# TARGET T0299 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-o_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0299.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 50.2483 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.012 0.032 0.002 0.061 0.039 0.052 0.157 0.004 0.001 0.038 0.603 2 T 0.007 0.030 0.001 0.080 0.039 0.058 0.117 0.002 0.001 0.105 0.562 3 R 0.001 0.041 0.002 0.379 0.148 0.133 0.043 0.001 0.001 0.099 0.152 4 Y 0.002 0.014 0.001 0.376 0.105 0.204 0.017 0.001 0.001 0.203 0.078 5 A 0.001 0.013 0.001 0.604 0.160 0.083 0.011 0.001 0.001 0.042 0.082 6 L 0.003 0.003 0.002 0.672 0.102 0.093 0.014 0.001 0.001 0.067 0.041 7 L 0.039 0.011 0.002 0.405 0.093 0.162 0.042 0.005 0.001 0.108 0.130 8 V 0.102 0.009 0.002 0.223 0.063 0.107 0.107 0.003 0.002 0.064 0.318 9 R 0.026 0.008 0.001 0.136 0.088 0.164 0.128 0.003 0.001 0.044 0.401 10 G 0.011 0.005 0.001 0.140 0.076 0.122 0.147 0.002 0.001 0.047 0.447 11 I 0.029 0.005 0.003 0.165 0.138 0.093 0.136 0.006 0.001 0.090 0.333 12 N 0.087 0.018 0.004 0.166 0.044 0.067 0.129 0.004 0.002 0.108 0.369 13 V 0.105 0.027 0.004 0.081 0.025 0.056 0.131 0.004 0.002 0.086 0.479 14 G 0.075 0.063 0.003 0.075 0.017 0.044 0.139 0.006 0.002 0.063 0.512 15 G 0.149 0.261 0.003 0.029 0.015 0.032 0.117 0.013 0.002 0.056 0.325 16 K 0.086 0.280 0.003 0.028 0.028 0.035 0.119 0.010 0.001 0.060 0.350 17 N 0.037 0.565 0.002 0.013 0.020 0.036 0.061 0.008 0.001 0.023 0.233 18 K 0.027 0.662 0.002 0.013 0.018 0.021 0.036 0.005 0.001 0.037 0.179 19 V 0.015 0.806 0.006 0.007 0.008 0.009 0.021 0.005 0.001 0.040 0.083 20 V 0.009 0.911 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.003 0.001 0.031 0.032 21 M 0.005 0.949 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.027 0.013 22 A 0.009 0.912 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.054 0.015 23 E 0.001 0.951 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.026 0.014 24 L 0.005 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.005 25 R 0.005 0.173 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.799 0.016 26 Q 0.003 0.163 0.005 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.789 0.030 27 E 0.035 0.779 0.026 0.001 0.001 0.001 0.011 0.017 0.006 0.072 0.053 28 L 0.067 0.080 0.430 0.001 0.001 0.001 0.009 0.025 0.259 0.045 0.084 29 T 0.478 0.107 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.006 0.001 0.010 0.359 30 N 0.060 0.049 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.004 0.002 0.015 0.825 31 L 0.057 0.039 0.030 0.008 0.001 0.002 0.174 0.006 0.007 0.040 0.634 32 G 0.041 0.061 0.002 0.008 0.004 0.006 0.139 0.005 0.001 0.037 0.695 33 L 0.087 0.068 0.002 0.011 0.008 0.007 0.138 0.004 0.001 0.043 