# TARGET T0297 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0297.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 309 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.008 0.001 0.004 0.003 0.007 0.005 0.972 2 A 0.118 0.019 0.014 0.021 0.023 0.036 0.769 3 V 0.165 0.038 0.008 0.026 0.163 0.021 0.580 4 Q 0.154 0.018 0.006 0.022 0.061 0.016 0.723 5 L 0.141 0.017 0.009 0.027 0.060 0.037 0.709 6 L 0.139 0.035 0.020 0.045 0.082 0.066 0.614 7 E 0.081 0.027 0.031 0.047 0.136 0.054 0.625 8 N 0.054 0.013 0.060 0.084 0.182 0.116 0.492 9 W 0.031 0.012 0.099 0.091 0.177 0.205 0.385 10 L 0.021 0.014 0.097 0.125 0.200 0.220 0.322 11 L 0.021 0.011 0.074 0.145 0.183 0.252 0.314 12 K 0.018 0.007 0.052 0.204 0.188 0.187 0.344 13 E 0.025 0.010 0.039 0.299 0.160 0.100 0.366 14 Q 0.027 0.007 0.049 0.633 0.072 0.080 0.131 15 E 0.029 0.007 0.044 0.721 0.042 0.059 0.099 16 K 0.028 0.005 0.038 0.794 0.027 0.042 0.066 17 I 0.029 0.003 0.027 0.832 0.021 0.044 0.044 18 Q 0.030 0.003 0.021 0.832 0.023 0.044 0.048 19 T 0.026 0.003 0.022 0.816 0.029 0.044 0.061 20 K 0.026 0.003 0.021 0.812 0.026 0.050 0.062 21 Y 0.026 0.003 0.029 0.798 0.028 0.054 0.062 22 R 0.026 0.003 0.035 0.770 0.034 0.069 0.063 23 H 0.028 0.005 0.044 0.706 0.037 0.094 0.085 24 L 0.033 0.008 0.068 0.614 0.054 0.099 0.124 25 N 0.028 0.005 0.095 0.524 0.065 0.156 0.128 26 H 0.020 0.005 0.104 0.424 0.077 0.208 0.162 27 I 0.017 0.008 0.101 0.278 0.127 0.156 0.313 28 S 0.018 0.015 0.126 0.193 0.117 0.197 0.333 29 V 0.021 0.007 0.077 0.125 0.178 0.236 0.355 30 V 0.037 0.022 0.042 0.061 0.316 0.157 0.364 31 E 0.071 0.008 0.012 0.010 0.217 0.064 0.618 32 P 0.142 0.004 0.003 0.003 0.121 0.019 0.708 33 N 0.613 0.004 0.002 0.002 0.181 0.006 0.192 34 I 0.963 0.007 0.001 0.001 0.002 0.001 0.027 35 L 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 36 F 0.980 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 37 I 0.851 0.002 0.001 0.001 0.018 0.006 0.121 38 G 0.519 0.006 0.002 0.002 0.222 0.031 0.218 39 D 0.180 0.015 0.021 0.019 0.316 0.050 0.398 40 S 0.127 0.024 0.100 0.068 0.207 0.123 0.352 41 I 0.132 0.013 0.192 0.220 0.117 0.231 0.095 42 V 0.153 0.026 0.178 0.265 0.081 0.169 0.128 43 E 0.161 0.029 0.089 0.281 0.106 0.181 0.153 44 Y 0.138 0.024 0.057 0.227 0.133 0.224 0.197 45 Y 0.121 0.028 0.049 0.171 0.168 0.229 0.234 46 P 0.113 0.026 0.047 0.110 0.193 0.240 0.271 47 L 0.091 0.033 0.064 0.129 0.173 0.164 0.346 48 Q 0.050 0.023 0.128 0.156 0.172 0.231 0.239 49 E 0.030 0.011 0.152 0.175 0.156 0.324 0.152 50 L 0.035 0.008 0.150 0.156 0.149 0.311 0.191 51 F 0.045 0.015 0.118 0.123 0.170 0.275 0.255 52 G 0.050 0.012 0.064 