# TARGET T0299 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0299.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 50.4462 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.016 0.004 0.003 0.012 0.080 0.885 2 T 0.148 0.009 0.003 0.051 0.088 0.699 3 R 0.561 0.009 0.003 0.037 0.091 0.298 4 Y 0.941 0.002 0.001 0.012 0.018 0.026 5 A 0.987 0.001 0.001 0.005 0.003 0.003 6 L 0.988 0.001 0.001 0.007 0.002 0.002 7 L 0.969 0.001 0.001 0.019 0.004 0.008 8 V 0.865 0.002 0.001 0.030 0.022 0.080 9 R 0.623 0.004 0.004 0.034 0.083 0.251 10 G 0.579 0.004 0.020 0.023 0.119 0.255 11 I 0.677 0.018 0.040 0.035 0.093 0.138 12 N 0.599 0.029 0.030 0.035 0.185 0.122 13 V 0.273 0.031 0.028 0.048 0.449 0.171 14 G 0.070 0.013 0.023 0.038 0.667 0.189 15 G 0.023 0.007 0.046 0.085 0.751 0.087 16 K 0.020 0.011 0.104 0.123 0.627 0.115 17 N 0.026 0.011 0.113 0.158 0.467 0.225 18 K 0.065 0.028 0.111 0.257 0.340 0.199 19 V 0.074 0.038 0.023 0.266 0.195 0.404 20 V 0.071 0.022 0.012 0.319 0.112 0.464 21 M 0.005 0.001 0.013 0.907 0.028 0.046 22 A 0.001 0.001 0.009 0.979 0.007 0.004 23 E 0.001 0.001 0.007 0.991 0.002 0.001 24 L 0.001 0.001 0.006 0.988 0.002 0.003 25 R 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 26 Q 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 27 E 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 28 L 0.001 0.001 0.002 0.994 0.003 0.001 29 T 0.001 0.001 0.007 0.989 0.003 0.001 30 N 0.001 0.001 0.008 0.987 0.004 0.002 31 L 0.001 0.001 0.011 0.942 0.010 0.036 32 G 0.001 0.001 0.002 0.008 0.022 0.967 33 L 0.012 0.013 0.248 0.071 0.307 0.350 34 E 0.046 0.004 0.259 0.066 0.443 0.183 35 K 0.088 0.004 0.291 0.103 0.382 0.132 36 V 0.553 0.021 0.028 0.080 0.182 0.136 37 E 0.811 0.004 0.006 0.029 0.059 0.090 38 S 0.943 0.002 0.002 0.014 0.015 0.024 39 Y 0.968 0.002 0.001 0.008 0.008 0.012 40 I 0.942 0.004 0.001 0.007 0.014 0.031 41 N 0.832 0.003 0.002 0.007 0.064 0.092 42 S 0.496 0.005 0.005 0.010 0.178 0.307 43 G 0.262 0.011 0.008 0.009 0.211 0.500 44 N 0.368 0.014 0.010 0.006 0.155 0.447 45 I 0.694 0.008 0.010 0.006 0.085 0.198 46 F 0.840 0.007 0.005 0.005 0.048 0.095 47 F 0.792 0.016 0.006 0.006 0.062 0.117 48 T 0.461 0.019 0.006 0.008 0.244 0.261 49 S 0.107 0.008 0.014 0.016 0.460 0.395 50 I 0.038 0.010 0.071 0.068 0.534 0.278 51 D 0.025 0.029 0.041 0.106 0.463 0.336 52 S 0.006 0.007 0.043 0.385 0.233 0.326 53 K 0.001 0.001 0.012 0.978 0.006 0.004 54 A 0.001 0.001 0.007 0.990 0.003 0.001 55 Q 0.001 0.001 0.008 0.988 0.003 0.001 56 L 0.001 0.001 0.004 0.991 0.003 0.002 57 V 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.002 58 E 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.001 59 K 