# TARGET T0297 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0297.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1496 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.039 0.280 0.020 0.038 0.043 0.082 0.064 0.434 2 A 0.073 0.425 0.017 0.027 0.042 0.052 0.094 0.269 3 V 0.094 0.371 0.021 0.026 0.033 0.057 0.092 0.305 4 Q 0.042 0.177 0.056 0.061 0.069 0.081 0.167 0.346 5 L 0.080 0.162 0.046 0.027 0.034 0.092 0.110 0.450 6 L 0.205 0.202 0.036 0.028 0.031 0.069 0.098 0.331 7 E 0.104 0.099 0.022 0.015 0.023 0.072 0.039 0.626 8 N 0.088 0.088 0.022 0.019 0.034 0.084 0.055 0.610 9 W 0.070 0.052 0.025 0.031 0.030 0.118 0.041 0.633 10 L 0.043 0.065 0.029 0.038 0.046 0.112 0.044 0.624 11 L 0.042 0.049 0.016 0.012 0.017 0.089 0.028 0.747 12 K 0.151 0.133 0.033 0.037 0.026 0.094 0.094 0.432 13 E 0.158 0.167 0.012 0.012 0.016 0.064 0.052 0.519 14 Q 0.234 0.132 0.015 0.009 0.016 0.064 0.082 0.447 15 E 0.044 0.062 0.024 0.035 0.043 0.108 0.111 0.572 16 K 0.033 0.044 0.017 0.018 0.032 0.108 0.080 0.668 17 I 0.074 0.069 0.027 0.035 0.042 0.117 0.075 0.560 18 Q 0.098 0.054 0.020 0.024 0.041 0.102 0.049 0.611 19 T 0.078 0.061 0.019 0.025 0.033 0.087 0.077 0.620 20 K 0.053 0.089 0.023 0.031 0.046 0.112 0.054 0.593 21 Y 0.050 0.044 0.034 0.037 0.060 0.101 0.099 0.576 22 R 0.033 0.040 0.046 0.097 0.082 0.119 0.095 0.488 23 H 0.108 0.051 0.036 0.043 0.075 0.083 0.076 0.527 24 L 0.107 0.019 0.030 0.051 0.061 0.088 0.089 0.554 25 N 0.064 0.015 0.029 0.062 0.080 0.090 0.075 0.585 26 H 0.044 0.008 0.013 0.023 0.048 0.086 0.040 0.739 27 I 0.036 0.003 0.022 0.053 0.055 0.103 0.041 0.686 28 S 0.061 0.004 0.021 0.052 0.085 0.106 0.055 0.616 29 V 0.014 0.001 0.022 0.014 0.025 0.111 0.053 0.760 30 V 0.032 0.002 0.068 0.037 0.040 0.168 0.056 0.598 31 E 0.027 0.003 0.051 0.017 0.024 0.156 0.068 0.655 32 P 0.002 0.001 0.194 0.022 0.039 0.182 0.053 0.508 33 N 0.001 0.001 0.755 0.027 0.063 0.024 0.082 0.047 34 I 0.002 0.001 0.607 0.047 0.057 0.022 0.162 0.101 35 L 0.001 0.001 0.929 0.020 0.017 0.005 0.012 0.015 36 F 0.009 0.004 0.745 0.039 0.062 0.036 0.050 0.056 37 I 0.015 0.018 0.552 0.023 0.053 0.114 0.074 0.150 38 G 0.043 0.056 0.183 0.015 0.040 0.215 0.086 0.362 39 D 0.073 0.100 0.127 0.017 0.030 0.167 0.231 0.255 40 S 0.066 0.175 0.155 0.023 0.041 0.112 0.201 0.228 41 I 0.293 0.134 0.077 0.028 0.054 0.072 0.130 0.212 42 V 0.237 0.039 0.039 0.039 0.049 0.090 0.099 0.410 43 E 0.020 0.030 0.018 0.027 0.056 0.113 0.038 0.698 44 Y 0.027 0.044 0.015 0.011 0.028 0.110 0.030 0.734 45 Y 0.066 0.086 0.046 0.073 0.039 0.163 0.046 0.481 46 P 0.104 0.184 0.021 0.012 0.012 0.079 0.025 0.563 47 L 0.390 0.329 0.013 0.005 0.007 0.028 0.073 0.155 48 Q 0.390 0.134 0.017 0.007 0.007 0.056 0.081 0.309 49 E 0.104 0.020 0.014 0.009 0.010 0.069 0.256 0.518 50 L 0.017 0.010 0.017 0.007 0.012 0.124 0.188 0.626 51 F 0.121 0.017 0.020 0.011 0.022 0.152 0.060 0.599 52 G 0.104 0.007 0.009 0.006 