# TARGET T0299 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0299.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 50.4462 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.094 0.028 0.014 0.008 0.009 0.011 0.023 0.002 0.001 0.004 0.808 2 T 0.045 0.018 0.019 0.048 0.042 0.076 0.115 0.003 0.001 0.008 0.626 3 R 0.088 0.014 0.028 0.110 0.092 0.129 0.074 0.001 0.001 0.010 0.454 4 Y 0.010 0.021 0.002 0.415 0.176 0.244 0.059 0.001 0.001 0.001 0.072 5 A 0.004 0.039 0.001 0.452 0.166 0.250 0.018 0.001 0.001 0.001 0.068 6 L 0.001 0.028 0.001 0.562 0.166 0.231 0.005 0.001 0.001 0.001 0.008 7 L 0.001 0.082 0.001 0.387 0.161 0.284 0.009 0.001 0.001 0.001 0.074 8 V 0.015 0.104 0.001 0.258 0.152 0.419 0.014 0.003 0.001 0.003 0.032 9 R 0.013 0.071 0.003 0.152 0.229 0.411 0.036 0.011 0.001 0.003 0.070 10 G 0.067 0.029 0.011 0.126 0.170 0.204 0.033 0.034 0.001 0.013 0.313 11 I 0.023 0.011 0.210 0.108 0.190 0.232 0.054 0.004 0.001 0.006 0.161 12 N 0.011 0.006 0.006 0.156 0.202 0.191 0.133 0.004 0.001 0.003 0.287 13 V 0.013 0.003 0.015 0.078 0.039 0.054 0.041 0.001 0.001 0.003 0.753 14 G 0.008 0.006 0.001 0.117 0.064 0.147 0.287 0.001 0.001 0.006 0.362 15 G 0.124 0.007 0.002 0.038 0.021 0.033 0.246 0.001 0.001 0.038 0.491 16 K 0.207 0.041 0.007 0.067 0.021 0.030 0.170 0.002 0.001 0.021 0.434 17 N 0.057 0.032 0.003 0.038 0.032 0.035 0.192 0.001 0.001 0.009 0.601 18 K 0.162 0.052 0.005 0.025 0.016 0.035 0.143 0.002 0.001 0.013 0.547 19 V 0.143 0.100 0.018 0.037 0.038 0.082 0.105 0.002 0.001 0.006 0.468 20 V 0.102 0.079 0.006 0.019 0.027 0.058 0.134 0.002 0.001 0.003 0.570 21 M 0.026 0.065 0.004 0.017 0.006 0.033 0.044 0.001 0.001 0.001 0.802 22 A 0.006 0.095 0.001 0.006 0.004 0.003 0.043 0.001 0.001 0.001 0.842 23 E 0.044 0.241 0.001 0.002 0.001 0.003 0.305 0.002 0.001 0.003 0.398 24 L 0.024 0.834 0.001 0.002 0.001 0.003 0.021 0.002 0.001 0.001 0.113 25 R 0.018 0.943 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.030 26 Q 0.007 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 27 E 0.002 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.030 28 L 0.008 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 29 T 0.004 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 30 N 0.022 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.011 31 L 0.136 0.800 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.001 0.001 0.025 32 G 0.334 0.472 0.023 0.001 0.001 0.001 0.004 0.060 0.001 0.001 0.104 33 L 0.013 0.061 0.740 0.003 0.001 0.002 0.005 0.003 0.001 0.001 0.172 34 E 0.011 0.060 0.005 0.087 0.019 0.026 0.047 0.009 0.001 0.001 0.735 35 K 0.224 0.064 0.005 0.046 0.007 0.011 0.060 0.004 0.001 0.007 0.573 36 V 0.083 0.272 0.017 0.086 0.028 0.053 0.053 0.004 0.001 0.004 0.401 37 E 0.033 0.150 0.005 0.260 0.110 0.203 0.067 0.004 0.001 0.006 0.164 38 S 0.060 0.146 0.003 0.099 0.092 0.152 0.050 0.004 0.001 0.005 0.388 39 Y 0.071 0.201 0.003 0.103 0.247 0.192 0.017 0.008 0.001 0.002 0.156 40 I 0.044 0.214 0.004 0.094 0.184 0.302 0.047 0.010 0.001 0.005 0.096 41 N 0.029 0.128 0.005 0.100 0.238 0.338 0.052 0.014 0.001 0.004 0.092 42 S 0.093 0.088 0.009 0.055 0.131 0.179 0.104 0.025 0.001 0.010 0.305 43 G 0.101 0.014 0.033 0.052 0.055 0.085 0.112 0.010 0.001 0.025 0.513 44 N 0.080 0.002 0.038 0.047 0.056 0.065 0.320 0.003 0.001 