# TARGET T0295 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0295.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1990 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 H 0.079 0.022 0.131 0.048 0.162 0.208 0.350 2 L 0.118 0.027 0.175 0.073 0.100 0.269 0.238 3 L 0.088 0.039 0.138 0.060 0.193 0.205 0.277 4 K 0.061 0.053 0.036 0.057 0.410 0.086 0.297 5 N 0.027 0.006 0.004 0.040 0.148 0.016 0.759 6 P 0.001 0.001 0.069 0.798 0.014 0.097 0.020 7 G 0.001 0.003 0.041 0.869 0.017 0.058 0.012 8 I 0.001 0.001 0.021 0.951 0.006 0.013 0.007 9 L 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.003 0.004 10 D 0.001 0.001 0.001 0.986 0.001 0.007 0.003 11 K 0.001 0.001 0.001 0.988 0.002 0.007 0.002 12 I 0.001 0.001 0.001 0.989 0.003 0.005 0.002 13 I 0.001 0.001 0.003 0.982 0.003 0.009 0.002 14 Y 0.001 0.001 0.005 0.944 0.002 0.046 0.002 15 A 0.001 0.001 0.015 0.847 0.006 0.121 0.009 16 A 0.006 0.005 0.032 0.519 0.067 0.276 0.097 17 K 0.012 0.008 0.026 0.101 0.053 0.532 0.269 18 I 0.006 0.011 0.011 0.011 0.069 0.027 0.865 19 K 0.011 0.006 0.025 0.003 0.055 0.029 0.870 20 S 0.002 0.003 0.061 0.003 0.154 0.747 0.029 21 S 0.004 0.001 0.039 0.001 0.068 0.857 0.030 22 D 0.164 0.013 0.008 0.001 0.141 0.021 0.652 23 I 0.742 0.016 0.001 0.001 0.036 0.003 0.201 24 V 0.961 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.032 25 L 0.978 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.017 26 E 0.979 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.016 27 I 0.857 0.004 0.002 0.001 0.012 0.002 0.122 28 G 0.500 0.007 0.005 0.005 0.076 0.009 0.398 29 C 0.201 0.010 0.029 0.026 0.120 0.101 0.513 30 G 0.057 0.038 0.035 0.042 0.193 0.252 0.382 31 T 0.027 0.016 0.035 0.172 0.232 0.317 0.202 32 G 0.016 0.007 0.010 0.328 0.288 0.063 0.289 33 N 0.001 0.001 0.008 0.963 0.008 0.011 0.007 34 L 0.001 0.001 0.008 0.976 0.003 0.010 0.003 35 T 0.001 0.001 0.005 0.981 0.001 0.010 0.001 36 V 0.001 0.001 0.007 0.977 0.003 0.008 0.003 37 K 0.001 0.001 0.009 0.969 0.002 0.017 0.002 38 L 0.001 0.001 0.018 0.942 0.004 0.030 0.006 39 L 0.001 0.001 0.048 0.885 0.007 0.050 0.008 40 P 0.002 0.001 0.053 0.632 0.018 0.280 0.014 41 L 0.003 0.003 0.069 0.360 0.041 0.466 0.059 42 A 0.011 0.005 0.025 0.041 0.158 0.236 0.524 43 K 0.044 0.002 0.017 0.015 0.406 0.200 0.316 44 K 0.434 0.008 0.017 0.013 0.268 0.064 0.196 45 V 0.845 0.010 0.002 0.006 0.011 0.004 0.123 46 I 0.954 0.001 0.001 0.005 0.006 0.001 0.033 47 T 0.960 0.003 0.001 0.004 0.004 0.002 0.026 48 I 0.896 0.003 0.003 0.008 0.010 0.009 0.071 49 D 0.595 0.005 0.011 0.012 0.093 0.030 0.254 50 I 0.117 0.019 0.008 0.009 0.264 0.016 0.566 51 D 0.018 0.003 0.003 0.008 0.106 0.007 0.855 52 S 0.001 0.001 0.176 0.727 0.021 0.069 