0.065 0.205 0.224 0.381 53 T 0.063 0.025 0.038 0.052 0.265 0.123 0.433 54 S 0.146 0.020 0.019 0.030 0.167 0.098 0.520 55 K 0.345 0.009 0.004 0.015 0.089 0.014 0.524 56 T 0.701 0.010 0.003 0.008 0.113 0.005 0.159 57 I 0.914 0.015 0.003 0.005 0.006 0.002 0.055 58 V 0.959 0.003 0.004 0.006 0.004 0.004 0.021 59 N 0.933 0.004 0.004 0.007 0.009 0.005 0.037 60 R 0.777 0.004 0.009 0.010 0.039 0.021 0.140 61 G 0.511 0.017 0.013 0.014 0.117 0.067 0.260 62 I 0.286 0.025 0.020 0.013 0.184 0.116 0.355 63 R 0.131 0.033 0.026 0.019 0.226 0.291 0.273 64 G 0.065 0.013 0.048 0.057 0.301 0.293 0.223 65 Y 0.050 0.023 0.086 0.125 0.218 0.253 0.246 66 Q 0.047 0.038 0.074 0.250 0.178 0.183 0.230 67 T 0.031 0.016 0.040 0.517 0.087 0.072 0.237 68 G 0.003 0.001 0.046 0.832 0.019 0.078 0.021 69 L 0.003 0.001 0.054 0.835 0.014 0.079 0.014 70 L 0.003 0.002 0.062 0.879 0.008 0.032 0.015 71 L 0.005 0.002 0.034 0.916 0.007 0.025 0.011 72 E 0.012 0.001 0.039 0.864 0.011 0.055 0.019 73 N 0.005 0.003 0.034 0.839 0.015 0.084 0.020 74 L 0.009 0.005 0.032 0.776 0.037 0.065 0.076 75 D 0.005 0.002 0.082 0.727 0.024 0.104 0.056 76 A 0.006 0.001 0.100 0.709 0.027 0.122 0.035 77 H 0.004 0.003 0.127 0.694 0.022 0.114 0.035 78 L 0.011 0.006 0.082 0.679 0.060 0.087 0.076 79 Y 0.009 0.005 0.143 0.555 0.033 0.175 0.081 80 G 0.014 0.004 0.121 0.312 0.089 0.349 0.110 81 G 0.060 0.016 0.035 0.130 0.291 0.191 0.278 82 A 0.081 0.048 0.004 0.009 0.167 0.042 0.650 83 V 0.080 0.004 0.002 0.003 0.076 0.013 0.821 84 D 0.148 0.001 0.001 0.001 0.657 0.003 0.190 85 K 0.987 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.006 86 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 F 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 L 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 89 L 0.852 0.002 0.001 0.001 0.019 0.002 0.123 90 I 0.288 0.003 0.004 0.006 0.181 0.010 0.508 91 G 0.121 0.022 0.010 0.011 0.212 0.023 0.602 92 T 0.084 0.030 0.085 0.105 0.234 0.085 0.377 93 N 0.066 0.014 0.162 0.190 0.182 0.160 0.227 94 D 0.033 0.013 0.206 0.304 0.111 0.187 0.146 95 I 0.016 0.008 0.182 0.341 0.077 0.278 0.097 96 G 0.011 0.005 0.094 0.199 0.128 0.472 0.090 97 K 0.010 0.003 0.039 0.060 0.164 0.620 0.104 98 D 0.012 0.005 0.013 0.013 0.245 0.338 0.375 99 V 0.025 0.053 0.002 0.007 0.235 0.008 0.670 100 P 0.010 0.024 0.001 0.009 0.029 0.002 0.927 101 V 0.001 0.001 0.015 0.963 0.007 0.010 0.005 102 N 0.001 0.001 0.010 0.976 0.004 0.009 0.001 103 E 0.001 0.001 0.019 0.972 0.002 0.006 0.002 104 A 0.001 0.001 0.004 0.987 0.001 0.006 0.002 105 L 0.001 0.001 0.002 0.973 0.002 0.020 0.002 106 N 0.001 0.001 0.001 0.952 0.005 0.039 0.003 