# TARGET T0297 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0297.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1496 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.045 0.003 0.003 0.051 0.009 0.007 0.882 2 A 0.120 0.014 0.008 0.137 0.004 0.016 0.700 3 V 0.207 0.008 0.041 0.432 0.024 0.026 0.261 4 Q 0.184 0.007 0.071 0.552 0.027 0.036 0.123 5 L 0.135 0.009 0.079 0.646 0.018 0.043 0.069 6 L 0.120 0.009 0.056 0.587 0.030 0.058 0.140 7 E 0.073 0.004 0.069 0.608 0.041 0.115 0.090 8 N 0.042 0.003 0.069 0.583 0.053 0.169 0.081 9 W 0.046 0.007 0.053 0.541 0.053 0.153 0.147 10 L 0.080 0.023 0.035 0.367 0.069 0.138 0.288 11 L 0.118 0.019 0.031 0.244 0.094 0.087 0.406 12 K 0.107 0.016 0.030 0.226 0.105 0.068 0.448 13 E 0.081 0.016 0.035 0.248 0.089 0.089 0.442 14 Q 0.084 0.012 0.055 0.296 0.084 0.091 0.378 15 E 0.104 0.014 0.067 0.341 0.138 0.078 0.257 16 K 0.128 0.022 0.077 0.250 0.076 0.095 0.352 17 I 0.118 0.025 0.061 0.180 0.117 0.129 0.369 18 Q 0.080 0.020 0.058 0.137 0.131 0.142 0.432 19 T 0.078 0.010 0.071 0.169 0.260 0.152 0.260 20 K 0.080 0.010 0.054 0.105 0.170 0.175 0.406 21 Y 0.169 0.020 0.038 0.057 0.144 0.067 0.505 22 R 0.269 0.037 0.038 0.057 0.085 0.047 0.467 23 H 0.451 0.042 0.044 0.051 0.075 0.051 0.285 24 L 0.295 0.028 0.133 0.058 0.082 0.088 0.316 25 N 0.214 0.020 0.099 0.028 0.121 0.174 0.344 26 H 0.145 0.022 0.121 0.023 0.188 0.165 0.336 27 I 0.128 0.018 0.029 0.014 0.254 0.027 0.531 28 S 0.133 0.039 0.033 0.009 0.090 0.053 0.643 29 V 0.130 0.037 0.032 0.007 0.127 0.070 0.596 30 V 0.116 0.019 0.027 0.007 0.229 0.132 0.470 31 E 0.054 0.005 0.007 0.001 0.202 0.019 0.711 32 P 0.063 0.003 0.031 0.007 0.204 0.136 0.556 33 N 0.333 0.004 0.023 0.010 0.273 0.205 0.154 34 I 0.952 0.005 0.002 0.003 0.004 0.003 0.032 35 L 0.984 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.011 36 F 0.980 0.002 0.001 0.004 0.002 0.001 0.012 37 I 0.862 0.002 0.002 0.006 0.009 0.005 0.114 38 G 0.245 0.002 0.012 0.012 0.170 0.049 0.511 39 D 0.066 0.012 0.029 0.058 0.292 0.083 0.460 40 S 0.037 0.017 0.091 0.241 0.173 0.156 0.285 41 I 0.028 0.007 0.172 0.491 0.057 0.196 0.049 42 V 0.021 0.006 0.210 0.523 0.032 0.179 0.029 43 E 0.016 0.006 0.138 0.427 0.024 0.348 0.040 44 Y 0.009 0.004 0.074 0.292 0.060 0.481 0.080 45 Y 0.012 0.007 0.006 0.062 0.485 0.051 0.377 46 P 0.016 0.031 0.008 0.047 0.093 0.043 0.764 47 L 0.012 0.007 0.073 0.679 0.027 0.071 0.132 48 Q 0.010 0.003 0.265 0.604 0.018 0.046 0.053 49 E 0.010 0.002 0.409 0.480 0.012 0.048 0.039 50 L 0.011 0.005 0.253 0.571 0.015 0.114 0.030 51 F 0.017 0.015 0.087 0.409 0.064 0.291 0.117 52 G 0.015 0.003 0.035 0.188 0.112 0.389 0.258 53 T 0.022 0.003 0.020 0.085 0.284 0.245 0.341 54 S 0.053 0.005 0.017 0.076 0.252 0.245 0.351 55 K 0.140 0.009 0.011 0.103 0.234 0.057 0.445 56 T 0.474 0.025 0.009 0.115 0.086 0.020 0.271 57 I 0.747 0.023 0.007 0.083 0.030 0.009 0.101 58 V 0.766 0.010 0.009 0.059 0.022 0.011 0.122 59 N 0.793 0.006 0.014 0.050 0.037 0.022 0.077 60 R 0.608 0.008 0.032 0.079 0.066 0.090 0.118 61 G 0.415 0.011 0.030 0.078 0.122 0.122 0.221 62 I 0.319 0.036 0.036 0.105 0.139 0.122 0.245 63 R 0.174 0.024 0.030 0.105 0.160 0.263 0.244 64 G 0.068 0.008 0.050 0.141 0.188 0.364 0.181 65 Y 0.068 0.014 0.049 0.231 0.159 0.176 0.302 66 Q 0.080 0.037 0.042 0.330 0.097 0.107 0.307 67 T 0.019 0.007 0.032 0.748 0.034 0.065 0.096 68 G 0.006 0.001 0.017 0.872 0.025 0.051 0.027 69 L 0.009 0.003 0.033 0.877 0.015 0.033 0.030 70 L 0.008 0.002 0.028 0.921 0.005 0.018 0.018 71 L 0.005 0.001 0.026 0.940 0.003 0.016 0.009 72 E 0.002 0.001 0.016 0.933 