# TARGET T0297 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0297.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1496 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.340 0.219 0.174 0.150 0.082 0.031 0.004 2 A 0.376 0.244 0.163 0.122 0.065 0.027 0.004 3 V 0.268 0.216 0.198 0.181 0.099 0.035 0.004 4 Q 0.419 0.310 0.153 0.075 0.031 0.010 0.001 5 L 0.154 0.148 0.188 0.232 0.188 0.081 0.009 6 L 0.128 0.144 0.210 0.252 0.189 0.071 0.006 7 E 0.339 0.322 0.200 0.094 0.034 0.010 0.001 8 N 0.307 0.267 0.200 0.135 0.067 0.021 0.003 9 W 0.121 0.168 0.210 0.238 0.183 0.072 0.007 10 L 0.120 0.147 0.192 0.248 0.190 0.093 0.010 11 L 0.162 0.193 0.208 0.219 0.149 0.063 0.006 12 K 0.267 0.287 0.219 0.141 0.064 0.019 0.002 13 E 0.480 0.309 0.123 0.059 0.022 0.006 0.001 14 Q 0.192 0.234 0.272 0.211 0.078 0.013 0.001 15 E 0.569 0.291 0.096 0.033 0.009 0.002 0.001 16 K 0.373 0.360 0.182 0.067 0.015 0.002 0.001 17 I 0.106 0.150 0.233 0.302 0.174 0.034 0.001 18 Q 0.355 0.336 0.188 0.086 0.028 0.006 0.001 19 T 0.410 0.261 0.168 0.107 0.043 0.011 0.001 20 K 0.411 0.284 0.168 0.090 0.036 0.010 0.001 21 Y 0.194 0.187 0.225 0.231 0.128 0.032 0.003 22 R 0.276 0.318 0.218 0.118 0.049 0.019 0.002 23 H 0.221 0.256 0.219 0.167 0.097 0.035 0.004 24 L 0.083 0.092 0.148 0.264 0.270 0.127 0.016 25 N 0.191 0.256 0.240 0.181 0.091 0.036 0.006 26 H 0.173 0.286 0.238 0.170 0.086 0.040 0.007 27 I 0.081 0.139 0.188 0.245 0.211 0.120 0.017 28 S 0.157 0.275 0.235 0.178 0.104 0.044 0.006 29 V 0.106 0.147 0.194 0.248 0.213 0.085 0.007 30 V 0.151 0.194 0.230 0.238 0.148 0.037 0.002 31 E 0.362 0.436 0.148 0.043 0.009 0.002 0.001 32 P 0.020 0.111 0.242 0.344 0.222 0.057 0.004 33 N 0.008 0.044 0.140 0.308 0.347 0.139 0.014 34 I 0.001 0.001 0.003 0.018 0.124 0.578 0.277 35 L 0.001 0.001 0.001 0.005 0.042 0.368 0.583 36 F 0.001 0.001 0.001 0.004 0.018 0.164 0.813 37 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.113 0.875 38 G 0.001 0.001 0.002 0.010 0.043 0.222 0.721 39 D 0.001 0.003 0.010 0.037 0.111 0.307 0.532 40 S 0.003 0.010 0.020 0.049 0.125 0.381 0.411 41 I 0.014 0.028 0.055 0.128 0.231 0.373 0.172 42 V 0.023 0.040 0.061 0.113 0.206 0.367 0.191 43 E 0.064 0.127 0.150 0.220 0.203 0.175 0.060 44 Y 0.101 0.177 0.200 0.211 0.166 0.111 0.034 45 Y 0.134 0.193 0.217 0.211 0.147 0.078 0.020 46 P 0.238 0.303 0.217 0.133 0.069 0.032 0.008 47 L 0.049 0.072 0.133 0.259 0.302 0.164 0.022 48 Q 0.088 0.186 0.254 0.251 0.155 0.058 0.008 49 E 0.181 0.328 0.240 0.142 0.072 0.031 0.005 50 L 0.066 0.187 0.271 0.280 0.149 0.043 0.004 51 F 0.036 0.076 0.168 0.339 0.289 0.087 