0.032 0.357 45 I 0.073 0.002 0.111 0.121 0.094 0.079 0.124 0.001 0.001 0.015 0.379 46 F 0.006 0.002 0.003 0.183 0.148 0.240 0.125 0.001 0.001 0.003 0.290 47 F 0.008 0.001 0.001 0.157 0.191 0.284 0.044 0.001 0.001 0.002 0.311 48 T 0.007 0.001 0.001 0.103 0.135 0.271 0.060 0.001 0.001 0.002 0.419 49 S 0.012 0.001 0.001 0.053 0.082 0.160 0.106 0.001 0.001 0.004 0.581 50 I 0.015 0.001 0.001 0.029 0.012 0.032 0.158 0.001 0.001 0.008 0.743 51 D 0.037 0.001 0.001 0.019 0.010 0.014 0.400 0.001 0.001 0.021 0.497 52 S 0.174 0.005 0.001 0.005 0.002 0.003 0.395 0.001 0.001 0.020 0.394 53 K 0.082 0.043 0.003 0.005 0.002 0.003 0.224 0.001 0.001 0.009 0.629 54 A 0.025 0.087 0.001 0.002 0.002 0.003 0.295 0.001 0.001 0.007 0.578 55 Q 0.025 0.154 0.001 0.001 0.002 0.005 0.559 0.001 0.001 0.007 0.245 56 L 0.032 0.784 0.001 0.001 0.001 0.003 0.022 0.001 0.001 0.001 0.154 57 V 0.009 0.962 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.020 58 E 0.007 0.941 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.046 59 K 0.008 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 60 L 0.003 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 61 E 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 62 T 0.003 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 63 F 0.005 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 64 F 0.004 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 65 A 0.007 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.010 66 V 0.043 0.937 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.012 67 H 0.193 0.639 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.098 0.001 0.001 0.065 68 Y 0.277 0.331 0.079 0.003 0.002 0.001 0.002 0.070 0.001 0.001 0.235 69 P 0.017 0.008 0.025 0.004 0.001 0.001 0.004 0.012 0.001 0.001 0.929 70 F 0.109 0.007 0.067 0.043 0.008 0.011 0.037 0.003 0.001 0.002 0.712 71 I 0.095 0.006 0.009 0.246 0.036 0.044 0.099 0.002 0.001 0.004 0.458 72 Q 0.019 0.002 0.008 0.332 0.040 0.050 0.043 0.001 0.001 0.002 0.504 73 S 0.003 0.001 0.001 0.767 0.068 0.101 0.020 0.001 0.001 0.001 0.040 74 F 0.002 0.001 0.001 0.798 0.070 0.079 0.013 0.001 0.001 0.001 0.037 75 S 0.001 0.001 0.001 0.813 0.079 0.087 0.007 0.001 0.001 0.001 0.012 76 L 0.001 0.001 0.001 0.765 0.052 0.114 0.019 0.001 0.001 0.001 0.047 77 L 0.002 0.002 0.001 0.765 0.059 0.107 0.030 0.001 0.001 0.002 0.033 78 S 0.018 0.004 0.003 0.209 0.052 0.092 0.279 0.001 0.001 0.007 0.334 79 L 0.002 0.001 0.003 0.040 0.004 0.009 0.047 0.001 0.001 0.002 0.893 80 E 0.001 0.002 0.001 0.012 0.003 0.006 0.324 0.001 0.001 0.003 0.649 81 D 0.049 0.013 0.001 0.002 0.001 0.002 0.535 0.001 0.001 0.013 0.384 82 F 0.082 0.609 0.001 0.004 0.001 0.003 0.061 0.002 0.001 0.002 0.236 83 E 0.025 0.854 0.001 0.001 0.001 0.002 0.024 0.001 0.001 0.002 0.090 84 A 0.015 0.891 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.081 85 E 0.007 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 86 L 0.010 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.005 87 E 0.038 0.945 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.009 88 N 0.067 0.856 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.001 0.001 0.023 89 L 0.402 0.449 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.067 0.001 0.001 0.077 90 P 0.026 0.046 0.044 0.003 