# TARGET T0296 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0296.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.62834 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.717 0.180 0.060 0.029 0.011 0.003 0.001 2 D 0.688 0.213 0.065 0.026 0.007 0.001 0.001 3 I 0.341 0.247 0.216 0.148 0.043 0.005 0.001 4 R 0.605 0.269 0.088 0.029 0.008 0.002 0.001 5 Q 0.376 0.337 0.186 0.076 0.020 0.004 0.001 6 V 0.090 0.078 0.144 0.300 0.301 0.084 0.004 7 T 0.300 0.284 0.227 0.136 0.044 0.009 0.001 8 E 0.367 0.334 0.179 0.086 0.026 0.007 0.001 9 T 0.168 0.126 0.165 0.229 0.209 0.097 0.008 10 I 0.207 0.170 0.210 0.223 0.143 0.044 0.003 11 A 0.486 0.348 0.110 0.040 0.012 0.004 0.001 12 M 0.175 0.239 0.260 0.220 0.085 0.020 0.001 13 I 0.081 0.071 0.126 0.272 0.327 0.118 0.004 14 E 0.475 0.370 0.121 0.029 0.005 0.001 0.001 15 E 0.614 0.278 0.084 0.020 0.003 0.001 0.001 16 Q 0.479 0.278 0.158 0.066 0.016 0.002 0.001 17 N 0.313 0.376 0.203 0.085 0.019 0.003 0.001 18 F 0.031 0.052 0.127 0.301 0.363 0.120 0.006 19 D 0.099 0.119 0.163 0.225 0.241 0.134 0.019 20 I 0.037 0.057 0.071 0.127 0.208 0.376 0.124 21 R 0.048 0.066 0.106 0.180 0.193 0.239 0.167 22 T 0.033 0.042 0.063 0.104 0.173 0.284 0.300 23 I 0.020 0.024 0.034 0.075 0.128 0.303 0.416 24 T 0.043 0.054 0.063 0.117 0.148 0.283 0.292 25 M 0.035 0.055 0.063 0.097 0.139 0.281 0.330 26 G 0.041 0.067 0.090 0.151 0.195 0.287 0.168 27 I 0.026 0.041 0.071 0.148 0.227 0.326 0.160 28 S 0.059 0.134 0.164 0.221 0.194 0.174 0.054 29 L 0.051 0.068 0.095 0.144 0.240 0.313 0.089 30 L 0.065 0.117 0.180 0.253 0.231 0.132 0.022 31 D 0.150 0.241 0.229 0.192 0.122 0.057 0.009 32 C 0.071 0.100 0.150 0.255 0.273 0.136 0.015 33 I 0.108 0.169 0.238 0.259 0.172 0.051 0.004 34 D 0.308 0.344 0.217 0.095 0.029 0.006 0.001 35 P 0.656 0.233 0.072 0.028 0.009 0.002 0.001 36 D 0.542 0.282 0.107 0.049 0.015 0.004 0.001 37 I 0.153 0.180 0.238 0.269 0.131 0.028 0.001 38 N 0.556 0.303 0.101 0.030 0.008 0.002 0.001 39 R 0.477 0.365 0.120 0.030 0.007 0.001 0.001 40 A 0.093 0.147 0.208 0.307 0.192 0.050 0.002 41 A 0.057 0.123 0.214 0.349 0.210 0.045 0.002 42 E 0.307 0.469 0.179 0.038 0.005 0.001 0.001 43 K 0.132 0.333 0.333 0.162 0.036 0.004 0.001 44 I 0.013 0.021 0.052 0.181 0.438 0.285 0.010 45 Y 0.017 0.098 0.274 0.393 0.184 0.033 0.001 46 Q 0.235 0.493 0.193 0.061 0.014 0.003 0.001 47 K 0.032 0.143 0.339 0.344 0.122 0.020 0.001 48 I 0.008 0.011 0.029 0.138 0.423 0.370 0.021 49 T 0.073 0.254 0.344 0.242 0.074 0.012 0.001 50 T 0.257 0.502 0.174 0.050 0.014 0.003 0.001 51 K 0.033 0.125 0.272 0.346 0.181 0.042 0.002 52 A 0.025 0.039 0.084 0.293 0.399 0.155 0.006 53 A 0.229 