# TARGET T0296 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0296.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 50 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.997 2 D 0.009 0.013 0.001 0.004 0.002 0.002 0.970 3 I 0.001 0.001 0.031 0.863 0.037 0.040 0.027 4 R 0.001 0.001 0.030 0.925 0.008 0.028 0.009 5 Q 0.001 0.001 0.028 0.945 0.003 0.014 0.010 6 V 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.004 0.002 7 T 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.004 0.002 8 E 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 9 T 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 10 I 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 11 A 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 12 M 0.001 0.001 0.002 0.990 0.001 0.006 0.001 13 I 0.001 0.001 0.005 0.985 0.001 0.008 0.001 14 E 0.002 0.001 0.007 0.955 0.002 0.029 0.003 15 E 0.003 0.001 0.012 0.816 0.016 0.140 0.012 16 Q 0.004 0.001 0.023 0.601 0.036 0.299 0.035 17 N 0.012 0.008 0.047 0.392 0.103 0.286 0.152 18 F 0.026 0.008 0.039 0.293 0.184 0.102 0.348 19 D 0.048 0.008 0.027 0.182 0.178 0.156 0.401 20 I 0.107 0.014 0.042 0.479 0.096 0.107 0.155 21 R 0.118 0.007 0.047 0.494 0.117 0.074 0.142 22 T 0.216 0.007 0.068 0.460 0.052 0.079 0.118 23 I 0.258 0.005 0.064 0.427 0.048 0.072 0.125 24 T 0.226 0.019 0.070 0.398 0.058 0.092 0.137 25 M 0.150 0.011 0.077 0.252 0.074 0.312 0.123 26 G 0.183 0.012 0.051 0.085 0.132 0.360 0.178 27 I 0.254 0.025 0.030 0.057 0.165 0.046 0.424 28 S 0.302 0.047 0.020 0.048 0.073 0.027 0.484 29 L 0.035 0.003 0.313 0.480 0.033 0.102 0.034 30 L 0.037 0.006 0.404 0.357 0.040 0.126 0.030 31 D 0.069 0.010 0.382 0.314 0.052 0.117 0.056 32 C 0.084 0.012 0.221 0.241 0.110 0.165 0.168 33 I 0.086 0.028 0.081 0.146 0.165 0.240 0.254 34 D 0.036 0.018 0.054 0.092 0.252 0.257 0.291 35 P 0.012 0.015 0.020 0.087 0.431 0.157 0.279 36 D 0.005 0.019 0.008 0.122 0.256 0.053 0.537 37 I 0.001 0.001 0.012 0.944 0.016 0.015 0.011 38 N 0.001 0.001 0.006 0.977 0.005 0.010 0.002 39 R 0.001 0.001 0.007 0.979 0.002 0.009 0.002 40 A 0.001 0.001 0.004 0.978 0.002 0.013 0.003 41 A 0.001 0.001 0.002 0.975 0.002 0.019 0.002 42 E 0.001 0.001 0.001 0.964 0.004 0.027 0.003 43 K 0.001 0.001 0.001 0.967 0.002 0.021 0.008 44 I 0.001 0.001 0.001 0.982 0.003 0.006 0.008 45 Y 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 46 Q 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 47 K 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.005 0.001 48 I 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 49 T 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.006 0.001 50 T 0.001 0.001 0.001 0.982 0.002 0.014 0.001 51 K 0.001 0.001 0.003 0.961 0.001 0.034 0.001 52 A 0.001 0.001 0.008 0.953 