# TARGET T0299 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t3c1-near-backbone-11-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0299.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 62.9473 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.048 0.060 0.038 0.082 0.084 0.106 0.178 0.131 0.109 0.092 0.072 2 T 0.179 0.163 0.108 0.198 0.142 0.099 0.057 0.025 0.018 0.008 0.004 3 R 0.045 0.056 0.078 0.178 0.168 0.165 0.149 0.065 0.052 0.028 0.013 4 Y 0.002 0.004 0.007 0.033 0.059 0.104 0.245 0.175 0.152 0.124 0.096 5 A 0.001 0.001 0.004 0.010 0.013 0.024 0.096 0.138 0.230 0.244 0.241 6 L 0.001 0.001 0.008 0.010 0.020 0.030 0.105 0.176 0.206 0.237 0.209 7 L 0.001 0.001 0.003 0.003 0.008 0.015 0.058 0.135 0.232 0.267 0.279 8 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 0.041 0.102 0.257 0.278 0.308 9 R 0.001 0.001 0.004 0.012 0.034 0.062 0.182 0.225 0.213 0.155 0.112 10 G 0.001 0.001 0.004 0.008 0.015 0.029 0.099 0.144 0.232 0.225 0.243 11 I 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.016 0.071 0.117 0.238 0.261 0.284 12 N 0.003 0.005 0.013 0.031 0.046 0.065 0.167 0.179 0.179 0.161 0.149 13 V 0.003 0.005 0.009 0.018 0.029 0.054 0.146 0.158 0.201 0.180 0.198 14 G 0.027 0.038 0.029 0.072 0.084 0.099 0.169 0.142 0.140 0.104 0.098 15 G 0.066 0.066 0.030 0.105 0.089 0.092 0.157 0.107 0.115 0.095 0.077 16 K 0.165 0.118 0.046 0.143 0.135 0.120 0.114 0.055 0.051 0.031 0.021 17 N 0.082 0.079 0.040 0.124 0.105 0.113 0.175 0.087 0.090 0.063 0.042 18 K 0.101 0.076 0.054 0.185 0.151 0.121 0.148 0.073 0.047 0.029 0.015 19 V 0.061 0.027 0.049 0.048 0.043 0.065 0.136 0.134 0.160 0.150 0.126 20 V 0.027 0.211 0.076 0.186 0.154 0.134 0.109 0.057 0.027 0.011 0.006 21 M 0.010 0.019 0.024 0.052 0.059 0.089 0.211 0.146 0.155 0.134 0.101 22 A 0.505 0.091 0.115 0.137 0.080 0.036 0.020 0.008 0.004 0.002 0.001 23 E 0.209 0.179 0.138 0.259 0.126 0.061 0.020 0.006 0.002 0.001 0.001 24 L 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.008 0.050 0.096 0.220 0.309 0.308 25 R 0.004 0.015 0.032 0.090 0.191 0.259 0.282 0.075 0.030 0.015 0.005 26 Q 0.019 0.020 0.853 0.074 0.020 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 27 E 0.005 0.010 0.041 0.106 0.121 0.203 0.373 0.107 0.022 0.009 0.003 28 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 0.029 0.067 0.218 0.316 0.361 29 T 0.014 0.041 0.209 0.223 0.195 0.133 0.127 0.030 0.015 0.010 0.004 30 N 0.055 0.083 0.579 0.151 0.081 0.032 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 31 L 0.033 0.011 0.015 0.020 0.035 0.097 0.229 0.233 0.164 0.099 0.065 32 G 0.274 0.419 0.056 0.111 0.062 0.037 0.019 0.013 0.006 0.001 0.001 33 L 0.011 0.010 0.014 0.020 