# TARGET T0299 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0299.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 77 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.539 0.242 0.135 0.063 0.017 0.003 0.001 2 T 0.300 0.290 0.188 0.138 0.069 0.015 0.001 3 R 0.055 0.156 0.183 0.249 0.236 0.109 0.011 4 Y 0.010 0.023 0.049 0.145 0.284 0.403 0.087 5 A 0.010 0.016 0.030 0.077 0.181 0.426 0.259 6 L 0.012 0.008 0.013 0.038 0.116 0.362 0.451 7 L 0.019 0.017 0.024 0.052 0.132 0.374 0.381 8 V 0.014 0.013 0.028 0.059 0.118 0.358 0.410 9 R 0.016 0.038 0.067 0.141 0.198 0.303 0.237 10 G 0.015 0.029 0.060 0.112 0.247 0.337 0.199 11 I 0.034 0.049 0.068 0.118 0.211 0.339 0.183 12 N 0.099 0.102 0.126 0.183 0.190 0.231 0.068 13 V 0.095 0.091 0.105 0.187 0.238 0.230 0.055 14 G 0.148 0.165 0.154 0.197 0.203 0.114 0.019 15 G 0.239 0.257 0.224 0.172 0.078 0.025 0.004 16 K 0.360 0.320 0.173 0.100 0.037 0.009 0.001 17 N 0.233 0.310 0.206 0.156 0.071 0.021 0.002 18 K 0.077 0.191 0.256 0.270 0.154 0.049 0.003 19 V 0.052 0.091 0.136 0.204 0.263 0.225 0.028 20 V 0.052 0.243 0.312 0.279 0.094 0.018 0.001 21 M 0.009 0.054 0.149 0.283 0.346 0.149 0.010 22 A 0.279 0.442 0.207 0.057 0.012 0.003 0.001 23 E 0.062 0.384 0.348 0.162 0.036 0.007 0.001 24 L 0.003 0.008 0.025 0.134 0.482 0.335 0.013 25 R 0.007 0.089 0.275 0.392 0.207 0.029 0.001 26 Q 0.146 0.604 0.194 0.046 0.009 0.001 0.001 27 E 0.011 0.074 0.319 0.450 0.133 0.013 0.001 28 L 0.023 0.038 0.067 0.273 0.452 0.144 0.003 29 T 0.260 0.512 0.176 0.045 0.006 0.001 0.001 30 N 0.587 0.338 0.063 0.011 0.001 0.001 0.001 31 L 0.114 0.291 0.340 0.198 0.051 0.006 0.001 32 G 0.323 0.394 0.178 0.078 0.024 0.003 0.001 33 L 0.121 0.169 0.236 0.301 0.147 0.026 0.001 34 E 0.381 0.388 0.153 0.059 0.017 0.002 0.001 35 K 0.149 0.334 0.287 0.170 0.050 0.009 0.001 36 V 0.049 0.070 0.103 0.237 0.343 0.182 0.016 37 E 0.041 0.148 0.247 0.303 0.193 0.060 0.007 38 S 0.077 0.114 0.121 0.175 0.213 0.233 0.066 39 Y 0.021 0.039 0.073 0.153 0.259 0.317 0.137 40 I 0.018 0.029 0.044 0.104 0.203 0.385 0.218 41 N 0.032 0.078 0.113 0.161 0.193 0.225 0.198 42 S 0.032 0.068 0.088 0.132 0.167 0.267 0.246 43 G 0.019 0.038 0.058 0.119 0.176 0.304 0.285 44 N 0.026 0.055 0.104 0.175 0.254 0.252 0.133 45 I 0.004 0.011 0.031 0.084 0.193 0.443 0.232 46 F 0.008 0.025 0.076 0.201 0.304 0.318 0.068 47 F 0.004 0.009 0.022 0.078 0.276 0.503 0.107 48 T 0.021 0.135 0.341 0.340 0.136 0.025 0.002 49 S 0.062 0.165 0.247 0.305 0.184 0.036 0.001 50 I 0.493 0.361 0.106 0.033 0.006 0.001 0.001 51 D 0.568 0.265 0.108 0.046 0.012 0.002 0.001 52 S 0.703 0.220 0.060 0.015 0.002 0.001 0.001 53 K 0.378 0.335 0.189 0.081 0.015 0.002 0.001 54 A 0.772 0.191 0.031 0.005 0.001 0.001 0.001 55 Q 0.177 0.492 0.252 0.068 0.010 0.001 0.001 56 L 0.005 0.026 0.101 0.356 0.413 0.097 0.001 57 V 0.009 0.141 0.338 0.334 0.152 0.026 0.001 58 E 0.126 0.544 0.252 0.066 0.011 0.002 0.001 59 K 