107 N 0.001 0.001 0.001 0.947 0.005 0.032 0.015 108 L 0.001 0.001 0.001 0.985 0.004 0.004 0.006 109 E 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 110 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 111 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 112 I 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 113 Q 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 114 S 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.007 0.001 115 V 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.006 0.002 116 A 0.001 0.001 0.005 0.979 0.001 0.013 0.001 117 R 0.001 0.001 0.006 0.906 0.004 0.082 0.002 118 D 0.001 0.001 0.009 0.700 0.022 0.255 0.013 119 Y 0.003 0.005 0.009 0.077 0.237 0.220 0.448 120 P 0.010 0.008 0.016 0.012 0.210 0.218 0.526 121 L 0.049 0.003 0.018 0.003 0.343 0.273 0.311 122 T 0.365 0.007 0.003 0.001 0.148 0.009 0.467 123 E 0.869 0.002 0.001 0.001 0.033 0.001 0.094 124 I 0.983 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 125 K 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 126 L 0.970 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.025 127 L 0.863 0.002 0.001 0.001 0.011 0.001 0.122 128 S 0.517 0.006 0.002 0.002 0.065 0.005 0.403 129 I 0.303 0.019 0.004 0.003 0.144 0.013 0.515 130 L 0.133 0.032 0.006 0.006 0.116 0.020 0.687 131 P 0.051 0.016 0.017 0.017 0.115 0.063 0.721 132 V 0.034 0.013 0.043 0.039 0.172 0.164 0.534 133 N 0.025 0.012 0.060 0.067 0.185 0.250 0.401 134 E 0.018 0.012 0.050 0.097 0.167 0.125 0.532 135 R 0.013 0.012 0.053 0.127 0.157 0.090 0.550 136 E 0.018 0.012 0.075 0.259 0.115 0.156 0.366 137 E 0.017 0.009 0.106 0.328 0.118 0.158 0.263 138 Y 0.018 0.008 0.102 0.354 0.112 0.178 0.229 139 Q 0.017 0.009 0.080 0.444 0.103 0.141 0.204 140 Q 0.013 0.007 0.072 0.485 0.130 0.129 0.165 141 A 0.010 0.005 0.065 0.486 0.080 0.211 0.144 142 V 0.007 0.007 0.063 0.462 0.076 0.173 0.212 143 Y 0.007 0.007 0.054 0.482 0.107 0.144 0.200 144 I 0.007 0.005 0.049 0.572 0.083 0.131 0.154 145 R 0.004 0.005 0.041 0.654 0.062 0.093 0.141 146 S 0.003 0.002 0.023 0.751 0.035 0.062 0.123 147 N 0.002 0.001 0.014 0.866 0.027 0.045 0.046 148 E 0.002 0.001 0.012 0.911 0.017 0.030 0.027 149 K 0.001 0.001 0.008 0.941 0.010 0.018 0.022 150 I 0.001 0.001 0.003 0.970 0.006 0.011 0.009 151 Q 0.001 0.001 0.002 0.972 0.005 0.015 0.005 152 N 0.001 0.001 0.001 0.977 0.003 0.014 0.005 153 W 0.001 0.001 0.001 0.983 0.002 0.008 0.005 154 N 0.001 0.001 0.001 0.988 0.002 0.007 0.002 155 Q 0.001 0.001 0.001 0.988 0.002 0.008 0.002 156 A 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.008 0.002 157 Y 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.006 