# TARGET T0296 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0296.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 49 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 2 L 0.076 0.088 0.005 0.016 0.006 0.018 0.792 3 S 0.160 0.029 0.011 0.018 0.168 0.050 0.563 4 L 0.200 0.020 0.027 0.024 0.108 0.086 0.536 5 A 0.187 0.040 0.027 0.019 0.213 0.072 0.442 6 P 0.117 0.062 0.017 0.019 0.277 0.034 0.472 7 T 0.027 0.019 0.012 0.020 0.196 0.021 0.705 8 P 0.009 0.006 0.102 0.154 0.161 0.340 0.228 9 A 0.006 0.009 0.117 0.126 0.132 0.451 0.158 10 V 0.015 0.011 0.155 0.249 0.108 0.237 0.226 11 G 0.021 0.004 0.089 0.282 0.157 0.251 0.196 12 D 0.034 0.012 0.053 0.366 0.233 0.065 0.237 13 S 0.030 0.050 0.014 0.568 0.077 0.019 0.241 14 V 0.001 0.001 0.004 0.983 0.002 0.006 0.004 15 A 0.001 0.001 0.002 0.988 0.001 0.005 0.003 16 R 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.002 0.001 17 V 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 18 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 19 E 0.001 0.001 0.003 0.984 0.001 0.010 0.001 20 E 0.001 0.001 0.006 0.941 0.004 0.046 0.003 21 M 0.001 0.001 0.010 0.694 0.009 0.277 0.008 22 G 0.001 0.006 0.012 0.196 0.034 0.682 0.068 23 L 0.007 0.010 0.057 0.110 0.188 0.182 0.446 24 E 0.045 0.009 0.212 0.153 0.221 0.130 0.229 25 T 0.061 0.035 0.195 0.145 0.156 0.225 0.183 26 V 0.042 0.036 0.056 0.125 0.258 0.192 0.292 27 G 0.015 0.007 0.008 0.033 0.500 0.098 0.340 28 T 0.006 0.005 0.012 0.084 0.454 0.159 0.281 29 H 0.009 0.011 0.020 0.321 0.145 0.267 0.227 30 G 0.009 0.004 0.017 0.741 0.058 0.067 0.105 31 T 0.004 0.001 0.005 0.926 0.021 0.007 0.036 32 T 0.001 0.001 0.001 0.991 0.002 0.001 0.004 33 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 34 A 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 35 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 36 A 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 37 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 38 L 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 39 N 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.007 0.001 40 D 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.008 0.001 41 Q 0.001 0.001 0.001 0.986 0.002 0.010 0.002 42 V 0.001 0.001 0.001 0.980 0.002 0.014 0.003 43 K 0.001 0.001 0.001 0.964 0.006 0.024 0.005 44 K 0.001 0.001 0.001 0.916 0.006 0.069 0.006 45 G 0.003 0.001 0.002 0.888 0.014 0.075 0.017 46 G 0.013 0.002 0.008 0.867 0.025 0.032 0.052 47 V 0.023 0.002 0.028 0.874 0.017 0.028 0.028 48 M 0.024 0.003 0.036 0.832 0.015 0.072 0.017 49 A 0.030 0.004 0.036 0.738 0.018 0.142 0.031 50 C 0.035 0.004 0.043 0.501 0.059 0.271 0.086 51 N 0.040 0.008 0.047 0.237 0.205 0.305 0.158 52 Q 0.043 0.012 0.058 0.112 0.222 0.296 0.256 53 V 0.073 0.041 0.057 0.057 0.208 0.213 0.352 54 G 0.069 0.014 0.054 0.040 0.177 0.337 0.309 55 G 0.107 0.011 0.076 0.033 0.166 0.439 0.168 56 L 0.242 0.036 0.092 0.045 0.132 0.115 0.338 57 S 0.307 0.021 0.065 0.045 0.118 0.092 0.351 58 G 0.341 0.008 