0.632 34 E 0.029 0.074 0.002 0.118 0.026 0.043 0.156 0.005 0.001 0.122 0.425 35 K 0.016 0.090 0.002 0.124 0.031 0.074 0.110 0.004 0.001 0.134 0.413 36 V 0.014 0.107 0.003 0.192 0.117 0.118 0.079 0.007 0.001 0.056 0.306 37 E 0.010 0.035 0.002 0.252 0.118 0.184 0.036 0.002 0.001 0.219 0.144 38 S 0.005 0.025 0.003 0.276 0.130 0.173 0.038 0.002 0.001 0.159 0.189 39 Y 0.021 0.017 0.006 0.285 0.135 0.165 0.050 0.003 0.002 0.146 0.169 40 I 0.031 0.005 0.010 0.201 0.144 0.189 0.068 0.002 0.005 0.133 0.213 41 N 0.049 0.010 0.002 0.132 0.103 0.206 0.092 0.004 0.002 0.092 0.308 42 S 0.118 0.016 0.003 0.082 0.036 0.089 0.142 0.008 0.002 0.079 0.424 43 G 0.017 0.007 0.002 0.110 0.087 0.165 0.161 0.006 0.001 0.074 0.371 44 N 0.007 0.005 0.001 0.148 0.093 0.219 0.106 0.002 0.001 0.123 0.296 45 I 0.006 0.002 0.001 0.267 0.133 0.154 0.083 0.001 0.001 0.087 0.266 46 F 0.007 0.003 0.002 0.298 0.135 0.217 0.066 0.001 0.001 0.070 0.201 47 F 0.024 0.004 0.002 0.182 0.095 0.181 0.086 0.001 0.001 0.112 0.312 48 T 0.057 0.010 0.002 0.100 0.037 0.075 0.139 0.003 0.002 0.114 0.461 49 S 0.081 0.035 0.002 0.023 0.007 0.015 0.151 0.005 0.002 0.075 0.604 50 I 0.094 0.086 0.002 0.013 0.006 0.009 0.121 0.005 0.001 0.088 0.574 51 D 0.041 0.241 0.003 0.009 0.004 0.007 0.093 0.006 0.001 0.102 0.493 52 S 0.032 0.713 0.001 0.001 0.002 0.002 0.020 0.006 0.001 0.103 0.120 53 K 0.008 0.950 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.015 0.021 54 A 0.005 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 0.010 55 Q 0.002 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.010 0.007 56 L 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 57 V 0.002 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.003 58 E 0.002 0.121 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.870 0.004 59 K 0.002 0.676 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.292 0.018 60 L 0.002 0.980 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.007 61 E 0.011 0.952 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.010 0.019 62 T 0.016 0.774 0.003 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.003 0.066 0.125 63 F 0.068 0.327 0.145 0.001 0.001 0.001 0.031 0.029 0.073 0.233 0.092 64 F 0.408 0.093 0.115 0.003 0.001 0.001 0.024 0.063 0.086 0.103 0.104 65 A 0.196 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.074 0.001 0.004 0.023 0.687 66 V 0.019 0.004 0.001 0.004 0.001 0.002 0.095 0.001 0.001 0.011 0.864 67 H 0.017 0.003 0.002 0.008 0.001 0.003 0.147 0.004 0.001 0.036 0.778 68 Y 0.068 0.001 0.001 0.007 0.012 0.016 0.167 0.027 0.001 0.071 0.628 69 P 0.053 0.001 0.001 0.025 0.004 0.013 0.098 0.001 0.001 0.028 0.776 70 F 0.015 0.001 0.001 0.056 0.019 0.046 