# TARGET T0295 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0295.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2966 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 H 0.077 0.015 0.056 0.035 0.041 0.111 0.011 0.653 2 L 0.064 0.014 0.042 0.019 0.030 0.077 0.007 0.746 3 L 0.081 0.021 0.093 0.048 0.087 0.116 0.009 0.545 4 K 0.081 0.030 0.069 0.034 0.061 0.251 0.013 0.461 5 N 0.093 0.043 0.031 0.025 0.058 0.140 0.006 0.604 6 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 7 G 0.007 0.006 0.002 0.002 0.005 0.651 0.002 0.326 8 I 0.348 0.055 0.002 0.001 0.002 0.321 0.008 0.264 9 L 0.052 0.788 0.003 0.002 0.005 0.019 0.002 0.129 10 D 0.007 0.897 0.003 0.001 0.003 0.009 0.001 0.079 11 K 0.031 0.808 0.004 0.001 0.002 0.016 0.007 0.131 12 I 0.020 0.950 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.021 13 I 0.006 0.964 0.002 0.002 0.005 0.002 0.002 0.018 14 Y 0.005 0.973 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.014 15 A 0.028 0.931 0.003 0.002 0.002 0.001 0.013 0.020 16 A 0.105 0.801 0.008 0.008 0.005 0.003 0.037 0.033 17 K 0.282 0.313 0.035 0.025 0.014 0.021 0.090 0.220 18 I 0.173 0.151 0.186 0.046 0.047 0.036 0.036 0.325 19 K 0.095 0.115 0.078 0.057 0.081 0.137 0.024 0.413 20 S 0.023 0.025 0.045 0.017 0.020 0.056 0.013 0.801 21 S 0.051 0.021 0.080 0.025 0.023 0.094 0.028 0.678 22 D 0.270 0.006 0.117 0.023 0.018 0.136 0.031 0.399 23 I 0.091 0.004 0.383 0.072 0.077 0.163 0.011 0.198 24 V 0.019 0.005 0.374 0.111 0.218 0.074 0.003 0.197 25 L 0.005 0.003 0.571 0.137 0.195 0.023 0.001 0.065 26 E 0.004 0.005 0.391 0.156 0.215 0.066 0.003 0.159 27 I 0.008 0.008 0.445 0.074 0.155 0.033 0.003 0.273 28 G 0.012 0.011 0.300 0.095 0.141 0.144 0.007 0.291 29 C 0.010 0.009 0.095 0.030 0.044 0.069 0.005 0.739 30 G 0.016 0.034 0.129 0.034 0.079 0.136 0.009 0.563 31 T 0.047 0.014 0.023 0.007 0.015 0.118 0.008 0.767 32 G 0.067 0.162 0.076 0.036 0.029 0.092 0.022 0.517 33 N 0.140 0.055 0.033 0.010 0.020 0.135 0.014 0.593 34 L 0.095 0.267 0.077 0.039 0.037 0.146 0.012 0.326 35 T 0.158 0.294 0.029 0.019 0.067 0.178 0.015 0.239 36 V 0.054 0.522 0.029 0.018 0.038 0.043 0.008 0.289 37 K 0.040 0.593 0.011 0.010 0.016 0.057 0.010 0.263 38 L 0.172 0.445 0.013 0.010 0.023 0.101 0.039 0.198 39 L 0.108 0.663 0.009 0.010 0.025 0.013 0.010 0.162 40 P 0.011 0.256 0.006 0.006 0.014 0.020 0.005 0.682 41 L 0.110 0.404 0.008 0.014 0.020 0.056 0.038 0.350 42 A 0.270 0.468 0.017 0.009 0.014 0.018 0.061 0.143 43 K 0.148 0.248 0.071 0.046 0.031 0.050 0.073 0.332 44 K 0.195 0.046 0.210 0.053 0.034 