0.002 158 Q 0.001 0.001 0.001 0.986 0.002 0.008 0.002 159 E 0.001 0.001 0.003 0.971 0.002 0.020 0.003 160 L 0.001 0.001 0.004 0.956 0.004 0.030 0.006 161 A 0.001 0.001 0.012 0.916 0.011 0.040 0.019 162 S 0.001 0.001 0.044 0.809 0.010 0.124 0.011 163 A 0.001 0.001 0.056 0.652 0.034 0.234 0.023 164 Y 0.003 0.005 0.099 0.287 0.149 0.246 0.210 165 M 0.002 0.003 0.042 0.047 0.093 0.747 0.065 166 Q 0.007 0.002 0.046 0.022 0.116 0.671 0.136 167 V 0.079 0.008 0.009 0.018 0.203 0.027 0.657 168 E 0.293 0.020 0.007 0.012 0.097 0.024 0.547 169 F 0.639 0.041 0.010 0.018 0.042 0.021 0.229 170 V 0.707 0.032 0.006 0.016 0.031 0.006 0.201 171 P 0.471 0.020 0.006 0.020 0.027 0.009 0.448 172 V 0.135 0.010 0.075 0.294 0.088 0.087 0.311 173 F 0.054 0.007 0.118 0.366 0.107 0.093 0.255 174 D 0.024 0.002 0.178 0.539 0.072 0.087 0.098 175 C 0.021 0.006 0.119 0.637 0.050 0.079 0.087 176 L 0.024 0.025 0.071 0.599 0.068 0.096 0.117 177 T 0.023 0.011 0.040 0.605 0.062 0.128 0.130 178 D 0.014 0.005 0.040 0.605 0.075 0.168 0.094 179 Q 0.009 0.007 0.054 0.497 0.099 0.188 0.147 180 A 0.009 0.012 0.062 0.320 0.093 0.322 0.182 181 G 0.013 0.006 0.056 0.234 0.141 0.324 0.227 182 Q 0.022 0.010 0.061 0.190 0.168 0.227 0.322 183 L 0.034 0.013 0.082 0.228 0.168 0.096 0.379 184 K 0.032 0.010 0.163 0.321 0.093 0.131 0.251 185 K 0.042 0.009 0.225 0.339 0.072 0.175 0.138 186 E 0.070 0.020 0.209 0.306 0.071 0.165 0.159 187 Y 0.123 0.046 0.136 0.252 0.102 0.124 0.219 188 T 0.108 0.026 0.109 0.204 0.118 0.165 0.270 189 T 0.084 0.021 0.079 0.153 0.189 0.239 0.236 190 D 0.036 0.012 0.047 0.070 0.193 0.428 0.215 191 G 0.046 0.017 0.026 0.021 0.305 0.298 0.287 192 L 0.077 0.038 0.020 0.018 0.238 0.104 0.505 193 H 0.082 0.073 0.012 0.012 0.210 0.059 0.553 194 L 0.022 0.044 0.006 0.015 0.151 0.018 0.743 195 S 0.010 0.007 0.001 0.022 0.092 0.012 0.856 196 I 0.001 0.001 0.016 0.943 0.009 0.027 0.005 197 A 0.001 0.001 0.011 0.959 0.004 0.023 0.003 198 G 0.001 0.001 0.010 0.957 0.003 0.027 0.004 199 Y 0.001 0.001 0.002 0.987 0.004 0.004 0.003 200 Q 0.001 0.001 0.001 0.989 0.003 0.003 0.003 201 A 0.001 0.001 0.002 0.987 0.002 0.007 0.002 202 L 0.001 0.001 0.005 0.980 0.001 0.012 0.001 203 S 0.001 0.001 0.006 0.972 0.002 0.018 0.001 204 K 0.001 0.001 0.008 0.916 0.003 0.070 0.002 205 S 0.001 0.001 0.020 0.840 0.005 0.117 0.016 206 L 0.003 0.006 0.043 0.765 0.043 0.079 0.061 207 K 0.008 0.003 0.216 0.590 0.037 0.090 0.057 208 D 0.014 0.001 0.178 0.589 0.045 0.123 0.049 209 Y 0.011 0.002 0.179 0.527 0.031 0.183 0.067 210 L 0.029 0.036 0.073 0.380 0.017 0.232 0.233 211 Y 0.001 0.001 0.003 0.022 0.005 0.006 0.962