# TARGET T0299 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0299.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 50.2483 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.004 0.001 0.001 0.008 0.041 0.945 2 T 0.089 0.004 0.002 0.024 0.057 0.824 3 R 0.427 0.007 0.006 0.049 0.100 0.412 4 Y 0.908 0.002 0.003 0.010 0.028 0.049 5 A 0.975 0.001 0.001 0.007 0.006 0.011 6 L 0.982 0.001 0.001 0.007 0.004 0.005 7 L 0.942 0.001 0.001 0.031 0.010 0.015 8 V 0.810 0.003 0.003 0.065 0.042 0.077 9 R 0.540 0.011 0.022 0.118 0.134 0.175 10 G 0.369 0.008 0.085 0.092 0.208 0.238 11 I 0.287 0.063 0.101 0.082 0.198 0.269 12 N 0.200 0.030 0.075 0.068 0.563 0.064 13 V 0.059 0.012 0.028 0.062 0.741 0.097 14 G 0.019 0.011 0.019 0.068 0.700 0.184 15 G 0.034 0.020 0.015 0.019 0.850 0.062 16 K 0.016 0.005 0.055 0.032 0.699 0.192 17 N 0.026 0.004 0.111 0.034 0.650 0.175 18 K 0.276 0.040 0.078 0.059 0.345 0.204 19 V 0.326 0.058 0.007 0.022 0.102 0.485 20 V 0.260 0.042 0.003 0.021 0.051 0.622 21 M 0.005 0.001 0.036 0.909 0.019 0.031 22 A 0.001 0.001 0.023 0.959 0.012 0.005 23 E 0.001 0.001 0.021 0.969 0.008 0.001 24 L 0.001 0.001 0.005 0.991 0.002 0.001 25 R 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 26 Q 0.001 0.001 0.003 0.993 0.003 0.001 27 E 0.001 0.001 0.002 0.992 0.004 0.002 28 L 0.001 0.001 0.009 0.977 0.011 0.001 29 T 0.001 0.001 0.024 0.956 0.015 0.003 30 N 0.001 0.001 0.015 0.967 0.013 0.005 31 L 0.001 0.001 0.016 0.908 0.013 0.062 32 G 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.978 33 L 0.009 0.007 0.267 0.104 0.333 0.280 34 E 0.022 0.001 0.351 0.096 0.429 0.100 35 K 0.047 0.003 0.443 0.147 0.318 0.043 36 V 0.450 0.011 0.049 0.129 0.237 0.124 37 E 0.720 0.005 0.009 0.069 0.069 0.128 38 S 0.901 0.003 0.003 0.038 0.022 0.034 39 Y 0.947 0.003 0.002 0.023 0.011 0.015 40 I 0.927 0.005 0.002 0.020 0.021 0.025 41 N 0.804 0.005 0.005 0.021 0.096 0.069 42 S 0.533 0.003 0.006 0.014 0.229 0.216 43 G 0.412 0.006 0.011 0.011 0.312 0.248 44 N 0.619 0.014 0.013 0.013 0.160 0.180 45 I 0.747 0.010 0.022 0.019 0.101 0.100 46 F 0.787 0.014 0.013 0.020 0.080 0.086 47 F 0.679 0.022 0.013 0.020 0.086 0.180 48 T 0.360 0.018 0.009 0.013 0.266 0.334 49 S 0.141 0.010 0.009 0.014 0.378 0.448 50 I 0.045 0.012 0.059 0.132 0.447 0.305 51 D 0.033 0.024 0.049 0.170 0.421 0.303 52 S 0.011 0.010 0.047 0.312 0.310 0.311 53 K 0.001 0.001 0.029 0.944 0.017 0.011 54 A 0.001 0.001 0.015 0.976 0.007 0.003 55 Q 0.001 0.001 0.019 0.969 0.009 0.002 56 L 0.001 0.001 0.006 0.985 0.005 0.003 57 V 0.001 0.001 0.002 0.993 0.002 0.002 58 E 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.002 