0.101 0.001 0.001 0.030 0.730 71 I 0.013 0.002 0.001 0.153 0.036 0.039 0.138 0.001 0.001 0.036 0.580 72 Q 0.002 0.001 0.001 0.219 0.101 0.099 0.116 0.002 0.001 0.032 0.428 73 S 0.001 0.001 0.001 0.541 0.100 0.153 0.029 0.001 0.001 0.041 0.134 74 F 0.001 0.001 0.001 0.507 0.111 0.188 0.021 0.001 0.001 0.032 0.139 75 S 0.001 0.001 0.001 0.505 0.186 0.173 0.015 0.001 0.001 0.030 0.089 76 L 0.004 0.002 0.001 0.377 0.160 0.154 0.033 0.001 0.001 0.097 0.171 77 L 0.002 0.008 0.001 0.250 0.092 0.107 0.067 0.002 0.001 0.097 0.374 78 S 0.059 0.606 0.002 0.021 0.010 0.014 0.036 0.010 0.002 0.078 0.161 79 L 0.064 0.786 0.004 0.004 0.001 0.002 0.010 0.006 0.001 0.046 0.076 80 E 0.020 0.601 0.003 0.003 0.003 0.004 0.023 0.003 0.001 0.195 0.144 81 D 0.005 0.944 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.016 0.025 82 F 0.012 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.002 0.012 83 E 0.016 0.725 0.003 0.002 0.001 0.001 0.007 0.003 0.001 0.189 0.051 84 A 0.033 0.500 0.039 0.003 0.001 0.001 0.030 0.005 0.015 0.262 0.110 85 E 0.264 0.255 0.038 0.006 0.001 0.002 0.041 0.073 0.013 0.193 0.114 86 L 0.325 0.045 0.020 0.016 0.002 0.005 0.080 0.011 0.019 0.110 0.367 87 E 0.019 0.016 0.001 0.013 0.002 0.005 0.126 0.001 0.001 0.013 0.806 88 N 0.019 0.017 0.002 0.008 0.002 0.005 0.104 0.004 0.001 0.018 0.821 89 L 0.340 0.019 0.002 0.008 0.006 0.007 0.132 0.036 0.001 0.121 0.328 90 P 0.100 0.017 0.002 0.014 0.001 0.005 0.097 0.002 0.001 0.038 0.722 91 A 0.059 0.030 0.004 0.017 0.004 0.016 0.109 0.005 0.001 0.033 0.723 92 W 0.260 0.049 0.003 0.012 0.009 0.013 0.075 0.006 0.002 0.047 0.523 93 W 0.103 0.037 0.001 0.011 0.011 0.020 0.103 0.010 0.001 0.048 0.654 94 S 0.074 0.051 0.002 0.010 0.011 0.020 0.093 0.002 0.001 0.033 0.702 95 R 0.060 0.026 0.006 0.012 0.016 0.025 0.111 0.005 0.002 0.040 0.695 96 D 0.225 0.026 0.002 0.008 0.025 0.030 0.113 0.011 0.001 0.064 0.495 97 L 0.118 0.013 0.003 0.017 0.015 0.028 0.119 0.003 0.001 0.054 0.629 98 A 0.018 0.007 0.001 0.028 0.032 0.067 0.144 0.001 0.001 0.040 0.660 99 R 0.008 0.006 0.001 0.060 0.102 0.138 0.150 0.002 0.001 0.061 0.471 100 K 0.002 0.006 0.001 0.127 0.155 0.192 0.104 0.001 0.001 0.069 0.343 101 D 0.001 0.003 0.001 0.270 0.198 0.333 0.027 0.001 0.001 0.073 0.095 102 F 0.001 0.001 0.001 0.273 0.209 0.279 0.019 0.001 0.001 0.114 0.104 103 L 0.001 0.001 0.001 0.437 0.226 0.212 0.014 0.001 0.001 0.048 0.059 104 F 0.010 0.002 0.002 0.313 0.172 0.271 0.035 0.001 0.001 0.088 0.106 105 Y 0.031 0.002 0.002 0.218 0.131 0.221 0.065 0.004 0.002 0.096 0.228 106 T 0.226 0.011 0.001 0.051 0.029 0.063 0.109 0.004 0.002 0.060 0.443 107 E 0.054 0.005 0.001 0.026 0.021 0.046 0.145 0.006 0.001 0.048 0.647 108 G 