0.010 0.101 0.046 0.716 53 T 0.033 0.014 0.012 0.005 0.012 0.126 0.033 0.765 54 S 0.038 0.022 0.024 0.006 0.020 0.206 0.046 0.636 55 K 0.020 0.021 0.080 0.032 0.040 0.150 0.114 0.542 56 T 0.028 0.052 0.279 0.045 0.074 0.099 0.130 0.294 57 I 0.023 0.063 0.257 0.051 0.075 0.080 0.115 0.336 58 V 0.027 0.035 0.455 0.076 0.077 0.055 0.062 0.212 59 N 0.065 0.058 0.231 0.065 0.091 0.069 0.123 0.298 60 R 0.025 0.051 0.185 0.049 0.088 0.110 0.072 0.419 61 G 0.071 0.061 0.150 0.046 0.094 0.136 0.065 0.378 62 I 0.080 0.049 0.072 0.058 0.072 0.119 0.102 0.449 63 R 0.039 0.057 0.056 0.034 0.080 0.114 0.162 0.458 64 G 0.037 0.118 0.051 0.038 0.082 0.107 0.216 0.350 65 Y 0.044 0.138 0.046 0.064 0.073 0.136 0.053 0.447 66 Q 0.079 0.338 0.035 0.039 0.051 0.066 0.058 0.334 67 T 0.045 0.726 0.010 0.008 0.014 0.025 0.043 0.128 68 G 0.074 0.619 0.023 0.012 0.014 0.032 0.059 0.167 69 L 0.041 0.336 0.048 0.036 0.021 0.051 0.269 0.200 70 L 0.123 0.648 0.011 0.005 0.005 0.024 0.084 0.100 71 L 0.232 0.479 0.015 0.004 0.006 0.025 0.106 0.133 72 E 0.022 0.424 0.009 0.008 0.009 0.044 0.041 0.443 73 N 0.031 0.527 0.011 0.003 0.006 0.038 0.066 0.318 74 L 0.063 0.811 0.006 0.004 0.003 0.017 0.032 0.065 75 D 0.183 0.555 0.018 0.005 0.006 0.022 0.089 0.123 76 A 0.079 0.254 0.034 0.011 0.010 0.053 0.164 0.395 77 H 0.114 0.068 0.108 0.020 0.024 0.090 0.162 0.413 78 L 0.400 0.012 0.032 0.013 0.010 0.063 0.078 0.391 79 Y 0.114 0.004 0.008 0.005 0.007 0.060 0.027 0.775 80 G 0.004 0.001 0.007 0.002 0.004 0.079 0.011 0.893 81 G 0.027 0.002 0.020 0.007 0.010 0.151 0.037 0.747 82 A 0.196 0.005 0.028 0.016 0.011 0.130 0.101 0.513 83 V 0.007 0.002 0.066 0.008 0.014 0.213 0.036 0.653 84 D 0.001 0.001 0.617 0.019 0.073 0.076 0.065 0.148 85 K 0.001 0.001 0.645 0.044 0.056 0.027 0.111 0.116 86 I 0.001 0.001 0.943 0.018 0.011 0.003 0.018 0.006 87 F 0.001 0.001 0.928 0.010 0.015 0.004 0.032 0.010 88 L 0.001 0.001 0.918 0.016 0.016 0.007 0.033 0.008 89 L 0.007 0.003 0.735 0.016 0.035 0.041 0.119 0.045 90 I 0.025 0.013 0.487 0.022 0.061 0.157 0.109 0.125 91 G 0.067 0.040 0.218 0.018 0.050 0.234 0.116 0.257 92 T 0.031 0.055 0.164 0.013 0.034 0.193 0.194 0.317 93 N 0.099 0.109 0.080 0.014 0.036 0.201 0.131 0.330 94 D 0.157 0.047 0.087 0.020 0.035 0.145 0.275 0.233 95 I 0.197 0.031 0.028 0.015 0.025 0.132 0.070 0.502 96 G 0.215 0.013 0.019 0.014 0.024 0.092 0.085 0.537 97 K 0.020 0.013 0.007 0.008 0.016 0.130 0.029 0.778 98 D 0.013 0.021 0.009 0.008 0.017 0.116 0.022 0.793 99 V 0.028 0.099 0.010 0.020 0.013 0.147 0.026 0.657 100 P 0.049 0.834 0.003 0.003 0.003 0.015 0.016 0.078 101 V 0.042 0.926 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.018 102 N 0.034 0.697 0.006 0.002 0.002 0.009 0.205 0.046 103 E 0.010 0.383 0.007 0.002 0.001 0.010 0.554 0.033 104 A 0.019 0.915 0.001 0.001 0.001 0.004 0.047 0.013 105 L 0.026 0.901 0.002 0.001 0.001 0.005 0.039 0.027 106 N 0.004 0.818 0.002 0.001 0.001 0.010 