# TARGET T0299 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0299.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 62.9473 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.013 0.094 0.003 0.071 0.048 0.083 0.137 0.005 0.001 0.053 0.492 2 T 0.010 0.063 0.001 0.046 0.038 0.079 0.105 0.002 0.001 0.147 0.510 3 R 0.003 0.092 0.003 0.249 0.186 0.138 0.047 0.002 0.001 0.120 0.161 4 Y 0.004 0.037 0.001 0.245 0.111 0.246 0.023 0.001 0.001 0.242 0.089 5 A 0.004 0.036 0.002 0.398 0.215 0.136 0.016 0.001 0.001 0.082 0.110 6 L 0.006 0.008 0.004 0.519 0.137 0.130 0.023 0.001 0.001 0.112 0.058 7 L 0.058 0.020 0.004 0.281 0.113 0.186 0.051 0.008 0.002 0.138 0.139 8 V 0.117 0.011 0.002 0.178 0.067 0.106 0.110 0.004 0.002 0.065 0.338 9 R 0.027 0.008 0.001 0.124 0.080 0.149 0.130 0.002 0.001 0.040 0.436 10 G 0.011 0.005 0.001 0.129 0.068 0.116 0.146 0.002 0.001 0.046 0.475 11 I 0.029 0.005 0.003 0.162 0.132 0.089 0.139 0.006 0.001 0.091 0.343 12 N 0.087 0.016 0.004 0.174 0.044 0.065 0.129 0.004 0.002 0.106 0.369 13 V 0.106 0.023 0.004 0.085 0.024 0.054 0.129 0.004 0.002 0.084 0.485 14 G 0.076 0.049 0.003 0.079 0.016 0.043 0.140 0.006 0.002 0.060 0.525 15 G 0.147 0.211 0.003 0.032 0.016 0.034 0.127 0.013 0.001 0.057 0.359 16 K 0.085 0.227 0.002 0.032 0.030 0.037 0.132 0.010 0.001 0.059 0.385 17 N 0.038 0.503 0.002 0.017 0.025 0.044 0.071 0.009 0.001 0.024 0.267 18 K 0.028 0.616 0.002 0.016 0.022 0.026 0.041 0.005 0.001 0.038 0.205 19 V 0.015 0.789 0.005 0.008 0.010 0.011 0.024 0.005 0.001 0.039 0.092 20 V 0.010 0.904 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.003 0.001 0.034 0.035 21 M 0.005 0.948 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.027 0.013 22 A 0.010 0.912 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.053 0.016 23 E 0.001 0.948 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.028 0.015 24 L 0.005 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.005 25 R 0.005 0.185 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.786 0.017 26 Q 0.003 0.177 0.006 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.774 0.030 27 E 0.037 0.776 0.026 0.001 0.001 0.001 0.011 0.017 0.006 0.073 0.053 28 L 0.065 0.071 0.436 0.001 0.001 0.001 0.009 0.024 0.263 0.047 0.083 29 T 0.480 0.102 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.005 0.001 0.011 0.361 30 N 0.058 0.045 0.001 0.001 0.001 0.002 0.041 0.003 0.002 0.015 0.830 31 L 0.055 0.035 0.026 0.008 0.001 0.002 0.182 0.006 0.006 0.039 0.639 32 G 0.040 0.054 0.002 0.008 0.004 0.007 0.139 0.005 0.001 0.037 0.702 33 L 0.083 0.063 0.002 0.012 0.008 0.007 0.141 0.004 0.001 0.043 0.635 34 E 0.028 0.069 0.002 0.122 0.026 0.045 0.153 