.010 0.088 0.051 0.547 0.273 98 A 0.046 0.010 0.121 0.049 0.508 0.266 99 R 0.118 0.008 0.092 0.037 0.461 0.283 100 K 0.382 0.009 0.035 0.020 0.256 0.298 101 D 0.802 0.006 0.007 0.008 0.064 0.113 102 F 0.929 0.003 0.002 0.005 0.018 0.044 103 L 0.974 0.001 0.001 0.003 0.005 0.016 104 F 0.972 0.001 0.001 0.003 0.006 0.018 105 Y 0.947 0.002 0.001 0.004 0.012 0.034 106 T 0.797 0.007 0.003 0.010 0.065 0.119 107 E 0.284 0.007 0.009 0.015 0.251 0.435 108 G 0.069 0.007 0.013 0.016 0.345 0.550 109 L 0.034 0.014 0.016 0.017 0.330 0.588 110 D 0.023 0.008 0.019 0.039 0.268 0.643 111 V 0.016 0.005 0.031 0.157 0.254 0.537 112 D 0.014 0.004 0.039 0.399 0.235 0.310 113 Q 0.007 0.002 0.047 0.705 0.142 0.097 114 V 0.009 0.002 0.032 0.785 0.101 0.070 115 I 0.011 0.003 0.031 0.806 0.094 0.055 116 A 0.007 0.003 0.026 0.828 0.082 0.054 117 T 0.005 0.002 0.020 0.845 0.063 0.065 118 V 0.004 0.003 0.033 0.796 0.090 0.073 119 E 0.004 0.002 0.059 0.713 0.138 0.084 120 S 0.004 0.001 0.055 0.615 0.188 0.135 121 L 0.007 0.003 0.055 0.420 0.267 0.248 122 E 0.013 0.005 0.042 0.282 0.347 0.312 123 L 0.027 0.005 0.047 0.206 0.348 0.367 124 K 0.055 0.007 0.035 0.115 0.339 0.449 125 D 0.120 0.006 0.047 0.104 0.287 0.435 126 E 0.448 0.010 0.049 0.114 0.148 0.230 127 V 0.685 0.011 0.038 0.096 0.068 0.103 128 L 0.802 0.007 0.029 0.056 0.047 0.059 129 Y 0.868 0.006 0.009 0.026 0.043 0.048 130 F 0.751 0.014 0.010 0.027 0.124 0.073 131 G 0.253 0.010 0.013 0.026 0.572 0.125 132 K 0.083 0.002 0.017 0.013 0.791 0.094 133 L 0.326 0.005 0.013 0.007 0.547 0.102 134 G 0.910 0.005 0.001 0.002 0.045 0.037 135 I 0.984 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 136 F 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 137 W 0.982 0.001 0.001 0.001 0.004 0.012 138 G 0.912 0.003 0.001 0.002 0.022 0.061 139 K 0.533 0.006 0.003 0.004 0.163 0.291 140 F 0.171 0.013 0.008 0.008 0.439 0.361 141 S 0.049 0.011 0.022 0.021 0.565 0.332 142 E 0.049 0.021 0.038 0.043 0.611 0.238 143 E 0.068 0.019 0.067 0.085 0.541 0.220 144 S 0.079 0.016 0.052 0.119 0.440 0.294 145 Y 0.085 0.029 0.084 0.175 0.385 0.243 146 S 0.082 0.035 0.082 0.208 0.310 0.283 147 K 0.065 0.017 0.070 0.206 0.277 0.365 148 T 0.021 0.008 0.054 0.226 0.230 0.461 149 A 0.013 0.006 0.095 0.512 0.203 0.172 150 Y 0.008 0.003 0.116 0.616 0.160 0.097 151 H 0.016 0.006 0.117 0.564 0.198 0.099 152 K 0.019 0.005 0.090 0.533 0.226 0.128 153 Y 0.015 0.003 0.083 0.614 0.174 0.112 154 L 0.008 0.005 0.052 0.791 0.086 0.058 155 L 0.009 0.009 0.058 0.787 0.085 0.052 156 K 0.012 0.005 0.056 0.747 0.120 0.059 157 V 0.012 0.002 0.057 0.685 0.143 0.102 158 P 0.015 0.006 0.062 0.620 0.191 0.106 159 F 0.021 0.009 0.074 0.463 0.244 0.189 160 Y 0.036 0.004 0.020 0.102 0.329 0.509 161 R 0.098 0.009 0.013 0.052 0.239 0.588 162 H 0.213 0.023 0.008 0.052 0.162 0.542 163 I 0.302 0.029 0.012 0.107 0.141 0.408 164 T 0.277 0.016 0.021 0.173 0.156 0.357 165 I 0.249 0.018 0.047 0.253 0.189 0.243 166 R 0.177 0.018 0.048 0.209 0.211 0.337 167 N 0.084 0.015 0.023 0.427 0.131 0.320 168 A 0.003 0.001 0.006 0.954 0.019 0.016 169 K 0.001 0.001 0.004 0.976 0.011 0.008 170 T 0.001 0.001 0.004 0.991 0.002 0.001 171 F 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 172 D 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 173 K 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 174 I 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 175 G 0.001 0.001 0.003 0.990 0.005 0.002 176 Q 0.001 0.001 0.005 0.971 0.017 0.006 177 M 0.001 0.001 0.012 0.927 0.034 0.027 178 L 0.002 0.004 0.015 0.739 0.068 0.171 179 K 0.002 0.002 0.012 0.268 0.117 0.599 180 K 0.001 0.001 0.001 0.006 0.018 0.975