# TARGET T0297 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0297.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1705 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.023 0.002 0.001 0.017 0.006 0.004 0.946 2 A 0.081 0.021 0.006 0.062 0.004 0.014 0.812 3 V 0.157 0.013 0.033 0.283 0.033 0.028 0.453 4 Q 0.160 0.011 0.063 0.423 0.049 0.038 0.256 5 L 0.112 0.012 0.073 0.585 0.034 0.037 0.148 6 L 0.081 0.008 0.055 0.604 0.029 0.051 0.173 7 E 0.058 0.004 0.085 0.627 0.031 0.097 0.097 8 N 0.055 0.003 0.098 0.587 0.056 0.136 0.065 9 W 0.075 0.005 0.077 0.582 0.051 0.125 0.086 10 L 0.151 0.026 0.033 0.496 0.056 0.139 0.098 11 L 0.172 0.019 0.030 0.350 0.085 0.120 0.224 12 K 0.119 0.006 0.033 0.251 0.139 0.130 0.322 13 E 0.079 0.006 0.049 0.406 0.113 0.146 0.201 14 Q 0.114 0.008 0.044 0.418 0.077 0.123 0.216 15 E 0.195 0.008 0.029 0.345 0.096 0.066 0.261 16 K 0.362 0.013 0.016 0.333 0.039 0.033 0.202 17 I 0.470 0.010 0.012 0.324 0.024 0.024 0.137 18 Q 0.435 0.005 0.012 0.345 0.043 0.029 0.131 19 T 0.486 0.006 0.013 0.323 0.044 0.029 0.099 20 K 0.414 0.008 0.016 0.380 0.033 0.039 0.110 21 Y 0.333 0.009 0.036 0.369 0.041 0.054 0.158 22 R 0.270 0.007 0.069 0.296 0.076 0.125 0.159 23 H 0.261 0.011 0.087 0.264 0.077 0.153 0.146 24 L 0.247 0.026 0.083 0.187 0.092 0.132 0.233 25 N 0.181 0.018 0.061 0.096 0.124 0.189 0.331 26 H 0.139 0.015 0.075 0.070 0.161 0.157 0.383 27 I 0.097 0.016 0.052 0.059 0.182 0.069 0.525 28 S 0.067 0.019 0.054 0.031 0.120 0.092 0.616 29 V 0.079 0.016 0.051 0.023 0.201 0.115 0.514 30 V 0.080 0.011 0.030 0.016 0.248 0.104 0.512 31 E 0.064 0.006 0.008 0.002 0.164 0.018 0.737 32 P 0.095 0.003 0.011 0.003 0.127 0.042 0.718 33 N 0.573 0.004 0.010 0.005 0.180 0.075 0.154 34 I 0.976 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.016 35 L 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 36 F 0.986 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.009 37 I 0.878 0.001 0.002 0.004 0.008 0.004 0.103 38 G 0.275 0.002 0.009 0.007 0.164 0.041 0.503 39 D 0.077 0.012 0.024 0.037 0.315 0.073 0.462 40 S 0.050 0.021 0.082 0.160 0.194 0.158 0.336 41 I 0.040 0.009 0.170 0.426 0.070 0.228 0.057 42 V 0.032 0.008 0.174 0.511 0.041 0.195 0.039 43 E 0.026 0.008 0.110 0.450 0.029 0.316 0.061 44 Y 0.017 0.006 0.062 0.357 0.074 0.389 0.096 45 Y 0.026 0.009 0.014 0.123 0.407 0.078 0.344 46 P 0.050 0.030 0.026 0.103 0.123 0.112 0.556 47 L 0.051 0.016 0.100 0.351 0.073 0.129 0.281 48 Q 0.063 0.010 0.227 0.388 0.062 0.092 0.157 49 E 0.049 0.006 0.332 0.380 0.045 0.101 0.088 50 L 0.049 0.009 0.202 0.409 0.046 0.198 0.086 51 F 0.054 0.023 0.083 0.241 0.098 0.335 0.166 52 G 0.043 0.009 0.034 0.100 0.128 0.343 0.344 53 T 0.040 0.006 0.019 0.051 0.210 0.257 0.417 54 S 0.070 0.009 0.016 0.078 0.201 0.224 0.401 55 K 0.202 0.013 0.011 0.135 0.199 0.062 0.377 56 T 0.505 0.023 0.008 0.129 0.074 0.022 0.238 57 I 0.742 0.021 0.007 0.097 0.030 0.011 0.092 58 V 0.769 0.009 0.009 0.074 0.022 0.013 0.105 59 N 0.771 0.005 0.014 0.075 0.039 0.025 0.071 60 R 0.606 0.007 0.033 0.113 0.059 0.083 0.099 61 G 0.464 0.011 0.030 0.110 0.096 0.107 0.182 62 I 0.353 0.034 0.035 0.142 0.110 0.118 0.206 63 R 0.185 0.021 0.028 0.134 0.142 0.268 0.222 64 G 0.073 0.008 0.049 0.155 0.178 0.352 0.186 65 Y 0.075 0.015 0.059 0.224 0.159 0.196 0.273 66 Q 0.089 0.033 0.058 0.308 0.107 0.137 0.268 67 T 0.040 0.011 0.059 0.578 0.061 0.114 0.137 68 G 0.019 0.004 0.038 0.703 0.062 0.113 0.061 69 L 0.026 0.008 0.070 0.681 0.045 0.080 0.090 70 L 0.022 0.005 0.062 0.787 0.016 0.043 0.065 71 L 0.011 0.002 0.062 0.856 0.008 0.030 0.031 72 E 