59 K 0.001 0.001 0.002 0.993 0.003 0.002 60 L 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 61 E 0.001 0.001 0.003 0.994 0.002 0.001 62 T 0.001 0.001 0.003 0.991 0.004 0.002 63 F 0.001 0.001 0.004 0.982 0.008 0.006 64 F 0.001 0.001 0.004 0.982 0.009 0.005 65 A 0.001 0.001 0.008 0.969 0.018 0.004 66 V 0.001 0.001 0.007 0.956 0.026 0.011 67 H 0.003 0.002 0.005 0.882 0.048 0.060 68 Y 0.012 0.004 0.018 0.237 0.318 0.411 69 P 0.024 0.005 0.059 0.048 0.434 0.429 70 F 0.105 0.012 0.109 0.035 0.441 0.299 71 I 0.302 0.026 0.036 0.016 0.312 0.307 72 Q 0.461 0.005 0.008 0.009 0.196 0.321 73 S 0.648 0.002 0.004 0.006 0.100 0.240 74 F 0.965 0.002 0.001 0.002 0.010 0.020 75 S 0.982 0.002 0.001 0.001 0.004 0.010 76 L 0.965 0.003 0.001 0.001 0.007 0.023 77 L 0.722 0.007 0.001 0.002 0.042 0.226 78 S 0.092 0.002 0.001 0.001 0.050 0.854 79 L 0.002 0.001 0.075 0.865 0.030 0.028 80 E 0.001 0.001 0.070 0.910 0.014 0.004 81 D 0.001 0.001 0.045 0.946 0.008 0.001 82 F 0.001 0.001 0.011 0.986 0.002 0.001 83 E 0.001 0.001 0.004 0.994 0.001 0.001 84 A 0.001 0.001 0.006 0.990 0.003 0.001 85 E 0.001 0.001 0.009 0.985 0.004 0.002 86 L 0.001 0.001 0.037 0.947 0.014 0.002 87 E 0.001 0.001 0.030 0.920 0.040 0.009 88 N 0.001 0.001 0.028 0.857 0.040 0.074 89 L 0.001 0.002 0.007 0.041 0.263 0.686 90 P 0.001 0.002 0.163 0.152 0.371 0.311 91 A 0.013 0.006 0.332 0.090 0.410 0.149 92 W 0.019 0.013 0.450 0.155 0.298 0.066 93 W 0.054 0.014 0.223 0.256 0.281 0.172 94 S 0.093 0.019 0.104 0.223 0.322 0.240 95 R 0.071 0.013 0.064 0.144 0.370 0.337 96 D 0.064 0.012 0.046 0.061 0.504 0.313 97 L 0.042 0.004 0.156 0.051 0.575 0.171 98 A 0.082 0.006 0.159 0.036 0.447 0.270 99 R 0.310 0.013 0.095 0.017 0.328 0.238 100 K 0.543 0.004 0.016 0.006 0.158 0.272 101 D 0.899 0.002 0.002 0.002 0.024 0.070 102 F 0.981 0.001 0.001 0.001 0.005 0.012 103 L 0.987 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 104 F 0.975 0.002 0.001 0.001 0.004 0.017 105 Y 0.797 0.006 0.001 0.003 0.042 0.151 106 T 0.407 0.007 0.010 0.005 0.291 0.280 107 E 0.111 0.008 0.027 0.009 0.502 0.343 108 G 0.036 0.017 0.026 0.013 0.508 0.399 109 L 0.043 0.038 0.007 0.013 0.345 0.554 110 D 0.020 0.017 0.002 0.013 0.140 0.807 111 V 0.002 0.001 0.058 0.823 0.067 0.049 112 D 0.002 0.001 0.046 0.890 0.045 0.017 113 Q 0.002 0.001 0.035 0.923 0.034 0.006 114 V 0.005 0.001 0.015 0.943 0.020 0.016 115 I 0.005 0.001 0.010 0.957 0.015 0.012 116 A 0.005 0.001 0.015 0.946 0.017 0.016 117 T 0.006 0.001 0.013 0.925 0.022 0.033 118 V 0.012 0.003 0.025 0.870 0.044 0.046 119 E 0.010 0.002 0.042 0.815 0.068 