0.030 0.051 0.132 0.137 0.175 0.202 0.217 34 E 0.259 0.221 0.109 0.198 0.120 0.051 0.026 0.009 0.004 0.002 0.001 35 K 0.144 0.174 0.103 0.266 0.162 0.086 0.036 0.017 0.009 0.003 0.001 36 V 0.002 0.002 0.003 0.005 0.008 0.019 0.065 0.105 0.194 0.279 0.318 37 E 0.030 0.051 0.037 0.161 0.185 0.186 0.170 0.093 0.052 0.023 0.011 38 S 0.003 0.009 0.060 0.051 0.049 0.064 0.121 0.139 0.178 0.196 0.130 39 Y 0.007 0.014 0.036 0.058 0.083 0.121 0.195 0.170 0.128 0.101 0.088 40 I 0.002 0.003 0.006 0.012 0.016 0.030 0.093 0.136 0.232 0.251 0.219 41 N 0.022 0.052 0.050 0.152 0.153 0.139 0.159 0.107 0.074 0.053 0.038 42 S 0.005 0.010 0.010 0.032 0.043 0.067 0.142 0.134 0.192 0.189 0.176 43 G 0.016 0.023 0.015 0.068 0.092 0.119 0.179 0.140 0.159 0.112 0.075 44 N 0.006 0.009 0.011 0.065 0.082 0.101 0.195 0.152 0.156 0.126 0.097 45 I 0.001 0.002 0.004 0.010 0.019 0.031 0.110 0.158 0.216 0.231 0.219 46 F 0.001 0.002 0.008 0.017 0.020 0.022 0.071 0.129 0.220 0.244 0.266 47 F 0.001 0.001 0.009 0.007 0.013 0.023 0.078 0.126 0.230 0.263 0.250 48 T 0.019 0.043 0.077 0.160 0.171 0.153 0.173 0.092 0.061 0.031 0.019 49 S 0.027 0.035 0.043 0.075 0.079 0.112 0.223 0.135 0.135 0.084 0.052 50 I 0.233 0.117 0.060 0.153 0.106 0.086 0.121 0.056 0.036 0.021 0.012 51 D 0.438 0.194 0.089 0.135 0.057 0.037 0.030 0.010 0.006 0.003 0.001 52 S 0.111 0.363 0.085 0.110 0.099 0.088 0.071 0.041 0.020 0.008 0.003 53 K 0.149 0.144 0.055 0.180 0.166 0.142 0.105 0.037 0.015 0.005 0.002 54 A 0.709 0.052 0.132 0.055 0.027 0.013 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 55 Q 0.088 0.097 0.143 0.346 0.176 0.096 0.043 0.009 0.002 0.001 0.001 56 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.019 0.064 0.235 0.352 0.324 57 V 0.001 0.004 0.026 0.064 0.202 0.330 0.285 0.062 0.017 0.008 0.002 58 E 0.015 0.011 0.925 0.039 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 K 0.002 0.006 0.026 0.084 0.118 0.273 0.388 0.087 0.012 0.003 0.001 60 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.038 0.207 0.345 0.400 61 E 0.001 0.006 0.109 0.117 0.250 0.255 0.202 0.036 0.013 0.008 0.002 62 T 0.005 0.012 0.908 0.054 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 63 F 0.001 0.002 0.013 0.019 0.031 0.105 0.398 0.222 0.119 0.061 0.029 64 F 0.001 0.002 0.006 0.003 0.004 0.014 0.090 0.157 0.262 0.269 0.191 65 A 0.010 0.027 0.408 0.196 0.161 0.095 0.066 0.016 0.011 0.008 0.003 66 V 0.023 0.053 0.533 0.173 0.082 0.066 0.050 0.011 0.005 0.003 0.001 67 H 0.059 0.061 0.085 0.129 0.101 0.121 0.205 0.121 0.067 0.038 0.014 68 Y 0.035 0.020 0.012 0.019 0.029 0.076 0.201 0.225 0.173 0.128 0.084 69 P 0.274 0.229 0.226 0.160 0.068 0.026 0.009 0.004 0.003 0.001 0.001 