0.004 52 G 0.343 0.330 0.191 0.095 0.032 0.008 0.001 53 T 0.530 0.305 0.115 0.040 0.008 0.002 0.001 54 S 0.514 0.288 0.120 0.056 0.018 0.004 0.001 55 K 0.149 0.225 0.273 0.219 0.104 0.027 0.003 56 T 0.169 0.327 0.255 0.152 0.068 0.025 0.003 57 I 0.022 0.038 0.077 0.190 0.334 0.287 0.052 58 V 0.021 0.075 0.158 0.264 0.252 0.183 0.046 59 N 0.034 0.073 0.113 0.176 0.225 0.274 0.104 60 R 0.032 0.069 0.122 0.217 0.257 0.215 0.088 61 G 0.016 0.026 0.046 0.098 0.191 0.371 0.251 62 I 0.028 0.059 0.085 0.146 0.216 0.287 0.180 63 R 0.055 0.143 0.174 0.195 0.179 0.170 0.085 64 G 0.062 0.108 0.129 0.192 0.208 0.202 0.098 65 Y 0.072 0.137 0.178 0.200 0.190 0.159 0.064 66 Q 0.036 0.099 0.178 0.246 0.219 0.167 0.055 67 T 0.021 0.023 0.035 0.103 0.240 0.395 0.183 68 G 0.063 0.186 0.251 0.253 0.168 0.066 0.013 69 L 0.056 0.204 0.262 0.232 0.152 0.077 0.017 70 L 0.005 0.013 0.027 0.084 0.247 0.462 0.161 71 L 0.006 0.031 0.104 0.273 0.341 0.212 0.032 72 E 0.069 0.346 0.312 0.175 0.068 0.025 0.004 73 N 0.007 0.055 0.204 0.372 0.269 0.087 0.007 74 L 0.002 0.004 0.014 0.078 0.333 0.502 0.067 75 D 0.040 0.214 0.339 0.277 0.107 0.022 0.002 76 A 0.216 0.448 0.225 0.082 0.023 0.005 0.001 77 H 0.026 0.124 0.251 0.324 0.200 0.072 0.004 78 L 0.024 0.053 0.141 0.320 0.327 0.127 0.007 79 Y 0.204 0.362 0.264 0.123 0.038 0.008 0.001 80 G 0.384 0.330 0.176 0.080 0.025 0.004 0.001 81 G 0.119 0.219 0.269 0.243 0.126 0.023 0.001 82 A 0.237 0.400 0.217 0.106 0.033 0.006 0.001 83 V 0.005 0.030 0.115 0.328 0.406 0.112 0.004 84 D 0.011 0.152 0.303 0.323 0.166 0.042 0.003 85 K 0.001 0.002 0.020 0.143 0.419 0.369 0.047 86 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.034 0.449 0.514 87 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.195 0.786 88 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.055 0.942 89 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.100 0.891 90 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.115 0.874 91 G 0.001 0.001 0.001 0.007 0.028 0.185 0.779 92 T 0.001 0.001 0.005 0.019 0.066 0.295 0.614 93 N 0.001 0.002 0.008 0.033 0.123 0.391 0.443 94 D 0.002 0.007 0.018 0.061 0.196 0.471 0.245 95 I 0.003 0.008 0.018 0.053 0.193 0.496 0.229 96 G 0.006 0.022 0.070 0.203 0.339 0.314 0.047 97 K 0.046 0.170 0.259 0.250 0.173 0.087 0.015 98 D 0.165 0.277 0.220 0.192 0.103 0.037 0.006 99 V 0.136 0.182 0.209 0.224 0.162 0.074 0.013 100 P 0.254 0.309 0.197 0.132 0.068 0.033 0.006 101 V 0.063 0.151 0.225 0.264 0.197 0.090 0.009 102 N 0.382 0.292 0.161 0.089 0.051 0.021 0.004 103 E 0.087 0.333 0.331 0.166 0.062 0.019 0.003 104 A 0.008 0.014 