0.004 0.001 0.040 0.877 0.009 0.061 0.010 73 N 0.003 0.001 0.030 0.865 0.005 0.083 0.012 74 L 0.007 0.004 0.022 0.853 0.016 0.049 0.049 75 D 0.007 0.001 0.061 0.810 0.010 0.072 0.040 76 A 0.009 0.002 0.076 0.735 0.018 0.122 0.038 77 H 0.007 0.004 0.069 0.723 0.023 0.121 0.053 78 L 0.013 0.014 0.047 0.534 0.100 0.163 0.130 79 Y 0.010 0.004 0.044 0.247 0.076 0.466 0.153 80 G 0.009 0.003 0.038 0.083 0.155 0.488 0.225 81 G 0.029 0.006 0.025 0.043 0.281 0.229 0.387 82 A 0.035 0.027 0.016 0.006 0.165 0.060 0.690 83 V 0.062 0.010 0.024 0.004 0.099 0.039 0.762 84 D 0.082 0.001 0.010 0.003 0.579 0.069 0.257 85 K 0.937 0.002 0.003 0.001 0.011 0.010 0.035 86 I 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 87 F 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 L 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 89 L 0.946 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.045 90 I 0.615 0.004 0.002 0.015 0.052 0.008 0.304 91 G 0.205 0.013 0.006 0.015 0.173 0.029 0.558 92 T 0.158 0.009 0.091 0.111 0.155 0.168 0.309 93 N 0.088 0.017 0.182 0.178 0.149 0.217 0.170 94 D 0.031 0.010 0.280 0.191 0.074 0.256 0.158 95 I 0.011 0.011 0.138 0.151 0.063 0.537 0.089 96 G 0.008 0.007 0.109 0.053 0.092 0.620 0.111 97 K 0.008 0.004 0.053 0.029 0.227 0.530 0.149 98 D 0.011 0.007 0.035 0.011 0.276 0.314 0.346 99 V 0.015 0.017 0.001 0.002 0.417 0.003 0.544 100 P 0.008 0.044 0.001 0.004 0.014 0.002 0.929 101 V 0.001 0.001 0.014 0.972 0.001 0.007 0.005 102 N 0.001 0.001 0.011 0.985 0.001 0.002 0.001 103 E 0.001 0.001 0.023 0.974 0.001 0.002 0.001 104 A 0.001 0.001 0.005 0.989 0.001 0.004 0.001 105 L 0.001 0.001 0.002 0.983 0.001 0.013 0.001 106 N 0.001 0.001 0.001 0.954 0.002 0.042 0.001 107 N 0.001 0.001 0.001 0.951 0.003 0.036 0.009 108 L 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.003 0.004 109 E 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 110 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 111 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 112 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 113 Q 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 114 S 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.006 0.001 115 V 0.001 0.001 0.001 0.982 0.001 0.015 0.001 116 A 0.001 0.001 0.010 0.957 0.002 0.030 0.001 117 R 0.001 0.001 0.017 0.746 0.003 0.231 0.002 118 D 0.001 0.001 0.026 0.523 0.028 0.396 0.025 119 Y 0.003 0.005 0.005 0.012 0.364 0.015 0.596 120 P 0.003 0.002 0.038 0.006 0.110 0.755 0.086 121 L 0.015 0.004 0.028 0.002 0.124 0.753 0.075 122 T 0.163 0.006 0.007 0.002 0.145 0.018 0.660 123 E 0.591 0.006 0.002 0.001 0.029 0.009 0.362 124 I 0.967 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 125 K 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 126 L 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 127 L 0.930 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.058 128 S 0.779 0.002 0.002 0.001 0.055 0.007 0.154 129 I 0.481 0.012 0.004 0.002 0.130 0.020 0.350 130 L 0.268 0.042 0.006 0.005 0.203 0.013 0.463 131 P 0.131 0.024 0.011 0.006 0.068 0.023 0.738 132 V 0.018 0.006 0.315 0.099 0.070 0.338 0.154 133 N 0.010 0.005 0.275 0.107 0.082 0.434 0.088 134 E 0.015 0.011 0.228 0.138 0.158 0.213 0.238 135 R 0.027 0.013 0.053 0.203 0.198 0.052 0.454 136 E 0.012 0.003 0.126 0.581 0.051 0.135 0.092 137 E 0.015 0.006 0.121 0.654 0.030 0.124 0.051 138 Y 0.022 0.011 0.108 0.659 0.025 0.084 0.092 139 Q 0.030 0.007 0.073 0.651 0.029 0.094 0.117 140 Q 0.027 0.002 0.058 0.746 0.037 0.092 0.039 141 A 0.027 0.003 0.055 0.734 0.039 0.101 0.041 142 V 0.048 0.009 0.040 