0.007 53 R 0.001 0.001 0.066 0.878 0.015 0.036 0.005 54 M 0.001 0.001 0.027 0.949 0.005 0.015 0.005 55 I 0.001 0.001 0.001 0.990 0.002 0.003 0.003 56 S 0.001 0.001 0.001 0.985 0.002 0.009 0.002 57 E 0.001 0.001 0.001 0.985 0.001 0.011 0.001 58 V 0.001 0.001 0.001 0.985 0.002 0.010 0.002 59 K 0.001 0.001 0.001 0.980 0.002 0.015 0.002 60 K 0.001 0.001 0.002 0.959 0.003 0.032 0.004 61 R 0.001 0.001 0.002 0.944 0.005 0.038 0.011 62 C 0.001 0.002 0.008 0.910 0.015 0.036 0.029 63 L 0.001 0.001 0.035 0.861 0.012 0.069 0.021 64 Y 0.002 0.001 0.058 0.691 0.030 0.196 0.022 65 E 0.001 0.001 0.026 0.274 0.073 0.595 0.030 66 G 0.003 0.002 0.009 0.026 0.048 0.835 0.077 67 Y 0.044 0.013 0.018 0.010 0.115 0.072 0.729 68 N 0.104 0.017 0.046 0.012 0.248 0.181 0.392 69 N 0.276 0.007 0.039 0.007 0.173 0.126 0.370 70 L 0.765 0.007 0.003 0.004 0.018 0.004 0.199 71 E 0.943 0.003 0.001 0.002 0.007 0.001 0.043 72 V 0.956 0.007 0.001 0.003 0.002 0.001 0.030 73 Y 0.913 0.007 0.003 0.010 0.007 0.006 0.055 74 E 0.767 0.007 0.009 0.025 0.037 0.020 0.134 75 G 0.342 0.007 0.042 0.059 0.185 0.095 0.271 76 D 0.180 0.020 0.074 0.080 0.196 0.132 0.318 77 A 0.100 0.019 0.266 0.163 0.096 0.152 0.204 78 I 0.083 0.016 0.219 0.151 0.092 0.298 0.141 79 K 0.048 0.015 0.200 0.133 0.162 0.286 0.157 80 T 0.036 0.018 0.030 0.058 0.436 0.075 0.346 81 V 0.028 0.025 0.017 0.026 0.135 0.091 0.677 82 F 0.019 0.017 0.068 0.049 0.172 0.129 0.545 83 P 0.024 0.012 0.115 0.056 0.156 0.233 0.405 84 K 0.044 0.015 0.126 0.049 0.231 0.222 0.312 85 F 0.110 0.012 0.041 0.031 0.241 0.100 0.465 86 D 0.227 0.017 0.025 0.020 0.189 0.044 0.478 87 V 0.726 0.026 0.015 0.015 0.051 0.014 0.153 88 C 0.892 0.012 0.007 0.010 0.010 0.008 0.061 89 T 0.873 0.009 0.007 0.015 0.012 0.012 0.072 90 A 0.741 0.007 0.010 0.020 0.039 0.036 0.148 91 N 0.436 0.015 0.016 0.025 0.145 0.068 0.295 92 I 0.262 0.017 0.023 0.040 0.173 0.050 0.435 93 P 0.137 0.013 0.067 0.093 0.150 0.159 0.381 94 Y 0.107 0.026 0.157 0.149 0.161 0.222 0.179 95 K 0.095 0.017 0.178 0.177 0.162 0.176 0.195 96 I 0.056 0.015 0.134 0.234 0.132 0.201 0.228 97 S 0.060 0.019 0.045 0.349 0.167 0.094 0.266 98 S 0.022 0.008 0.024 0.547 0.118 0.044 0.238 99 P 0.008 0.003 0.019 0.856 0.025 0.037 0.053 100 L 0.007 0.002 0.011 0.932 0.008 0.023 0.017 101 I 0.008 0.001 0.006 0.959 0.006 0.010 0.009 102 F 0.013 0.001 0.007 0.957 0.006 0.007 0.010 103 K 0.009 0.001 0.012 0.955 0.006 0.012 0.007 104 L 0.006 0.001 0.022 0.933 0.005 0.027 0.006 105 I 0.006 0.002 0.032 0.854 0.012 0.083 0.012 106 S 0.005 0.001 0.024 0.585 0.030 0.334 0.021 107 H 0.006 0.003 0.024 0.297 0.157 0.330 0.183 108 R 0.006 0.008 0.039 0.101 0.215 0.125 0.506 109 P 0.011 0.006 0.098 0.077 0.207 0.200 0.402 110 