0.069 0.065 0.329 45 V 0.280 0.016 0.267 0.037 0.049 0.063 0.023 0.263 46 I 0.002 0.002 0.891 0.051 0.027 0.005 0.001 0.020 47 T 0.001 0.001 0.453 0.068 0.087 0.015 0.001 0.373 48 I 0.001 0.001 0.809 0.036 0.075 0.009 0.001 0.069 49 D 0.002 0.003 0.559 0.068 0.068 0.090 0.002 0.208 50 I 0.015 0.005 0.337 0.021 0.044 0.179 0.003 0.398 51 D 0.021 0.008 0.075 0.008 0.041 0.447 0.003 0.396 52 S 0.025 0.012 0.015 0.002 0.010 0.067 0.003 0.867 53 R 0.014 0.010 0.002 0.001 0.001 0.537 0.003 0.433 54 M 0.070 0.052 0.001 0.001 0.001 0.690 0.006 0.179 55 I 0.014 0.927 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.051 56 S 0.001 0.926 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.061 57 E 0.008 0.915 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.069 58 V 0.013 0.959 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.023 59 K 0.003 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 60 K 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 61 R 0.016 0.961 0.003 0.001 0.001 0.001 0.007 0.011 62 C 0.022 0.951 0.004 0.001 0.002 0.001 0.006 0.013 63 L 0.026 0.879 0.019 0.004 0.008 0.009 0.014 0.042 64 Y 0.069 0.807 0.015 0.004 0.004 0.010 0.021 0.071 65 E 0.197 0.575 0.029 0.007 0.004 0.016 0.082 0.090 66 G 0.656 0.039 0.016 0.004 0.002 0.011 0.128 0.143 67 Y 0.132 0.035 0.596 0.022 0.025 0.043 0.022 0.124 68 N 0.004 0.006 0.052 0.027 0.026 0.043 0.004 0.838 69 N 0.019 0.002 0.077 0.019 0.034 0.077 0.009 0.762 70 L 0.157 0.002 0.415 0.044 0.040 0.092 0.010 0.239 71 E 0.002 0.001 0.938 0.032 0.015 0.005 0.001 0.008 72 V 0.001 0.001 0.461 0.047 0.084 0.015 0.001 0.391 73 Y 0.001 0.001 0.914 0.028 0.042 0.004 0.001 0.012 74 E 0.001 0.002 0.626 0.077 0.095 0.033 0.001 0.165 75 G 0.002 0.002 0.614 0.039 0.109 0.035 0.002 0.197 76 D 0.029 0.002 0.198 0.041 0.093 0.192 0.007 0.436 77 A 0.061 0.011 0.150 0.052 0.134 0.133 0.006 0.453 78 I 0.067 0.021 0.055 0.074 0.156 0.392 0.016 0.220 79 K 0.286 0.030 0.024 0.037 0.054 0.176 0.043 0.351 80 T 0.349 0.079 0.071 0.084 0.077 0.041 0.025 0.273 81 V 0.012 0.012 0.018 0.017 0.026 0.033 0.009 0.873 82 F 0.043 0.015 0.047 0.056 0.120 0.066 0.010 0.642 83 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.995 84 K 0.017 0.003 0.018 0.030 0.053 0.099 0.005 0.776 85 F 0.206 0.006 0.093 0.028 0.035 0.102 0.012 0.517 86 D 0.077 0.009 0.374 0.180 0.105 0.079 0.008 0.168 87 V 0.009 0.003 0.484 0.098 0.119 0.032 0.002 0.253 88 C 0.003 0.003 0.736 0.078 0.130 0.017 0.001 0.032 89 T 0.004 0.003 0.795 0.068 0.072 0.022 0.002 0.035 90 A 0.003 0.005 