0.683 0.038 0.111 0.070 143 Y 0.080 0.018 0.033 0.597 0.041 0.113 0.118 144 I 0.066 0.010 0.044 0.557 0.050 0.105 0.166 145 R 0.029 0.007 0.039 0.554 0.042 0.120 0.210 146 S 0.015 0.006 0.030 0.526 0.068 0.123 0.233 147 N 0.009 0.002 0.021 0.691 0.056 0.066 0.154 148 E 0.003 0.001 0.018 0.885 0.028 0.037 0.028 149 K 0.002 0.001 0.013 0.934 0.008 0.022 0.020 150 I 0.001 0.001 0.004 0.973 0.003 0.007 0.011 151 Q 0.001 0.001 0.002 0.986 0.002 0.007 0.003 152 N 0.001 0.001 0.002 0.983 0.001 0.012 0.002 153 W 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.009 0.002 154 N 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 155 Q 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 156 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 157 Y 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 158 Q 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 159 E 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.005 0.001 160 L 0.001 0.001 0.001 0.986 0.001 0.012 0.001 161 A 0.001 0.001 0.009 0.967 0.002 0.020 0.002 162 S 0.001 0.001 0.027 0.826 0.004 0.138 0.004 163 A 0.001 0.001 0.033 0.579 0.010 0.366 0.011 164 Y 0.006 0.003 0.022 0.141 0.323 0.115 0.391 165 M 0.009 0.002 0.033 0.035 0.251 0.441 0.229 166 Q 0.104 0.003 0.028 0.007 0.092 0.604 0.161 167 V 0.591 0.008 0.003 0.001 0.019 0.004 0.372 168 E 0.897 0.004 0.001 0.001 0.010 0.001 0.086 169 F 0.964 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.025 170 V 0.840 0.006 0.001 0.001 0.019 0.001 0.132 171 P 0.585 0.010 0.003 0.002 0.082 0.007 0.312 172 V 0.172 0.017 0.040 0.037 0.119 0.085 0.528 173 F 0.069 0.007 0.131 0.189 0.127 0.103 0.374 174 D 0.034 0.003 0.200 0.362 0.122 0.097 0.182 175 C 0.031 0.015 0.152 0.540 0.050 0.113 0.099 176 L 0.042 0.012 0.110 0.578 0.038 0.132 0.089 177 T 0.034 0.015 0.063 0.564 0.057 0.166 0.101 178 D 0.019 0.005 0.058 0.538 0.088 0.134 0.158 179 Q 0.014 0.004 0.062 0.555 0.066 0.182 0.118 180 A 0.013 0.006 0.066 0.556 0.051 0.218 0.089 181 G 0.017 0.007 0.066 0.430 0.114 0.240 0.127 182 Q 0.029 0.012 0.087 0.313 0.098 0.174 0.287 183 L 0.040 0.024 0.096 0.328 0.092 0.158 0.261 184 K 0.030 0.010 0.170 0.290 0.063 0.146 0.291 185 K 0.030 0.006 0.212 0.261 0.121 0.200 0.170 186 E 0.049 0.012 0.163 0.209 0.118 0.262 0.187 187 Y 0.101 0.052 0.065 0.103 0.185 0.153 0.339 188 T 0.088 0.025 0.027 0.039 0.112 0.090 0.618 189 T 0.096 0.025 0.057 0.050 0.221 0.203 0.347 190 D 0.074 0.023 0.050 0.057 0.226 0.254 0.318 191 G 0.059 0.027 0.052 0.041 0.281 0.205 0.336 192 L 0.099 0.043 0.025 0.033 0.249 0.105 0.445 193 H 0.099 0.067 0.011 0.039 0.138 0.110 0.535 194 L 0.022 0.029 0.006 0.045 0.115 0.061 0.722 195 S 0.007 0.008 0.002 0.101 0.063 0.016 0.803 196 I 0.001 0.001 0.003 0.979 0.004 0.012 0.002 197 A 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.006 0.001 198 G 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.002 0.001 199 Y 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 200 Q 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 201 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 202 L 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.007 0.001 203 S 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 204 K 0.001 0.001 0.001 0.983 0.001 0.014 0.001 205 S 0.001 0.001 0.002 0.950 0.001 0.044 0.003 206 L 0.001 0.001 0.007 0.941 0.002 0.038 0.010 207 K 0.001 0.001 0.031 0.938 0.003 0.021 0.006 208 D 0.001 0.001 0.082 0.830 0.009 0.069 0.008 209 Y 0.001 0.001 0.075 0.654 0.015 0.233 0.022 210 L 0.008 0.024 0.043 0.388 0.024 0.156 0.357 211 Y 0.002 0.001 0.003 0.010 0.002 0.004 0.978