0.005 0.001 0.124 0.425 35 K 0.015 0.086 0.002 0.127 0.033 0.076 0.108 0.004 0.001 0.134 0.414 36 V 0.014 0.103 0.003 0.196 0.119 0.119 0.078 0.007 0.001 0.055 0.306 37 E 0.010 0.035 0.002 0.255 0.121 0.185 0.035 0.002 0.001 0.213 0.144 38 S 0.005 0.027 0.003 0.268 0.130 0.172 0.039 0.002 0.001 0.162 0.192 39 Y 0.021 0.018 0.006 0.267 0.139 0.168 0.050 0.003 0.002 0.152 0.174 40 I 0.030 0.006 0.010 0.184 0.149 0.199 0.067 0.002 0.005 0.134 0.215 41 N 0.042 0.008 0.002 0.113 0.107 0.231 0.090 0.003 0.002 0.099 0.302 42 S 0.092 0.015 0.003 0.081 0.043 0.108 0.145 0.006 0.002 0.084 0.420 43 G 0.014 0.007 0.001 0.105 0.103 0.205 0.154 0.005 0.001 0.080 0.327 44 N 0.004 0.006 0.001 0.133 0.105 0.258 0.092 0.001 0.001 0.139 0.260 45 I 0.004 0.003 0.001 0.260 0.179 0.201 0.057 0.001 0.001 0.106 0.189 46 F 0.004 0.003 0.001 0.285 0.174 0.259 0.046 0.001 0.001 0.072 0.156 47 F 0.009 0.002 0.001 0.220 0.156 0.271 0.051 0.001 0.001 0.106 0.182 48 T 0.044 0.007 0.001 0.144 0.077 0.171 0.107 0.002 0.002 0.132 0.312 49 S 0.089 0.022 0.002 0.044 0.015 0.031 0.160 0.003 0.002 0.079 0.554 50 I 0.070 0.038 0.002 0.018 0.010 0.015 0.138 0.004 0.001 0.094 0.609 51 D 0.031 0.154 0.003 0.011 0.004 0.007 0.112 0.006 0.001 0.096 0.574 52 S 0.039 0.694 0.002 0.001 0.002 0.002 0.021 0.007 0.001 0.105 0.127 53 K 0.010 0.933 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.020 0.030 54 A 0.006 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 0.012 55 Q 0.002 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.011 0.007 56 L 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 57 V 0.002 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.003 58 E 0.002 0.117 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.874 0.004 59 K 0.002 0.676 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.292 0.017 60 L 0.002 0.979 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.007 61 E 0.011 0.951 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.011 0.020 62 T 0.016 0.769 0.003 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.003 0.070 0.127 63 F 0.066 0.318 0.153 0.001 0.001 0.001 0.030 0.029 0.077 0.235 0.090 64 F 0.421 0.086 0.115 0.003 0.001 0.001 0.024 0.061 0.086 0.101 0.103 65 A 0.190 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.072 0.001 0.004 0.022 0.697 66 V 0.018 0.003 0.001 0.004 0.001 0.002 0.092 0.001 0.001 0.010 0.869 67 H 0.017 0.003 0.002 0.008 0.001 0.003 0.144 0.004 0.001 0.036 0.782 68 Y 0.064 0.001 0.001 0.007 0.011 0.015 0.165 0.025 0.001 0.068 0.642 69 P 0.046 0.001 0.001 0.026 0.004 0.012 0.098 0.001 0.001 0.026 0.786 70 F 0.014 0.001 0.001 0.055 0.018 0.041 0.100 0.001 0.001 0.028 0.741 71 I 