0.064 120 S 0.016 0.002 0.065 0.702 0.107 0.108 121 L 0.021 0.005 0.073 0.570 0.138 0.192 122 E 0.028 0.011 0.043 0.405 0.188 0.326 123 L 0.029 0.005 0.051 0.294 0.304 0.316 124 K 0.048 0.004 0.039 0.070 0.372 0.467 125 D 0.132 0.004 0.040 0.052 0.378 0.395 126 E 0.545 0.007 0.027 0.047 0.176 0.198 127 V 0.868 0.005 0.005 0.033 0.031 0.057 128 L 0.943 0.002 0.001 0.021 0.010 0.023 129 Y 0.949 0.002 0.001 0.012 0.014 0.022 130 F 0.886 0.004 0.002 0.016 0.041 0.051 131 G 0.580 0.008 0.006 0.007 0.254 0.144 132 K 0.278 0.002 0.019 0.011 0.548 0.142 133 L 0.424 0.003 0.019 0.007 0.399 0.148 134 G 0.937 0.004 0.002 0.002 0.030 0.026 135 I 0.978 0.002 0.001 0.002 0.006 0.012 136 F 0.978 0.003 0.001 0.003 0.006 0.010 137 W 0.898 0.003 0.002 0.010 0.031 0.055 138 G 0.635 0.003 0.007 0.012 0.162 0.181 139 K 0.523 0.008 0.022 0.017 0.221 0.210 140 F 0.464 0.067 0.021 0.021 0.158 0.270 141 S 0.256 0.031 0.021 0.029 0.500 0.163 142 E 0.025 0.004 0.112 0.094 0.664 0.101 143 E 0.013 0.003 0.146 0.120 0.627 0.092 144 S 0.031 0.007 0.137 0.084 0.655 0.085 145 Y 0.048 0.015 0.099 0.218 0.360 0.259 146 S 0.118 0.049 0.079 0.158 0.238 0.359 147 K 0.107 0.021 0.061 0.285 0.198 0.328 148 T 0.097 0.009 0.015 0.255 0.149 0.475 149 A 0.040 0.003 0.014 0.819 0.067 0.057 150 Y 0.037 0.004 0.016 0.859 0.052 0.033 151 H 0.035 0.004 0.027 0.831 0.067 0.037 152 K 0.033 0.001 0.083 0.809 0.046 0.027 153 Y 0.029 0.002 0.080 0.815 0.039 0.034 154 L 0.068 0.005 0.061 0.694 0.069 0.102 155 L 0.116 0.010 0.022 0.500 0.099 0.252 156 K 0.219 0.025 0.017 0.270 0.129 0.339 157 V 0.198 0.012 0.023 0.128 0.198 0.441 158 P 0.154 0.025 0.027 0.090 0.318 0.387 159 F 0.126 0.027 0.034 0.079 0.312 0.422 160 Y 0.084 0.009 0.018 0.045 0.345 0.500 161 R 0.208 0.012 0.017 0.062 0.301 0.400 162 H 0.307 0.013 0.015 0.102 0.181 0.382 163 I 0.531 0.022 0.018 0.126 0.121 0.183 164 T 0.571 0.018 0.024 0.144 0.089 0.154 165 I 0.302 0.010 0.080 0.398 0.103 0.108 166 R 0.193 0.010 0.079 0.447 0.122 0.149 167 N 0.072 0.007 0.060 0.609 0.097 0.156 168 A 0.007 0.001 0.029 0.898 0.035 0.030 169 K 0.004 0.001 0.021 0.938 0.021 0.015 170 T 0.003 0.001 0.013 0.965 0.012 0.006 171 F 0.001 0.001 0.004 0.986 0.006 0.003 172 D 0.001 0.001 0.003 0.991 0.004 0.002 173 K 0.001 0.001 0.002 0.992 0.004 0.001 174 I 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.001 175 G 0.001 0.001 0.003 0.994 0.002 0.001 176 Q 0.001 0.001 0.006 0.985 0.006 0.002 177 M 0.001 0.001 0.008 0.958 0.012 0.022 178 L 0.001 0.001 0.008 0.907 0.021 0.063 179 K 0.001 0.001 0.003 0.524 0.037 0.434 180 K 0.001 0.001 0.001 0.007 0.012 0.981