# TARGET T0297 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0297.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1496 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.057 0.010 0.012 0.203 0.132 0.586 2 A 0.072 0.009 0.012 0.425 0.094 0.388 3 V 0.103 0.008 0.031 0.545 0.080 0.232 4 Q 0.142 0.007 0.055 0.598 0.086 0.111 5 L 0.186 0.008 0.063 0.509 0.112 0.121 6 L 0.183 0.012 0.038 0.470 0.118 0.180 7 E 0.128 0.006 0.048 0.576 0.087 0.155 8 N 0.057 0.002 0.061 0.687 0.088 0.104 9 W 0.080 0.004 0.060 0.670 0.098 0.088 10 L 0.137 0.010 0.043 0.615 0.080 0.115 11 L 0.140 0.010 0.034 0.600 0.070 0.146 12 K 0.124 0.006 0.049 0.455 0.129 0.237 13 E 0.121 0.009 0.074 0.450 0.140 0.207 14 Q 0.092 0.010 0.107 0.384 0.169 0.238 15 E 0.087 0.010 0.145 0.390 0.178 0.190 16 K 0.122 0.011 0.133 0.278 0.226 0.229 17 I 0.134 0.025 0.075 0.228 0.256 0.281 18 Q 0.115 0.025 0.038 0.126 0.283 0.414 19 T 0.100 0.013 0.036 0.088 0.391 0.372 20 K 0.103 0.008 0.037 0.070 0.380 0.403 21 Y 0.205 0.017 0.039 0.052 0.292 0.394 22 R 0.359 0.044 0.028 0.046 0.196 0.328 23 H 0.384 0.041 0.033 0.039 0.153 0.349 24 L 0.259 0.030 0.127 0.091 0.253 0.240 25 N 0.235 0.017 0.161 0.063 0.281 0.243 26 H 0.194 0.016 0.183 0.054 0.286 0.268 27 I 0.218 0.047 0.044 0.029 0.236 0.427 28 S 0.187 0.026 0.029 0.016 0.272 0.469 29 V 0.088 0.020 0.065 0.020 0.367 0.440 30 V 0.064 0.015 0.037 0.010 0.371 0.503 31 E 0.056 0.014 0.016 0.002 0.406 0.505 32 P 0.050 0.004 0.016 0.003 0.401 0.526 33 N 0.232 0.008 0.009 0.003 0.265 0.484 34 I 0.946 0.005 0.002 0.001 0.019 0.026 35 L 0.989 0.002 0.001 0.001 0.003 0.006 36 F 0.987 0.001 0.001 0.002 0.007 0.003 37 I 0.897 0.003 0.001 0.014 0.047 0.038 38 G 0.266 0.003 0.003 0.037 0.360 0.331 39 D 0.156 0.022 0.009 0.116 0.430 0.266 40 S 0.105 0.045 0.044 0.271 0.213 0.322 41 I 0.035 0.010 0.188 0.609 0.123 0.035 42 V 0.028 0.004 0.314 0.496 0.131 0.026 43 E 0.026 0.005 0.309 0.441 0.183 0.036 44 Y 0.040 0.013 0.165 0.357 0.274 0.151 45 Y 0.022 0.016 0.053 0.209 0.374 0.325 46 P 0.013 0.009 0.062 0.209 0.326 0.381 47 L 0.002 0.002 0.244 0.582 0.125 0.045 48 Q 0.004 0.001 0.403 0.449 0.118 0.025 49 E 0.004 0.002 0.330 0.536 0.107 0.021 50 L 0.008 0.009 0.141 0.677 0.112 0.054 51 F 0.012 0.012 0.055 0.596 0.192 0.132 52 G 0.014 0.006 0.035 0.175 0.432 0.339 53 T 0.018 0.005 0.019 0.087 0.449 0.422 54 S 0.041 0.006 0.010 0.041 0.421 0.480 55 K 0.224 0.010 0.006 0.029 0.250 0.480 56 T 0.696 0.007 0.003 0.030 0.068 0.196 57 I 0.912 0.005 0.002 0.016 0.021 0.044 58 V 0.915 0.008 0.002 0.017 0.018 0.041 59 N 0.837 0.008 0.005 0.021 0.050 0.079 60 R 0.590 0.008 0.013 0.026 0.174 0.187 61 G 0.283 0.015 0.019 0.018 0.339 0.325 62 I 0.182 0.056 0.017 0.034 0.409 0.303 63 R 0.099 0.030 0.017 0.049 0.476 0.329 64 G 0.037 0.008 0.037 0.133 0.535 0.251 65 Y 0.022 0.010 0.078 0.505 0.272 0.113 66 Q 0.028 0.021 0.057 0.658 0.129 0.108 67 T 0.017 0.009 0.051 0.765 0.084 0.074 68 G 0.006 0.002 0.058 0.830 0.063 0.042 69 L 0.004 0.002 0.074 0.851 0.048 0.021 70 L 0.006 0.002 0.055 0.874 0.043 0.020 71 L 0.006 0.002 0.041 0.884 0.042 0.025 72 E 0.003 0.001 0.031 0.917 0.030 