0.004 0.049 0.271 0.483 0.174 0.019 0.001 60 L 0.002 0.003 0.006 0.041 0.303 0.596 0.049 61 E 0.008 0.103 0.288 0.385 0.188 0.027 0.001 62 T 0.042 0.496 0.353 0.089 0.017 0.003 0.001 63 F 0.002 0.024 0.159 0.472 0.285 0.056 0.001 64 F 0.004 0.012 0.028 0.160 0.504 0.282 0.009 65 A 0.131 0.442 0.269 0.123 0.029 0.005 0.001 66 V 0.378 0.473 0.117 0.027 0.005 0.001 0.001 67 H 0.092 0.273 0.301 0.225 0.088 0.020 0.001 68 Y 0.092 0.161 0.255 0.318 0.153 0.020 0.001 69 P 0.485 0.350 0.108 0.043 0.013 0.002 0.001 70 F 0.076 0.195 0.244 0.287 0.157 0.038 0.002 71 I 0.068 0.296 0.348 0.230 0.051 0.007 0.001 72 Q 0.006 0.023 0.057 0.172 0.415 0.302 0.025 73 S 0.009 0.060 0.164 0.348 0.294 0.113 0.012 74 F 0.001 0.003 0.011 0.046 0.153 0.561 0.225 75 S 0.001 0.001 0.005 0.028 0.126 0.599 0.240 76 L 0.001 0.002 0.007 0.027 0.113 0.583 0.267 77 L 0.001 0.010 0.037 0.126 0.306 0.406 0.115 78 S 0.008 0.109 0.243 0.320 0.224 0.086 0.010 79 L 0.012 0.106 0.280 0.344 0.205 0.049 0.003 80 E 0.241 0.528 0.181 0.040 0.009 0.002 0.001 81 D 0.013 0.091 0.251 0.331 0.241 0.067 0.006 82 F 0.003 0.011 0.038 0.164 0.461 0.311 0.012 83 E 0.020 0.272 0.407 0.234 0.059 0.008 0.001 84 A 0.117 0.416 0.301 0.125 0.033 0.007 0.001 85 E 0.014 0.034 0.064 0.171 0.397 0.298 0.021 86 L 0.018 0.033 0.137 0.384 0.306 0.111 0.011 87 E 0.340 0.451 0.158 0.041 0.008 0.002 0.001 88 N 0.308 0.369 0.208 0.081 0.027 0.007 0.001 89 L 0.045 0.086 0.165 0.285 0.260 0.140 0.019 90 P 0.166 0.193 0.202 0.191 0.162 0.077 0.009 91 A 0.187 0.186 0.170 0.216 0.166 0.066 0.008 92 W 0.205 0.271 0.221 0.176 0.096 0.029 0.003 93 W 0.235 0.229 0.198 0.185 0.112 0.037 0.004 94 S 0.392 0.249 0.157 0.118 0.060 0.022 0.003 95 R 0.409 0.250 0.153 0.118 0.053 0.015 0.002 96 D 0.576 0.230 0.104 0.058 0.023 0.008 0.001 97 L 0.535 0.213 0.115 0.080 0.041 0.015 0.002 98 A 0.499 0.228 0.120 0.089 0.048 0.015 0.002 99 R 0.253 0.293 0.227 0.151 0.060 0.014 0.001 100 K 0.109 0.289 0.289 0.212 0.081 0.019 0.001 101 D 0.014 0.059 0.129 0.276 0.337 0.170 0.015 102 F 0.004 0.016 0.046 0.151 0.321 0.393 0.068 103 L 0.002 0.003 0.010 0.038 0.126 0.515 0.305 104 F 0.002 0.002 0.006 0.023 0.081 0.416 0.470 105 Y 0.003 0.008 0.022 0.063 0.168 0.424 0.311 106 T 0.005 0.013 0.033 0.085 0.222 0.434 0.208 107 E 0.017 0.065 0.130 0.234 0.296 0.214 0.043 108 G 0.071 0.202 0.249 0.250 0.158 0.061 0.009 109 L 0.161 0.226 0.234 0.200 0.125 0.049 0.005 110 D 0.345 0.273 0.179 0.124 0.058 0.020 0.002 111 V 0.378 0.274 0.169 0.110 0.051 0.017 0.001 112 D 0.598 0.231 0.100 0.047 0.017 0.005 0.001 113 Q 0.624 0.235 0.087 0.037 0.013 0.004 0.001 114 V 0.439 0.268 0.152 0.091 0.039 0.010 0.001 115 I 0.259 0.228 0.219 0.190 0.084 0.018 0.001 116 A 0.504 0.300 0.121 0.054 0.017 0.004 0.001 117 T 0.381 0.306 0.171 0.095 0.036 0.010 0.001 118 V 0.172 0.156 0.193 0.254 0.172 0.050 0.003 119 E 0.340 0.278 0.189 0.119 0.055 0.018 0.002 120 S 0.443 0.294 0.144 