0.003 0.032 0.004 53 A 0.001 0.001 0.034 0.909 0.004 0.051 0.002 54 N 0.001 0.001 0.044 0.840 0.004 0.108 0.004 55 L 0.001 0.001 0.018 0.947 0.007 0.021 0.006 56 V 0.001 0.001 0.006 0.980 0.003 0.008 0.003 57 A 0.001 0.001 0.003 0.980 0.002 0.011 0.002 58 V 0.001 0.001 0.002 0.983 0.001 0.014 0.001 59 G 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.001 60 D 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 61 E 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.001 62 I 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 63 A 0.001 0.001 0.002 0.988 0.001 0.007 0.001 64 A 0.001 0.001 0.004 0.961 0.002 0.031 0.002 65 E 0.001 0.001 0.007 0.868 0.008 0.112 0.005 66 L 0.001 0.002 0.006 0.335 0.046 0.591 0.019 67 G 0.002 0.001 0.002 0.011 0.051 0.720 0.213 68 I 0.016 0.001 0.001 0.002 0.038 0.003 0.940 69 P 0.505 0.009 0.002 0.004 0.117 0.004 0.359 70 I 0.820 0.038 0.003 0.002 0.006 0.003 0.127 71 V 0.932 0.005 0.002 0.001 0.006 0.004 0.049 72 N 0.869 0.002 0.003 0.001 0.029 0.005 0.091 73 K 0.604 0.004 0.015 0.008 0.133 0.024 0.212 74 R 0.536 0.008 0.011 0.010 0.135 0.019 0.281 75 V 0.670 0.007 0.015 0.014 0.080 0.040 0.175 76 S 0.653 0.021 0.008 0.011 0.046 0.043 0.218 77 V 0.697 0.034 0.002 0.010 0.102 0.017 0.138 78 T 0.466 0.015 0.001 0.011 0.065 0.004 0.439 79 P 0.024 0.002 0.028 0.901 0.013 0.017 0.016 80 I 0.009 0.001 0.027 0.940 0.006 0.013 0.004 81 S 0.013 0.001 0.054 0.916 0.003 0.012 0.002 82 L 0.014 0.001 0.053 0.900 0.003 0.025 0.004 83 I 0.031 0.004 0.066 0.746 0.011 0.127 0.015 84 G 0.025 0.005 0.196 0.497 0.039 0.187 0.051 85 A 0.024 0.003 0.221 0.310 0.125 0.254 0.063 86 A 0.034 0.019 0.241 0.173 0.137 0.227 0.168 87 T 0.018 0.047 0.076 0.096 0.337 0.115 0.310 88 D 0.007 0.006 0.018 0.077 0.202 0.088 0.601 89 A 0.001 0.001 0.075 0.533 0.094 0.176 0.119 90 T 0.001 0.001 0.051 0.721 0.054 0.130 0.042 91 D 0.001 0.002 0.029 0.812 0.027 0.087 0.042 92 Y 0.001 0.001 0.005 0.960 0.010 0.012 0.012 93 V 0.001 0.001 0.001 0.977 0.005 0.005 0.010 94 V 0.001 0.001 0.001 0.989 0.003 0.004 0.003 95 L 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.004 0.002 96 A 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 97 K 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.006 0.001 98 A 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.008 0.001 99 L 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.005 0.002 100 D 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 101 K 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 102 A 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 103 A 0.001 0.001 0.001 0.989 0.002 0.007 0.002 104 K 0.001 0.001 0.005 0.972 0.001 0.021 0.002 105 E 0.001 0.001 0.005 0.900 0.002 0.090 0.002 106 I 0.001 0.001 0.006 