# TARGET T0297 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0297.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 309 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.596 0.209 0.109 0.056 0.022 0.007 0.001 2 A 0.391 0.186 0.153 0.148 0.085 0.032 0.004 3 V 0.376 0.234 0.137 0.113 0.085 0.045 0.009 4 Q 0.435 0.186 0.136 0.118 0.074 0.043 0.009 5 L 0.359 0.203 0.157 0.140 0.088 0.045 0.008 6 L 0.416 0.182 0.137 0.123 0.091 0.045 0.008 7 E 0.524 0.204 0.120 0.091 0.047 0.013 0.001 8 N 0.562 0.219 0.109 0.068 0.031 0.011 0.001 9 W 0.586 0.223 0.099 0.063 0.022 0.006 0.001 10 L 0.579 0.195 0.108 0.073 0.034 0.010 0.001 11 L 0.688 0.165 0.074 0.045 0.021 0.006 0.001 12 K 0.734 0.150 0.060 0.035 0.016 0.005 0.001 13 E 0.569 0.204 0.114 0.072 0.031 0.010 0.001 14 Q 0.520 0.231 0.119 0.078 0.037 0.013 0.002 15 E 0.348 0.217 0.159 0.138 0.089 0.043 0.007 16 K 0.286 0.187 0.164 0.164 0.120 0.068 0.011 17 I 0.260 0.167 0.151 0.170 0.147 0.091 0.015 18 Q 0.252 0.179 0.152 0.159 0.138 0.099 0.020 19 T 0.227 0.177 0.152 0.168 0.149 0.105 0.022 20 K 0.236 0.190 0.160 0.168 0.138 0.089 0.018 21 Y 0.228 0.191 0.174 0.175 0.136 0.082 0.014 22 R 0.289 0.221 0.174 0.151 0.104 0.053 0.008 23 H 0.234 0.197 0.176 0.177 0.139 0.070 0.008 24 L 0.183 0.180 0.195 0.217 0.151 0.066 0.007 25 N 0.322 0.260 0.171 0.135 0.077 0.031 0.005 26 H 0.293 0.289 0.198 0.132 0.062 0.022 0.003 27 I 0.200 0.210 0.202 0.214 0.127 0.043 0.004 28 S 0.398 0.305 0.161 0.097 0.032 0.006 0.001 29 V 0.462 0.281 0.138 0.084 0.030 0.005 0.001 30 V 0.394 0.353 0.161 0.075 0.015 0.002 0.001 31 E 0.240 0.503 0.196 0.054 0.008 0.001 0.001 32 P 0.007 0.081 0.214 0.398 0.259 0.041 0.001 33 N 0.001 0.015 0.108 0.385 0.375 0.114 0.003 34 I 0.001 0.001 0.001 0.009 0.112 0.619 0.260 35 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.023 0.299 0.676 36 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.092 0.903 37 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.067 0.927 38 G 0.001 0.001 0.001 0.004 0.018 0.144 0.833 39 D 0.001 0.001 0.001 0.005 0.040 0.257 0.697 40 S 0.001 0.001 0.003 0.014 0.064 0.250 0.668 41 I 0.001 0.002 0.008 0.022 0.057 0.264 0.647 42 V 0.002 0.004 0.008 0.029 0.101 0.378 0.479 43 E 0.004 0.013 0.034 0.090 0.190 0.367 0.302 44 Y 0.012 0.029 0.054 0.097 0.195 0.373 0.240 45 Y 0.017 0.044 0.081 0.162 0.256 0.324 0.117 46 P 0.044 0.121 0.164 0.242 0.237 0.159 0.034 47 L 0.089 0.169 0.206 0.229 0.192 0.099 0.016 48 Q 0.177 0.223 0.210 0.210 0.124 0.050 0.007 49 E 0.451 0.268 0.145 0.085 0.037 0.012 0.002 50 L 0.516 0.262 0.122 0.064 0.025 0.009 0.001 51 