# TARGET T0297 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0297.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1705 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.039 0.115 0.030 0.071 0.066 0.112 0.050 0.516 2 A 0.073 0.247 0.028 0.035 0.055 0.073 0.068 0.421 3 V 0.103 0.303 0.024 0.027 0.035 0.066 0.074 0.369 4 Q 0.043 0.171 0.064 0.049 0.051 0.083 0.177 0.362 5 L 0.069 0.266 0.035 0.025 0.028 0.076 0.100 0.401 6 L 0.124 0.408 0.028 0.018 0.025 0.051 0.084 0.264 7 E 0.096 0.362 0.020 0.017 0.028 0.057 0.055 0.366 8 N 0.056 0.245 0.034 0.028 0.045 0.068 0.084 0.440 9 W 0.047 0.222 0.039 0.051 0.048 0.105 0.055 0.434 10 L 0.074 0.191 0.055 0.036 0.049 0.093 0.088 0.414 11 L 0.087 0.197 0.029 0.027 0.027 0.084 0.077 0.473 12 K 0.114 0.334 0.015 0.013 0.015 0.049 0.072 0.387 13 E 0.099 0.414 0.008 0.010 0.013 0.048 0.054 0.355 14 Q 0.054 0.297 0.014 0.014 0.027 0.068 0.129 0.397 15 E 0.022 0.167 0.018 0.036 0.051 0.083 0.286 0.338 16 K 0.029 0.314 0.018 0.036 0.048 0.074 0.157 0.323 17 I 0.043 0.487 0.019 0.038 0.055 0.051 0.071 0.236 18 Q 0.055 0.352 0.029 0.039 0.070 0.059 0.072 0.323 19 T 0.043 0.336 0.036 0.067 0.065 0.062 0.118 0.273 20 K 0.074 0.400 0.025 0.032 0.040 0.060 0.082 0.287 21 Y 0.118 0.182 0.040 0.040 0.050 0.068 0.187 0.316 22 R 0.053 0.122 0.033 0.062 0.063 0.094 0.124 0.448 23 H 0.117 0.091 0.029 0.024 0.047 0.077 0.078 0.537 24 L 0.067 0.028 0.030 0.053 0.054 0.106 0.091 0.571 25 N 0.056 0.018 0.021 0.032 0.042 0.090 0.081 0.660 26 H 0.090 0.015 0.012 0.018 0.025 0.091 0.059 0.689 27 I 0.079 0.006 0.017 0.027 0.026 0.104 0.049 0.692 28 S 0.079 0.005 0.012 0.016 0.029 0.093 0.044 0.723 29 V 0.016 0.001 0.018 0.008 0.014 0.123 0.047 0.772 30 V 0.032 0.003 0.049 0.019 0.023 0.165 0.055 0.655 31 E 0.024 0.003 0.052 0.015 0.020 0.178 0.066 0.641 32 P 0.002 0.001 0.218 0.019 0.038 0.177 0.053 0.493 33 N 0.001 0.001 0.753 0.029 0.063 0.023 0.083 0.048 34 I 0.002 0.001 0.646 0.045 0.054 0.021 0.136 0.095 35 L 0.001 0.001 0.929 0.020 0.018 0.005 0.011 0.014 36 F 0.009 0.004 0.747 0.040 0.064 0.035 0.048 0.055 37 I 0.015 0.018 0.553 0.023 0.053 0.114 0.075 0.148 38 G 0.042 0.053 0.181 0.016 0.042 0.218 0.087 0.362 39 D 0.073 0.090 0.132 0.019 0.032 0.167 0.227 0.261 40 S 0.070 0.167 0.154 0.025 0.044 0.115 0.186 0.238 41 I 0.290 0.133 0.076 0.029 0.055 0.077 0.106 0.235 42 V 0.200 0.039 0.040 0.042 0.053 0.098 0.092 0.436 43 E 0.021 0.032 0.018 0.027 0.056 0.118 0.036 0.692 44 Y 0.029 0.034 0.017 0.014 0.035 0.115 0.033 0.722 45 Y 0.084 0.072 0.036 0.083 0.049 0.156 0.056 0.464 46 P 0.123 0.106 0.020 0.017 0.022 0.085 0.043 0.584 47 L 0.285 0.121 0.020 0.017 0.021 0.067 0.098 0.372 48 Q 0.223 0.054 0.019 0.020 0.021 0.081 0.091 0.492 49 E 0.121 0.012 0.011 0.010 0.017 0.090 0.099 0.639 50 L 0.021 0.006 0.014 0.014 0.023 0.130 0.086 0.706 51 F 0.046 0.009 0.015 0.014 0.032 0.131 0.037 0.717 52 G 0.063 0.007 0.013 0.012 