0.536 0.022 0.425 0.009 107 G 0.001 0.003 0.003 0.034 0.063 0.722 0.174 108 V 0.011 0.003 0.001 0.003 0.059 0.005 0.919 109 D 0.294 0.009 0.007 0.012 0.326 0.013 0.338 110 F 0.784 0.035 0.010 0.010 0.013 0.015 0.132 111 I 0.827 0.009 0.005 0.010 0.019 0.015 0.115 112 G 0.702 0.004 0.003 0.010 0.084 0.027 0.170 113 G 0.106 0.004 0.083 0.286 0.189 0.190 0.142 114 F 0.045 0.007 0.090 0.512 0.141 0.079 0.127 115 S 0.040 0.004 0.059 0.735 0.046 0.050 0.066 116 A 0.042 0.004 0.031 0.843 0.018 0.025 0.038 117 L 0.085 0.006 0.029 0.804 0.012 0.036 0.028 118 V 0.053 0.006 0.053 0.762 0.020 0.054 0.052 119 Q 0.061 0.015 0.099 0.555 0.062 0.128 0.080 120 K 0.017 0.005 0.055 0.227 0.128 0.496 0.072 121 G 0.004 0.005 0.018 0.037 0.048 0.771 0.117 122 Y 0.001 0.007 0.002 0.006 0.094 0.011 0.879 123 Q 0.002 0.015 0.003 0.008 0.073 0.015 0.884 124 K 0.001 0.001 0.092 0.365 0.118 0.399 0.024 125 G 0.001 0.002 0.107 0.369 0.040 0.435 0.046 126 D 0.002 0.004 0.046 0.733 0.039 0.040 0.135 127 E 0.001 0.001 0.012 0.966 0.004 0.006 0.009 128 I 0.002 0.001 0.017 0.950 0.006 0.015 0.009 129 L 0.001 0.001 0.024 0.944 0.002 0.023 0.005 130 I 0.001 0.001 0.019 0.946 0.004 0.026 0.004 131 N 0.002 0.001 0.014 0.888 0.011 0.079 0.006 132 S 0.002 0.001 0.014 0.854 0.014 0.102 0.013 133 I 0.003 0.005 0.011 0.765 0.082 0.022 0.113 134 P 0.003 0.002 0.038 0.859 0.016 0.033 0.050 135 R 0.002 0.001 0.038 0.841 0.017 0.082 0.020 136 A 0.002 0.001 0.028 0.827 0.016 0.100 0.027 137 L 0.003 0.006 0.054 0.747 0.024 0.108 0.057 138 A 0.006 0.004 0.058 0.624 0.043 0.221 0.044 139 E 0.008 0.002 0.047 0.475 0.036 0.390 0.043 140 T 0.033 0.006 0.010 0.168 0.300 0.112 0.371 141 D 0.134 0.007 0.005 0.050 0.222 0.086 0.496 142 K 0.496 0.055 0.009 0.054 0.094 0.028 0.264 143 V 0.691 0.025 0.009 0.034 0.027 0.011 0.203 144 C 0.662 0.004 0.022 0.031 0.057 0.031 0.193 145 S 0.689 0.007 0.016 0.019 0.090 0.039 0.142 146 S 0.589 0.014 0.012 0.017 0.076 0.059 0.233 147 V 0.371 0.018 0.012 0.039 0.190 0.068 0.302 148 N 0.241 0.023 0.018 0.058 0.196 0.058 0.406 149 I 0.168 0.011 0.035 0.087 0.178 0.154 0.368 150 G 0.127 0.030 0.031 0.113 0.192 0.223 0.285 151 S 0.113 0.034 0.032 0.139 0.235 0.150 0.299 152 T 0.066 0.013 0.025 0.181 0.248 0.199 0.268 153 K 0.032 0.010 0.036 0.425 0.101 0.293 0.102 154 S 0.019 0.004 0.031 0.460 0.046 0.383 0.057 155 G 0.026 0.005 0.016 0.475 0.095 0.260 0.123 156 I 0.038 0.031 0.021 0.582 0.059 0.108 0.161 157 N 0.013 0.011 0.007 0.820 0.036 0.046 0.067 158 M 0.001 0.001 0.002 0.980 0.003 0.008 0.006 159 T 0.001 0.001 0.003 0.990 0.001 0.005 0.001 160 A 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.004 0.001 161 V 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.003 0.001 162 A 0.001 0.001 0.003 0.984 