0.078 0.087 107 N 0.001 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.006 108 L 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 109 E 0.002 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.002 110 A 0.003 0.731 0.003 0.001 0.001 0.002 0.255 0.005 111 I 0.004 0.911 0.004 0.001 0.001 0.001 0.077 0.002 112 I 0.007 0.968 0.004 0.001 0.001 0.001 0.015 0.005 113 Q 0.015 0.854 0.013 0.001 0.001 0.009 0.035 0.073 114 S 0.060 0.341 0.093 0.003 0.002 0.038 0.316 0.147 115 V 0.406 0.196 0.049 0.007 0.003 0.039 0.164 0.137 116 A 0.449 0.018 0.012 0.003 0.003 0.044 0.047 0.426 117 R 0.005 0.002 0.006 0.002 0.002 0.052 0.020 0.912 118 D 0.027 0.001 0.010 0.002 0.003 0.075 0.025 0.857 119 Y 0.405 0.002 0.014 0.003 0.002 0.082 0.080 0.412 120 P 0.036 0.001 0.022 0.003 0.005 0.163 0.012 0.759 121 L 0.005 0.001 0.061 0.002 0.016 0.142 0.023 0.749 122 T 0.001 0.001 0.329 0.059 0.072 0.128 0.069 0.340 123 E 0.001 0.001 0.789 0.041 0.051 0.018 0.043 0.056 124 I 0.001 0.001 0.660 0.073 0.062 0.015 0.068 0.119 125 K 0.001 0.001 0.895 0.040 0.033 0.004 0.015 0.012 126 L 0.007 0.001 0.708 0.057 0.086 0.022 0.035 0.083 127 L 0.011 0.002 0.549 0.089 0.097 0.051 0.041 0.159 128 S 0.038 0.010 0.232 0.036 0.083 0.135 0.061 0.405 129 I 0.030 0.009 0.098 0.026 0.046 0.175 0.090 0.527 130 L 0.052 0.015 0.070 0.033 0.033 0.158 0.051 0.588 131 P 0.255 0.063 0.034 0.017 0.027 0.101 0.108 0.395 132 V 0.171 0.066 0.021 0.011 0.015 0.111 0.046 0.561 133 N 0.063 0.086 0.021 0.015 0.023 0.105 0.043 0.643 134 E 0.047 0.116 0.010 0.007 0.010 0.086 0.030 0.694 135 R 0.175 0.322 0.022 0.014 0.015 0.073 0.093 0.285 136 E 0.166 0.322 0.018 0.010 0.011 0.065 0.077 0.330 137 E 0.136 0.265 0.019 0.008 0.012 0.067 0.073 0.420 138 Y 0.074 0.240 0.019 0.010 0.012 0.084 0.057 0.504 139 Q 0.096 0.360 0.011 0.007 0.011 0.061 0.055 0.398 140 Q 0.087 0.467 0.010 0.007 0.011 0.051 0.046 0.321 141 A 0.052 0.387 0.018 0.013 0.022 0.069 0.074 0.364 142 V 0.057 0.227 0.028 0.020 0.026 0.080 0.219 0.344 143 Y 0.034 0.181 0.035 0.026 0.026 0.074 0.332 0.292 144 I 0.069 0.389 0.022 0.012 0.015 0.079 0.062 0.352 145 R 0.072 0.456 0.015 0.011 0.012 0.061 0.049 0.324 146 S 0.028 0.680 0.005 0.003 0.004 0.027 0.055 0.198 147 N 0.037 0.846 0.002 0.001 0.001 0.010 0.049 0.053 148 E 0.011 0.589 0.009 0.005 0.004 0.025 0.268 0.088 149 K 0.012 0.922 0.002 0.001 0.001 0.006 0.034 0.023 150 I 0.041 0.564 0.004 0.001 0.001 0.008 0.353 0.028 151 Q 0.009 0.693 0.007 0.002 0.001 0.012 0.228 0.049 152 N 0.008 0.908 0.001 0.001 0.001 0.005 0.048 0.029 153 W 0.004 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.006 154 N 0.005 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.005 155 Q 0.003 0.962 0.001 0.001 0.001 0.002 0.023 0.009 156 A 0.003 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 157 Y 0.014 0.968 0.002 0.001 0.001 0.001 0.012 0.003 158 Q 0.014 0.535 0.019 0.001 0.001 0.005 0.398 0.029 