0.017 73 N 0.002 0.001 0.021 0.937 0.022 0.016 74 L 0.002 0.001 0.019 0.935 0.020 0.022 75 D 0.002 0.001 0.043 0.895 0.034 0.025 76 A 0.003 0.001 0.054 0.879 0.037 0.025 77 H 0.006 0.002 0.039 0.880 0.042 0.032 78 L 0.008 0.005 0.039 0.799 0.119 0.030 79 Y 0.007 0.002 0.031 0.628 0.265 0.068 80 G 0.007 0.003 0.035 0.263 0.492 0.200 81 G 0.011 0.010 0.027 0.072 0.543 0.337 82 A 0.026 0.016 0.024 0.013 0.381 0.539 83 V 0.053 0.009 0.049 0.009 0.513 0.367 84 D 0.162 0.004 0.024 0.003 0.442 0.365 85 K 0.891 0.003 0.003 0.001 0.044 0.058 86 I 0.990 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 87 F 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 L 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 89 L 0.969 0.001 0.001 0.001 0.004 0.026 90 I 0.778 0.003 0.001 0.002 0.026 0.191 91 G 0.463 0.009 0.003 0.003 0.140 0.382 92 T 0.270 0.023 0.031 0.031 0.322 0.323 93 N 0.127 0.019 0.111 0.039 0.466 0.238 94 D 0.102 0.027 0.211 0.047 0.461 0.152 95 I 0.048 0.019 0.136 0.087 0.509 0.201 96 G 0.025 0.016 0.094 0.053 0.650 0.162 97 K 0.018 0.009 0.035 0.031 0.618 0.288 98 D 0.013 0.010 0.028 0.027 0.499 0.424 99 V 0.012 0.040 0.005 0.012 0.317 0.614 100 P 0.006 0.013 0.003 0.023 0.094 0.860 101 V 0.001 0.001 0.027 0.955 0.009 0.009 102 N 0.001 0.001 0.017 0.979 0.003 0.001 103 E 0.001 0.001 0.018 0.978 0.003 0.001 104 A 0.001 0.001 0.005 0.988 0.003 0.003 105 L 0.001 0.001 0.004 0.990 0.003 0.002 106 N 0.001 0.001 0.003 0.990 0.003 0.003 107 N 0.001 0.001 0.002 0.982 0.004 0.011 108 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 109 E 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 110 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 111 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 112 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 113 Q 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 114 S 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 115 V 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 116 A 0.001 0.001 0.018 0.972 0.009 0.001 117 R 0.001 0.001 0.015 0.962 0.019 0.004 118 D 0.001 0.001 0.018 0.796 0.071 0.113 119 Y 0.002 0.011 0.010 0.022 0.838 0.117 120 P 0.002 0.001 0.035 0.005 0.863 0.094 121 L 0.007 0.001 0.020 0.001 0.884 0.088 122 T 0.230 0.009 0.010 0.001 0.617 0.134 123 E 0.744 0.006 0.001 0.001 0.042 0.207 124 I 0.981 0.003 0.001 0.001 0.003 0.014 125 K 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 126 L 0.986 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 127 L 0.932 0.001 0.001 0.001 0.009 0.056 128 S 0.750 0.004 0.002 0.001 0.052 0.192 129 I 0.335 0.007 0.004 0.002 0.125 0.527 130 L 0.126 0.022 0.011 0.002 0.186 0.653 131 P 0.075 0.017 0.019 0.006 0.501 0.382 132 V 0.013 0.004 0.287 0.065 0.476 0.155 133 N 0.015 0.005 0.285 0.107 0.451 0.137 134 E 0.030 0.015 0.236 0.235 0.389 0.096 135 R 0.027 0.012 0.094 0.432 0.190 0.246 136 E 0.037 0.009 0.129 0.533 0.164 0.127 137 E 0.043 0.006 0.136 0.538 0.175 0.102 138 Y 0.074 0.010 0.096 0.509 0.168 0.144 139 Q 0.083 0.016 0.032 0.464 0.136 0.269 140 Q 0.049 0.004 0.020 0.633 0.088 0.206 141 A 0.035 0.002 0.012 0.819 0.053 0.079 142 