70 F 0.064 0.066 0.056 0.096 0.101 0.121 0.183 0.104 0.085 0.071 0.052 71 I 0.142 0.172 0.049 0.157 0.132 0.102 0.093 0.059 0.046 0.028 0.019 72 Q 0.023 0.032 0.018 0.075 0.076 0.115 0.191 0.128 0.148 0.110 0.082 73 S 0.056 0.074 0.068 0.211 0.191 0.146 0.112 0.064 0.042 0.024 0.012 74 F 0.002 0.003 0.005 0.015 0.022 0.039 0.119 0.155 0.227 0.226 0.188 75 S 0.003 0.006 0.015 0.034 0.045 0.054 0.140 0.165 0.206 0.175 0.157 76 L 0.003 0.004 0.031 0.024 0.024 0.030 0.094 0.117 0.213 0.245 0.215 77 L 0.013 0.025 0.087 0.102 0.115 0.136 0.211 0.118 0.087 0.062 0.043 78 S 0.018 0.124 0.085 0.120 0.105 0.127 0.165 0.121 0.082 0.038 0.016 79 L 0.040 0.045 0.025 0.103 0.130 0.180 0.244 0.117 0.064 0.034 0.017 80 E 0.732 0.083 0.092 0.054 0.022 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 81 D 0.092 0.120 0.084 0.264 0.189 0.131 0.086 0.023 0.008 0.002 0.001 82 F 0.001 0.002 0.005 0.002 0.004 0.011 0.061 0.108 0.231 0.288 0.288 83 E 0.007 0.025 0.093 0.183 0.251 0.222 0.159 0.036 0.014 0.008 0.003 84 A 0.027 0.031 0.767 0.109 0.035 0.018 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 85 E 0.004 0.007 0.028 0.056 0.070 0.132 0.352 0.185 0.089 0.051 0.025 86 L 0.002 0.002 0.004 0.003 0.005 0.014 0.077 0.140 0.248 0.274 0.231 87 E 0.024 0.050 0.327 0.223 0.164 0.095 0.065 0.022 0.015 0.010 0.005 88 N 0.047 0.090 0.408 0.175 0.112 0.081 0.050 0.020 0.009 0.005 0.002 89 L 0.014 0.013 0.009 0.026 0.040 0.085 0.219 0.216 0.174 0.124 0.080 90 P 0.198 0.124 0.050 0.103 0.085 0.094 0.112 0.095 0.074 0.039 0.026 91 A 0.134 0.100 0.124 0.174 0.130 0.094 0.089 0.053 0.049 0.032 0.021 92 W 0.118 0.097 0.085 0.133 0.119 0.103 0.129 0.072 0.063 0.046 0.036 93 W 0.060 0.069 0.031 0.118 0.099 0.105 0.185 0.112 0.100 0.070 0.051 94 S 0.188 0.162 0.107 0.168 0.110 0.079 0.077 0.044 0.033 0.021 0.012 95 R 0.199 0.134 0.081 0.162 0.125 0.101 0.092 0.046 0.032 0.018 0.010 96 D 0.410 0.183 0.093 0.112 0.077 0.051 0.034 0.018 0.013 0.006 0.002 97 L 0.177 0.123 0.055 0.128 0.110 0.107 0.126 0.075 0.050 0.029 0.018 98 A 0.230 0.208 0.112 0.130 0.099 0.077 0.062 0.038 0.025 0.012 0.006 99 R 0.109 0.118 0.105 0.182 0.137 0.113 0.105 0.055 0.038 0.024 0.014 100 K 0.140 0.123 0.122 0.168 0.141 0.119 0.089 0.044 0.030 0.016 0.008 101 D 0.040 0.050 0.060 0.150 0.137 0.146 0.168 0.096 0.078 0.049 0.026 102 F 0.007 0.012 0.023 0.047 0.062 0.099 0.195 0.163 0.160 0.137 0.094 103 L 0.004 0.008 0.023 0.049 0.059 0.082 0.167 0.166 0.176 0.154 0.112 104 F 0.003 0.005 0.024 0.028 0.039 0.057 0.134 0.157 0.188 0.196 0.168 105 Y 0.005 0.011 0.023 0.051 0.062 0.073 0.160 0.165 0.172 0.152 0.126 106 T 0.009 0.010 0.018 0.027 0.034 0.047 0.113 0.138 0.207 0.210 