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.002 60 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 61 E 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 62 T 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 63 F 0.001 0.001 0.002 0.993 0.003 0.002 64 F 0.001 0.001 0.004 0.983 0.006 0.006 65 A 0.001 0.001 0.021 0.935 0.033 0.009 66 V 0.002 0.001 0.012 0.925 0.042 0.018 67 H 0.004 0.002 0.008 0.852 0.062 0.072 68 Y 0.012 0.009 0.012 0.148 0.323 0.497 69 P 0.025 0.006 0.028 0.027 0.396 0.518 70 F 0.110 0.009 0.065 0.021 0.494 0.300 71 I 0.259 0.015 0.026 0.010 0.319 0.370 72 Q 0.358 0.007 0.012 0.007 0.220 0.395 73 S 0.486 0.004 0.004 0.004 0.132 0.370 74 F 0.920 0.006 0.002 0.001 0.022 0.050 75 S 0.973 0.001 0.001 0.001 0.008 0.017 76 L 0.983 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 77 L 0.900 0.005 0.001 0.001 0.011 0.084 78 S 0.329 0.002 0.001 0.001 0.022 0.645 79 L 0.009 0.001 0.144 0.792 0.022 0.033 80 E 0.002 0.001 0.148 0.836 0.011 0.004 81 D 0.001 0.001 0.057 0.936 0.005 0.001 82 F 0.001 0.001 0.009 0.984 0.003 0.003 83 E 0.001 0.001 0.003 0.993 0.001 0.001 84 A 0.001 0.001 0.003 0.993 0.002 0.001 85 E 0.001 0.001 0.003 0.991 0.003 0.003 86 L 0.001 0.001 0.011 0.977 0.007 0.004 87 E 0.001 0.001 0.011 0.971 0.010 0.007 88 N 0.001 0.001 0.008 0.922 0.019 0.051 89 L 0.001 0.002 0.002 0.043 0.149 0.803 90 P 0.001 0.002 0.036 0.101 0.271 0.589 91 A 0.011 0.006 0.132 0.144 0.463 0.244 92 W 0.016 0.009 0.265 0.189 0.415 0.106 93 W 0.050 0.017 0.184 0.269 0.310 0.170 94 S 0.103 0.019 0.104 0.228 0.299 0.247 95 R 0.070 0.015 0.093 0.187 0.309 0.325 96 D 0.051 0.013 0.081 0.068 0.507 0.280 97 L 0.016 0.004 0.359 0.072 0.438 0.112 98 A 0.041 0.005 0.223 0.043 0.478 0.209 99 R 0.239 0.017 0.110 0.019 0.409 0.206 100 K 0.462 0.005 0.013 0.005 0.180 0.335 101 D 0.881 0.004 0.002 0.002 0.032 0.079 102 F 0.981 0.002 0.001 0.001 0.005 0.011 103 L 0.991 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 104 F 0.983 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 105 Y 0.879 0.003 0.001 0.002 0.030 0.084 106 T 0.475 0.005 0.005 0.003 0.263 0.248 107 E 0.121 0.008 0.012 0.005 0.546 0.308 108 G 0.037 0.013 0.023 0.008 0.534 0.385 109 L 0.035 0.045 0.006 0.007 0.323 0.583 110 D 0.014 0.013 0.002 0.009 0.119 0.843 111 V 0.001 0.001 0.028 0.919 0.023 0.027 112 D 0.001 0.001 0.012 0.975 0.009 0.003 113 Q 0.001 0.001 0.012 0.976 0.008 0.002 114 V 0.004 0.001 0.005 0.976 0.008 0.007 115 I 0.004 0.001 0.004 0.982 0.005 0.004 116 A 0.004 0.001 0.006 0.973 0.009 0.007 117 T 0.005 0.001 0.006 0.948 0.015 0.024 118 V 0.006 0.002 0.015 0.913 0.031 0.033 119 E 0.010 0.002 0.030 0.845 0.059 