0.034 0.015 0.001 0.014 0.014 0.018 0.123 0.001 0.001 0.031 0.747 109 L 0.008 0.030 0.001 0.015 0.024 0.027 0.133 0.006 0.001 0.035 0.720 110 D 0.042 0.667 0.001 0.003 0.005 0.004 0.037 0.006 0.001 0.029 0.206 111 V 0.020 0.937 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.001 0.004 0.027 112 D 0.033 0.879 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.001 0.024 0.053 113 Q 0.008 0.365 0.005 0.002 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.550 0.051 114 V 0.013 0.915 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.008 0.001 0.025 0.028 115 I 0.030 0.864 0.005 0.002 0.001 0.001 0.005 0.011 0.001 0.026 0.054 116 A 0.034 0.536 0.014 0.005 0.002 0.002 0.027 0.004 0.006 0.201 0.170 117 T 0.054 0.728 0.004 0.001 0.001 0.002 0.024 0.009 0.002 0.047 0.129 118 V 0.116 0.540 0.044 0.003 0.001 0.003 0.024 0.043 0.018 0.064 0.145 119 E 0.170 0.390 0.023 0.006 0.001 0.003 0.059 0.011 0.018 0.036 0.284 120 S 0.114 0.139 0.003 0.004 0.002 0.005 0.080 0.007 0.002 0.027 0.618 121 L 0.169 0.037 0.004 0.007 0.004 0.006 0.107 0.007 0.002 0.065 0.593 122 E 0.033 0.027 0.004 0.021 0.004 0.012 0.137 0.002 0.002 0.030 0.729 123 L 0.031 0.064 0.004 0.013 0.003 0.008 0.071 0.002 0.002 0.014 0.788 124 K 0.211 0.294 0.003 0.009 0.008 0.008 0.070 0.028 0.001 0.054 0.312 125 D 0.197 0.319 0.004 0.009 0.004 0.006 0.053 0.012 0.002 0.050 0.343 126 E 0.127 0.255 0.004 0.037 0.026 0.059 0.071 0.010 0.001 0.049 0.361 127 V 0.063 0.090 0.005 0.047 0.056 0.118 0.096 0.005 0.002 0.065 0.454 128 L 0.079 0.034 0.010 0.085 0.100 0.102 0.117 0.006 0.004 0.078 0.387 129 Y 0.151 0.016 0.006 0.074 0.076 0.101 0.106 0.006 0.003 0.054 0.407 130 F 0.111 0.007 0.002 0.030 0.034 0.084 0.119 0.005 0.002 0.033 0.573 131 G 0.047 0.009 0.002 0.040 0.026 0.072 0.135 0.005 0.001 0.037 0.627 132 K 0.010 0.010 0.002 0.055 0.075 0.150 0.136 0.003 0.001 0.044 0.515 133 L 0.003 0.005 0.001 0.098 0.206 0.359 0.059 0.001 0.001 0.070 0.197 134 G 0.002 0.004 0.001 0.170 0.256 0.299 0.035 0.001 0.001 0.075 0.159 135 I 0.002 0.004 0.001 0.209 0.315 0.272 0.026 0.001 0.001 0.040 0.129 136 F 0.007 0.006 0.002 0.208 0.230 0.308 0.032 0.001 0.001 0.057 0.149 137 W 0.017 0.006 0.001 0.136 0.189 0.309 0.043 0.003 0.001 0.104 0.192 138 G 0.030 0.007 0.001 0.083 0.151 0.322 0.068 0.002 0.001 0.096 0.240 139 K 0.016 0.006 0.003 0.065 0.165 0.263 0.102 0.001 0.003 0.050 0.326 140 F 0.023 0.005 0.006 0.054 0.102 0.149 0.110 0.004 0.005 0.040 0.504 141 S 0.332 0.020 0.003 0.022 0.040 0.043 0.074 0.013 0.002 0.089 0.360 142 E 0.214 0.013 0.002 0.011 0.007 0.011 0.081 0.004 0.001 0.061 0.594 143 E 0.014 0.007 0.001 0.011 0.006 0.019 0.114 0.004 0.001 0.026 0.798 144 S 0.078 0.026 0.001 