# TARGET T0297 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0297.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 309 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.117 0.020 0.069 0.045 0.057 0.113 0.023 0.556 2 A 0.096 0.022 0.171 0.088 0.131 0.110 0.015 0.367 3 V 0.040 0.020 0.161 0.156 0.200 0.070 0.008 0.345 4 Q 0.007 0.012 0.099 0.076 0.086 0.030 0.002 0.688 5 L 0.009 0.013 0.104 0.081 0.128 0.062 0.003 0.600 6 L 0.030 0.027 0.098 0.082 0.142 0.090 0.005 0.525 7 E 0.034 0.066 0.118 0.081 0.169 0.122 0.007 0.404 8 N 0.021 0.075 0.029 0.025 0.049 0.095 0.006 0.700 9 W 0.087 0.167 0.026 0.022 0.042 0.109 0.014 0.532 10 L 0.197 0.224 0.015 0.016 0.022 0.144 0.023 0.358 11 L 0.208 0.335 0.024 0.015 0.029 0.116 0.023 0.251 12 K 0.126 0.391 0.011 0.010 0.017 0.075 0.017 0.353 13 E 0.088 0.398 0.012 0.006 0.011 0.080 0.017 0.389 14 Q 0.078 0.505 0.011 0.006 0.009 0.049 0.014 0.328 15 E 0.074 0.624 0.013 0.008 0.012 0.066 0.013 0.191 16 K 0.046 0.720 0.013 0.009 0.015 0.038 0.008 0.151 17 I 0.037 0.832 0.009 0.009 0.014 0.016 0.005 0.078 18 Q 0.036 0.828 0.011 0.010 0.013 0.021 0.009 0.072 19 T 0.048 0.801 0.010 0.010 0.011 0.014 0.011 0.095 20 K 0.062 0.703 0.014 0.010 0.015 0.025 0.016 0.153 21 Y 0.069 0.705 0.015 0.015 0.020 0.034 0.016 0.127 22 R 0.062 0.716 0.020 0.018 0.023 0.035 0.015 0.112 23 H 0.052 0.722 0.018 0.019 0.024 0.023 0.014 0.129 24 L 0.097 0.589 0.036 0.024 0.044 0.029 0.017 0.164 25 N 0.087 0.517 0.027 0.039 0.042 0.053 0.029 0.206 26 H 0.139 0.260 0.026 0.024 0.035 0.037 0.033 0.446 27 I 0.164 0.197 0.036 0.029 0.049 0.086 0.021 0.418 28 S 0.093 0.117 0.020 0.038 0.038 0.118 0.029 0.548 29 V 0.123 0.050 0.025 0.020 0.035 0.048 0.024 0.675 30 V 0.094 0.048 0.041 0.046 0.075 0.112 0.029 0.556 31 E 0.036 0.008 0.030 0.034 0.040 0.068 0.008 0.777 32 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 33 N 0.055 0.001 0.244 0.179 0.221 0.101 0.008 0.191 34 I 0.047 0.001 0.612 0.052 0.051 0.017 0.003 0.217 35 L 0.001 0.001 0.949 0.026 0.020 0.001 0.001 0.004 36 F 0.001 0.001 0.855 0.037 0.042 0.012 0.001 0.053 37 I 0.001 0.001 0.954 0.008 0.020 0.003 0.001 0.014 38 G 0.001 0.001 0.818 0.026 0.038 0.032 0.001 0.085 39 D 0.008 0.002 0.420 0.028 0.065 0.133 0.007 0.337 40 S 0.030 0.002 0.313 0.027 0.058 0.255 0.008 0.307 41 I 0.071 0.016 0.106 0.059 0.111 0.198 0.011 0.427 42 V 0.080 0.025 0.094 0.061 0.106 0.201 0.021 0.412 43 E 0.211 0.041 0.051 0.064 0.110 0.189 0.026 0.309 44 Y 0.176 0.090 0.063 0.072 0.118 0.053 0.023 0.407 45 Y 0.088 0.045 0.069 0.111 0.170 0.090 0.019 0.408 46 P 0.004 0.008 0.008 0.013 0.019 0.018 0.002 0.928 47 L 0.042 0.025 0.028 0.046 0.180 0.078 0.007 0.594 48 Q 0.073 0.042 0.025 0.038 0.074 0.135 0.012 0.602 49 E 0.146 0.081 0.021 0.031 0.053 0.121 0.021 0.527 50 L 0.228 0.151 0.037 0.034 0.043 0.092 0.019 0.396 51 F 0.242 0.106 0.036 0.043 0.051 0.082 0.033 0.407 52 G 0.171 0.057 0.065 0.049 0.056 0.073 0.041 0.489 