0.734 0.083 0.095 0.015 0.003 0.063 91 N 0.004 0.006 0.611 0.050 0.106 0.039 0.007 0.178 92 I 0.016 0.003 0.424 0.054 0.096 0.090 0.008 0.308 93 P 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.991 94 Y 0.020 0.004 0.076 0.048 0.129 0.155 0.006 0.563 95 K 0.106 0.020 0.058 0.040 0.043 0.118 0.009 0.605 96 I 0.084 0.046 0.054 0.043 0.060 0.074 0.009 0.631 97 S 0.132 0.086 0.067 0.037 0.067 0.149 0.011 0.451 98 S 0.077 0.095 0.029 0.018 0.034 0.098 0.009 0.641 99 P 0.004 0.018 0.002 0.001 0.003 0.024 0.001 0.947 100 L 0.035 0.237 0.006 0.007 0.014 0.272 0.007 0.422 101 I 0.047 0.745 0.008 0.004 0.009 0.040 0.007 0.141 102 F 0.008 0.928 0.003 0.003 0.004 0.006 0.002 0.046 103 K 0.017 0.914 0.003 0.002 0.003 0.007 0.004 0.050 104 L 0.031 0.920 0.003 0.002 0.004 0.004 0.005 0.031 105 I 0.019 0.936 0.003 0.002 0.004 0.003 0.005 0.027 106 S 0.077 0.788 0.005 0.004 0.004 0.007 0.029 0.085 107 H 0.226 0.523 0.024 0.004 0.005 0.010 0.081 0.127 108 R 0.101 0.507 0.035 0.012 0.014 0.029 0.022 0.281 109 P 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 110 L 0.049 0.092 0.018 0.015 0.020 0.089 0.013 0.704 111 F 0.391 0.171 0.060 0.015 0.013 0.043 0.030 0.276 112 K 0.138 0.211 0.110 0.045 0.050 0.109 0.021 0.317 113 C 0.045 0.131 0.061 0.025 0.034 0.066 0.009 0.629 114 A 0.073 0.227 0.081 0.040 0.054 0.111 0.017 0.397 115 V 0.126 0.229 0.098 0.065 0.063 0.098 0.032 0.290 116 L 0.087 0.219 0.197 0.084 0.095 0.066 0.017 0.237 117 M 0.058 0.205 0.127 0.128 0.156 0.057 0.010 0.259 118 F 0.048 0.234 0.106 0.143 0.159 0.054 0.013 0.243 119 Q 0.032 0.273 0.079 0.114 0.179 0.045 0.008 0.271 120 K 0.007 0.129 0.030 0.024 0.062 0.037 0.004 0.706 121 E 0.022 0.242 0.010 0.017 0.029 0.147 0.009 0.524 122 F 0.098 0.572 0.006 0.009 0.011 0.049 0.016 0.240 123 A 0.037 0.809 0.014 0.011 0.013 0.019 0.010 0.086 124 E 0.014 0.868 0.012 0.008 0.012 0.014 0.005 0.067 125 R 0.024 0.885 0.008 0.008 0.009 0.008 0.008 0.050 126 M 0.022 0.911 0.014 0.010 0.010 0.004 0.009 0.019 127 L 0.054 0.772 0.036 0.023 0.027 0.010 0.022 0.056 128 A 0.090 0.549 0.117 0.061 0.053 0.016 0.032 0.083 129 N 0.135 0.255 0.065 0.046 0.053 0.048 0.053 0.344 130 V 0.095 0.087 0.096 0.029 0.038 0.037 0.022 0.596 131 G 0.036 0.037 0.046 0.018 0.028 0.199 0.021 0.615 132 D 0.167 0.025 0.031 0.015 0.023 0.102 0.023 0.613 133 S 0.034 0.017 0.021 0.007 0.009 0.083 0.006 0.822 134 N 0.046 0.011 0.009 0.005 0.011 0.558 0.009 0.350 135 Y 0.275 0.048 0.024 0.011 0.021 0.262 0.013 0.347 136 S 0.083 0.155 0.020 0.025 0.037 0.274 0.010 0.396 137 R 