0.012 0.001 0.001 0.162 0.036 0.036 0.138 0.001 0.001 0.033 0.579 72 Q 0.002 0.001 0.001 0.227 0.094 0.094 0.115 0.002 0.001 0.031 0.434 73 S 0.001 0.001 0.001 0.584 0.092 0.134 0.026 0.001 0.001 0.040 0.122 74 F 0.001 0.001 0.001 0.554 0.098 0.172 0.019 0.001 0.001 0.027 0.128 75 S 0.001 0.001 0.001 0.538 0.172 0.162 0.014 0.001 0.001 0.027 0.085 76 L 0.004 0.001 0.001 0.414 0.151 0.145 0.033 0.001 0.001 0.087 0.165 77 L 0.002 0.006 0.001 0.250 0.085 0.108 0.071 0.002 0.001 0.099 0.377 78 S 0.066 0.581 0.002 0.023 0.009 0.013 0.038 0.009 0.002 0.084 0.173 79 L 0.066 0.779 0.004 0.004 0.001 0.002 0.011 0.005 0.001 0.049 0.078 80 E 0.021 0.578 0.003 0.003 0.003 0.004 0.023 0.003 0.001 0.215 0.146 81 D 0.004 0.939 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.019 0.026 82 F 0.010 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.002 0.010 83 E 0.014 0.761 0.003 0.002 0.001 0.001 0.006 0.003 0.001 0.167 0.041 84 A 0.029 0.534 0.032 0.002 0.001 0.001 0.026 0.005 0.012 0.263 0.095 85 E 0.240 0.311 0.035 0.005 0.001 0.001 0.036 0.075 0.012 0.186 0.098 86 L 0.326 0.057 0.024 0.015 0.002 0.004 0.076 0.012 0.022 0.123 0.340 87 E 0.018 0.023 0.001 0.011 0.002 0.004 0.138 0.001 0.001 0.012 0.789 88 N 0.021 0.028 0.003 0.008 0.002 0.004 0.103 0.004 0.001 0.017 0.809 89 L 0.379 0.041 0.003 0.007 0.004 0.004 0.121 0.046 0.002 0.112 0.282 90 P 0.147 0.033 0.003 0.015 0.001 0.004 0.097 0.003 0.002 0.055 0.640 91 A 0.086 0.078 0.005 0.020 0.003 0.011 0.101 0.004 0.001 0.043 0.648 92 W 0.199 0.086 0.004 0.017 0.012 0.018 0.088 0.008 0.002 0.059 0.508 93 W 0.103 0.093 0.002 0.020 0.014 0.024 0.105 0.009 0.001 0.054 0.575 94 S 0.094 0.120 0.003 0.012 0.018 0.028 0.088 0.004 0.001 0.037 0.594 95 R 0.074 0.097 0.006 0.011 0.016 0.024 0.111 0.008 0.003 0.043 0.606 96 D 0.199 0.086 0.006 0.007 0.014 0.022 0.096 0.013 0.003 0.050 0.504 97 L 0.239 0.116 0.004 0.008 0.009 0.015 0.075 0.008 0.002 0.057 0.467 98 A 0.068 0.033 0.003 0.015 0.016 0.038 0.105 0.003 0.002 0.047 0.670 99 R 0.028 0.042 0.002 0.033 0.040 0.067 0.120 0.003 0.001 0.050 0.613 100 K 0.012 0.020 0.001 0.057 0.129 0.134 0.139 0.003 0.001 0.077 0.427 101 D 0.004 0.024 0.001 0.144 0.142 0.275 0.079 0.002 0.001 0.077 0.251 102 F 0.002 0.005 0.001 0.127 0.167 0.314 0.026 0.001 0.001 0.271 0.086 103 L 0.001 0.006 0.001 0.320 0.221 0.249 0.022 0.001 0.001 0.074 0.104 104 F 0.007 0.004 0.005 0.250 0.219 0.281 0.034 0.001 0.002 0.090 0.107 105 Y 0.023 0.005 0.003 0.194 0.205 0.234 0.043 0.004 0.002 0.088 0.200 106 T 0.189 0.010 0.001 0.048 0.059 0.107 0.085 0.004 0.001 0.073 0.423 107 E 0.039 0.005 0.001 0.036 0.023 0.067 0.136 0.006 0.001 0.050 0.637 108 G 0.036 0.016 0.001 