0.020 0.109 0.056 0.720 53 T 0.036 0.017 0.023 0.022 0.031 0.149 0.046 0.676 54 S 0.040 0.025 0.028 0.014 0.036 0.151 0.056 0.651 55 K 0.018 0.024 0.072 0.048 0.067 0.134 0.106 0.531 56 T 0.022 0.052 0.250 0.077 0.135 0.087 0.132 0.246 57 I 0.021 0.072 0.188 0.079 0.127 0.080 0.107 0.326 58 V 0.026 0.043 0.378 0.115 0.121 0.057 0.063 0.198 59 N 0.061 0.071 0.198 0.088 0.126 0.070 0.134 0.252 60 R 0.029 0.061 0.181 0.059 0.108 0.106 0.086 0.370 61 G 0.085 0.065 0.134 0.053 0.102 0.134 0.071 0.355 62 I 0.080 0.046 0.073 0.059 0.077 0.118 0.109 0.437 63 R 0.038 0.051 0.056 0.034 0.086 0.121 0.139 0.475 64 G 0.037 0.087 0.053 0.042 0.092 0.114 0.204 0.370 65 Y 0.047 0.101 0.048 0.067 0.078 0.144 0.055 0.459 66 Q 0.089 0.235 0.040 0.044 0.060 0.080 0.064 0.388 67 T 0.058 0.547 0.018 0.014 0.023 0.046 0.055 0.239 68 G 0.086 0.503 0.026 0.016 0.019 0.049 0.063 0.239 69 L 0.045 0.265 0.043 0.030 0.020 0.064 0.265 0.268 70 L 0.113 0.649 0.008 0.005 0.005 0.026 0.088 0.106 71 L 0.193 0.556 0.010 0.003 0.005 0.023 0.085 0.125 72 E 0.023 0.488 0.010 0.008 0.010 0.046 0.044 0.373 73 N 0.032 0.583 0.012 0.004 0.007 0.036 0.075 0.251 74 L 0.073 0.798 0.006 0.004 0.003 0.017 0.034 0.065 75 D 0.174 0.529 0.021 0.005 0.007 0.024 0.110 0.130 76 A 0.083 0.263 0.028 0.010 0.010 0.052 0.142 0.411 77 H 0.108 0.075 0.084 0.019 0.021 0.094 0.143 0.457 78 L 0.301 0.018 0.032 0.014 0.011 0.074 0.084 0.467 79 Y 0.160 0.007 0.008 0.005 0.007 0.062 0.032 0.719 80 G 0.007 0.001 0.007 0.002 0.005 0.081 0.015 0.882 81 G 0.029 0.002 0.020 0.007 0.010 0.149 0.042 0.741 82 A 0.184 0.006 0.029 0.014 0.012 0.131 0.107 0.518 83 V 0.007 0.002 0.062 0.008 0.014 0.203 0.036 0.667 84 D 0.001 0.001 0.596 0.019 0.072 0.086 0.060 0.165 85 K 0.001 0.001 0.621 0.048 0.063 0.031 0.113 0.123 86 I 0.001 0.001 0.936 0.020 0.013 0.004 0.019 0.007 87 F 0.001 0.001 0.925 0.011 0.017 0.004 0.031 0.011 88 L 0.001 0.001 0.910 0.020 0.018 0.007 0.033 0.009 89 L 0.007 0.002 0.741 0.017 0.036 0.039 0.114 0.044 90 I 0.026 0.013 0.475 0.023 0.063 0.158 0.107 0.134 91 G 0.067 0.039 0.218 0.017 0.049 0.229 0.109 0.271 92 T 0.031 0.056 0.162 0.014 0.035 0.191 0.187 0.324 93 N 0.098 0.110 0.082 0.015 0.037 0.197 0.132 0.328 94 D 0.157 0.048 0.088 0.022 0.037 0.143 0.269 0.237 95 I 0.203 0.031 0.029 0.016 0.026 0.131 0.070 0.495 96 G 0.226 0.013 0.019 0.015 0.023 0.092 0.083 0.530 97 K 0.020 0.011 0.006 0.007 0.015 0.124 0.029 0.789 98 D 0.015 0.020 0.009 0.008 0.017 0.113 0.023 0.796 99 V 0.028 0.099 0.010 0.021 0.014 0.155 0.027 0.646 100 P 0.045 0.809 0.003 0.003 0.003 0.019 0.016 0.102 101 V 0.042 0.926 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.018 102 N 0.033 0.692 0.005 0.002 0.002 0.009 0.216 0.042 103 E 0.009 0.394 0.007 0.002 0.001 0.010 0.547 0.030 104 A 0.015 0.927 0.001 0.001 0.001 0.003 0.040 0.012 105 L 0.022 0.917 0.002 0.001 0.001 0.004 0.033 0.022 106 N 0.004 0.835 0.002 0.001 0.001 