0.056 0.106 0.024 0.020 0.041 0.127 0.009 0.618 138 L 0.135 0.244 0.030 0.062 0.099 0.145 0.016 0.268 139 T 0.134 0.220 0.032 0.080 0.119 0.132 0.023 0.259 140 I 0.078 0.278 0.063 0.100 0.144 0.053 0.013 0.273 141 N 0.047 0.296 0.052 0.127 0.174 0.095 0.014 0.195 142 V 0.074 0.223 0.064 0.117 0.177 0.069 0.023 0.253 143 K 0.053 0.325 0.067 0.136 0.180 0.062 0.011 0.166 144 L 0.045 0.240 0.060 0.149 0.188 0.064 0.016 0.237 145 F 0.074 0.231 0.046 0.131 0.202 0.053 0.019 0.245 146 C 0.089 0.173 0.063 0.187 0.203 0.053 0.020 0.213 147 K 0.077 0.117 0.042 0.153 0.158 0.072 0.026 0.355 148 V 0.070 0.063 0.064 0.072 0.154 0.055 0.015 0.506 149 T 0.031 0.107 0.063 0.206 0.180 0.075 0.011 0.327 150 K 0.032 0.040 0.041 0.048 0.088 0.073 0.016 0.662 151 V 0.096 0.086 0.126 0.111 0.186 0.088 0.013 0.295 152 C 0.065 0.102 0.156 0.211 0.166 0.068 0.016 0.216 153 N 0.058 0.049 0.092 0.093 0.130 0.056 0.019 0.503 154 V 0.071 0.030 0.244 0.085 0.137 0.067 0.011 0.353 155 N 0.022 0.025 0.045 0.055 0.096 0.223 0.008 0.527 156 R 0.039 0.019 0.036 0.021 0.066 0.076 0.010 0.733 157 S 0.050 0.038 0.021 0.018 0.022 0.344 0.013 0.494 158 S 0.363 0.022 0.018 0.014 0.017 0.181 0.044 0.341 159 F 0.318 0.067 0.053 0.035 0.039 0.091 0.035 0.361 160 N 0.083 0.030 0.102 0.090 0.161 0.144 0.021 0.369 161 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 162 P 0.004 0.001 0.007 0.015 0.030 0.042 0.001 0.899 163 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 164 K 0.055 0.002 0.036 0.075 0.147 0.179 0.007 0.499 165 V 0.156 0.003 0.091 0.082 0.091 0.064 0.004 0.510 166 D 0.022 0.006 0.120 0.253 0.236 0.066 0.004 0.294 167 S 0.044 0.003 0.116 0.119 0.214 0.076 0.005 0.422 168 V 0.029 0.002 0.304 0.271 0.255 0.041 0.006 0.091 169 I 0.011 0.001 0.176 0.193 0.224 0.054 0.003 0.337 170 V 0.003 0.001 0.150 0.361 0.414 0.017 0.001 0.052 171 K 0.004 0.001 0.093 0.253 0.545 0.020 0.001 0.082 172 L 0.006 0.001 0.070 0.184 0.531 0.021 0.004 0.182 173 I 0.010 0.001 0.072 0.407 0.337 0.031 0.002 0.140 174 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 175 K 0.005 0.001 0.031 0.086 0.412 0.097 0.002 0.365 176 E 0.112 0.002 0.013 0.018 0.027 0.098 0.008 0.722 177 S 0.065 0.008 0.016 0.015 0.021 0.072 0.007 0.796 178 S 0.155 0.011 0.035 0.017 0.023 0.099 0.007 0.653 179 F 0.124 0.012 0.054 0.019 0.029 0.179 0.011 0.573 180 L 0.106 0.016 0.046 0.030 0.059 0.167 0.010 0.565 181 T 0.112 0.040 0.078 0.047 0.073 0.186 0.007 0.458 182 N 0.036 0.036 0.020 0.020 0.039 0.239 0.006 0.604 183 F 0.038 0.038 0.018 0.009 0.043 0.041 0.004 