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.868 91 A 0.018 0.021 0.032 0.015 0.005 0.011 0.114 0.008 0.001 0.001 0.776 92 W 0.314 0.025 0.008 0.028 0.004 0.007 0.047 0.003 0.001 0.002 0.563 93 W 0.139 0.119 0.003 0.063 0.011 0.024 0.095 0.002 0.001 0.003 0.541 94 S 0.121 0.042 0.004 0.037 0.020 0.027 0.126 0.002 0.001 0.005 0.616 95 R 0.163 0.054 0.004 0.048 0.021 0.030 0.090 0.003 0.001 0.006 0.579 96 D 0.127 0.038 0.003 0.016 0.023 0.023 0.173 0.005 0.001 0.008 0.583 97 L 0.125 0.044 0.008 0.015 0.022 0.022 0.121 0.003 0.001 0.014 0.625 98 A 0.068 0.055 0.003 0.014 0.033 0.043 0.242 0.004 0.001 0.017 0.521 99 R 0.237 0.036 0.008 0.021 0.034 0.058 0.161 0.009 0.001 0.039 0.398 100 K 0.259 0.042 0.033 0.089 0.122 0.145 0.064 0.005 0.001 0.017 0.224 101 D 0.026 0.009 0.018 0.183 0.279 0.246 0.054 0.001 0.001 0.003 0.180 102 F 0.003 0.002 0.004 0.232 0.292 0.386 0.015 0.001 0.001 0.001 0.066 103 L 0.001 0.001 0.001 0.362 0.240 0.370 0.009 0.001 0.001 0.001 0.016 104 F 0.001 0.003 0.001 0.428 0.172 0.282 0.019 0.001 0.001 0.001 0.093 105 Y 0.002 0.003 0.001 0.492 0.178 0.242 0.022 0.001 0.001 0.001 0.058 106 T 0.004 0.003 0.001 0.212 0.099 0.225 0.078 0.001 0.001 0.003 0.375 107 E 0.006 0.002 0.001 0.092 0.042 0.118 0.128 0.001 0.001 0.006 0.604 108 G 0.069 0.002 0.002 0.020 0.008 0.020 0.160 0.002 0.001 0.021 0.696 109 L 0.248 0.008 0.022 0.020 0.005 0.012 0.150 0.001 0.001 0.018 0.517 110 D 0.042 0.005 0.001 0.006 0.004 0.003 0.141 0.001 0.001 0.002 0.795 111 V 0.051 0.013 0.003 0.006 0.002 0.003 0.065 0.001 0.001 0.004 0.854 112 D 0.007 0.035 0.001 0.003 0.002 0.003 0.241 0.001 0.001 0.002 0.706 113 Q 0.022 0.062 0.001 0.001 0.002 0.004 0.657 0.001 0.001 0.014 0.236 114 V 0.066 0.738 0.001 0.002 0.002 0.004 0.078 0.002 0.001 0.003 0.103 115 I 0.016 0.943 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.004 0.001 0.001 0.021 116 A 0.014 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.019 117 T 0.029 0.932 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.024 118 V 0.044 0.934 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.009 119 E 0.043 0.838 0.011 0.001 0.001 0.002 0.006 0.021 0.001 0.001 0.077 120 S 0.095 0.716 0.014 0.002 0.002 0.005 0.013 0.042 0.001 0.001 0.110 121 L 0.185 0.558 0.005 0.003 0.003 0.002 0.006 0.034 0.001 0.001 0.204 122 E 0.176 0.476 0.017 0.009 0.009 0.010 0.053 0.053 0.001 0.006 0.192 123 L 0.181 0.293 0.061 0.011 0.009 0.016 0.067 0.025 0.001 0.004 0.331 124 K 0.141 0.201 0.014 0.017 0.010 0.012 0.044 0.015 0.001 0.002 0.544 125 D 0.097 0.086 0.012 0.018 0.011 0.017 0.080 0.006 0.001 0.009 0.664 126 E 0.099 0.062 0.014 0.031 0.036 0.044 0.185 0.006 0.001 0.011 0.511 127 V 0.154 0.113 0.011 0.078 0.071 0.093 0.188 0.006 0.001 0.011 0.276 128 L 0.083 0.147 0.005 0.145 0.167 0.183 0.068 0.005 0.001 0.005 0.193 129 Y 0.048 0.157 0.004 0.108 0.155 0.222 0.063 0.004 0.001 0.004 0.235 130 F 0.035 0.119 0.005 0.087 0.143 0.250 0.051 0.008 0.001 0.004 0.299 131 G 0.061 0.061 0.005 0.093 0.150 0.247 0.082 0.013 0.001 0.009 0.279 132 K 0.029 0.008 0.021 0.032 0.026 0.042 0.041 0.002 0.001 0.007 0.791 133 L 0.022 0.004 0.011 0.096 0.076 0.115 0.162 0.001 0.001 0.009 0.502 134 G 0.093 0.008 0.010 0.176 0.107 0.148 0.110 0.001 0.001 0.014 0.334 135 I 0.016 0.026 0.002 0.313 0.199 0.254 0.060 0.001 0.001 