0.077 0.032 0.010 0.001 121 L 0.232 0.203 0.212 0.210 0.111 0.030 0.002 122 E 0.450 0.278 0.149 0.082 0.032 0.008 0.001 123 L 0.477 0.263 0.137 0.085 0.031 0.007 0.001 124 K 0.537 0.258 0.115 0.062 0.022 0.006 0.001 125 D 0.360 0.272 0.175 0.121 0.054 0.015 0.002 126 E 0.148 0.176 0.181 0.228 0.184 0.073 0.010 127 V 0.189 0.254 0.219 0.180 0.102 0.048 0.008 128 L 0.097 0.104 0.127 0.215 0.247 0.178 0.033 129 Y 0.104 0.139 0.166 0.226 0.211 0.132 0.022 130 F 0.097 0.094 0.116 0.202 0.261 0.197 0.034 131 G 0.167 0.225 0.210 0.205 0.129 0.056 0.008 132 K 0.191 0.283 0.217 0.172 0.094 0.039 0.005 133 L 0.039 0.141 0.229 0.300 0.196 0.084 0.010 134 G 0.010 0.030 0.075 0.188 0.339 0.312 0.047 135 I 0.005 0.010 0.024 0.072 0.184 0.468 0.238 136 F 0.004 0.004 0.012 0.039 0.110 0.441 0.390 137 W 0.002 0.002 0.006 0.020 0.074 0.400 0.496 138 G 0.004 0.014 0.039 0.096 0.216 0.413 0.217 139 K 0.007 0.021 0.054 0.140 0.296 0.369 0.114 140 F 0.036 0.117 0.186 0.250 0.235 0.146 0.030 141 S 0.097 0.192 0.234 0.244 0.159 0.066 0.009 142 E 0.307 0.312 0.185 0.109 0.058 0.025 0.004 143 E 0.212 0.198 0.206 0.200 0.124 0.052 0.007 144 S 0.275 0.214 0.185 0.158 0.110 0.051 0.007 145 Y 0.265 0.226 0.176 0.164 0.108 0.051 0.009 146 S 0.294 0.234 0.173 0.141 0.094 0.052 0.012 147 K 0.243 0.232 0.175 0.160 0.108 0.066 0.017 148 T 0.170 0.145 0.153 0.188 0.175 0.133 0.036 149 A 0.293 0.202 0.152 0.146 0.117 0.075 0.016 150 Y 0.273 0.235 0.171 0.149 0.100 0.058 0.013 151 H 0.208 0.167 0.165 0.193 0.162 0.090 0.015 152 K 0.323 0.251 0.181 0.134 0.072 0.034 0.006 153 Y 0.373 0.273 0.159 0.108 0.058 0.026 0.004 154 L 0.218 0.202 0.176 0.186 0.141 0.067 0.009 155 L 0.194 0.172 0.180 0.218 0.158 0.068 0.009 156 K 0.417 0.303 0.148 0.083 0.035 0.012 0.002 157 V 0.283 0.268 0.202 0.152 0.072 0.021 0.002 158 P 0.270 0.250 0.186 0.164 0.099 0.029 0.002 159 F 0.142 0.193 0.242 0.244 0.137 0.039 0.003 160 Y 0.290 0.315 0.203 0.127 0.050 0.013 0.001 161 R 0.107 0.175 0.193 0.236 0.193 0.085 0.011 162 H 0.099 0.176 0.217 0.237 0.174 0.086 0.012 163 I 0.028 0.029 0.051 0.129 0.241 0.382 0.141 164 T 0.033 0.041 0.066 0.148 0.239 0.329 0.143 165 I 0.046 0.056 0.078 0.112 0.197 0.330 0.181 166 R 0.033 0.059 0.080 0.157 0.216 0.277 0.178 167 N 0.051 0.083 0.098 0.160 0.211 0.269 0.127 168 A 0.047 0.105 0.166 0.224 0.236 0.171 0.052 169 K 0.136 0.235 0.214 0.213 0.132 0.060 0.010 170 T 0.036 0.064 0.104 0.200 0.284 0.255 0.058 171 F 0.038 0.049 0.062 0.138 0.283 0.359 0.070 172 D 0.137 0.328 0.285 0.170 0.063 0.016 0.002 173 K 0.087 0.166 0.273 0.281 0.141 0.048 0.005 174 I 0.065 0.051 0.050 0.127 0.328 0.349 0.029 175 G 0.079 0.138 0.261 0.329 0.160 0.032 0.002 176 Q 0.326 0.447 0.174 0.043 0.008 0.001 0.001 177 M 0.130 0.201 0.293 0.279 0.088 0.008 0.001 178 L 0.094 0.135 0.233 0.340 0.173 0.024 0.001 179 K 0.621 0.296 0.066 0.014 0.002 0.001 0.001 180 K 0.787 0.178 0.027 0.006 0.001 0.001 0.001