F 0.329 0.264 0.185 0.137 0.063 0.020 0.002 52 G 0.315 0.283 0.194 0.126 0.062 0.019 0.002 53 T 0.155 0.173 0.212 0.251 0.156 0.048 0.004 54 S 0.301 0.344 0.208 0.105 0.034 0.007 0.001 55 K 0.061 0.135 0.194 0.304 0.232 0.069 0.006 56 T 0.070 0.214 0.274 0.252 0.135 0.049 0.006 57 I 0.013 0.021 0.045 0.131 0.295 0.394 0.102 58 V 0.014 0.039 0.075 0.164 0.272 0.320 0.116 59 N 0.019 0.027 0.051 0.104 0.193 0.365 0.241 60 R 0.023 0.040 0.062 0.123 0.199 0.317 0.236 61 G 0.026 0.037 0.054 0.091 0.154 0.326 0.312 62 I 0.032 0.037 0.053 0.103 0.189 0.319 0.267 63 R 0.063 0.100 0.117 0.157 0.195 0.245 0.123 64 G 0.079 0.126 0.138 0.193 0.208 0.177 0.079 65 Y 0.140 0.199 0.179 0.179 0.147 0.106 0.050 66 Q 0.083 0.141 0.166 0.216 0.203 0.142 0.049 67 T 0.044 0.073 0.102 0.168 0.246 0.273 0.093 68 G 0.175 0.258 0.220 0.183 0.102 0.051 0.011 69 L 0.089 0.187 0.247 0.226 0.151 0.081 0.020 70 L 0.009 0.014 0.022 0.069 0.222 0.507 0.157 71 L 0.011 0.043 0.119 0.271 0.303 0.220 0.035 72 E 0.078 0.314 0.309 0.173 0.082 0.040 0.004 73 N 0.022 0.086 0.168 0.303 0.281 0.128 0.013 74 L 0.006 0.013 0.039 0.141 0.376 0.388 0.037 75 D 0.085 0.273 0.307 0.227 0.085 0.021 0.002 76 A 0.211 0.414 0.210 0.111 0.042 0.011 0.001 77 H 0.060 0.198 0.277 0.277 0.140 0.044 0.003 78 L 0.025 0.066 0.140 0.298 0.343 0.123 0.005 79 Y 0.245 0.368 0.220 0.127 0.035 0.006 0.001 80 G 0.451 0.349 0.128 0.055 0.015 0.002 0.001 81 G 0.126 0.267 0.270 0.248 0.079 0.009 0.001 82 A 0.194 0.536 0.211 0.050 0.008 0.001 0.001 83 V 0.003 0.023 0.091 0.341 0.434 0.106 0.002 84 D 0.001 0.041 0.204 0.435 0.261 0.058 0.001 85 K 0.001 0.001 0.001 0.019 0.180 0.661 0.139 86 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.307 0.672 87 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.094 0.903 88 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.966 89 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.068 0.926 90 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.104 0.884 91 G 0.001 0.001 0.001 0.005 0.035 0.216 0.743 92 T 0.001 0.001 0.003 0.013 0.054 0.272 0.657 93 N 0.001 0.004 0.009 0.035 0.130 0.429 0.392 94 D 0.003 0.009 0.025 0.075 0.209 0.458 0.220 95 I 0.007 0.020 0.043 0.098 0.220 0.443 0.169 96 G 0.019 0.061 0.122 0.240 0.301 0.217 0.040 97 K 0.065 0.188 0.277 0.267 0.144 0.052 0.007 98 D 0.230 0.321 0.232 0.138 0.058 0.018 0.002 99 V 0.146 0.233 0.244 0.208 0.121 0.041 0.007 100 P 0.242 0.331 0.218 0.135 0.057 0.015 0.002 101 V 0.050 0.165 0.278 0.291 0.167 0.045 0.004 102 N 0.391 0.392 0.140 0.055 0.016 0.004 0.001 103 E 0.086 0.310 0.329 0.194 0.067 0.012 0.002 104 