V 0.045 0.004 0.011 0.834 0.048 0.058 143 Y 0.070 0.005 0.017 0.810 0.045 0.054 144 I 0.054 0.003 0.024 0.809 0.054 0.057 145 R 0.067 0.007 0.027 0.709 0.084 0.106 146 S 0.034 0.006 0.010 0.697 0.064 0.188 147 N 0.008 0.002 0.005 0.801 0.042 0.141 148 E 0.002 0.001 0.004 0.970 0.011 0.013 149 K 0.004 0.001 0.003 0.966 0.011 0.015 150 I 0.002 0.001 0.001 0.987 0.004 0.005 151 Q 0.001 0.001 0.001 0.993 0.002 0.003 152 N 0.001 0.001 0.003 0.987 0.004 0.005 153 W 0.001 0.001 0.002 0.992 0.002 0.004 154 N 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 155 Q 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 156 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 157 Y 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 158 Q 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 159 E 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 160 L 0.001 0.001 0.003 0.991 0.003 0.003 161 A 0.001 0.001 0.007 0.982 0.006 0.003 162 S 0.001 0.001 0.014 0.964 0.014 0.007 163 A 0.001 0.001 0.025 0.849 0.042 0.082 164 Y 0.004 0.012 0.049 0.299 0.502 0.134 165 M 0.005 0.002 0.026 0.051 0.714 0.201 166 Q 0.013 0.001 0.010 0.008 0.658 0.310 167 V 0.439 0.023 0.005 0.004 0.351 0.178 168 E 0.835 0.010 0.002 0.002 0.027 0.124 169 F 0.967 0.008 0.002 0.002 0.006 0.016 170 V 0.920 0.005 0.003 0.006 0.013 0.053 171 P 0.689 0.006 0.012 0.015 0.067 0.212 172 V 0.146 0.008 0.131 0.221 0.224 0.270 173 F 0.047 0.006 0.273 0.286 0.239 0.149 174 D 0.014 0.003 0.421 0.302 0.212 0.048 175 C 0.010 0.005 0.300 0.459 0.170 0.056 176 L 0.016 0.013 0.158 0.577 0.166 0.069 177 T 0.011 0.009 0.060 0.606 0.172 0.141 178 D 0.006 0.003 0.052 0.459 0.229 0.251 179 Q 0.006 0.004 0.096 0.527 0.250 0.118 180 A 0.009 0.005 0.098 0.478 0.291 0.119 181 G 0.016 0.006 0.099 0.355 0.363 0.161 182 Q 0.022 0.009 0.098 0.283 0.335 0.254 183 L 0.039 0.015 0.111 0.218 0.324 0.293 184 K 0.050 0.013 0.148 0.183 0.315 0.291 185 K 0.079 0.013 0.205 0.197 0.257 0.249 186 E 0.142 0.026 0.201 0.202 0.234 0.195 187 Y 0.188 0.062 0.084 0.131 0.281 0.253 188 T 0.155 0.063 0.042 0.069 0.467 0.205 189 T 0.086 0.022 0.045 0.051 0.617 0.178 190 D 0.045 0.010 0.048 0.041 0.707 0.149 191 G 0.093 0.026 0.052 0.024 0.657 0.148 192 L 0.219 0.074 0.064 0.036 0.397 0.210 193 H 0.214 0.097 0.075 0.050 0.340 0.224 194 L 0.099 0.053 0.025 0.040 0.336 0.447 195 S 0.020 0.010 0.003 0.046 0.169 0.751 196 I 0.001 0.001 0.006 0.977 0.009 0.007 197 A 0.001 0.001 0.003 0.993 0.002 0.001 198 G 0.001 0.001 0.004 0.991 0.003 0.001 199 Y 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 200 Q 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 201 A 0.001 0.001 0.003 0.993 0.002 0.001 202 L 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.001 203 S 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 204 K 0.001 0.001 0.005 0.990 0.003 0.001 205 S 0.001 0.001 0.005 0.983 0.006 0.006 206 L 0.001 0.001 0.007 0.975 0.007 0.010 207 K 0.001 0.002 0.049 0.901 0.027 0.020 208 D 0.001 0.001 0.082 0.844 0.046 0.028 209 Y 0.002 0.001 0.059 0.775 0.053 0.109 210 L 0.005 0.007 0.028 0.622 0.067 0.272 211 Y 0.009 0.005 0.008 0.138 0.113 0.727