0.186 107 E 0.066 0.072 0.054 0.148 0.145 0.131 0.159 0.084 0.071 0.043 0.027 108 G 0.218 0.135 0.094 0.168 0.120 0.085 0.081 0.041 0.032 0.017 0.008 109 L 0.153 0.071 0.032 0.089 0.087 0.105 0.173 0.106 0.085 0.058 0.042 110 D 0.273 0.300 0.082 0.129 0.075 0.053 0.042 0.023 0.014 0.006 0.003 111 V 0.104 0.133 0.060 0.140 0.123 0.117 0.149 0.079 0.048 0.029 0.019 112 D 0.522 0.153 0.087 0.101 0.067 0.035 0.020 0.009 0.005 0.002 0.001 113 Q 0.417 0.156 0.113 0.154 0.080 0.043 0.022 0.008 0.005 0.002 0.001 114 V 0.070 0.103 0.092 0.113 0.106 0.122 0.159 0.101 0.076 0.039 0.018 115 I 0.014 0.021 0.044 0.077 0.098 0.139 0.258 0.138 0.101 0.070 0.040 116 A 0.067 0.071 0.505 0.177 0.082 0.048 0.029 0.011 0.006 0.003 0.001 117 T 0.032 0.082 0.239 0.224 0.146 0.127 0.092 0.039 0.013 0.005 0.001 118 V 0.006 0.006 0.019 0.013 0.022 0.059 0.181 0.190 0.209 0.176 0.118 119 E 0.108 0.113 0.216 0.255 0.139 0.082 0.057 0.016 0.008 0.004 0.001 120 S 0.111 0.094 0.439 0.173 0.089 0.049 0.027 0.010 0.005 0.002 0.001 121 L 0.030 0.020 0.051 0.036 0.046 0.097 0.233 0.166 0.142 0.103 0.074 122 E 0.146 0.238 0.147 0.189 0.110 0.083 0.055 0.020 0.009 0.003 0.001 123 L 0.087 0.105 0.235 0.147 0.099 0.089 0.098 0.060 0.039 0.028 0.014 124 K 0.269 0.196 0.137 0.149 0.102 0.071 0.045 0.018 0.007 0.003 0.001 125 D 0.322 0.154 0.108 0.142 0.093 0.075 0.050 0.026 0.020 0.008 0.003 126 E 0.083 0.064 0.092 0.124 0.121 0.124 0.149 0.083 0.074 0.052 0.032 127 V 0.032 0.045 0.087 0.150 0.129 0.141 0.195 0.088 0.069 0.042 0.024 128 L 0.013 0.018 0.108 0.084 0.073 0.094 0.165 0.119 0.125 0.123 0.079 129 Y 0.016 0.032 0.092 0.105 0.104 0.135 0.196 0.135 0.085 0.063 0.039 130 F 0.015 0.025 0.040 0.052 0.054 0.079 0.148 0.166 0.167 0.146 0.109 131 G 0.072 0.073 0.051 0.098 0.108 0.123 0.144 0.113 0.099 0.069 0.049 132 K 0.180 0.156 0.084 0.173 0.134 0.098 0.069 0.038 0.037 0.020 0.011 133 L 0.037 0.038 0.020 0.082 0.103 0.134 0.196 0.115 0.121 0.090 0.065 134 G 0.020 0.024 0.019 0.072 0.077 0.096 0.176 0.132 0.151 0.126 0.106 135 I 0.004 0.007 0.015 0.038 0.046 0.065 0.158 0.147 0.174 0.182 0.163 136 F 0.003 0.007 0.022 0.034 0.043 0.053 0.121 0.145 0.180 0.200 0.192 137 W 0.002 0.004 0.010 0.019 0.028 0.042 0.116 0.138 0.215 0.220 0.206 138 G 0.025 0.022 0.049 0.075 0.085 0.091 0.157 0.123 0.152 0.125 0.096 139 K 0.037 0.046 0.048 0.114 0.106 0.113 0.188 0.109 0.105 0.077 0.057 140 F 0.048 0.062 0.033 0.081 0.081 0.096 0.187 0.132 0.121 0.091 0.068 141 S 0.159 0.120 0.048 0.130 0.108 0.099 0.135 0.077 0.057 0.039 0.027 142 E 0.465 0.189 0.087 0.116 0.070 0.036 0.020 0.009 0.006 0.002 0.001 143 E 0.372 0.152 0.066 0.119 0.097 0.071 0.060 0.029 0.020 0.009 