# TARGET T0299 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0299.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 50.2483 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 2 T 0.159 0.016 0.003 0.127 0.031 0.022 0.643 3 R 0.628 0.011 0.002 0.173 0.047 0.015 0.125 4 Y 0.767 0.006 0.001 0.130 0.008 0.003 0.085 5 A 0.837 0.002 0.001 0.107 0.009 0.001 0.041 6 L 0.925 0.001 0.001 0.034 0.013 0.001 0.025 7 L 0.948 0.001 0.002 0.017 0.006 0.002 0.022 8 V 0.866 0.004 0.007 0.042 0.012 0.009 0.060 9 R 0.753 0.003 0.014 0.075 0.041 0.023 0.092 10 G 0.686 0.006 0.030 0.099 0.047 0.041 0.090 11 I 0.652 0.013 0.029 0.111 0.047 0.048 0.100 12 N 0.509 0.029 0.034 0.117 0.070 0.090 0.151 13 V 0.277 0.027 0.043 0.080 0.111 0.170 0.293 14 G 0.084 0.011 0.036 0.029 0.291 0.294 0.255 15 G 0.041 0.009 0.065 0.040 0.287 0.333 0.225 16 K 0.029 0.007 0.152 0.051 0.183 0.421 0.156 17 N 0.067 0.014 0.120 0.056 0.162 0.358 0.224 18 K 0.144 0.037 0.074 0.067 0.204 0.121 0.352 19 V 0.243 0.112 0.013 0.066 0.236 0.021 0.308 20 V 0.158 0.060 0.009 0.067 0.046 0.025 0.635 21 M 0.001 0.001 0.090 0.875 0.002 0.017 0.014 22 A 0.001 0.001 0.058 0.930 0.002 0.007 0.002 23 E 0.001 0.001 0.054 0.936 0.001 0.007 0.001 24 L 0.001 0.001 0.010 0.980 0.001 0.007 0.002 25 R 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.003 0.001 26 Q 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.006 0.001 27 E 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 28 L 0.001 0.001 0.002 0.987 0.001 0.008 0.002 29 T 0.001 0.001 0.005 0.970 0.002 0.022 0.001 30 N 0.001 0.001 0.009 0.870 0.005 0.114 0.002 31 L 0.001 0.001 0.013 0.481 0.017 0.476 0.011 32 G 0.001 0.003 0.013 0.085 0.047 0.765 0.087 33 L 0.008 0.007 0.099 0.058 0.078 0.080 0.671 34 E 0.037 0.009 0.312 0.081 0.191 0.178 0.192 35 K 0.124 0.012 0.146 0.042 0.192 0.250 0.233 36 V 0.354 0.010 0.020 0.013 0.096 0.015 0.493 37 E 0.655 0.008 0.007 0.005 0.078 0.010 0.236 38 S 0.942 0.003 0.002 0.003 0.011 0.004 0.036 39 Y 0.956 0.003 0.001 0.003 0.006 0.001 0.030 40 I 0.945 0.003 0.002 0.003 0.009 0.003 0.035 41 N 0.843 0.003 0.002 0.002 0.021 0.013 0.115 42 S 0.613 0.009 0.010 0.002 0.098 0.045 0.223 43 G 0.458 0.003 0.012 0.002 0.211 0.093 0.221 44 N 0.416 0.007 0.020 0.003 0.164 0.052 0.338 45 I 0.800 0.010 0.011 0.003 0.018 0.029 0.128 46 F 0.917 0.013 0.005 0.004 0.010 0.009 0.041 47 F 0.869 0.012 0.003 0.005 0.011 0.009 0.091 48 T 0.499 0.020 0.006 0.008 0.157 0.035 0.275 49 S 0.196 0.016 0.007 0.009 0.303 0.027 0.441 50 I 0.032 0.007 0.067 0.104 0.177 0.484 0.128 51 D 0.014 0.008 0.052 0.123 0.240 0.397 0.166 52 S 0.015 0.019 0.042 0.249 0.185 0.096 0.394 53 K 0.001 0.001 0.012 0.935 0.005 0.025 0.021 54 A 0.001 0.001 0.005 0.975 0.003 0.011 0.005 55 Q 0.001 0.001 0.005 0.984 0.001 0.004 0.005 56 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 57 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 58 E 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 59 K 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 60 