0.002 0.010 0.001 163 D 0.001 0.001 0.004 0.969 0.002 0.024 0.001 164 M 0.001 0.001 0.004 0.938 0.002 0.054 0.002 165 G 0.001 0.001 0.004 0.839 0.008 0.135 0.011 166 R 0.012 0.002 0.010 0.856 0.022 0.049 0.049 167 I 0.016 0.003 0.015 0.872 0.029 0.027 0.039 168 I 0.030 0.004 0.021 0.881 0.009 0.024 0.031 169 K 0.021 0.004 0.042 0.868 0.008 0.038 0.019 170 E 0.023 0.002 0.029 0.834 0.027 0.062 0.023 171 T 0.021 0.004 0.029 0.708 0.060 0.122 0.057 172 A 0.020 0.010 0.018 0.424 0.162 0.127 0.239 173 N 0.015 0.007 0.032 0.126 0.134 0.268 0.418 174 L 0.008 0.003 0.028 0.062 0.367 0.408 0.125 175 S 0.014 0.005 0.015 0.041 0.355 0.345 0.225 176 D 0.013 0.007 0.072 0.161 0.282 0.242 0.223 177 M 0.060 0.027 0.084 0.329 0.094 0.105 0.301 178 G 0.071 0.011 0.071 0.486 0.109 0.076 0.177 179 V 0.102 0.007 0.038 0.650 0.051 0.037 0.114 180 A 0.204 0.003 0.010 0.659 0.016 0.023 0.086 181 K 0.258 0.003 0.008 0.629 0.031 0.015 0.056 182 L 0.410 0.005 0.008 0.520 0.012 0.010 0.035 183 V 0.589 0.004 0.008 0.342 0.009 0.011 0.038 184 V 0.491 0.003 0.020 0.402 0.024 0.014 0.046 185 F 0.487 0.008 0.032 0.366 0.020 0.025 0.063 186 A 0.370 0.017 0.051 0.307 0.052 0.085 0.118 187 N 0.256 0.017 0.050 0.179 0.133 0.154 0.211 188 A 0.061 0.028 0.034 0.087 0.136 0.126 0.528 189 V 0.011 0.012 0.040 0.021 0.192 0.150 0.574 190 E 0.005 0.003 0.066 0.014 0.146 0.673 0.094 191 D 0.003 0.008 0.083 0.011 0.262 0.530 0.103 192 N 0.003 0.012 0.031 0.006 0.480 0.057 0.412 193 P 0.007 0.008 0.054 0.011 0.165 0.537 0.219 194 F 0.017 0.013 0.079 0.015 0.196 0.557 0.123 195 M 0.095 0.063 0.082 0.023 0.173 0.074 0.491 196 A 0.194 0.050 0.072 0.050 0.114 0.100 0.418 197 G 0.353 0.027 0.094 0.072 0.113 0.132 0.209 198 A 0.359 0.054 0.134 0.079 0.050 0.150 0.175 199 F 0.345 0.060 0.074 0.088 0.079 0.195 0.159 200 H 0.264 0.020 0.050 0.060 0.125 0.204 0.276 201 G 0.109 0.025 0.064 0.025 0.158 0.264 0.355 202 V 0.084 0.025 0.050 0.012 0.277 0.238 0.314 203 G 0.089 0.032 0.039 0.008 0.355 0.213 0.263 204 E 0.104 0.050 0.064 0.016 0.289 0.096 0.381 205 A 0.174 0.012 0.013 0.004 0.103 0.025 0.669 206 D 0.414 0.001 0.007 0.005 0.355 0.022 0.196 207 V 0.950 0.008 0.002 0.003 0.016 0.003 0.018 208 I 0.975 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.018 209 I 0.985 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 210 N 0.928 0.001 0.001 0.003 0.007 0.002 0.058 211 V 0.619 0.003 0.006 0.008 0.067 0.023 0.274 212 G 0.273 0.005 0.012 0.014 0.214 0.066 0.417 213 V 0.112 0.026 0.014 0.018 0.332 0.061 0.437 214 S 0.074 0.058 0.003 0.030 0.283 0.025 0.528 215 G 0.017 0.005 0.003 0.107 0.210 0.033 0.625 216 P 0.001 0.001 0.012 0.865 0.022 0.085 0.014 217 G 0.001 0.001 0.007 0.956 0.009 0.024 0.003 218 V 0.001 0.001 0.005 0.985 