0.477 0.225 0.057 0.009 0.001 0.001 54 N 0.113 0.335 0.323 0.189 0.036 0.004 0.001 55 L 0.008 0.014 0.035 0.159 0.425 0.337 0.021 56 V 0.023 0.132 0.316 0.365 0.142 0.021 0.001 57 A 0.193 0.481 0.223 0.076 0.022 0.005 0.001 58 V 0.028 0.090 0.195 0.327 0.267 0.088 0.004 59 G 0.018 0.051 0.131 0.332 0.331 0.130 0.008 60 D 0.293 0.479 0.167 0.048 0.010 0.002 0.001 61 E 0.137 0.384 0.317 0.136 0.024 0.003 0.001 62 I 0.021 0.031 0.080 0.295 0.411 0.157 0.006 63 A 0.100 0.304 0.343 0.188 0.058 0.008 0.001 64 A 0.498 0.368 0.099 0.028 0.006 0.001 0.001 65 E 0.190 0.334 0.294 0.142 0.033 0.005 0.001 66 L 0.053 0.085 0.177 0.316 0.273 0.094 0.003 67 G 0.106 0.188 0.261 0.222 0.147 0.068 0.008 68 I 0.037 0.040 0.065 0.145 0.287 0.352 0.074 69 P 0.092 0.139 0.195 0.236 0.190 0.110 0.038 70 I 0.083 0.081 0.096 0.161 0.232 0.264 0.083 71 V 0.059 0.081 0.111 0.189 0.205 0.220 0.135 72 N 0.067 0.155 0.183 0.213 0.157 0.151 0.074 73 K 0.066 0.100 0.141 0.216 0.219 0.172 0.087 74 R 0.042 0.071 0.091 0.162 0.222 0.286 0.125 75 V 0.017 0.022 0.027 0.057 0.132 0.407 0.338 76 S 0.024 0.044 0.065 0.128 0.189 0.302 0.247 77 V 0.011 0.025 0.051 0.100 0.181 0.334 0.298 78 T 0.015 0.034 0.065 0.157 0.236 0.297 0.196 79 P 0.023 0.042 0.065 0.128 0.202 0.330 0.209 80 I 0.018 0.029 0.041 0.083 0.167 0.347 0.315 81 S 0.033 0.061 0.111 0.175 0.220 0.263 0.137 82 L 0.028 0.049 0.087 0.158 0.235 0.304 0.139 83 I 0.030 0.037 0.055 0.127 0.242 0.361 0.149 84 G 0.051 0.079 0.108 0.181 0.256 0.260 0.065 85 A 0.109 0.213 0.224 0.224 0.147 0.070 0.013 86 A 0.130 0.253 0.242 0.204 0.115 0.049 0.007 87 T 0.128 0.204 0.227 0.238 0.148 0.050 0.005 88 D 0.433 0.325 0.143 0.069 0.024 0.006 0.001 89 A 0.387 0.294 0.193 0.093 0.027 0.004 0.001 90 T 0.562 0.278 0.108 0.037 0.012 0.003 0.001 91 D 0.198 0.368 0.255 0.127 0.040 0.010 0.001 92 Y 0.016 0.045 0.107 0.276 0.368 0.175 0.013 93 V 0.014 0.061 0.177 0.331 0.295 0.115 0.006 94 V 0.047 0.218 0.322 0.259 0.120 0.031 0.002 95 L 0.004 0.009 0.028 0.091 0.270 0.513 0.086 96 A 0.002 0.006 0.015 0.074 0.288 0.538 0.078 97 K 0.008 0.142 0.364 0.316 0.128 0.038 0.004 98 A 0.002 0.022 0.127 0.375 0.360 0.108 0.006 99 L 0.001 0.001 0.002 0.012 0.122 0.663 0.200 100 D 0.008 0.064 0.192 0.374 0.264 0.094 0.005 101 K 0.020 0.308 0.407 0.210 0.048 0.007 0.001 102 A 0.003 0.016 0.062 0.289 0.418 0.197 0.014 103 A 0.005 0.023 0.071 0.279 0.436 0.173 0.014 104 K 0.215 0.516 0.201 0.053 0.012 0.002 0.001 105 E 0.231 0.414 0.232 0.096 0.023 0.004 0.001 106 I 0.023 0.093 0.230 0.318 0.227 0.096 0.014 107 G 0.056 0.154 0.248 0.256 0.188 0.083 0.015 108 V 0.020 0.025 0.043 0.099 0.223 0.398 