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 61 E 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 62 T 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 63 F 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.006 0.001 64 F 0.001 0.001 0.001 0.985 0.001 0.010 0.002 65 A 0.001 0.001 0.006 0.952 0.006 0.031 0.004 66 V 0.002 0.001 0.012 0.859 0.008 0.105 0.013 67 H 0.003 0.002 0.019 0.634 0.042 0.260 0.040 68 Y 0.011 0.007 0.017 0.116 0.293 0.199 0.357 69 P 0.018 0.005 0.037 0.023 0.202 0.310 0.406 70 F 0.102 0.010 0.047 0.013 0.247 0.193 0.389 71 I 0.297 0.018 0.022 0.006 0.113 0.045 0.499 72 Q 0.552 0.008 0.009 0.002 0.118 0.019 0.292 73 S 0.679 0.003 0.005 0.002 0.053 0.012 0.247 74 F 0.950 0.002 0.001 0.001 0.004 0.003 0.039 75 S 0.982 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.012 76 L 0.972 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.020 77 L 0.842 0.008 0.001 0.001 0.053 0.004 0.092 78 S 0.262 0.025 0.001 0.001 0.117 0.002 0.593 79 L 0.001 0.001 0.020 0.959 0.002 0.012 0.006 80 E 0.001 0.001 0.021 0.968 0.001 0.009 0.001 81 D 0.001 0.001 0.036 0.950 0.001 0.010 0.003 82 F 0.001 0.001 0.004 0.989 0.001 0.005 0.001 83 E 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.006 0.001 84 A 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.009 0.001 85 E 0.001 0.001 0.002 0.984 0.001 0.011 0.002 86 L 0.001 0.001 0.019 0.955 0.003 0.018 0.003 87 E 0.001 0.001 0.042 0.790 0.004 0.159 0.004 88 N 0.001 0.001 0.041 0.453 0.013 0.484 0.009 89 L 0.003 0.004 0.018 0.109 0.388 0.123 0.355 90 P 0.007 0.011 0.084 0.130 0.095 0.136 0.538 91 A 0.025 0.012 0.143 0.135 0.223 0.157 0.303 92 W 0.047 0.020 0.156 0.179 0.116 0.174 0.308 93 W 0.052 0.018 0.124 0.157 0.132 0.198 0.319 94 S 0.042 0.017 0.080 0.122 0.143 0.225 0.370 95 R 0.033 0.010 0.054 0.076 0.300 0.163 0.363 96 D 0.046 0.014 0.053 0.033 0.150 0.146 0.558 97 L 0.065 0.011 0.154 0.053 0.167 0.237 0.313 98 A 0.111 0.009 0.121 0.024 0.191 0.206 0.340 99 R 0.363 0.020 0.080 0.013 0.099 0.086 0.339 100 K 0.655 0.011 0.010 0.006 0.051 0.016 0.251 101 D 0.906 0.002 0.003 0.003 0.017 0.005 0.064 102 F 0.976 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.017 103 L 0.986 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 104 F 0.979 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.014 105 Y 0.866 0.005 0.002 0.002 0.020 0.008 0.097 106 T 0.375 0.012 0.016 0.003 0.135 0.022 0.437 107 E 0.088 0.006 0.042 0.005 0.410 0.252 0.198 108 G 0.035 0.013 0.026 0.003 0.256 0.315 0.353 109 L 0.032 0.030 0.003 0.003 0.236 0.012 0.683 110 D 0.018 0.023 0.002 0.005 0.024 0.005 0.923 111 V 0.002 0.001 0.050 0.883 0.008 0.040 0.017 112 D 0.001 0.001 0.029 0.946 0.003 0.017 0.005 113 Q 0.001 0.001 0.051 0.929 0.002 0.011 0.006 114 V 0.002 0.001 0.019 0.958 0.002 0.012 0.006 115 I 0.004 0.002 0.029 0.928 0.005 0.025 0.007 116 A 0.003 0.002 0.037 0.841 0.010 0.098 0.009 117 T 0.005 0.002 0.035 0.750 0.017 0.161 0.031 118 V 0.008 0.010 0.082 0.668 0.047 0.086 0.099 119 E 0.008 