0.002 0.127 136 F 0.005 0.030 0.001 0.246 0.201 0.368 0.040 0.001 0.001 0.001 0.107 137 W 0.011 0.048 0.001 0.248 0.183 0.362 0.033 0.001 0.001 0.002 0.112 138 G 0.035 0.058 0.003 0.123 0.131 0.261 0.084 0.005 0.001 0.008 0.292 139 K 0.060 0.034 0.018 0.060 0.068 0.122 0.105 0.006 0.001 0.011 0.516 140 F 0.026 0.018 0.012 0.073 0.071 0.107 0.118 0.005 0.001 0.007 0.563 141 S 0.062 0.021 0.006 0.045 0.058 0.087 0.199 0.004 0.001 0.010 0.507 142 E 0.032 0.014 0.005 0.014 0.011 0.016 0.035 0.001 0.001 0.003 0.867 143 E 0.072 0.027 0.003 0.013 0.018 0.032 0.216 0.002 0.001 0.011 0.604 144 S 0.328 0.023 0.004 0.009 0.011 0.014 0.217 0.005 0.001 0.025 0.364 145 Y 0.187 0.103 0.020 0.026 0.017 0.022 0.139 0.005 0.001 0.013 0.468 146 S 0.064 0.060 0.008 0.026 0.030 0.037 0.353 0.005 0.001 0.014 0.402 147 K 0.137 0.067 0.010 0.019 0.012 0.019 0.152 0.005 0.001 0.014 0.565 148 T 0.128 0.131 0.008 0.019 0.014 0.018 0.220 0.007 0.001 0.014 0.441 149 A 0.064 0.084 0.007 0.006 0.006 0.006 0.295 0.002 0.001 0.013 0.517 150 Y 0.048 0.185 0.005 0.011 0.013 0.023 0.326 0.004 0.001 0.013 0.374 151 H 0.083 0.422 0.004 0.020 0.021 0.047 0.182 0.008 0.001 0.013 0.200 152 K 0.055 0.662 0.002 0.007 0.011 0.018 0.039 0.007 0.001 0.003 0.196 153 Y 0.102 0.712 0.003 0.003 0.007 0.008 0.008 0.007 0.001 0.001 0.149 154 L 0.137 0.632 0.004 0.005 0.014 0.014 0.011 0.023 0.001 0.001 0.159 155 L 0.161 0.466 0.015 0.020 0.033 0.061 0.016 0.051 0.001 0.003 0.173 156 K 0.158 0.271 0.058 0.026 0.026 0.067 0.028 0.040 0.001 0.003 0.323 157 V 0.120 0.086 0.023 0.065 0.045 0.063 0.024 0.019 0.001 0.001 0.554 158 P 0.004 0.002 0.002 0.009 0.003 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.973 159 F 0.028 0.008 0.004 0.077 0.033 0.094 0.102 0.002 0.001 0.004 0.648 160 Y 0.189 0.017 0.004 0.060 0.031 0.068 0.086 0.002 0.001 0.009 0.534 161 R 0.109 0.042 0.003 0.089 0.037 0.057 0.070 0.001 0.001 0.004 0.588 162 H 0.042 0.024 0.004 0.076 0.041 0.082 0.069 0.001 0.001 0.004 0.657 163 I 0.042 0.040 0.003 0.166 0.143 0.215 0.093 0.001 0.001 0.005 0.293 164 T 0.031 0.093 0.004 0.084 0.093 0.172 0.107 0.001 0.001 0.004 0.411 165 I 0.042 0.167 0.004 0.097 0.119 0.208 0.067 0.002 0.001 0.004 0.289 166 R 0.034 0.202 0.003 0.051 0.051 0.156 0.158 0.003 0.001 0.008 0.334 167 N 0.094 0.230 0.008 0.020 0.032 0.055 0.132 0.009 0.001 0.009 0.412 168 A 0.136 0.404 0.025 0.018 0.009 0.021 0.074 0.008 0.001 0.008 0.298 169 K 0.039 0.324 0.008 0.011 0.009 0.013 0.163 0.012 0.001 0.008 0.413 170 T 0.092 0.316 0.014 0.002 0.002 0.003 0.176 0.006 0.001 0.005 0.385 171 F 0.015 0.773 0.006 0.002 0.001 0.003 0.050 0.003 0.001 0.001 0.146 172 D 0.007 0.784 0.001 0.001 0.002 0.002 0.061 0.005 0.001 0.003 0.134 173 K 0.014 0.862 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.001 0.001 0.001 0.064 174 I 0.002 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 175 G 0.003 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 176 Q 0.006 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 177 M 0.010 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.006 178 L 0.033 0.944 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.007 179 K 0.077 0.855 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 0.026 180 K 0.064 0.597 0.084 0.001 0.001 0.001 0.004 0.060 0.001 0.001 0.188