0.003 0.042 0.003 73 N 0.001 0.001 0.014 0.897 0.003 0.078 0.007 74 L 0.004 0.002 0.013 0.874 0.014 0.044 0.049 75 D 0.004 0.001 0.035 0.871 0.007 0.050 0.033 76 A 0.005 0.001 0.052 0.821 0.012 0.089 0.021 77 H 0.004 0.002 0.050 0.821 0.014 0.083 0.026 78 L 0.010 0.009 0.048 0.671 0.063 0.128 0.071 79 Y 0.007 0.003 0.054 0.313 0.050 0.500 0.072 80 G 0.007 0.002 0.037 0.116 0.115 0.625 0.099 81 G 0.028 0.005 0.017 0.044 0.355 0.168 0.382 82 A 0.037 0.034 0.013 0.006 0.159 0.066 0.684 83 V 0.066 0.009 0.019 0.002 0.074 0.036 0.794 84 D 0.073 0.001 0.008 0.002 0.651 0.056 0.210 85 K 0.947 0.001 0.003 0.001 0.010 0.010 0.028 86 I 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 87 F 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 88 L 0.992 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 89 L 0.937 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.053 90 I 0.580 0.004 0.002 0.019 0.064 0.009 0.323 91 G 0.194 0.015 0.007 0.018 0.179 0.028 0.558 92 T 0.157 0.008 0.089 0.126 0.147 0.157 0.316 93 N 0.085 0.016 0.173 0.202 0.147 0.210 0.166 94 D 0.029 0.009 0.268 0.202 0.077 0.256 0.159 95 I 0.010 0.010 0.127 0.150 0.062 0.557 0.084 96 G 0.007 0.007 0.105 0.047 0.092 0.630 0.111 97 K 0.008 0.004 0.057 0.024 0.239 0.513 0.155 98 D 0.011 0.007 0.038 0.009 0.266 0.329 0.340 99 V 0.014 0.019 0.001 0.001 0.424 0.003 0.537 100 P 0.007 0.040 0.001 0.002 0.012 0.001 0.938 101 V 0.001 0.001 0.015 0.973 0.001 0.008 0.003 102 N 0.001 0.001 0.011 0.985 0.001 0.003 0.001 103 E 0.001 0.001 0.025 0.973 0.001 0.002 0.001 104 A 0.001 0.001 0.005 0.989 0.001 0.004 0.001 105 L 0.001 0.001 0.002 0.980 0.001 0.016 0.001 106 N 0.001 0.001 0.001 0.943 0.002 0.053 0.001 107 N 0.001 0.001 0.002 0.941 0.004 0.042 0.011 108 L 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.003 0.005 109 E 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 110 A 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 111 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 112 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 113 Q 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 114 S 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.006 0.001 115 V 0.001 0.001 0.001 0.981 0.001 0.015 0.001 116 A 0.001 0.001 0.010 0.956 0.002 0.030 0.001 117 R 0.001 0.001 0.017 0.749 0.003 0.227 0.003 118 D 0.001 0.001 0.026 0.515 0.031 0.400 0.026 119 Y 0.004 0.005 0.006 0.014 0.365 0.018 0.590 120 P 0.003 0.003 0.040 0.006 0.124 0.714 0.110 121 L 0.018 0.004 0.033 0.002 0.147 0.702 0.094 122 T 0.175 0.006 0.008 0.002 0.161 0.020 0.628 123 E 0.612 0.006 0.002 0.001 0.029 0.009 0.339 124 I 0.963 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 125 K 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 126 L 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 127 L 0.936 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.053 128 S 0.799 0.002 0.001 0.001 0.051 0.007 0.139 129 I 0.500 0.012 0.004 0.002 0.130 0.021 0.331 130 L 0.280 0.048 0.006 0.004 0.215 0.015 0.432 131 P 0.118 0.021 0.010 0.005 0.061 0.019 0.767 132 V 0.009 0.004 0.401 0.090 0.048 0.348 0.100 133 N 0.006 0.003 0.349 0.106 0.053 0.427 0.056 134 E 0.009 0.009 0.318 0.148 0.116 0.245 0.154 135 R 0.022 0.010 0.049 0.212 0.212 0.052 0.442 136 E 0.010 0.003 0.116 0.638 0.040 0.109 0.083 137 E 0.012 0.005 0.106 0.730 0.021 0.089 0.037 138 Y 0.015 0.008 0.095 0.749 0.013 0.070 0.050 139 Q 0.022 0.005 0.055 0.763 0.018 0.063 0.075 140 Q 0.017 0.001 0.041 0.835 0.024 0.057 0.025 141 A 0.014 0.002 0.034 0.830 0.028 0.064 0.029 142 V 0.023 0.006 0.027 