0.004 0.177 0.487 0.032 0.192 0.100 120 S 0.009 0.003 0.183 0.402 0.050 0.280 0.073 121 L 0.018 0.009 0.124 0.263 0.156 0.159 0.271 122 E 0.029 0.015 0.068 0.092 0.150 0.170 0.476 123 L 0.034 0.005 0.069 0.060 0.158 0.138 0.535 124 K 0.062 0.008 0.069 0.019 0.258 0.296 0.288 125 D 0.161 0.009 0.037 0.006 0.261 0.160 0.367 126 E 0.462 0.007 0.008 0.006 0.156 0.015 0.346 127 V 0.879 0.009 0.003 0.005 0.011 0.003 0.090 128 L 0.959 0.002 0.001 0.005 0.004 0.002 0.027 129 Y 0.969 0.003 0.002 0.006 0.003 0.003 0.015 130 F 0.935 0.004 0.001 0.005 0.003 0.008 0.043 131 G 0.436 0.002 0.008 0.002 0.126 0.268 0.157 132 K 0.146 0.001 0.020 0.002 0.182 0.588 0.061 133 L 0.622 0.007 0.018 0.004 0.131 0.082 0.137 134 G 0.905 0.010 0.007 0.002 0.012 0.009 0.056 135 I 0.957 0.004 0.003 0.002 0.006 0.006 0.023 136 F 0.956 0.008 0.003 0.004 0.005 0.006 0.019 137 W 0.823 0.008 0.010 0.010 0.014 0.027 0.109 138 G 0.403 0.004 0.024 0.009 0.193 0.120 0.246 139 K 0.410 0.022 0.041 0.025 0.157 0.129 0.215 140 F 0.283 0.050 0.023 0.024 0.165 0.038 0.417 141 S 0.094 0.018 0.019 0.018 0.080 0.034 0.737 142 E 0.025 0.008 0.135 0.093 0.147 0.419 0.172 143 E 0.013 0.005 0.127 0.079 0.174 0.507 0.095 144 S 0.023 0.009 0.129 0.086 0.227 0.312 0.213 145 Y 0.043 0.033 0.105 0.139 0.172 0.196 0.311 146 S 0.058 0.024 0.081 0.140 0.132 0.270 0.296 147 K 0.056 0.019 0.079 0.199 0.147 0.173 0.327 148 T 0.058 0.015 0.030 0.164 0.234 0.046 0.453 149 A 0.046 0.012 0.046 0.487 0.145 0.137 0.127 150 Y 0.042 0.012 0.047 0.637 0.048 0.110 0.105 151 H 0.046 0.010 0.063 0.638 0.028 0.057 0.159 152 K 0.033 0.003 0.122 0.668 0.036 0.052 0.087 153 Y 0.043 0.003 0.136 0.644 0.035 0.091 0.048 154 L 0.040 0.007 0.169 0.544 0.025 0.177 0.039 155 L 0.072 0.017 0.072 0.444 0.060 0.233 0.102 156 K 0.092 0.010 0.067 0.287 0.113 0.246 0.184 157 V 0.073 0.009 0.021 0.109 0.351 0.032 0.406 158 P 0.052 0.014 0.056 0.152 0.077 0.116 0.533 159 F 0.057 0.016 0.081 0.128 0.118 0.324 0.276 160 Y 0.119 0.014 0.060 0.062 0.180 0.243 0.323 161 R 0.232 0.013 0.026 0.036 0.216 0.046 0.433 162 H 0.314 0.016 0.015 0.049 0.133 0.051 0.420 163 I 0.440 0.016 0.018 0.072 0.084 0.037 0.332 164 T 0.634 0.019 0.014 0.077 0.048 0.024 0.185 165 I 0.554 0.013 0.027 0.194 0.050 0.043 0.119 166 R 0.426 0.027 0.029 0.232 0.064 0.068 0.154 167 N 0.147 0.011 0.023 0.238 0.066 0.049 0.466 168 A 0.014 0.002 0.044 0.691 0.050 0.151 0.048 169 K 0.012 0.005 0.032 0.707 0.054 0.149 0.041 170 T 0.006 0.003 0.013 0.897 0.014 0.032 0.034 171 F 0.001 0.001 0.002 0.988 0.002 0.002 0.005 172 D 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.002 0.001 173 K 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 174 I 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 175 G 0.001 0.001 0.002 0.990 0.001 0.006 0.001 176 Q 0.001 0.001 0.003 0.969 0.001 0.025 0.002 177 M 0.001 0.001 0.010 0.896 0.004 0.070 0.018 178 L 0.002 0.006 0.012 0.756 0.046 0.123 0.055 179 K 0.001 0.002 0.008 0.414 0.014 0.480 0.080 180 K 0.001 0.001 0.001 0.019 0.025 0.010 0.945