0.002 0.004 0.003 219 V 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.003 0.002 220 K 0.001 0.001 0.002 0.988 0.002 0.006 0.001 221 R 0.001 0.001 0.004 0.984 0.001 0.008 0.001 222 A 0.001 0.001 0.004 0.981 0.001 0.012 0.001 223 L 0.001 0.001 0.015 0.952 0.002 0.028 0.003 224 E 0.001 0.001 0.021 0.814 0.006 0.154 0.003 225 K 0.001 0.001 0.036 0.659 0.014 0.278 0.012 226 V 0.002 0.007 0.030 0.167 0.408 0.101 0.285 227 R 0.002 0.005 0.032 0.061 0.214 0.452 0.233 228 G 0.002 0.002 0.043 0.048 0.228 0.542 0.135 229 Q 0.010 0.019 0.021 0.043 0.375 0.079 0.453 230 S 0.020 0.050 0.005 0.049 0.097 0.019 0.761 231 F 0.001 0.001 0.018 0.959 0.008 0.009 0.006 232 D 0.001 0.001 0.009 0.977 0.004 0.006 0.003 233 V 0.001 0.001 0.006 0.985 0.001 0.006 0.001 234 V 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 235 A 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 236 E 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.009 0.001 237 T 0.001 0.001 0.001 0.987 0.002 0.009 0.002 238 V 0.001 0.001 0.001 0.986 0.002 0.007 0.003 239 K 0.001 0.001 0.008 0.958 0.004 0.024 0.004 240 K 0.002 0.001 0.009 0.885 0.013 0.084 0.006 241 T 0.003 0.001 0.010 0.705 0.009 0.263 0.010 242 A 0.017 0.009 0.009 0.328 0.074 0.489 0.075 243 F 0.075 0.003 0.011 0.167 0.176 0.217 0.352 244 K 0.226 0.007 0.012 0.107 0.189 0.076 0.383 245 I 0.282 0.035 0.006 0.111 0.068 0.020 0.478 246 T 0.230 0.022 0.007 0.195 0.143 0.029 0.375 247 R 0.185 0.014 0.007 0.376 0.055 0.062 0.301 248 I 0.054 0.002 0.005 0.606 0.053 0.180 0.101 249 G 0.027 0.001 0.004 0.760 0.085 0.059 0.063 250 Q 0.035 0.002 0.002 0.851 0.038 0.013 0.059 251 L 0.013 0.004 0.001 0.946 0.006 0.011 0.019 252 V 0.004 0.001 0.001 0.975 0.003 0.010 0.007 253 G 0.001 0.001 0.001 0.986 0.002 0.006 0.005 254 Q 0.001 0.001 0.001 0.990 0.004 0.002 0.004 255 M 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 256 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 257 S 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.007 0.002 258 E 0.001 0.001 0.001 0.970 0.002 0.024 0.002 259 R 0.001 0.001 0.002 0.899 0.002 0.095 0.002 260 L 0.001 0.002 0.001 0.313 0.025 0.638 0.020 261 G 0.001 0.002 0.001 0.011 0.063 0.761 0.161 262 V 0.003 0.007 0.001 0.004 0.233 0.008 0.745 263 E 0.050 0.026 0.004 0.010 0.142 0.023 0.745 264 F 0.366 0.031 0.016 0.039 0.049 0.056 0.443 265 G 0.680 0.008 0.013 0.041 0.084 0.034 0.139 266 I 0.827 0.007 0.006 0.033 0.030 0.003 0.095 267 V 0.786 0.010 0.007 0.052 0.015 0.003 0.126 268 D 0.544 0.010 0.026 0.095 0.044 0.023 0.258 269 L 0.231 0.004 0.094 0.083 0.087 0.098 0.404 270 S 0.105 0.008 0.117 0.053 0.181 0.152 0.384 271 L 0.076 0.015 0.083 0.044 0.018 0.159 0.605 272 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999