0.025 0.019 0.032 0.122 0.001 0.001 0.034 0.712 109 L 0.023 0.042 0.002 0.023 0.037 0.035 0.148 0.004 0.001 0.047 0.637 110 D 0.031 0.325 0.002 0.007 0.012 0.008 0.077 0.005 0.001 0.031 0.501 111 V 0.020 0.894 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.010 0.001 0.004 0.060 112 D 0.050 0.871 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.001 0.017 0.048 113 Q 0.009 0.211 0.005 0.002 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.700 0.056 114 V 0.020 0.821 0.003 0.001 0.001 0.001 0.013 0.010 0.001 0.072 0.057 115 I 0.056 0.787 0.009 0.002 0.001 0.001 0.008 0.018 0.002 0.037 0.079 116 A 0.064 0.454 0.020 0.006 0.002 0.003 0.037 0.007 0.011 0.158 0.239 117 T 0.086 0.599 0.002 0.002 0.001 0.003 0.034 0.008 0.001 0.038 0.226 118 V 0.117 0.454 0.037 0.004 0.001 0.004 0.034 0.033 0.015 0.061 0.239 119 E 0.171 0.354 0.022 0.006 0.002 0.004 0.067 0.011 0.013 0.035 0.316 120 S 0.109 0.129 0.003 0.004 0.002 0.007 0.080 0.006 0.002 0.027 0.631 121 L 0.152 0.051 0.004 0.008 0.005 0.007 0.110 0.007 0.002 0.056 0.599 122 E 0.049 0.047 0.005 0.021 0.006 0.014 0.137 0.003 0.003 0.034 0.681 123 L 0.057 0.088 0.005 0.013 0.006 0.011 0.074 0.004 0.002 0.020 0.720 124 K 0.181 0.289 0.003 0.009 0.009 0.010 0.067 0.022 0.001 0.044 0.364 125 D 0.166 0.294 0.004 0.011 0.007 0.011 0.059 0.013 0.001 0.045 0.390 126 E 0.106 0.257 0.004 0.034 0.030 0.064 0.068 0.009 0.001 0.045 0.382 127 V 0.060 0.100 0.004 0.041 0.073 0.129 0.092 0.005 0.002 0.058 0.436 128 L 0.074 0.035 0.011 0.068 0.099 0.099 0.114 0.006 0.004 0.068 0.423 129 Y 0.147 0.009 0.006 0.059 0.076 0.102 0.111 0.006 0.004 0.057 0.423 130 F 0.127 0.003 0.002 0.027 0.034 0.089 0.122 0.005 0.002 0.042 0.546 131 G 0.028 0.002 0.002 0.033 0.021 0.072 0.143 0.002 0.001 0.035 0.661 132 K 0.004 0.001 0.001 0.046 0.084 0.187 0.135 0.001 0.001 0.043 0.497 133 L 0.001 0.001 0.001 0.077 0.223 0.435 0.052 0.001 0.001 0.056 0.155 134 G 0.001 0.001 0.001 0.123 0.262 0.398 0.024 0.001 0.001 0.067 0.124 135 I 0.001 0.001 0.001 0.149 0.368 0.368 0.010 0.001 0.001 0.039 0.065 136 F 0.001 0.001 0.001 0.143 0.326 0.398 0.010 0.001 0.001 0.044 0.077 137 W 0.001 0.001 0.001 0.137 0.340 0.381 0.013 0.001 0.001 0.051 0.077 138 G 0.007 0.001 0.001 0.111 0.244 0.393 0.036 0.001 0.001 0.078 0.130 139 K 0.061 0.003 0.001 0.067 0.204 0.223 0.074 0.002 0.002 0.069 0.295 140 F 0.088 0.004 0.002 0.036 0.063 0.086 0.120 0.004 0.002 0.049 0.546 141 S 0.037 0.006 0.001 0.023 0.030 0.051 0.132 0.008 0.001 0.048 0.663 142 E 0.125 0.015 0.002 0.021 0.032 0.050 0.124 0.007 0.001 0.069 0.555 143 E 0.047 0.022 0.002 0.028 0.034 0.054 0.133 0.004 0.001 0.053 0.622 144 S 0.036 0.021 0.002 0.026 0.035 