0.192 109 D 0.028 0.044 0.058 0.126 0.248 0.310 0.186 110 F 0.026 0.032 0.048 0.079 0.130 0.310 0.375 111 I 0.040 0.041 0.051 0.093 0.142 0.266 0.366 112 G 0.031 0.044 0.069 0.105 0.136 0.262 0.353 113 G 0.037 0.046 0.055 0.106 0.170 0.284 0.303 114 F 0.057 0.047 0.054 0.094 0.158 0.292 0.299 115 S 0.073 0.109 0.124 0.165 0.168 0.208 0.155 116 A 0.067 0.077 0.113 0.158 0.174 0.250 0.160 117 L 0.048 0.093 0.137 0.208 0.220 0.221 0.073 118 V 0.087 0.092 0.113 0.194 0.254 0.209 0.051 119 Q 0.142 0.222 0.232 0.216 0.131 0.051 0.007 120 K 0.301 0.292 0.207 0.125 0.056 0.017 0.002 121 G 0.390 0.303 0.159 0.089 0.041 0.017 0.003 122 Y 0.158 0.217 0.248 0.236 0.114 0.026 0.001 123 Q 0.568 0.270 0.105 0.041 0.013 0.003 0.001 124 K 0.700 0.199 0.064 0.026 0.008 0.002 0.001 125 G 0.557 0.240 0.117 0.061 0.021 0.004 0.001 126 D 0.340 0.245 0.193 0.151 0.059 0.012 0.001 127 E 0.278 0.385 0.234 0.082 0.019 0.003 0.001 128 I 0.160 0.263 0.281 0.198 0.082 0.015 0.001 129 L 0.046 0.068 0.111 0.219 0.322 0.218 0.016 130 I 0.036 0.059 0.117 0.296 0.324 0.159 0.009 131 N 0.175 0.396 0.272 0.121 0.029 0.006 0.001 132 S 0.074 0.144 0.257 0.315 0.160 0.047 0.003 133 I 0.025 0.025 0.040 0.103 0.292 0.453 0.061 134 P 0.107 0.150 0.223 0.267 0.186 0.062 0.005 135 R 0.224 0.427 0.218 0.093 0.029 0.008 0.001 136 A 0.062 0.109 0.185 0.304 0.234 0.096 0.010 137 L 0.076 0.095 0.142 0.265 0.272 0.132 0.017 138 A 0.356 0.399 0.157 0.059 0.020 0.007 0.001 139 E 0.282 0.343 0.234 0.110 0.027 0.004 0.001 140 T 0.160 0.132 0.165 0.249 0.215 0.072 0.007 141 D 0.337 0.349 0.195 0.089 0.024 0.005 0.001 142 K 0.198 0.294 0.243 0.160 0.079 0.024 0.003 143 V 0.055 0.065 0.099 0.214 0.300 0.224 0.043 144 C 0.051 0.096 0.123 0.225 0.254 0.192 0.058 145 S 0.079 0.131 0.141 0.162 0.152 0.197 0.138 146 S 0.052 0.091 0.150 0.224 0.216 0.175 0.092 147 V 0.022 0.026 0.043 0.090 0.174 0.325 0.320 148 N 0.076 0.109 0.133 0.190 0.194 0.181 0.117 149 I 0.078 0.094 0.093 0.120 0.158 0.269 0.188 150 G 0.087 0.090 0.107 0.180 0.219 0.202 0.116 151 S 0.065 0.112 0.153 0.191 0.193 0.200 0.087 152 T 0.169 0.213 0.183 0.191 0.126 0.080 0.039 153 K 0.159 0.216 0.196 0.178 0.135 0.085 0.031 154 S 0.123 0.189 0.176 0.178 0.151 0.128 0.055 155 G 0.047 0.135 0.214 0.242 0.190 0.124 0.048 156 I 0.008 0.020 0.042 0.107 0.253 0.393 0.177 157 N 0.007 0.025 0.057 0.136 0.223 0.341 0.211 158 M 0.008 0.018 0.025 0.056 0.169 0.492 0.233 159 T 0.012 0.074 0.206 0.347 0.248 0.091 0.021 160 A 0.003 0.012 0.048 0.150 0.296 0.384 0.107 161 V 0.003 0.009 0.014 0.061 0.229 0.483 0.201 162 A 0.016 0.111 0.233 0.330 0.220 0.083 0.007 163 D 0.018 0.095 0.244 0.340 