A 0.006 0.024 0.071 0.233 0.425 0.230 0.011 105 L 0.006 0.097 0.288 0.372 0.198 0.037 0.002 106 N 0.079 0.460 0.315 0.118 0.024 0.005 0.001 107 N 0.001 0.014 0.071 0.257 0.414 0.229 0.014 108 L 0.001 0.001 0.002 0.017 0.175 0.677 0.128 109 E 0.002 0.078 0.360 0.396 0.136 0.025 0.002 110 A 0.006 0.102 0.321 0.377 0.159 0.034 0.001 111 I 0.001 0.001 0.001 0.009 0.125 0.724 0.140 112 I 0.001 0.001 0.013 0.135 0.474 0.361 0.015 113 Q 0.010 0.304 0.418 0.203 0.055 0.010 0.001 114 S 0.002 0.032 0.222 0.508 0.209 0.027 0.001 115 V 0.001 0.004 0.010 0.075 0.424 0.466 0.021 116 A 0.036 0.211 0.357 0.291 0.090 0.014 0.001 117 R 0.508 0.403 0.065 0.019 0.003 0.001 0.001 118 D 0.125 0.361 0.342 0.143 0.027 0.003 0.001 119 Y 0.216 0.309 0.240 0.171 0.059 0.006 0.001 120 P 0.202 0.294 0.239 0.179 0.074 0.012 0.001 121 L 0.186 0.439 0.256 0.100 0.017 0.002 0.001 122 T 0.009 0.035 0.091 0.273 0.417 0.166 0.009 123 E 0.004 0.042 0.129 0.280 0.342 0.184 0.019 124 I 0.001 0.002 0.005 0.028 0.113 0.478 0.373 125 K 0.001 0.002 0.006 0.024 0.086 0.371 0.511 126 L 0.001 0.004 0.011 0.029 0.078 0.324 0.552 127 L 0.002 0.004 0.012 0.035 0.097 0.330 0.521 128 S 0.004 0.012 0.033 0.079 0.191 0.380 0.301 129 I 0.007 0.022 0.054 0.117 0.227 0.381 0.192 130 L 0.015 0.043 0.095 0.187 0.279 0.293 0.088 131 P 0.039 0.090 0.149 0.215 0.252 0.216 0.039 132 V 0.094 0.185 0.208 0.231 0.181 0.090 0.010 133 N 0.178 0.234 0.199 0.192 0.132 0.058 0.006 134 E 0.322 0.276 0.182 0.122 0.065 0.029 0.003 135 R 0.378 0.233 0.163 0.127 0.068 0.027 0.003 136 E 0.483 0.253 0.128 0.080 0.040 0.015 0.002 137 E 0.428 0.230 0.154 0.108 0.056 0.022 0.002 138 Y 0.484 0.226 0.131 0.093 0.046 0.018 0.002 139 Q 0.462 0.227 0.135 0.097 0.053 0.023 0.003 140 Q 0.485 0.203 0.132 0.103 0.052 0.021 0.003 141 A 0.602 0.203 0.093 0.056 0.030 0.013 0.002 142 V 0.405 0.225 0.153 0.117 0.067 0.027 0.005 143 Y 0.332 0.215 0.158 0.151 0.096 0.041 0.006 144 I 0.361 0.230 0.155 0.128 0.080 0.038 0.006 145 R 0.293 0.229 0.175 0.159 0.101 0.037 0.005 146 S 0.135 0.186 0.180 0.220 0.183 0.084 0.012 147 N 0.108 0.189 0.232 0.249 0.161 0.053 0.007 148 E 0.311 0.346 0.172 0.103 0.049 0.017 0.002 149 K 0.045 0.121 0.210 0.282 0.228 0.100 0.014 150 I 0.008 0.029 0.069 0.185 0.341 0.324 0.044 151 Q 0.057 0.211 0.262 0.259 0.149 0.055 0.006 152 N 0.031 0.155 0.264 0.280 0.174 0.084 0.012 153 W 0.001 0.006 0.016 0.067 0.284 0.543 0.082 154 N 0.001 0.013 0.072 0.221 0.374 0.289 0.029 155 Q 0.026 0.262 0.399 0.212 0.073 0.027 0.002 156 A 0.002 0.019 0.104 0.351 0.395 0.122 0.007 157 Y 0.001 0.001 0.002 0.018 0.177 0.674 0.128 