0.111 0.078 0.153 0.143 0.166 59 A 0.483 0.010 0.071 0.054 0.103 0.086 0.195 60 F 0.532 0.033 0.024 0.034 0.076 0.029 0.272 61 I 0.496 0.081 0.004 0.018 0.086 0.006 0.309 62 P 0.290 0.016 0.003 0.030 0.059 0.008 0.594 63 V 0.015 0.002 0.048 0.819 0.036 0.041 0.039 64 S 0.004 0.001 0.034 0.869 0.041 0.030 0.020 65 E 0.001 0.001 0.021 0.914 0.018 0.018 0.026 66 D 0.001 0.001 0.003 0.953 0.009 0.008 0.027 67 E 0.001 0.001 0.001 0.974 0.003 0.019 0.003 68 G 0.001 0.001 0.001 0.975 0.001 0.021 0.002 69 M 0.001 0.001 0.001 0.986 0.002 0.008 0.003 70 I 0.001 0.001 0.001 0.993 0.002 0.003 0.002 71 A 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 72 A 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.003 0.001 73 V 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.005 0.001 74 Q 0.001 0.001 0.001 0.980 0.001 0.017 0.001 75 N 0.001 0.001 0.002 0.667 0.006 0.324 0.002 76 G 0.001 0.001 0.002 0.173 0.034 0.765 0.025 77 S 0.024 0.010 0.006 0.060 0.157 0.114 0.628 78 L 0.174 0.129 0.009 0.030 0.133 0.013 0.511 79 N 0.156 0.031 0.003 0.028 0.073 0.010 0.698 80 L 0.003 0.001 0.073 0.883 0.008 0.017 0.015 81 E 0.003 0.001 0.048 0.916 0.006 0.021 0.005 82 K 0.004 0.001 0.066 0.885 0.005 0.031 0.008 83 L 0.007 0.001 0.028 0.932 0.009 0.015 0.010 84 E 0.030 0.002 0.040 0.842 0.017 0.048 0.021 85 A 0.042 0.002 0.055 0.751 0.019 0.106 0.025 86 M 0.034 0.002 0.046 0.709 0.048 0.119 0.042 87 T 0.128 0.009 0.039 0.402 0.141 0.170 0.110 88 A 0.176 0.008 0.027 0.279 0.132 0.135 0.245 89 I 0.247 0.022 0.035 0.267 0.138 0.089 0.203 90 C 0.328 0.017 0.049 0.117 0.140 0.098 0.251 91 S 0.260 0.028 0.078 0.080 0.124 0.179 0.252 92 V 0.186 0.028 0.072 0.049 0.159 0.221 0.285 93 G 0.143 0.008 0.057 0.020 0.181 0.433 0.159 94 L 0.190 0.031 0.079 0.025 0.203 0.214 0.258 95 D 0.319 0.020 0.061 0.018 0.136 0.095 0.352 96 M 0.553 0.021 0.036 0.014 0.069 0.104 0.203 97 I 0.702 0.035 0.013 0.011 0.058 0.038 0.143 98 A 0.699 0.026 0.007 0.007 0.062 0.027 0.171 99 I 0.555 0.065 0.005 0.005 0.077 0.022 0.271 100 P 0.201 0.027 0.026 0.007 0.198 0.133 0.408 101 E 0.041 0.005 0.059 0.008 0.270 0.475 0.143 102 D 0.025 0.022 0.145 0.016 0.320 0.290 0.182 103 T 0.017 0.056 0.054 0.027 0.377 0.053 0.417 104 P 0.011 0.008 0.013 0.077 0.132 0.027 0.731 105 A 0.001 0.001 0.031 0.939 0.005 0.020 0.005 106 E 0.001 0.001 0.007 0.980 0.002 0.009 0.002 107 T 0.001 0.001 0.004 0.988 0.001 0.005 0.002 108 I 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 109 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 110 A 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 111 M 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 112 I 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 113 A 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.005 0.001 114 D 0.001 0.001 0.001 0.985 0.001 0.013 0.001 115 E 0.001 0.001 0.001 0.986 0.002 0.009 0.001 116 A 0.002 0.001 0.002 0.980 0.002 0.012 0.002 117 A 0.003 0.001 0.002 0.970 0.004 0.017 0.004 118 I 0.007 0.001 0.003 