0.226 0.071 0.007 164 M 0.009 0.028 0.052 0.102 0.248 0.465 0.095 165 G 0.008 0.030 0.094 0.276 0.359 0.217 0.015 166 R 0.044 0.293 0.352 0.213 0.079 0.017 0.002 167 I 0.008 0.040 0.159 0.375 0.317 0.096 0.005 168 I 0.005 0.008 0.018 0.095 0.353 0.468 0.053 169 K 0.035 0.210 0.365 0.279 0.096 0.014 0.001 170 E 0.290 0.426 0.197 0.068 0.016 0.003 0.001 171 T 0.059 0.162 0.250 0.318 0.163 0.044 0.003 172 A 0.108 0.170 0.226 0.288 0.167 0.040 0.002 173 N 0.388 0.386 0.150 0.055 0.017 0.004 0.001 174 L 0.234 0.268 0.243 0.169 0.067 0.018 0.001 175 S 0.515 0.277 0.105 0.060 0.029 0.012 0.002 176 D 0.475 0.257 0.145 0.081 0.033 0.008 0.001 177 M 0.099 0.199 0.288 0.256 0.126 0.029 0.002 178 G 0.101 0.252 0.240 0.223 0.140 0.040 0.003 179 V 0.011 0.062 0.177 0.287 0.292 0.152 0.020 180 A 0.001 0.005 0.013 0.066 0.265 0.516 0.133 181 K 0.001 0.009 0.054 0.233 0.409 0.238 0.055 182 L 0.001 0.001 0.004 0.023 0.096 0.475 0.401 183 V 0.001 0.001 0.001 0.004 0.023 0.230 0.741 184 V 0.001 0.001 0.003 0.009 0.034 0.225 0.729 185 F 0.001 0.002 0.007 0.029 0.096 0.272 0.595 186 A 0.001 0.002 0.005 0.019 0.080 0.406 0.487 187 N 0.001 0.008 0.021 0.085 0.229 0.458 0.198 188 A 0.007 0.048 0.118 0.218 0.292 0.263 0.054 189 V 0.033 0.087 0.161 0.251 0.263 0.162 0.044 190 E 0.171 0.244 0.213 0.164 0.102 0.075 0.031 191 D 0.119 0.149 0.174 0.194 0.174 0.139 0.051 192 N 0.065 0.102 0.139 0.199 0.220 0.197 0.078 193 P 0.038 0.051 0.071 0.130 0.207 0.314 0.188 194 F 0.031 0.031 0.034 0.072 0.154 0.330 0.348 195 M 0.035 0.041 0.055 0.097 0.142 0.265 0.365 196 A 0.036 0.035 0.048 0.065 0.096 0.227 0.494 197 G 0.041 0.035 0.049 0.087 0.132 0.255 0.401 198 A 0.082 0.058 0.058 0.091 0.143 0.266 0.302 199 F 0.113 0.083 0.075 0.131 0.184 0.242 0.173 200 H 0.125 0.105 0.103 0.142 0.166 0.226 0.132 201 G 0.092 0.104 0.107 0.144 0.179 0.243 0.131 202 V 0.070 0.121 0.168 0.229 0.210 0.152 0.050 203 G 0.165 0.231 0.195 0.173 0.127 0.078 0.031 204 E 0.113 0.163 0.186 0.211 0.191 0.109 0.027 205 A 0.092 0.169 0.197 0.212 0.186 0.111 0.033 206 D 0.054 0.176 0.239 0.248 0.163 0.092 0.027 207 V 0.011 0.032 0.075 0.180 0.308 0.312 0.081 208 I 0.008 0.026 0.066 0.150 0.258 0.333 0.160 209 I 0.003 0.005 0.010 0.032 0.099 0.422 0.429 210 N 0.016 0.044 0.083 0.139 0.181 0.261 0.276 211 V 0.008 0.015 0.021 0.050 0.130 0.387 0.389 212 G 0.024 0.059 0.090 0.161 0.212 0.271 0.181 213 V 0.046 0.077 0.098 0.170 0.220 0.288 0.101 214 S 0.090 0.151 0.181 0.218 0.186 0.127 0.047 215 G 0.075 0.159 0.199 0.232 0.192 0.115 0.029 216 P 0.095 0.220 0.243 0.218 0.135 0.069 0.020 217 G 0.091 0.193 0.208 0.207 0.178 0.097 0.025 218 V 0.011 