0.009 0.075 0.074 107 N 0.001 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.005 108 L 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 109 E 0.002 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.002 110 A 0.003 0.723 0.003 0.001 0.001 0.002 0.263 0.005 111 I 0.004 0.911 0.004 0.001 0.001 0.001 0.078 0.002 112 I 0.006 0.971 0.003 0.001 0.001 0.001 0.014 0.005 113 Q 0.014 0.862 0.012 0.001 0.001 0.008 0.035 0.067 114 S 0.060 0.380 0.085 0.003 0.002 0.037 0.290 0.143 115 V 0.395 0.214 0.049 0.006 0.003 0.037 0.164 0.130 116 A 0.449 0.022 0.012 0.003 0.003 0.044 0.049 0.418 117 R 0.005 0.002 0.007 0.002 0.002 0.053 0.021 0.909 118 D 0.030 0.002 0.010 0.002 0.003 0.074 0.026 0.854 119 Y 0.460 0.002 0.014 0.003 0.002 0.073 0.077 0.369 120 P 0.034 0.001 0.021 0.002 0.004 0.167 0.011 0.759 121 L 0.005 0.001 0.058 0.002 0.014 0.142 0.023 0.754 122 T 0.001 0.001 0.327 0.052 0.064 0.134 0.070 0.350 123 E 0.001 0.001 0.805 0.037 0.044 0.018 0.043 0.053 124 I 0.001 0.001 0.694 0.063 0.054 0.014 0.069 0.105 125 K 0.001 0.001 0.906 0.035 0.028 0.004 0.015 0.012 126 L 0.007 0.001 0.730 0.051 0.075 0.023 0.035 0.078 127 L 0.011 0.002 0.556 0.075 0.088 0.057 0.042 0.169 128 S 0.035 0.010 0.238 0.033 0.077 0.140 0.064 0.403 129 I 0.031 0.010 0.101 0.024 0.044 0.178 0.094 0.518 130 L 0.060 0.016 0.074 0.033 0.034 0.162 0.055 0.567 131 P 0.263 0.056 0.035 0.016 0.026 0.104 0.102 0.398 132 V 0.160 0.059 0.020 0.010 0.015 0.117 0.045 0.574 133 N 0.051 0.073 0.021 0.014 0.023 0.112 0.039 0.667 134 E 0.049 0.110 0.011 0.007 0.009 0.087 0.031 0.695 135 R 0.191 0.332 0.023 0.015 0.014 0.069 0.098 0.259 136 E 0.175 0.338 0.017 0.009 0.010 0.062 0.068 0.322 137 E 0.131 0.231 0.021 0.009 0.012 0.070 0.073 0.454 138 Y 0.082 0.221 0.017 0.009 0.011 0.085 0.056 0.518 139 Q 0.106 0.404 0.009 0.006 0.009 0.055 0.052 0.358 140 Q 0.062 0.498 0.009 0.006 0.011 0.052 0.036 0.325 141 A 0.041 0.448 0.020 0.014 0.023 0.062 0.070 0.322 142 V 0.066 0.332 0.027 0.019 0.022 0.068 0.181 0.286 143 Y 0.042 0.202 0.041 0.023 0.023 0.059 0.382 0.229 144 I 0.080 0.422 0.021 0.010 0.013 0.069 0.069 0.316 145 R 0.072 0.430 0.015 0.009 0.011 0.062 0.047 0.354 146 S 0.023 0.635 0.005 0.003 0.005 0.032 0.053 0.244 147 N 0.039 0.839 0.002 0.001 0.002 0.011 0.052 0.055 148 E 0.012 0.601 0.009 0.006 0.004 0.025 0.248 0.094 149 K 0.014 0.915 0.002 0.001 0.001 0.007 0.034 0.026 150 I 0.049 0.528 0.005 0.001 0.001 0.009 0.376 0.032 151 Q 0.010 0.691 0.008 0.002 0.001 0.014 0.217 0.057 152 N 0.009 0.897 0.002 0.001 0.001 0.006 0.050 0.036 153 W 0.004 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.007 154 N 0.005 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.005 155 Q 0.003 0.964 0.001 0.001 0.001 0.002 0.021 0.009 156 A 0.003 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 157 Y 0.016 0.963 0.002 0.001 0.001 0.001 0.016 0.003 158 Q 0.011 0.445 0.016 0.001 0.001 0.004 0.500 