0.060 0.124 0.003 0.001 0.106 0.587 145 Y 0.036 0.087 0.002 0.029 0.056 0.065 0.115 0.007 0.001 0.128 0.473 146 S 0.087 0.170 0.004 0.020 0.035 0.056 0.106 0.013 0.001 0.068 0.438 147 K 0.070 0.241 0.006 0.024 0.044 0.066 0.074 0.012 0.002 0.076 0.384 148 T 0.128 0.202 0.007 0.015 0.031 0.051 0.082 0.009 0.004 0.064 0.407 149 A 0.089 0.358 0.009 0.019 0.025 0.033 0.055 0.015 0.004 0.045 0.349 150 Y 0.186 0.342 0.012 0.009 0.017 0.025 0.060 0.020 0.007 0.034 0.288 151 H 0.125 0.337 0.009 0.015 0.022 0.033 0.067 0.015 0.004 0.030 0.343 152 K 0.110 0.102 0.022 0.021 0.030 0.062 0.104 0.010 0.008 0.052 0.479 153 Y 0.135 0.040 0.007 0.032 0.065 0.106 0.091 0.017 0.002 0.069 0.435 154 L 0.086 0.009 0.002 0.035 0.025 0.055 0.099 0.003 0.001 0.039 0.645 155 L 0.018 0.005 0.002 0.043 0.093 0.098 0.091 0.002 0.001 0.020 0.626 156 K 0.009 0.005 0.001 0.024 0.031 0.045 0.089 0.001 0.001 0.013 0.780 157 V 0.019 0.001 0.001 0.014 0.183 0.104 0.096 0.027 0.001 0.036 0.517 158 P 0.093 0.008 0.002 0.063 0.043 0.070 0.101 0.003 0.002 0.044 0.572 159 F 0.022 0.006 0.002 0.064 0.068 0.163 0.080 0.004 0.001 0.036 0.555 160 Y 0.014 0.006 0.001 0.123 0.079 0.131 0.094 0.001 0.001 0.074 0.475 161 R 0.003 0.010 0.001 0.129 0.211 0.289 0.063 0.003 0.001 0.053 0.238 162 H 0.014 0.014 0.001 0.126 0.177 0.228 0.058 0.002 0.001 0.055 0.326 163 I 0.006 0.009 0.002 0.126 0.262 0.289 0.040 0.001 0.001 0.046 0.220 164 T 0.018 0.027 0.002 0.061 0.191 0.329 0.054 0.002 0.001 0.104 0.211 165 I 0.080 0.043 0.008 0.082 0.120 0.160 0.071 0.005 0.004 0.089 0.337 166 R 0.066 0.106 0.003 0.033 0.076 0.082 0.086 0.008 0.002 0.166 0.373 167 N 0.049 0.505 0.001 0.010 0.015 0.023 0.046 0.005 0.001 0.047 0.299 168 A 0.028 0.428 0.004 0.024 0.020 0.028 0.048 0.006 0.001 0.095 0.318 169 K 0.011 0.659 0.003 0.012 0.015 0.017 0.024 0.003 0.001 0.158 0.098 170 T 0.006 0.897 0.001 0.003 0.004 0.003 0.007 0.003 0.001 0.032 0.044 171 F 0.006 0.958 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.012 0.013 172 D 0.006 0.919 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.040 0.025 173 K 0.003 0.961 0.005 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.008 0.015 174 I 0.029 0.913 0.006 0.001 0.001 0.001 0.004 0.018 0.002 0.009 0.019 175 G 0.050 0.548 0.054 0.003 0.001 0.002 0.022 0.015 0.038 0.150 0.118 176 Q 0.189 0.266 0.014 0.002 0.001 0.003 0.077 0.008 0.010 0.093 0.335 177 M 0.129 0.056 0.056 0.010 0.002 0.005 0.087 0.019 0.030 0.142 0.465 178 L 0.201 0.024 0.007 0.010 0.003 0.006 0.113 0.006 0.004 0.051 0.577 179 K 0.032 0.010 0.001 0.007 0.002 0.005 0.066 0.001 0.001 0.016 0.859 180 K 0.019 0.004 0.001 0.005 0.004 0.007 0.101 0.005 0.001 0.019 0.835