0.057 0.142 0.231 0.291 0.218 0.050 219 V 0.002 0.005 0.016 0.092 0.335 0.451 0.099 220 K 0.038 0.231 0.345 0.258 0.097 0.028 0.002 221 R 0.060 0.333 0.336 0.200 0.059 0.011 0.001 222 A 0.007 0.017 0.068 0.264 0.430 0.205 0.009 223 L 0.012 0.040 0.140 0.343 0.362 0.100 0.004 224 E 0.300 0.471 0.173 0.046 0.009 0.001 0.001 225 K 0.229 0.419 0.245 0.090 0.016 0.002 0.001 226 V 0.100 0.171 0.266 0.283 0.148 0.031 0.001 227 R 0.551 0.304 0.103 0.033 0.008 0.001 0.001 228 G 0.778 0.170 0.040 0.010 0.002 0.001 0.001 229 Q 0.624 0.253 0.085 0.028 0.007 0.001 0.001 230 S 0.358 0.369 0.172 0.081 0.017 0.002 0.001 231 F 0.051 0.085 0.189 0.385 0.251 0.038 0.001 232 D 0.290 0.411 0.211 0.073 0.014 0.002 0.001 233 V 0.103 0.274 0.321 0.213 0.075 0.014 0.001 234 V 0.016 0.023 0.055 0.175 0.394 0.318 0.019 235 A 0.032 0.096 0.208 0.330 0.247 0.083 0.005 236 E 0.163 0.409 0.261 0.122 0.035 0.009 0.001 237 T 0.034 0.096 0.252 0.350 0.213 0.052 0.003 238 V 0.011 0.011 0.019 0.074 0.278 0.527 0.080 239 K 0.035 0.112 0.223 0.318 0.214 0.089 0.010 240 K 0.090 0.289 0.280 0.187 0.104 0.044 0.006 241 T 0.038 0.045 0.116 0.299 0.310 0.165 0.027 242 A 0.075 0.092 0.089 0.121 0.189 0.316 0.119 243 F 0.117 0.123 0.114 0.167 0.188 0.198 0.093 244 K 0.141 0.192 0.232 0.220 0.123 0.063 0.029 245 I 0.051 0.049 0.060 0.135 0.234 0.348 0.124 246 T 0.171 0.168 0.174 0.229 0.151 0.089 0.019 247 R 0.198 0.247 0.193 0.154 0.100 0.087 0.021 248 I 0.270 0.163 0.161 0.177 0.118 0.077 0.033 249 G 0.185 0.181 0.159 0.173 0.140 0.122 0.040 250 Q 0.199 0.263 0.201 0.174 0.097 0.049 0.016 251 L 0.132 0.151 0.183 0.198 0.186 0.121 0.029 252 V 0.075 0.114 0.133 0.161 0.209 0.250 0.057 253 G 0.052 0.072 0.116 0.237 0.278 0.205 0.040 254 Q 0.150 0.337 0.261 0.165 0.061 0.022 0.003 255 M 0.113 0.198 0.258 0.275 0.126 0.027 0.003 256 A 0.039 0.046 0.065 0.178 0.319 0.320 0.033 257 S 0.050 0.093 0.175 0.332 0.274 0.071 0.004 258 E 0.242 0.496 0.193 0.056 0.011 0.002 0.001 259 R 0.117 0.288 0.307 0.208 0.067 0.012 0.001 260 L 0.018 0.044 0.124 0.283 0.361 0.159 0.012 261 G 0.172 0.463 0.255 0.082 0.022 0.006 0.001 262 V 0.025 0.043 0.113 0.298 0.386 0.127 0.007 263 E 0.095 0.250 0.280 0.215 0.113 0.041 0.005 264 F 0.019 0.026 0.050 0.135 0.300 0.392 0.077 265 G 0.036 0.057 0.100 0.188 0.240 0.262 0.115 266 I 0.031 0.047 0.066 0.114 0.183 0.307 0.251 267 V 0.013 0.022 0.034 0.077 0.122 0.284 0.448 268 D 0.015 0.029 0.052 0.113 0.183 0.340 0.268 269 L 0.035 0.047 0.054 0.101 0.179 0.347 0.237 270 S 0.072 0.128 0.139 0.200 0.198 0.206 0.057 271 L 0.083 0.105 0.130 0.186 0.211 0.217 0.068 272 A 0.116 0.115 0.145 0.211 0.214 0.158 0.040