L 0.023 0.006 0.117 0.083 0.191 0.313 0.267 111 F 0.059 0.015 0.072 0.131 0.165 0.106 0.453 112 K 0.131 0.018 0.035 0.179 0.130 0.044 0.464 113 C 0.181 0.011 0.042 0.305 0.107 0.066 0.288 114 A 0.252 0.010 0.031 0.459 0.048 0.032 0.168 115 V 0.316 0.006 0.014 0.563 0.018 0.013 0.070 116 L 0.278 0.003 0.005 0.660 0.009 0.010 0.035 117 M 0.229 0.003 0.005 0.719 0.007 0.011 0.026 118 F 0.130 0.003 0.005 0.809 0.010 0.015 0.027 119 Q 0.069 0.002 0.004 0.856 0.014 0.018 0.038 120 K 0.030 0.002 0.006 0.897 0.021 0.020 0.026 121 E 0.025 0.001 0.006 0.894 0.025 0.026 0.022 122 F 0.030 0.002 0.008 0.892 0.012 0.035 0.021 123 A 0.033 0.002 0.012 0.855 0.019 0.053 0.026 124 E 0.045 0.002 0.018 0.787 0.030 0.088 0.030 125 R 0.076 0.003 0.023 0.740 0.039 0.054 0.065 126 M 0.115 0.008 0.035 0.664 0.039 0.066 0.072 127 L 0.123 0.012 0.037 0.506 0.066 0.176 0.080 128 A 0.106 0.026 0.025 0.251 0.180 0.138 0.273 129 N 0.045 0.009 0.016 0.059 0.138 0.078 0.656 130 V 0.010 0.005 0.039 0.054 0.104 0.699 0.089 131 G 0.006 0.004 0.042 0.027 0.147 0.664 0.109 132 D 0.021 0.008 0.127 0.052 0.226 0.169 0.396 133 S 0.033 0.008 0.119 0.121 0.205 0.361 0.153 134 N 0.046 0.014 0.113 0.140 0.126 0.414 0.146 135 Y 0.097 0.022 0.035 0.217 0.148 0.107 0.373 136 S 0.179 0.017 0.013 0.318 0.109 0.079 0.285 137 R 0.084 0.006 0.015 0.745 0.035 0.040 0.076 138 L 0.055 0.004 0.013 0.860 0.010 0.020 0.037 139 T 0.094 0.002 0.012 0.827 0.013 0.016 0.035 140 I 0.169 0.002 0.016 0.758 0.013 0.013 0.029 141 N 0.160 0.001 0.021 0.770 0.011 0.015 0.023 142 V 0.113 0.003 0.030 0.806 0.010 0.020 0.020 143 K 0.172 0.002 0.032 0.736 0.012 0.020 0.026 144 L 0.176 0.002 0.049 0.686 0.014 0.049 0.024 145 F 0.239 0.005 0.026 0.581 0.029 0.085 0.036 146 C 0.302 0.008 0.015 0.409 0.077 0.065 0.125 147 K 0.427 0.007 0.014 0.170 0.125 0.089 0.168 148 V 0.683 0.009 0.010 0.078 0.041 0.041 0.138 149 T 0.701 0.005 0.017 0.086 0.054 0.025 0.111 150 K 0.693 0.008 0.031 0.100 0.032 0.022 0.114 151 V 0.704 0.007 0.037 0.069 0.038 0.039 0.106 152 C 0.694 0.007 0.018 0.046 0.083 0.026 0.127 153 N 0.673 0.012 0.010 0.038 0.040 0.013 0.214 154 V 0.349 0.033 0.005 0.037 0.058 0.015 0.503 155 N 0.108 0.010 0.011 0.011 0.102 0.035 0.723 156 R 0.006 0.002 0.123 0.017 0.082 0.742 0.029 157 S 0.008 0.005 0.233 0.019 0.068 0.625 0.041 158 S 0.051 0.038 0.155 0.024 0.167 0.130 0.435 159 F 0.075 0.060 0.010 0.005 0.182 0.043 0.624 160 N 0.037 0.015 0.002 0.001 0.294 0.055 0.597 161 P 0.059 0.118 0.004 0.002 0.322 0.033 0.463 162 P 0.048 0.017 0.006 0.001 0.206 0.031 0.690 163 P 0.047 0.012 0.019 0.001 0.358 0.084 0.479 164 K 0.176 0.066 0.024 0.002 0.126 0.080 0.527 165 V 0.341 0.026 0.004 0.001 0.060 0.011 0.559 166 D 0.579 0.015 