158 Q 0.005 0.074 0.256 0.397 0.212 0.052 0.002 159 E 0.038 0.432 0.335 0.145 0.042 0.007 0.001 160 L 0.003 0.025 0.107 0.335 0.380 0.145 0.005 161 A 0.004 0.019 0.071 0.299 0.453 0.151 0.003 162 S 0.258 0.488 0.183 0.058 0.012 0.002 0.001 163 A 0.480 0.399 0.095 0.021 0.003 0.001 0.001 164 Y 0.106 0.224 0.287 0.264 0.104 0.015 0.001 165 M 0.334 0.322 0.209 0.098 0.032 0.005 0.001 166 Q 0.402 0.352 0.151 0.074 0.018 0.002 0.001 167 V 0.065 0.143 0.227 0.296 0.213 0.055 0.003 168 E 0.053 0.166 0.225 0.281 0.195 0.075 0.006 169 F 0.006 0.022 0.052 0.146 0.301 0.386 0.086 170 V 0.004 0.009 0.030 0.104 0.255 0.434 0.164 171 P 0.010 0.060 0.146 0.254 0.265 0.208 0.057 172 V 0.003 0.009 0.021 0.066 0.194 0.467 0.240 173 F 0.005 0.019 0.043 0.127 0.289 0.408 0.110 174 D 0.019 0.104 0.207 0.267 0.213 0.159 0.030 175 C 0.012 0.053 0.127 0.260 0.321 0.207 0.021 176 L 0.010 0.023 0.042 0.125 0.312 0.432 0.056 177 T 0.043 0.138 0.204 0.286 0.232 0.090 0.007 178 D 0.199 0.349 0.237 0.141 0.055 0.018 0.002 179 Q 0.266 0.290 0.215 0.145 0.062 0.019 0.003 180 A 0.373 0.275 0.168 0.110 0.052 0.019 0.003 181 G 0.409 0.238 0.158 0.111 0.058 0.022 0.003 182 Q 0.354 0.255 0.172 0.128 0.067 0.021 0.004 183 L 0.173 0.194 0.195 0.208 0.155 0.062 0.012 184 K 0.216 0.206 0.204 0.190 0.120 0.053 0.010 185 K 0.205 0.202 0.170 0.194 0.139 0.075 0.016 186 E 0.097 0.158 0.171 0.217 0.201 0.124 0.034 187 Y 0.056 0.062 0.096 0.167 0.271 0.270 0.078 188 T 0.042 0.098 0.149 0.218 0.236 0.200 0.056 189 T 0.064 0.116 0.154 0.229 0.226 0.165 0.046 190 D 0.063 0.113 0.146 0.200 0.220 0.193 0.066 191 G 0.035 0.056 0.092 0.179 0.248 0.269 0.121 192 L 0.015 0.025 0.044 0.089 0.159 0.351 0.316 193 H 0.014 0.014 0.023 0.050 0.129 0.407 0.364 194 L 0.012 0.027 0.053 0.129 0.241 0.333 0.206 195 S 0.032 0.125 0.200 0.241 0.190 0.139 0.073 196 I 0.072 0.202 0.248 0.219 0.154 0.078 0.027 197 A 0.109 0.293 0.255 0.197 0.097 0.039 0.010 198 G 0.007 0.031 0.073 0.188 0.333 0.308 0.060 199 Y 0.003 0.015 0.045 0.145 0.352 0.382 0.059 200 Q 0.032 0.256 0.346 0.248 0.092 0.023 0.003 201 A 0.009 0.073 0.250 0.405 0.208 0.051 0.004 202 L 0.001 0.002 0.004 0.020 0.169 0.684 0.120 203 S 0.001 0.011 0.052 0.238 0.415 0.265 0.019 204 K 0.025 0.320 0.404 0.189 0.052 0.010 0.001 205 S 0.003 0.020 0.158 0.473 0.296 0.050 0.001 206 L 0.008 0.017 0.015 0.055 0.296 0.568 0.042 207 K 0.040 0.180 0.334 0.321 0.109 0.015 0.001 208 D 0.277 0.503 0.162 0.047 0.009 0.001 0.001 209 Y 0.060 0.145 0.316 0.356 0.111 0.012 0.001 210 L 0.138 0.178 0.218 0.268 0.168 0.029 0.001 211 Y 0.574 0.296 0.088 0.032 0.008 0.001 0.001