53 T 0.145 0.032 0.074 0.038 0.061 0.123 0.020 0.507 54 S 0.027 0.015 0.046 0.025 0.035 0.083 0.008 0.761 55 K 0.035 0.011 0.062 0.029 0.042 0.123 0.006 0.692 56 T 0.049 0.018 0.249 0.089 0.096 0.209 0.009 0.280 57 I 0.036 0.033 0.295 0.090 0.139 0.103 0.007 0.298 58 V 0.010 0.041 0.522 0.117 0.161 0.038 0.004 0.107 59 N 0.015 0.069 0.265 0.139 0.198 0.079 0.008 0.226 60 R 0.036 0.049 0.381 0.108 0.161 0.046 0.016 0.205 61 G 0.068 0.025 0.148 0.047 0.083 0.135 0.027 0.468 62 I 0.075 0.034 0.303 0.068 0.085 0.111 0.017 0.307 63 R 0.011 0.030 0.064 0.028 0.040 0.079 0.006 0.742 64 G 0.044 0.027 0.040 0.017 0.041 0.091 0.015 0.725 65 Y 0.174 0.041 0.063 0.022 0.021 0.149 0.016 0.514 66 Q 0.046 0.071 0.056 0.018 0.020 0.225 0.011 0.554 67 T 0.072 0.147 0.049 0.019 0.047 0.120 0.010 0.535 68 G 0.025 0.275 0.044 0.016 0.030 0.076 0.006 0.527 69 L 0.046 0.235 0.012 0.008 0.017 0.240 0.008 0.433 70 L 0.063 0.672 0.007 0.005 0.015 0.086 0.006 0.146 71 L 0.016 0.932 0.002 0.002 0.007 0.007 0.002 0.034 72 E 0.015 0.938 0.002 0.002 0.003 0.006 0.005 0.029 73 N 0.146 0.765 0.004 0.003 0.002 0.004 0.029 0.047 74 L 0.152 0.735 0.017 0.005 0.008 0.005 0.023 0.055 75 D 0.045 0.560 0.036 0.013 0.027 0.034 0.021 0.263 76 A 0.060 0.373 0.032 0.009 0.017 0.044 0.023 0.442 77 H 0.213 0.391 0.024 0.007 0.009 0.087 0.037 0.233 78 L 0.210 0.465 0.064 0.011 0.012 0.050 0.032 0.156 79 Y 0.090 0.426 0.070 0.024 0.025 0.052 0.027 0.285 80 G 0.115 0.176 0.051 0.021 0.028 0.051 0.037 0.521 81 G 0.199 0.081 0.052 0.027 0.028 0.066 0.053 0.493 82 A 0.169 0.031 0.056 0.032 0.040 0.129 0.029 0.515 83 V 0.006 0.003 0.037 0.016 0.018 0.040 0.003 0.876 84 D 0.022 0.007 0.203 0.213 0.157 0.136 0.008 0.254 85 K 0.048 0.003 0.390 0.081 0.126 0.094 0.005 0.253 86 I 0.004 0.001 0.780 0.093 0.091 0.012 0.001 0.018 87 F 0.001 0.001 0.903 0.052 0.034 0.002 0.001 0.007 88 L 0.001 0.001 0.903 0.038 0.047 0.002 0.001 0.009 89 L 0.001 0.001 0.930 0.018 0.037 0.003 0.001 0.012 90 I 0.001 0.001 0.771 0.044 0.070 0.021 0.001 0.091 91 G 0.004 0.003 0.484 0.032 0.090 0.133 0.005 0.250 92 T 0.019 0.008 0.233 0.027 0.065 0.128 0.006 0.515 93 N 0.023 0.040 0.120 0.044 0.059 0.162 0.016 0.537 94 D 0.241 0.033 0.030 0.019 0.036 0.237 0.034 0.370 95 I 0.177 0.253 0.096 0.039 0.045 0.123 0.027 0.240 96 G 0.164 0.233 0.040 0.031 0.058 0.160 0.038 0.276 97 K 0.245 0.175 0.046 0.020 0.026 0.072 0.049 0.366 98 D 0.195 0.082 0.023 0.011 0.015 0.054 0.064 0.556 99 V 0.320 0.037 0.051 0.026 0.029 0.078 0.016 0.441 100 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 101 V 0.002 0.003 0.005 0.005 0.032 0.022 0.001 0.931 102 N 0.027 0.017 0.007 0.004 0.011 0.109 0.002 0.822 103 E 0.105 0.080 0.003 0.004 0.007 0.248 0.003 0.551 104 A 0.062 0.728 0.003 0.002 0.004 0.024 0.002 0.176 105 L 0.010 0.914 0.003 0.001 0.003 0.005 0.001 0.063 106 N 0.014 0.900 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.073 107 N 0.115 0.754 0.002 0.001 