0.024 159 E 0.010 0.829 0.016 0.001 0.001 0.006 0.102 0.038 160 L 0.160 0.581 0.043 0.001 0.001 0.014 0.123 0.076 161 A 0.258 0.233 0.046 0.005 0.003 0.042 0.125 0.288 162 S 0.057 0.016 0.027 0.001 0.001 0.051 0.079 0.767 163 A 0.179 0.013 0.015 0.002 0.001 0.063 0.034 0.693 164 Y 0.231 0.003 0.025 0.001 0.002 0.098 0.050 0.590 165 M 0.008 0.001 0.023 0.001 0.003 0.173 0.010 0.783 166 Q 0.009 0.001 0.156 0.003 0.012 0.103 0.020 0.697 167 V 0.006 0.002 0.188 0.025 0.019 0.096 0.040 0.623 168 E 0.002 0.002 0.792 0.025 0.035 0.035 0.020 0.089 169 F 0.006 0.013 0.363 0.033 0.051 0.054 0.048 0.431 170 V 0.012 0.019 0.660 0.089 0.027 0.032 0.028 0.133 171 P 0.108 0.229 0.330 0.021 0.029 0.047 0.080 0.155 172 V 0.153 0.410 0.076 0.010 0.017 0.054 0.075 0.205 173 F 0.074 0.118 0.073 0.013 0.016 0.062 0.340 0.305 174 D 0.059 0.291 0.028 0.014 0.017 0.074 0.270 0.248 175 C 0.090 0.407 0.027 0.010 0.018 0.083 0.072 0.293 176 L 0.094 0.372 0.036 0.018 0.025 0.068 0.094 0.292 177 T 0.104 0.274 0.021 0.013 0.022 0.062 0.117 0.388 178 D 0.144 0.253 0.020 0.012 0.014 0.071 0.090 0.395 179 Q 0.150 0.222 0.026 0.014 0.015 0.092 0.086 0.396 180 A 0.092 0.138 0.026 0.009 0.011 0.091 0.053 0.580 181 G 0.075 0.121 0.022 0.008 0.010 0.087 0.033 0.644 182 Q 0.099 0.120 0.032 0.013 0.011 0.086 0.054 0.584 183 L 0.185 0.116 0.013 0.008 0.011 0.084 0.062 0.522 184 K 0.112 0.040 0.016 0.009 0.014 0.092 0.172 0.546 185 K 0.024 0.021 0.024 0.022 0.030 0.122 0.159 0.598 186 E 0.015 0.018 0.043 0.027 0.056 0.158 0.106 0.578 187 Y 0.020 0.008 0.073 0.033 0.046 0.190 0.060 0.571 188 T 0.345 0.017 0.036 0.018 0.025 0.096 0.053 0.410 189 T 0.188 0.020 0.017 0.012 0.016 0.108 0.083 0.556 190 D 0.016 0.010 0.054 0.010 0.040 0.216 0.021 0.633 191 G 0.010 0.010 0.118 0.031 0.088 0.121 0.086 0.536 192 L 0.019 0.041 0.132 0.101 0.060 0.100 0.080 0.469 193 H 0.081 0.147 0.229 0.045 0.053 0.086 0.081 0.278 194 L 0.051 0.235 0.060 0.033 0.030 0.069 0.117 0.404 195 S 0.053 0.784 0.011 0.002 0.003 0.017 0.042 0.089 196 I 0.019 0.882 0.004 0.002 0.002 0.011 0.029 0.052 197 A 0.003 0.962 0.002 0.001 0.001 0.004 0.011 0.017 198 G 0.005 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 199 Y 0.003 0.643 0.001 0.001 0.001 0.001 0.348 0.003 200 Q 0.001 0.944 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.004 201 A 0.006 0.275 0.003 0.001 0.001 0.004 0.700 0.011 202 L 0.006 0.756 0.004 0.001 0.001 0.003 0.226 0.005 203 S 0.023 0.898 0.001 0.001 0.001 0.003 0.056 0.018 204 K 0.013 0.732 0.007 0.001 0.001 0.011 0.141 0.095 205 S 0.020 0.754 0.015 0.001 0.001 0.028 0.119 0.060 206 L 0.149 0.675 0.016 0.001 0.001 0.016 0.088 0.055 207 K 0.298 0.361 0.041 0.002 0.002 0.038 0.083 0.176 208 D 0.100 0.102 0.032 0.001 0.002 0.060 0.099 0.604 209 Y 0.060 0.063 0.073 0.003 0.004 0.117 0.123 0.556 210 L 0.046 0.033 0.137 0.007 0.009 0.135 0.088 0.545 211 Y 0.050 0.014 0.040 0.005 0.007 0.106 0.038 0.741