0.810 184 D 0.017 0.037 0.007 0.005 0.014 0.409 0.004 0.509 185 E 0.073 0.068 0.002 0.002 0.005 0.568 0.007 0.277 186 W 0.054 0.822 0.002 0.002 0.004 0.014 0.002 0.099 187 D 0.009 0.861 0.003 0.002 0.004 0.018 0.003 0.101 188 N 0.036 0.815 0.002 0.002 0.002 0.014 0.008 0.120 189 L 0.083 0.832 0.003 0.002 0.003 0.008 0.010 0.060 190 L 0.012 0.935 0.005 0.003 0.004 0.004 0.003 0.033 191 R 0.004 0.936 0.005 0.003 0.004 0.005 0.003 0.040 192 I 0.008 0.938 0.006 0.003 0.003 0.005 0.003 0.034 193 C 0.011 0.953 0.005 0.003 0.004 0.003 0.004 0.017 194 F 0.019 0.919 0.009 0.006 0.005 0.006 0.006 0.030 195 S 0.043 0.861 0.014 0.009 0.008 0.009 0.010 0.047 196 R 0.074 0.728 0.015 0.010 0.011 0.018 0.018 0.125 197 K 0.062 0.723 0.016 0.008 0.010 0.039 0.016 0.127 198 R 0.052 0.673 0.023 0.007 0.011 0.051 0.018 0.166 199 K 0.051 0.716 0.012 0.004 0.004 0.025 0.010 0.177 200 T 0.055 0.629 0.012 0.004 0.005 0.067 0.013 0.215 201 L 0.039 0.796 0.011 0.004 0.008 0.024 0.007 0.111 202 H 0.010 0.896 0.006 0.002 0.005 0.017 0.003 0.061 203 A 0.015 0.904 0.003 0.002 0.002 0.016 0.005 0.053 204 I 0.025 0.932 0.002 0.001 0.001 0.004 0.005 0.031 205 F 0.023 0.929 0.004 0.001 0.003 0.004 0.006 0.031 206 K 0.017 0.925 0.007 0.003 0.003 0.006 0.006 0.034 207 R 0.042 0.859 0.009 0.003 0.003 0.006 0.020 0.058 208 N 0.140 0.667 0.024 0.005 0.005 0.009 0.035 0.115 209 A 0.110 0.511 0.084 0.017 0.012 0.036 0.025 0.204 210 V 0.043 0.245 0.068 0.014 0.020 0.096 0.013 0.501 211 L 0.046 0.316 0.058 0.011 0.032 0.066 0.008 0.464 212 N 0.030 0.336 0.017 0.006 0.010 0.207 0.008 0.385 213 M 0.113 0.417 0.007 0.003 0.005 0.158 0.011 0.286 214 L 0.061 0.817 0.005 0.002 0.004 0.016 0.005 0.089 215 E 0.021 0.840 0.006 0.002 0.005 0.021 0.006 0.098 216 H 0.033 0.825 0.003 0.002 0.003 0.018 0.007 0.111 217 N 0.054 0.864 0.002 0.001 0.002 0.008 0.008 0.060 218 Y 0.025 0.913 0.005 0.002 0.004 0.004 0.006 0.042 219 K 0.020 0.885 0.009 0.004 0.005 0.009 0.010 0.059 220 N 0.043 0.789 0.015 0.006 0.006 0.010 0.021 0.110 221 W 0.107 0.708 0.023 0.014 0.012 0.009 0.028 0.099 222 C 0.172 0.315 0.080 0.040 0.030 0.045 0.058 0.258 223 T 0.095 0.190 0.200 0.065 0.057 0.064 0.025 0.304 224 L 0.072 0.151 0.103 0.056 0.081 0.102 0.017 0.419 225 N 0.039 0.046 0.034 0.028 0.033 0.076 0.015 0.729 226 K 0.155 0.040 0.056 0.026 0.037 0.159 0.041 0.485 227 Q 0.300 0.046 0.074 0.031 0.043 0.186 0.057 0.263 228 V 0.217 0.018 0.112 0.114 0.108 0.095 0.022 0.314 229 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 230 V 0.011 0.003 0.155 0.151 0.343 0.072 