0.004 0.001 0.225 0.010 0.166 167 S 0.838 0.035 0.004 0.001 0.009 0.006 0.107 168 V 0.905 0.001 0.004 0.001 0.012 0.020 0.058 169 I 0.962 0.001 0.001 0.001 0.012 0.007 0.018 170 V 0.955 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.037 171 K 0.944 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.048 172 L 0.904 0.010 0.001 0.001 0.005 0.001 0.081 173 I 0.779 0.016 0.001 0.001 0.018 0.002 0.183 174 P 0.532 0.018 0.002 0.001 0.071 0.013 0.362 175 K 0.149 0.016 0.006 0.003 0.213 0.049 0.564 176 E 0.052 0.014 0.004 0.003 0.352 0.043 0.532 177 S 0.020 0.020 0.008 0.006 0.210 0.043 0.693 178 S 0.008 0.011 0.008 0.006 0.097 0.033 0.838 179 F 0.007 0.006 0.019 0.014 0.087 0.066 0.799 180 L 0.012 0.017 0.028 0.033 0.090 0.097 0.722 181 T 0.013 0.035 0.026 0.040 0.186 0.067 0.634 182 N 0.007 0.012 0.010 0.061 0.124 0.031 0.755 183 F 0.001 0.001 0.035 0.881 0.026 0.030 0.027 184 D 0.001 0.001 0.020 0.935 0.012 0.023 0.009 185 E 0.001 0.001 0.009 0.965 0.004 0.015 0.006 186 W 0.001 0.001 0.002 0.985 0.002 0.008 0.003 187 D 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.005 0.001 188 N 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 189 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 190 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 191 R 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 192 I 0.001 0.001 0.001 0.987 0.001 0.010 0.001 193 C 0.001 0.001 0.001 0.969 0.001 0.027 0.002 194 F 0.001 0.001 0.002 0.917 0.007 0.068 0.005 195 S 0.001 0.001 0.004 0.855 0.015 0.105 0.020 196 R 0.001 0.002 0.006 0.768 0.039 0.138 0.047 197 K 0.001 0.002 0.005 0.812 0.034 0.087 0.060 198 R 0.001 0.001 0.003 0.925 0.018 0.022 0.030 199 K 0.001 0.001 0.003 0.977 0.007 0.007 0.006 200 T 0.001 0.001 0.003 0.986 0.001 0.007 0.002 201 L 0.001 0.001 0.004 0.989 0.001 0.005 0.001 202 H 0.001 0.001 0.005 0.988 0.001 0.005 0.001 203 A 0.001 0.001 0.008 0.973 0.001 0.017 0.001 204 I 0.001 0.001 0.011 0.926 0.002 0.060 0.002 205 F 0.001 0.004 0.024 0.856 0.011 0.092 0.012 206 K 0.001 0.001 0.189 0.616 0.012 0.165 0.015 207 R 0.002 0.001 0.190 0.468 0.028 0.286 0.026 208 N 0.004 0.006 0.209 0.348 0.081 0.267 0.085 209 A 0.011 0.040 0.022 0.070 0.444 0.072 0.342 210 V 0.006 0.004 0.008 0.025 0.099 0.032 0.826 211 L 0.004 0.003 0.074 0.640 0.067 0.089 0.124 212 N 0.004 0.001 0.047 0.820 0.031 0.061 0.036 213 M 0.002 0.001 0.024 0.916 0.012 0.023 0.022 214 L 0.001 0.001 0.003 0.972 0.005 0.007 0.011 215 E 0.001 0.001 0.001 0.982 0.003 0.007 0.005 216 H 0.001 0.001 0.001 0.990 0.002 0.005 0.002 217 N 0.001 0.001 0.001 0.991 0.002 0.004 0.002 218 Y 0.001 0.001 0.001 0.989 0.002 0.005 0.002 219 K 0.001 0.001 0.003 0.976 0.001 0.018 0.001 220 N 0.001 