0.054 120 S 0.010 0.001 0.047 0.735 0.092 0.115 121 L 0.019 0.005 0.064 0.539 0.141 0.232 122 E 0.028 0.009 0.042 0.362 0.172 0.386 123 L 0.028 0.006 0.062 0.255 0.269 0.380 124 K 0.048 0.006 0.043 0.141 0.320 0.441 125 D 0.144 0.005 0.032 0.094 0.314 0.410 126 E 0.420 0.006 0.023 0.101 0.196 0.254 127 V 0.824 0.004 0.007 0.051 0.044 0.070 128 L 0.939 0.004 0.002 0.027 0.010 0.018 129 Y 0.946 0.004 0.001 0.015 0.018 0.016 130 F 0.806 0.007 0.003 0.017 0.082 0.085 131 G 0.387 0.008 0.008 0.007 0.414 0.176 132 K 0.196 0.005 0.020 0.008 0.621 0.150 133 L 0.287 0.004 0.025 0.007 0.443 0.235 134 G 0.896 0.006 0.004 0.002 0.052 0.040 135 I 0.968 0.005 0.001 0.002 0.008 0.017 136 F 0.965 0.005 0.001 0.001 0.009 0.019 137 W 0.856 0.003 0.002 0.004 0.053 0.082 138 G 0.509 0.003 0.008 0.005 0.233 0.241 139 K 0.376 0.009 0.027 0.012 0.304 0.272 140 F 0.302 0.081 0.029 0.022 0.242 0.325 141 S 0.169 0.047 0.021 0.022 0.517 0.225 142 E 0.022 0.010 0.108 0.085 0.637 0.138 143 E 0.016 0.005 0.140 0.087 0.659 0.095 144 S 0.022 0.009 0.182 0.113 0.604 0.070 145 Y 0.036 0.016 0.114 0.231 0.374 0.228 146 S 0.054 0.041 0.071 0.306 0.213 0.314 147 K 0.049 0.016 0.043 0.409 0.156 0.327 148 T 0.034 0.007 0.013 0.516 0.120 0.309 149 A 0.013 0.003 0.020 0.847 0.055 0.062 150 Y 0.011 0.003 0.019 0.902 0.040 0.025 151 H 0.017 0.002 0.026 0.877 0.052 0.026 152 K 0.024 0.002 0.052 0.820 0.064 0.038 153 Y 0.026 0.002 0.043 0.842 0.052 0.036 154 L 0.036 0.002 0.042 0.786 0.070 0.064 155 L 0.057 0.008 0.021 0.696 0.080 0.137 156 K 0.104 0.010 0.020 0.457 0.113 0.295 157 V 0.128 0.010 0.028 0.254 0.156 0.424 158 P 0.104 0.015 0.038 0.175 0.280 0.389 159 F 0.080 0.017 0.038 0.150 0.313 0.402 160 Y 0.077 0.009 0.014 0.067 0.274 0.558 161 R 0.222 0.016 0.016 0.153 0.214 0.379 162 H 0.282 0.019 0.012 0.217 0.126 0.343 163 I 0.309 0.024 0.018 0.349 0.106 0.195 164 T 0.238 0.015 0.019 0.380 0.112 0.236 165 I 0.070 0.005 0.029 0.773 0.058 0.065 166 R 0.035 0.005 0.020 0.838 0.045 0.058 167 N 0.014 0.003 0.012 0.870 0.033 0.067 168 A 0.001 0.001 0.004 0.984 0.005 0.005 169 K 0.001 0.001 0.004 0.988 0.004 0.003 170 T 0.001 0.001 0.002 0.993 0.002 0.002 171 F 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 172 D 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 173 K 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 174 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 175 G 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 176 Q 0.001 0.001 0.005 0.991 0.003 0.001 177 M 0.001 0.001 0.006 0.970 0.012 0.012 178 L 0.001 0.001 0.005 0.895 0.025 0.074 179 K 0.001 0.002 0.005 0.381 0.080 0.531 180 K 0.001 0.001 0.002 0.047 0.082 0.867