0.005 0.261 231 N 0.093 0.003 0.019 0.011 0.020 0.025 0.008 0.821 232 F 0.170 0.005 0.190 0.111 0.134 0.047 0.006 0.335 233 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 234 F 0.004 0.002 0.012 0.009 0.066 0.046 0.001 0.861 235 K 0.018 0.005 0.005 0.003 0.009 0.159 0.002 0.800 236 K 0.064 0.031 0.001 0.002 0.004 0.219 0.003 0.676 237 Y 0.065 0.619 0.003 0.003 0.003 0.032 0.002 0.273 238 C 0.007 0.899 0.002 0.001 0.003 0.008 0.001 0.077 239 L 0.003 0.962 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.028 240 D 0.006 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 241 V 0.006 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 242 L 0.004 0.977 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.013 243 E 0.009 0.968 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.016 244 H 0.035 0.912 0.004 0.001 0.002 0.003 0.010 0.033 245 L 0.026 0.894 0.006 0.001 0.002 0.005 0.008 0.058 246 D 0.041 0.763 0.007 0.003 0.002 0.013 0.020 0.150 247 M 0.162 0.611 0.014 0.003 0.004 0.019 0.029 0.158 248 C 0.075 0.677 0.020 0.006 0.008 0.034 0.018 0.163 249 E 0.075 0.401 0.031 0.011 0.016 0.129 0.028 0.310 250 K 0.085 0.492 0.027 0.009 0.012 0.043 0.014 0.318 251 R 0.074 0.460 0.024 0.011 0.017 0.087 0.020 0.308 252 S 0.065 0.304 0.023 0.012 0.014 0.056 0.019 0.507 253 I 0.154 0.329 0.042 0.024 0.034 0.066 0.026 0.326 254 N 0.245 0.205 0.033 0.031 0.041 0.122 0.024 0.300 255 L 0.169 0.162 0.043 0.027 0.048 0.068 0.014 0.469 256 D 0.093 0.266 0.028 0.051 0.063 0.116 0.015 0.368 257 E 0.088 0.158 0.059 0.028 0.052 0.077 0.017 0.521 258 N 0.045 0.166 0.020 0.020 0.031 0.219 0.016 0.484 259 D 0.204 0.122 0.014 0.011 0.017 0.171 0.020 0.441 260 F 0.081 0.526 0.024 0.019 0.032 0.146 0.007 0.166 261 L 0.044 0.601 0.021 0.028 0.063 0.083 0.009 0.151 262 K 0.036 0.742 0.013 0.023 0.035 0.031 0.006 0.114 263 L 0.036 0.805 0.010 0.018 0.029 0.016 0.008 0.078 264 L 0.040 0.767 0.010 0.017 0.033 0.011 0.010 0.111 265 L 0.075 0.615 0.013 0.018 0.031 0.039 0.031 0.178 266 E 0.236 0.458 0.020 0.017 0.021 0.049 0.037 0.162 267 F 0.300 0.368 0.020 0.014 0.015 0.040 0.044 0.200 268 N 0.215 0.299 0.059 0.032 0.031 0.066 0.065 0.234 269 K 0.123 0.133 0.120 0.023 0.029 0.058 0.038 0.475 270 K 0.071 0.055 0.068 0.023 0.032 0.399 0.027 0.325 271 G 0.231 0.038 0.051 0.020 0.026 0.139 0.045 0.450 272 I 0.225 0.046 0.183 0.037 0.051 0.145 0.013 0.302 273 H 0.024 0.017 0.192 0.106 0.100 0.129 0.009 0.423 274 F 0.035 0.017 0.075 0.077 0.188 0.068 0.005 0.534 275 F 0.033 0.020 0.141 0.156 0.331 0.079 0.006 0.234