159 E 0.012 0.830 0.019 0.001 0.001 0.007 0.091 0.040 160 L 0.175 0.545 0.052 0.001 0.001 0.015 0.129 0.081 161 A 0.285 0.225 0.041 0.004 0.003 0.041 0.106 0.295 162 S 0.046 0.014 0.028 0.001 0.001 0.050 0.078 0.781 163 A 0.145 0.013 0.015 0.002 0.001 0.064 0.032 0.728 164 Y 0.296 0.004 0.022 0.001 0.002 0.086 0.053 0.536 165 M 0.009 0.001 0.020 0.001 0.002 0.167 0.009 0.791 166 Q 0.010 0.001 0.122 0.002 0.011 0.098 0.019 0.736 167 V 0.008 0.002 0.143 0.024 0.018 0.100 0.040 0.666 168 E 0.002 0.003 0.756 0.028 0.038 0.043 0.022 0.109 169 F 0.007 0.014 0.316 0.030 0.050 0.059 0.046 0.480 170 V 0.015 0.020 0.625 0.093 0.028 0.038 0.029 0.152 171 P 0.111 0.219 0.320 0.021 0.029 0.049 0.081 0.170 172 V 0.164 0.391 0.072 0.010 0.018 0.055 0.076 0.213 173 F 0.079 0.109 0.075 0.014 0.018 0.066 0.309 0.330 174 D 0.058 0.264 0.029 0.017 0.022 0.083 0.243 0.284 175 C 0.090 0.361 0.030 0.012 0.023 0.089 0.066 0.330 176 L 0.090 0.305 0.042 0.024 0.033 0.082 0.094 0.330 177 T 0.094 0.219 0.028 0.017 0.027 0.069 0.124 0.421 178 D 0.187 0.223 0.018 0.013 0.014 0.072 0.080 0.392 179 Q 0.177 0.161 0.026 0.016 0.016 0.093 0.081 0.430 180 A 0.082 0.104 0.018 0.008 0.011 0.091 0.042 0.644 181 G 0.067 0.083 0.020 0.008 0.011 0.086 0.034 0.691 182 Q 0.081 0.084 0.024 0.015 0.013 0.096 0.046 0.641 183 L 0.174 0.094 0.012 0.008 0.011 0.084 0.061 0.556 184 K 0.088 0.039 0.015 0.011 0.017 0.104 0.164 0.563 185 K 0.023 0.022 0.027 0.027 0.040 0.118 0.183 0.560 186 E 0.015 0.021 0.044 0.038 0.074 0.148 0.123 0.537 187 Y 0.019 0.009 0.079 0.041 0.059 0.174 0.062 0.557 188 T 0.375 0.016 0.034 0.022 0.030 0.086 0.053 0.384 189 T 0.170 0.018 0.016 0.013 0.017 0.108 0.075 0.582 190 D 0.015 0.009 0.050 0.010 0.045 0.212 0.019 0.640 191 G 0.010 0.009 0.106 0.036 0.098 0.122 0.078 0.542 192 L 0.019 0.036 0.121 0.112 0.065 0.096 0.076 0.477 193 H 0.087 0.133 0.217 0.052 0.059 0.085 0.080 0.287 194 L 0.051 0.197 0.061 0.037 0.033 0.071 0.109 0.441 195 S 0.063 0.757 0.011 0.002 0.003 0.019 0.040 0.104 196 I 0.022 0.871 0.004 0.002 0.002 0.012 0.029 0.059 197 A 0.002 0.958 0.002 0.001 0.001 0.005 0.011 0.020 198 G 0.006 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.003 199 Y 0.003 0.591 0.001 0.001 0.001 0.001 0.400 0.003 200 Q 0.001 0.937 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.004 201 A 0.006 0.258 0.003 0.001 0.001 0.004 0.717 0.011 202 L 0.006 0.745 0.004 0.001 0.001 0.003 0.237 0.005 203 S 0.024 0.893 0.001 0.001 0.001 0.003 0.059 0.019 204 K 0.013 0.711 0.007 0.001 0.001 0.011 0.158 0.098 205 S 0.021 0.736 0.017 0.001 0.001 0.030 0.135 0.059 206 L 0.158 0.657 0.018 0.001 0.001 0.017 0.094 0.056 207 K 0.311 0.339 0.045 0.002 0.002 0.039 0.082 0.181 208 D 0.104 0.093 0.036 0.001 0.002 0.061 0.098 0.605 209 Y 0.060 0.057 0.079 0.003 0.004 0.119 0.115 0.563 210 L 0.045 0.030 0.147 0.006 0.008 0.138 0.080 0.545 211 Y 0.049 0.013 0.041 0.004 0.006 0.107 0.036 0.744