0.001 0.008 0.017 0.101 108 L 0.031 0.904 0.004 0.001 0.001 0.004 0.005 0.050 109 E 0.003 0.934 0.004 0.001 0.001 0.013 0.002 0.044 110 A 0.003 0.956 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.029 111 I 0.004 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 112 I 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 113 Q 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 114 S 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 115 V 0.015 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 116 A 0.014 0.959 0.002 0.001 0.002 0.002 0.004 0.017 117 R 0.043 0.879 0.003 0.001 0.001 0.004 0.022 0.048 118 D 0.135 0.664 0.009 0.002 0.001 0.004 0.106 0.078 119 Y 0.313 0.285 0.031 0.009 0.006 0.015 0.088 0.254 120 P 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.993 121 L 0.018 0.008 0.063 0.047 0.067 0.142 0.011 0.644 122 T 0.161 0.008 0.112 0.027 0.031 0.092 0.010 0.559 123 E 0.018 0.006 0.619 0.118 0.074 0.038 0.003 0.124 124 I 0.010 0.007 0.496 0.118 0.124 0.034 0.002 0.210 125 K 0.002 0.001 0.801 0.081 0.091 0.005 0.001 0.017 126 L 0.003 0.004 0.506 0.133 0.153 0.026 0.002 0.172 127 L 0.003 0.003 0.625 0.089 0.169 0.021 0.002 0.086 128 S 0.008 0.004 0.270 0.083 0.149 0.095 0.006 0.384 129 I 0.030 0.005 0.152 0.030 0.089 0.066 0.017 0.611 130 L 0.084 0.004 0.141 0.060 0.087 0.167 0.008 0.450 131 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 132 V 0.011 0.004 0.022 0.019 0.059 0.088 0.003 0.795 133 N 0.130 0.014 0.021 0.013 0.016 0.112 0.009 0.685 134 E 0.155 0.025 0.013 0.009 0.018 0.166 0.007 0.606 135 R 0.096 0.055 0.015 0.006 0.017 0.199 0.004 0.607 136 E 0.042 0.103 0.007 0.003 0.008 0.182 0.005 0.650 137 E 0.055 0.410 0.005 0.004 0.007 0.161 0.007 0.351 138 Y 0.083 0.695 0.004 0.003 0.006 0.034 0.009 0.165 139 Q 0.058 0.794 0.006 0.005 0.008 0.021 0.009 0.099 140 Q 0.042 0.821 0.009 0.006 0.010 0.016 0.009 0.089 141 A 0.060 0.699 0.007 0.005 0.007 0.022 0.018 0.182 142 V 0.134 0.650 0.017 0.008 0.009 0.021 0.020 0.141 143 Y 0.102 0.657 0.034 0.011 0.012 0.033 0.017 0.135 144 I 0.090 0.505 0.061 0.019 0.025 0.046 0.019 0.235 145 R 0.055 0.528 0.049 0.021 0.022 0.058 0.011 0.255 146 S 0.073 0.424 0.035 0.011 0.020 0.106 0.016 0.314 147 N 0.132 0.337 0.029 0.008 0.015 0.066 0.019 0.394 148 E 0.068 0.231 0.017 0.004 0.008 0.238 0.011 0.424 149 K 0.070 0.290 0.005 0.002 0.004 0.300 0.009 0.322 150 I 0.027 0.867 0.003 0.001 0.002 0.022 0.002 0.076 151 Q 0.007 0.942 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.040 152 N 0.023 0.915 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.050 153 W 0.031 0.922 0.003 0.001 0.001 0.003 0.005 0.034 154 N 0.025 0.926 0.002 0.001 0.001 0.006 0.005 0.034 155 Q 0.009 0.948 0.004 0.001 0.001 0.005 0.003 0.029 156 A 0.011 0.930 0.002 0.001 0.001 0.010 0.003 0.043 157 Y 0.015 0.934 0.003 0.001 0.001 0.011 0.003 0.033 158 Q 0.002 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 159 E 0.003 