0.038 0.183 0.438 0.300 0.020 105 L 0.013 0.115 0.265 0.368 0.187 0.050 0.002 106 N 0.059 0.435 0.358 0.116 0.027 0.004 0.001 107 N 0.001 0.013 0.113 0.336 0.405 0.127 0.005 108 L 0.001 0.001 0.001 0.008 0.126 0.751 0.114 109 E 0.001 0.036 0.253 0.477 0.195 0.037 0.001 110 A 0.004 0.084 0.336 0.404 0.155 0.017 0.001 111 I 0.001 0.001 0.005 0.023 0.168 0.694 0.108 112 I 0.001 0.001 0.005 0.073 0.386 0.483 0.053 113 Q 0.008 0.239 0.447 0.232 0.063 0.010 0.001 114 S 0.005 0.075 0.262 0.455 0.182 0.020 0.001 115 V 0.001 0.003 0.010 0.093 0.395 0.461 0.038 116 A 0.014 0.169 0.387 0.320 0.102 0.008 0.001 117 R 0.391 0.476 0.104 0.024 0.005 0.001 0.001 118 D 0.190 0.368 0.284 0.128 0.025 0.004 0.001 119 Y 0.098 0.212 0.292 0.271 0.109 0.018 0.001 120 P 0.344 0.339 0.170 0.099 0.039 0.008 0.001 121 L 0.209 0.345 0.234 0.146 0.053 0.011 0.001 122 T 0.009 0.052 0.140 0.303 0.344 0.143 0.010 123 E 0.011 0.106 0.273 0.352 0.189 0.059 0.010 124 I 0.001 0.001 0.004 0.024 0.144 0.551 0.276 125 K 0.001 0.002 0.013 0.087 0.333 0.424 0.140 126 L 0.001 0.001 0.002 0.009 0.041 0.339 0.608 127 L 0.001 0.001 0.002 0.005 0.028 0.223 0.740 128 S 0.001 0.002 0.007 0.022 0.071 0.311 0.586 129 I 0.001 0.002 0.006 0.032 0.144 0.354 0.462 130 L 0.001 0.009 0.025 0.083 0.217 0.464 0.200 131 P 0.016 0.058 0.107 0.199 0.277 0.286 0.056 132 V 0.026 0.072 0.165 0.282 0.294 0.145 0.016 133 N 0.227 0.299 0.228 0.145 0.072 0.024 0.004 134 E 0.209 0.236 0.220 0.189 0.101 0.039 0.006 135 R 0.248 0.225 0.203 0.176 0.104 0.040 0.004 136 E 0.453 0.269 0.145 0.084 0.035 0.012 0.002 137 E 0.408 0.262 0.145 0.099 0.055 0.027 0.004 138 Y 0.124 0.167 0.223 0.240 0.169 0.071 0.006 139 Q 0.290 0.293 0.207 0.126 0.059 0.022 0.003 140 Q 0.333 0.261 0.194 0.124 0.062 0.023 0.003 141 A 0.380 0.239 0.155 0.114 0.072 0.035 0.005 142 V 0.231 0.175 0.185 0.213 0.139 0.053 0.005 143 Y 0.248 0.216 0.198 0.182 0.104 0.048 0.005 144 I 0.370 0.246 0.165 0.126 0.066 0.024 0.003 145 R 0.342 0.250 0.173 0.131 0.073 0.027 0.004 146 S 0.201 0.180 0.197 0.215 0.149 0.054 0.004 147 N 0.328 0.281 0.185 0.124 0.060 0.019 0.001 148 E 0.370 0.386 0.169 0.057 0.016 0.003 0.001 149 K 0.058 0.226 0.308 0.261 0.118 0.028 0.002 150 I 0.007 0.029 0.072 0.240 0.391 0.248 0.012 151 Q 0.162 0.360 0.292 0.132 0.043 0.010 0.001 152 N 0.062 0.253 0.374 0.230 0.068 0.012 0.001 153 W 0.001 0.004 0.010 0.055 0.296 0.574 0.061 154 N 0.001 0.017 0.096 0.344 0.359 0.174 0.009 155 Q 0.016 0.273 0.427 0.219 0.055 0.008 0.001 156 A 0.001 0.006 0.055 0.240 0.481 0.209 0.007 157 Y 0.001 0.001 0.001 0.011 0.149 0.714 0.125 158 Q 0.004 