0.016 0.021 0.033 0.131 0.005 0.001 0.081 0.606 145 Y 0.054 0.049 0.002 0.024 0.039 0.037 0.127 0.006 0.001 0.082 0.580 146 S 0.050 0.090 0.002 0.015 0.030 0.039 0.123 0.006 0.001 0.037 0.609 147 K 0.031 0.227 0.002 0.021 0.036 0.037 0.099 0.009 0.001 0.049 0.488 148 T 0.067 0.602 0.003 0.009 0.010 0.016 0.045 0.014 0.001 0.034 0.199 149 A 0.057 0.691 0.006 0.010 0.010 0.012 0.022 0.010 0.002 0.043 0.136 150 Y 0.061 0.635 0.021 0.007 0.010 0.016 0.031 0.013 0.008 0.036 0.163 151 H 0.169 0.548 0.008 0.007 0.015 0.019 0.030 0.017 0.004 0.032 0.151 152 K 0.152 0.192 0.037 0.019 0.021 0.040 0.075 0.019 0.021 0.069 0.356 153 Y 0.188 0.057 0.008 0.019 0.026 0.060 0.092 0.015 0.003 0.051 0.482 154 L 0.073 0.012 0.004 0.027 0.017 0.044 0.094 0.003 0.002 0.039 0.685 155 L 0.024 0.007 0.003 0.024 0.048 0.060 0.109 0.002 0.001 0.025 0.698 156 K 0.013 0.005 0.002 0.018 0.019 0.028 0.092 0.002 0.001 0.017 0.804 157 V 0.030 0.001 0.001 0.010 0.098 0.064 0.111 0.032 0.001 0.042 0.611 158 P 0.085 0.005 0.001 0.043 0.024 0.040 0.106 0.002 0.001 0.038 0.655 159 F 0.014 0.003 0.001 0.063 0.051 0.135 0.092 0.004 0.001 0.030 0.607 160 Y 0.013 0.005 0.001 0.126 0.066 0.116 0.103 0.001 0.001 0.070 0.500 161 R 0.002 0.006 0.001 0.141 0.211 0.284 0.062 0.002 0.001 0.048 0.241 162 H 0.011 0.011 0.001 0.140 0.173 0.238 0.055 0.001 0.001 0.051 0.316 163 I 0.004 0.007 0.001 0.125 0.274 0.304 0.036 0.001 0.001 0.042 0.205 164 T 0.016 0.022 0.002 0.068 0.203 0.343 0.050 0.002 0.001 0.101 0.193 165 I 0.077 0.035 0.007 0.084 0.137 0.174 0.068 0.005 0.004 0.084 0.325 166 R 0.066 0.082 0.002 0.036 0.091 0.096 0.085 0.008 0.002 0.152 0.379 167 N 0.058 0.430 0.002 0.012 0.019 0.028 0.052 0.006 0.001 0.049 0.344 168 A 0.030 0.362 0.004 0.027 0.025 0.033 0.055 0.007 0.001 0.092 0.364 169 K 0.011 0.668 0.003 0.012 0.019 0.020 0.026 0.003 0.001 0.123 0.114 170 T 0.007 0.912 0.001 0.002 0.004 0.003 0.006 0.003 0.001 0.021 0.041 171 F 0.007 0.952 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.014 0.015 172 D 0.005 0.926 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.035 0.024 173 K 0.002 0.975 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.004 0.010 174 I 0.016 0.946 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.001 0.004 0.013 175 G 0.032 0.730 0.014 0.002 0.001 0.001 0.013 0.009 0.008 0.115 0.074 176 Q 0.073 0.439 0.028 0.002 0.001 0.002 0.054 0.007 0.020 0.142 0.233 177 M 0.166 0.094 0.124 0.005 0.001 0.003 0.063 0.031 0.061 0.178 0.276 178 L 0.342 0.038 0.009 0.005 0.002 0.004 0.075 0.010 0.007 0.058 0.450 179 K 0.042 0.012 0.001 0.005 0.001 0.003 0.058 0.001 0.001 0.014 0.864 180 K 0.018 0.007 0.001 0.005 0.002 0.005 0.085 0.003 0.001 0.018 0.855