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 160 L 0.007 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 161 A 0.008 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 162 S 0.017 0.931 0.002 0.001 0.002 0.003 0.006 0.037 163 A 0.082 0.815 0.004 0.001 0.001 0.004 0.030 0.062 164 Y 0.102 0.818 0.007 0.001 0.001 0.003 0.027 0.040 165 M 0.123 0.553 0.043 0.015 0.008 0.021 0.083 0.154 166 Q 0.262 0.130 0.076 0.014 0.012 0.047 0.092 0.367 167 V 0.240 0.052 0.226 0.018 0.022 0.049 0.024 0.369 168 E 0.028 0.041 0.420 0.110 0.063 0.045 0.010 0.283 169 F 0.001 0.002 0.035 0.004 0.007 0.008 0.002 0.941 170 V 0.012 0.005 0.688 0.098 0.070 0.020 0.003 0.105 171 P 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 172 V 0.005 0.006 0.199 0.029 0.134 0.065 0.002 0.560 173 F 0.068 0.027 0.174 0.035 0.053 0.124 0.006 0.513 174 D 0.081 0.047 0.050 0.027 0.039 0.124 0.013 0.621 175 C 0.158 0.152 0.096 0.021 0.042 0.124 0.009 0.398 176 L 0.193 0.288 0.048 0.020 0.040 0.217 0.017 0.178 177 T 0.236 0.370 0.031 0.022 0.033 0.080 0.029 0.199 178 D 0.105 0.508 0.030 0.014 0.025 0.029 0.020 0.269 179 Q 0.152 0.359 0.033 0.012 0.020 0.099 0.036 0.290 180 A 0.149 0.345 0.025 0.010 0.019 0.133 0.041 0.277 181 G 0.229 0.333 0.026 0.014 0.015 0.055 0.045 0.282 182 Q 0.205 0.217 0.064 0.013 0.018 0.173 0.025 0.286 183 L 0.166 0.216 0.035 0.015 0.035 0.100 0.017 0.416 184 K 0.085 0.237 0.031 0.018 0.050 0.094 0.014 0.471 185 K 0.059 0.171 0.026 0.014 0.026 0.107 0.017 0.581 186 E 0.208 0.247 0.026 0.019 0.023 0.121 0.028 0.330 187 Y 0.331 0.242 0.038 0.028 0.037 0.058 0.031 0.235 188 T 0.141 0.182 0.157 0.075 0.094 0.073 0.031 0.247 189 T 0.046 0.087 0.142 0.049 0.071 0.087 0.018 0.499 190 D 0.075 0.073 0.150 0.054 0.081 0.118 0.033 0.415 191 G 0.142 0.050 0.170 0.048 0.053 0.119 0.035 0.383 192 L 0.108 0.022 0.281 0.031 0.051 0.232 0.015 0.260 193 H 0.052 0.021 0.186 0.068 0.071 0.206 0.011 0.386 194 L 0.058 0.032 0.134 0.048 0.087 0.110 0.004 0.527 195 S 0.015 0.038 0.051 0.030 0.085 0.235 0.005 0.542 196 I 0.047 0.052 0.022 0.010 0.037 0.121 0.006 0.705 197 A 0.034 0.113 0.007 0.006 0.009 0.465 0.007 0.359 198 G 0.204 0.150 0.004 0.004 0.006 0.308 0.021 0.303 199 Y 0.047 0.846 0.010 0.003 0.005 0.018 0.002 0.069 200 Q 0.002 0.915 0.004 0.002 0.005 0.012 0.001 0.059 201 A 0.007 0.942 0.002 0.002 0.003 0.006 0.002 0.036 202 L 0.011 0.967 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.013 203 S 0.010 0.969 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.012 204 K 0.012 0.949 0.002 0.001 0.001 0.002 0.005 0.028 205 S 0.066 0.836 0.002 0.001 0.001 0.005 0.019 0.070 206 L 0.079 0.780 0.007 0.001 0.003 0.006 0.016 0.108 207 K 0.022 0.804 0.008 0.002 0.006 0.014 0.007 0.138 208 D 0.026 0.690 0.006 0.002 0.002 0.013 0.011 0.250 209 Y 0.199 0.546 0.010 0.002 0.002 0.015 0.038 0.188 210 L 0.090 0.741 0.031 0.005 0.004 0.011 0.021 0.097 211 Y 0.029 0.597 0.109 0.017 0.024 0.032 0.017 0.174