0.077 0.319 0.415 0.155 0.029 0.001 159 E 0.014 0.307 0.418 0.220 0.039 0.003 0.001 160 L 0.001 0.007 0.042 0.269 0.456 0.217 0.008 161 A 0.002 0.018 0.077 0.311 0.463 0.125 0.004 162 S 0.286 0.552 0.135 0.023 0.004 0.001 0.001 163 A 0.290 0.451 0.188 0.061 0.008 0.001 0.001 164 Y 0.018 0.108 0.311 0.393 0.151 0.019 0.001 165 M 0.241 0.421 0.235 0.082 0.019 0.002 0.001 166 Q 0.395 0.409 0.147 0.041 0.007 0.001 0.001 167 V 0.005 0.020 0.084 0.272 0.418 0.191 0.009 168 E 0.021 0.123 0.227 0.307 0.215 0.099 0.009 169 F 0.004 0.011 0.026 0.080 0.232 0.483 0.164 170 V 0.003 0.016 0.039 0.112 0.258 0.401 0.172 171 P 0.004 0.033 0.098 0.205 0.266 0.275 0.119 172 V 0.001 0.004 0.009 0.033 0.134 0.459 0.358 173 F 0.006 0.027 0.074 0.181 0.296 0.324 0.092 174 D 0.024 0.134 0.237 0.251 0.193 0.129 0.032 175 C 0.013 0.038 0.094 0.217 0.310 0.265 0.063 176 L 0.016 0.023 0.049 0.145 0.346 0.370 0.050 177 T 0.063 0.174 0.272 0.283 0.152 0.052 0.005 178 D 0.343 0.318 0.181 0.102 0.041 0.012 0.001 179 Q 0.317 0.270 0.196 0.132 0.063 0.020 0.002 180 A 0.385 0.247 0.180 0.124 0.050 0.013 0.001 181 G 0.511 0.259 0.123 0.069 0.029 0.009 0.001 182 Q 0.504 0.250 0.127 0.075 0.033 0.009 0.001 183 L 0.277 0.244 0.201 0.172 0.079 0.025 0.002 184 K 0.348 0.283 0.182 0.115 0.053 0.017 0.002 185 K 0.339 0.320 0.192 0.096 0.038 0.013 0.003 186 E 0.106 0.206 0.238 0.231 0.151 0.060 0.008 187 Y 0.023 0.050 0.102 0.221 0.325 0.245 0.035 188 T 0.050 0.100 0.167 0.248 0.238 0.157 0.040 189 T 0.069 0.129 0.184 0.222 0.189 0.152 0.055 190 D 0.042 0.051 0.071 0.141 0.236 0.327 0.131 191 G 0.033 0.039 0.065 0.122 0.215 0.333 0.193 192 L 0.026 0.039 0.054 0.083 0.147 0.360 0.290 193 H 0.021 0.031 0.043 0.088 0.174 0.344 0.298 194 L 0.008 0.016 0.031 0.077 0.168 0.377 0.323 195 S 0.035 0.063 0.078 0.133 0.209 0.276 0.205 196 I 0.058 0.190 0.249 0.226 0.146 0.096 0.036 197 A 0.050 0.146 0.222 0.240 0.198 0.107 0.037 198 G 0.008 0.023 0.046 0.093 0.203 0.429 0.199 199 Y 0.004 0.010 0.017 0.086 0.282 0.473 0.128 200 Q 0.006 0.071 0.265 0.378 0.205 0.069 0.006 201 A 0.004 0.015 0.074 0.266 0.414 0.214 0.014 202 L 0.001 0.002 0.002 0.004 0.039 0.551 0.402 203 S 0.001 0.003 0.016 0.121 0.369 0.447 0.043 204 K 0.005 0.106 0.358 0.367 0.136 0.025 0.003 205 S 0.004 0.020 0.102 0.363 0.389 0.116 0.006 206 L 0.003 0.002 0.002 0.016 0.171 0.686 0.119 207 K 0.014 0.077 0.265 0.390 0.211 0.042 0.001 208 D 0.241 0.532 0.167 0.048 0.011 0.001 0.001 209 Y 0.066 0.165 0.277 0.334 0.131 0.025 0.001 210 L 0.070 0.075 0.125 0.263 0.306 0.148 0.012 211 Y 0.434 0.296 0.155 0.074 0.030 0.010 0.002