0.968 0.003 0.014 0.005 119 G 0.011 0.001 0.005 0.951 0.007 0.017 0.009 120 V 0.014 0.001 0.007 0.918 0.009 0.043 0.010 121 I 0.020 0.002 0.014 0.800 0.024 0.117 0.023 122 N 0.012 0.001 0.011 0.211 0.103 0.630 0.032 123 M 0.013 0.002 0.004 0.010 0.307 0.508 0.155 124 K 0.099 0.017 0.004 0.003 0.220 0.041 0.615 125 T 0.304 0.009 0.002 0.001 0.111 0.017 0.557 126 T 0.762 0.004 0.004 0.001 0.095 0.007 0.128 127 A 0.957 0.002 0.002 0.001 0.005 0.002 0.032 128 V 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 129 R 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 130 I 0.938 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.056 131 I 0.890 0.007 0.001 0.001 0.009 0.001 0.093 132 P 0.688 0.019 0.001 0.001 0.032 0.004 0.256 133 K 0.281 0.046 0.003 0.001 0.129 0.032 0.509 134 G 0.046 0.013 0.007 0.001 0.476 0.159 0.298 135 K 0.009 0.005 0.010 0.001 0.595 0.179 0.201 136 E 0.013 0.017 0.035 0.009 0.456 0.182 0.288 137 G 0.040 0.030 0.049 0.034 0.328 0.180 0.340 138 D 0.107 0.023 0.091 0.078 0.155 0.099 0.448 139 M 0.490 0.049 0.060 0.082 0.059 0.061 0.199 140 I 0.687 0.036 0.022 0.080 0.029 0.027 0.119 141 E 0.640 0.020 0.028 0.098 0.023 0.067 0.123 142 F 0.350 0.020 0.042 0.078 0.057 0.307 0.145 143 G 0.138 0.015 0.094 0.054 0.120 0.434 0.145 144 G 0.126 0.008 0.172 0.054 0.193 0.220 0.227 145 L 0.165 0.057 0.268 0.074 0.100 0.196 0.141 146 L 0.149 0.045 0.225 0.067 0.109 0.282 0.124 147 G 0.142 0.034 0.086 0.041 0.224 0.264 0.209 148 T 0.100 0.016 0.020 0.013 0.240 0.163 0.449 149 A 0.168 0.005 0.002 0.002 0.288 0.014 0.522 150 P 0.378 0.004 0.001 0.001 0.241 0.009 0.366 151 V 0.906 0.027 0.001 0.001 0.006 0.002 0.058 152 M 0.950 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.040 153 K 0.875 0.009 0.001 0.001 0.007 0.001 0.107 154 V 0.521 0.026 0.001 0.001 0.037 0.006 0.408 155 N 0.159 0.011 0.005 0.002 0.202 0.043 0.579 156 G 0.042 0.010 0.022 0.010 0.415 0.230 0.272 157 A 0.018 0.035 0.019 0.013 0.398 0.128 0.387 158 S 0.025 0.038 0.005 0.020 0.378 0.031 0.504 159 S 0.005 0.003 0.087 0.726 0.051 0.050 0.078 160 V 0.002 0.001 0.076 0.866 0.009 0.033 0.013 161 D 0.001 0.001 0.057 0.913 0.005 0.018 0.006 162 F 0.003 0.002 0.022 0.946 0.006 0.014 0.008 163 I 0.005 0.002 0.018 0.933 0.007 0.025 0.011 164 S 0.004 0.002 0.031 0.867 0.008 0.076 0.011 165 R 0.002 0.001 0.020 0.695 0.042 0.220 0.021 166 G 0.003 0.003 0.014 0.222 0.098 0.608 0.052 167 G 0.017 0.010 0.006 0.042 0.351 0.141 0.434 168 Q 0.027 0.018 0.009 0.023 0.156 0.044 0.723 169 I 0.092 0.052 0.013 0.034 0.188 0.025 0.596 170 P 0.065 0.014 0.014 0.032 0.178 0.019 0.678 171 A 0.073 0.015 0.062 0.125 0.166 0.062 0.497 172 P 0.111 0.032 0.084 0.216 0.079 0.043 0.434 173 I 0.106 0.019 0.188 0.327 0.063 0.072 0.225 174 H 0.180 0.008 0.177 0.250 0.076 0.164 0.145 175 S 0.132 0.015 0.114 0.216 0.142 0.241 0.141 176 F 0.123 0.029 0.032 0.139 0.247 0.110 0.321 177 K 0.045 0.022 0.015 0.058 0.006 0.109 0.745 178 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998