0.005 144 S 0.185 0.129 0.051 0.109 0.101 0.097 0.127 0.080 0.061 0.036 0.024 145 Y 0.133 0.131 0.097 0.164 0.129 0.110 0.105 0.056 0.040 0.022 0.013 146 S 0.139 0.121 0.202 0.172 0.118 0.090 0.072 0.036 0.025 0.015 0.008 147 K 0.065 0.078 0.080 0.155 0.144 0.152 0.155 0.081 0.049 0.027 0.013 148 T 0.063 0.052 0.068 0.096 0.091 0.111 0.158 0.123 0.119 0.076 0.043 149 A 0.060 0.057 0.081 0.133 0.114 0.124 0.164 0.104 0.076 0.053 0.033 150 Y 0.037 0.074 0.106 0.142 0.121 0.120 0.148 0.094 0.076 0.051 0.031 151 H 0.026 0.043 0.055 0.089 0.085 0.110 0.183 0.130 0.124 0.094 0.060 152 K 0.091 0.078 0.097 0.173 0.161 0.138 0.128 0.056 0.041 0.025 0.012 153 Y 0.143 0.095 0.150 0.193 0.119 0.095 0.098 0.047 0.034 0.019 0.008 154 L 0.040 0.048 0.058 0.108 0.099 0.111 0.193 0.132 0.100 0.071 0.041 155 L 0.024 0.028 0.039 0.040 0.052 0.086 0.179 0.165 0.170 0.132 0.086 156 K 0.108 0.149 0.230 0.237 0.139 0.073 0.039 0.013 0.008 0.004 0.002 157 V 0.159 0.101 0.154 0.141 0.114 0.113 0.109 0.050 0.033 0.019 0.008 158 P 0.220 0.150 0.089 0.150 0.103 0.086 0.094 0.050 0.032 0.017 0.009 159 F 0.112 0.111 0.060 0.114 0.095 0.115 0.160 0.101 0.068 0.042 0.024 160 Y 0.113 0.146 0.149 0.173 0.136 0.101 0.077 0.043 0.031 0.020 0.012 161 R 0.097 0.106 0.112 0.192 0.146 0.132 0.111 0.044 0.033 0.018 0.009 162 H 0.067 0.058 0.065 0.152 0.144 0.146 0.150 0.088 0.068 0.042 0.020 163 I 0.005 0.007 0.010 0.027 0.040 0.074 0.182 0.186 0.184 0.161 0.124 164 T 0.004 0.010 0.024 0.046 0.051 0.062 0.125 0.161 0.189 0.172 0.155 165 I 0.003 0.003 0.017 0.017 0.023 0.036 0.091 0.121 0.206 0.244 0.241 166 R 0.009 0.023 0.046 0.092 0.116 0.123 0.182 0.132 0.117 0.091 0.069 167 N 0.005 0.013 0.013 0.045 0.057 0.089 0.187 0.163 0.186 0.143 0.100 168 A 0.018 0.013 0.016 0.039 0.046 0.068 0.142 0.136 0.193 0.179 0.150 169 K 0.093 0.085 0.077 0.206 0.153 0.127 0.130 0.060 0.037 0.020 0.010 170 T 0.006 0.020 0.022 0.042 0.052 0.066 0.142 0.155 0.187 0.176 0.131 171 F 0.005 0.006 0.007 0.017 0.031 0.066 0.170 0.170 0.204 0.165 0.159 172 D 0.130 0.097 0.204 0.238 0.129 0.078 0.059 0.027 0.021 0.012 0.006 173 K 0.009 0.032 0.041 0.134 0.166 0.185 0.237 0.103 0.049 0.029 0.014 174 I 0.001 0.002 0.004 0.005 0.006 0.012 0.056 0.097 0.243 0.282 0.292 175 G 0.017 0.016 0.039 0.096 0.150 0.183 0.243 0.108 0.076 0.049 0.023 176 Q 0.030 0.051 0.346 0.245 0.135 0.080 0.063 0.025 0.014 0.008 0.003 177 M 0.002 0.004 0.015 0.022 0.027 0.048 0.188 0.174 0.199 0.182 0.140 178 L 0.005 0.005 0.010 0.010 0.019 0.040 0.140 0.202 0.223 0.204 0.140 179 K 0.072 0.129 0.333 0.239 0.128 0.057 0.026 0.009 0.005 0.002 0.001 180 K 0.126 0.098 0.171 0.145 0.130 0.133 0.111 0.046 0.024 0.012 0.005