0.799 0.023 0.086 0.036 143 Y 0.042 0.011 0.025 0.712 0.030 0.101 0.079 144 I 0.038 0.006 0.041 0.642 0.036 0.129 0.108 145 R 0.018 0.005 0.037 0.612 0.042 0.131 0.154 146 S 0.012 0.006 0.028 0.577 0.058 0.134 0.186 147 N 0.007 0.002 0.019 0.731 0.049 0.059 0.134 148 E 0.003 0.001 0.018 0.899 0.022 0.033 0.026 149 K 0.002 0.001 0.012 0.942 0.007 0.019 0.017 150 I 0.001 0.001 0.003 0.976 0.002 0.007 0.010 151 Q 0.001 0.001 0.002 0.987 0.002 0.007 0.002 152 N 0.001 0.001 0.002 0.984 0.001 0.011 0.002 153 W 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.007 0.002 154 N 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 155 Q 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 156 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 157 Y 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 158 Q 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 159 E 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.005 0.001 160 L 0.001 0.001 0.001 0.985 0.001 0.013 0.001 161 A 0.001 0.001 0.009 0.967 0.001 0.021 0.002 162 S 0.001 0.001 0.028 0.815 0.004 0.148 0.004 163 A 0.001 0.001 0.033 0.572 0.010 0.373 0.010 164 Y 0.006 0.003 0.018 0.095 0.356 0.079 0.443 165 M 0.008 0.002 0.038 0.029 0.235 0.505 0.183 166 Q 0.075 0.003 0.027 0.006 0.078 0.705 0.106 167 V 0.562 0.009 0.004 0.002 0.022 0.005 0.396 168 E 0.880 0.005 0.002 0.001 0.010 0.002 0.101 169 F 0.963 0.004 0.001 0.001 0.005 0.001 0.025 170 V 0.849 0.007 0.001 0.002 0.019 0.001 0.121 171 P 0.610 0.010 0.003 0.003 0.076 0.007 0.291 172 V 0.189 0.018 0.044 0.039 0.106 0.076 0.528 173 F 0.074 0.006 0.160 0.204 0.112 0.088 0.356 174 D 0.036 0.003 0.236 0.359 0.105 0.098 0.163 175 C 0.037 0.014 0.171 0.536 0.046 0.109 0.087 176 L 0.057 0.014 0.114 0.560 0.040 0.122 0.093 177 T 0.052 0.020 0.069 0.535 0.056 0.164 0.104 178 D 0.024 0.005 0.069 0.485 0.100 0.144 0.173 179 Q 0.014 0.004 0.079 0.444 0.074 0.261 0.124 180 A 0.013 0.007 0.074 0.357 0.066 0.380 0.103 181 G 0.016 0.008 0.057 0.213 0.181 0.340 0.186 182 Q 0.028 0.014 0.059 0.146 0.154 0.167 0.433 183 L 0.050 0.036 0.068 0.189 0.133 0.137 0.387 184 K 0.035 0.012 0.164 0.202 0.065 0.144 0.379 185 K 0.034 0.007 0.267 0.197 0.111 0.208 0.177 186 E 0.057 0.013 0.238 0.178 0.114 0.233 0.166 187 Y 0.117 0.055 0.095 0.119 0.174 0.164 0.276 188 T 0.102 0.024 0.030 0.044 0.126 0.089 0.586 189 T 0.108 0.023 0.057 0.049 0.212 0.199 0.351 190 D 0.089 0.025 0.047 0.051 0.221 0.262 0.305 191 G 0.068 0.029 0.044 0.034 0.290 0.187 0.347 192 L 0.106 0.044 0.021 0.028 0.249 0.099 0.452 193 H 0.103 0.069 0.010 0.033 0.136 0.105 0.544 194 L 0.023 0.030 0.007 0.044 0.114 0.066 0.717 195 S 0.007 0.009 0.003 0.099 0.064 0.017 0.802 196 I 0.001 0.001 0.003 0.976 0.005 0.014 0.002 197 A 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.007 0.001 198 G 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.003 0.001 199 Y 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 200 Q 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 201 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.004 0.001 202 L 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.008 0.001 203 S 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 204 K 0.001 0.001 0.001 0.983 0.001 0.014 0.001 205 S 0.001 0.001 0.002 0.949 0.001 0.044 0.003 206 L 0.001 0.001 0.007 0.939 0.002 0.040 0.010 207 K 0.001 0.001 0.032 0.937 0.003 0.021 0.006 208 D 0.001 0.001 0.084 0.828 0.009 0.070 0.008 209 Y 0.001 0.001 0.075 0.653 0.014 0.234 0.021 210 L 0.007 0.023 0.044 0.392 0.025 0.163 0.345 211 Y 0.001 0.001 0.003 0.010 0.002 0.004 0.978