0.001 0.005 0.914 0.002 0.076 0.002 221 W 0.001 0.001 0.011 0.462 0.021 0.494 0.011 222 C 0.001 0.002 0.010 0.043 0.039 0.832 0.072 223 T 0.003 0.017 0.009 0.009 0.165 0.024 0.773 224 L 0.004 0.016 0.019 0.002 0.050 0.012 0.896 225 N 0.001 0.003 0.401 0.015 0.048 0.487 0.045 226 K 0.002 0.002 0.362 0.013 0.069 0.468 0.084 227 Q 0.008 0.026 0.257 0.029 0.228 0.098 0.354 228 V 0.016 0.073 0.061 0.049 0.172 0.053 0.575 229 P 0.011 0.008 0.175 0.036 0.079 0.199 0.492 230 V 0.041 0.006 0.246 0.031 0.160 0.325 0.191 231 N 0.093 0.067 0.136 0.042 0.177 0.141 0.346 232 F 0.025 0.053 0.004 0.007 0.259 0.009 0.644 233 P 0.007 0.012 0.001 0.004 0.061 0.002 0.914 234 F 0.001 0.001 0.015 0.956 0.008 0.015 0.006 235 K 0.001 0.001 0.009 0.977 0.003 0.008 0.002 236 K 0.001 0.001 0.010 0.981 0.001 0.005 0.002 237 Y 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 238 C 0.001 0.001 0.001 0.991 0.002 0.005 0.002 239 L 0.001 0.001 0.001 0.985 0.001 0.012 0.001 240 D 0.001 0.001 0.001 0.980 0.002 0.013 0.005 241 V 0.001 0.001 0.001 0.981 0.004 0.010 0.004 242 L 0.001 0.001 0.003 0.966 0.004 0.022 0.004 243 E 0.001 0.001 0.004 0.953 0.005 0.031 0.006 244 H 0.001 0.001 0.006 0.933 0.006 0.042 0.011 245 L 0.001 0.002 0.012 0.815 0.017 0.134 0.019 246 D 0.001 0.002 0.017 0.668 0.030 0.237 0.045 247 M 0.001 0.004 0.025 0.469 0.121 0.172 0.208 248 C 0.004 0.010 0.040 0.297 0.141 0.195 0.314 249 E 0.006 0.009 0.073 0.200 0.141 0.243 0.328 250 K 0.008 0.013 0.097 0.226 0.201 0.196 0.259 251 R 0.013 0.010 0.079 0.152 0.194 0.147 0.404 252 S 0.015 0.007 0.098 0.125 0.139 0.164 0.452 253 I 0.023 0.015 0.137 0.127 0.091 0.138 0.468 254 N 0.022 0.017 0.149 0.119 0.131 0.125 0.438 255 L 0.027 0.020 0.117 0.155 0.176 0.193 0.312 256 D 0.022 0.029 0.074 0.152 0.127 0.133 0.464 257 E 0.011 0.021 0.056 0.205 0.189 0.186 0.332 258 N 0.009 0.009 0.040 0.247 0.126 0.271 0.298 259 D 0.007 0.007 0.040 0.325 0.163 0.247 0.212 260 F 0.010 0.010 0.043 0.409 0.145 0.202 0.180 261 L 0.024 0.023 0.062 0.435 0.115 0.153 0.189 262 K 0.030 0.021 0.055 0.456 0.110 0.116 0.212 263 L 0.032 0.019 0.101 0.370 0.084 0.144 0.249 264 L 0.019 0.013 0.129 0.334 0.088 0.204 0.213 265 L 0.019 0.018 0.137 0.262 0.091 0.262 0.211 266 E 0.013 0.009 0.101 0.137 0.159 0.309 0.271 267 F 0.014 0.021 0.066 0.118 0.185 0.395 0.202 268 N 0.012 0.021 0.040 0.065 0.186 0.107 0.569 269 K 0.009 0.008 0.141 0.223 0.137 0.327 0.155 270 K 0.016 0.009 0.085 0.218 0.104 0.485 0.083 271 G 0.057 0.013 0.069 0.170 0.220 0.212 0.259 272 I 0.152 0.021 0.037 0.113 0.122 0.097 0.458 273 H 0.306 0.045 0.044 0.114 0.105 0.091 0.296 274 F 0.310 0.050 0.041 0.086 0.007 0.104 0.402 275 F 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.993