# TARGET T0295 # Using neural net t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0295.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2966 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 H 0.007 0.001 0.002 0.005 0.001 0.002 0.981 2 L 0.093 0.049 0.072 0.058 0.010 0.077 0.642 3 L 0.085 0.039 0.074 0.048 0.089 0.127 0.540 4 K 0.052 0.039 0.058 0.056 0.185 0.159 0.452 5 N 0.011 0.005 0.004 0.040 0.227 0.010 0.704 6 P 0.001 0.001 0.027 0.817 0.013 0.130 0.013 7 G 0.001 0.001 0.023 0.880 0.009 0.081 0.006 8 I 0.001 0.001 0.014 0.957 0.002 0.015 0.010 9 L 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.002 0.003 10 D 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 11 K 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 12 I 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 13 I 0.001 0.001 0.002 0.990 0.001 0.005 0.001 14 Y 0.001 0.001 0.002 0.960 0.001 0.035 0.001 15 A 0.001 0.001 0.012 0.823 0.006 0.151 0.008 16 A 0.003 0.003 0.017 0.440 0.099 0.345 0.093 17 K 0.016 0.013 0.011 0.059 0.084 0.319 0.497 18 I 0.022 0.025 0.004 0.010 0.086 0.009 0.844 19 K 0.030 0.003 0.005 0.007 0.041 0.012 0.902 20 S 0.010 0.002 0.068 0.052 0.217 0.540 0.111 21 S 0.022 0.001 0.033 0.008 0.171 0.656 0.111 22 D 0.132 0.002 0.009 0.002 0.363 0.093 0.397 23 I 0.929 0.005 0.001 0.001 0.006 0.003 0.055 24 V 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 25 L 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 26 E 0.948 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.041 27 I 0.720 0.006 0.005 0.002 0.031 0.009 0.228 28 G 0.234 0.013 0.010 0.003 0.151 0.053 0.535 29 C 0.050 0.020 0.043 0.019 0.369 0.156 0.344 30 G 0.041 0.022 0.027 0.030 0.450 0.199 0.231 31 T 0.029 0.020 0.075 0.265 0.187 0.169 0.255 32 G 0.018 0.006 0.047 0.671 0.128 0.051 0.079 33 N 0.006 0.002 0.026 0.908 0.012 0.029 0.017 34 L 0.008 0.002 0.039 0.903 0.006 0.029 0.013 35 T 0.011 0.001 0.043 0.910 0.004 0.018 0.012 36 V 0.014 0.001 0.076 0.868 0.010 0.023 0.008 37 K 0.009 0.001 0.093 0.805 0.005 0.079 0.008 38 L 0.009 0.002 0.117 0.730 0.007 0.124 0.011 39 L 0.013 0.005 0.226 0.615 0.048 0.064 0.028 40 P 0.011 0.002 0.313 0.380 0.017 0.251 0.027 41 L 0.008 0.002 0.282 0.216 0.040 0.429 0.023 42 A 0.056 0.006 0.057 0.018 0.320 0.088 0.455 43 K 0.035 0.001 0.037 0.003 0.433 0.242 0.248 44 K 0.678 0.003 0.011 0.001 0.087 0.089 0.131 45 V 0.946 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.048 46 I 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 47 T 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 48 I 0.949 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.043 49 D 0.630 0.007 0.002 0.001 0.039 0.008 0.314 50 I 0.085 0.019 0.004 0.001 0.198 0.039 0.655 51 D 0.009 0.005 0.001 0.002 0.130 0.007 0.846 52 S 0.001 0.001 0.103 0.707 0.017 0.160 0.013 53 R 0.001 0.001 0.072 0.806 0.004 0.115 0.003 54 M 0.001 0.001 0.040 0.935 0.001 0.021 0.004 55 I 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 56 S 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 57 E 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 58 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 59 K 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 60 K 0.001 0.001 0.001 0.986 0.001 0.013 0.001 61 R 0.001 0.001 0.001 0.972 0.001 0.024 0.003 62 C 0.001 0.001 0.003 0.954 0.004 0.026 0.011 63 L 0.002 0.002 0.018 0.858 0.012 0.092 0.017 64 Y 0.002 0.001 0.043 0.714 0.027 0.195 0.017 65 E 0.002 0.001 0.028 0.255 0.046 0.648 0.019 66 G 0.004 0.004 0.025 0.037 0.104 0.725 0.100 67 Y 0.034 0.012 0.022 0.007 0.147 0.029 0.749 68 N 0.063 0.007 0.034 0.004 0.294 0.213 0.385 69 N 0.310 0.007 0.025 0.004 0.102 0.361 0.191 70 L 0.720 0.003 0.002 0.003 0.009 0.002 0.261 71 E 0.967 0.003 0.001 0.002 0.003 0.001 0.024 72 V 0.985 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.010 73 Y 0.957 0.001 0.001 0.004 0.007 0.001 0.030 74 E 0.809 0.002 0.003 0.009 0.040 0.005 0.131 75 G 0.421 0.009 0.009 0.009 0.274 0.019 0.260 76 D 0.400 0.017 0.015 0.011 0.111 0.018 0.428 77 A 0.120 0.010 0.395 0.106 0.060 0.221 0.089 78 I 0.071 0.007 0.416 0.104 0.067 0.258 0.076 79 K 0.075 0.015 0.432 0.076 0.095 0.179 0.127 80 T 0.093 0.024 0.030 0.013 0.469 0.041 0.330 81 V 0.089 0.068 0.012 0.003 0.149 0.058 0.621 82 F 0.037 0.043 0.017 0.005 0.123 0.022 0.753 83 P 0.066 0.006 0.028 0.008 0.172 0.112 0.608 84 K 0.060 0.016 0.076 0.010 0.201 0.216 0.420 85 F 0.158 0.007 0.013 0.001 0.055 0.014 0.752 86 D 0.170 0.001 0.004 0.002 0.510 0.017 0.296 87 V 0.974 0.001 0.002 0.001 0.005 0.007 0.011 88 C 0.989 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.008 89 T 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 90 A 0.934 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.055 91 N 0.355 0.002 0.002 0.001 0.135 0.010 0.495 92 I 0.089 0.003 0.018 0.020 0.423 0.019 0.429 93 P 0.062 0.018 0.168 0.096 0.156 0.126 0.373 94 Y 0.090 0.011 0.353 0.169 0.060 0.204 0.112 95 K 0.095 0.016 0.207 0.264 0.081 0.241 0.096 96 I 0.067 0.012 0.119 0.206 0.125 0.211 0.261 97 S 0.032 0.009 0.026 0.285 0.160 0.121 0.367 98 S 0.007 0.001 0.013 0.771 0.091 0.045 0.072 99 P 0.003 0.001 0.009 0.941 0.009 0.024 0.014 100 L 0.002 0.001 0.007 0.972 0.002 0.009 0.008 101 I 0.003 0.001 0.004 0.979 0.002 0.005 0.006 102 F 0.004 0.001 0.005 0.978 0.002 0.008 0.003 103 K 0.002 0.001 0.008 0.962 0.001 0.024 0.002 104 L 0.003 0.001 0.015 0.916 0.003 0.055 0.006 105 I 0.005 0.002 0.032 0.861 0.012 0.082 0.008 106 S 0.004 0.003 0.051 0.697 0.008 0.219 0.018 107 H 0.002 0.001 0.075 0.669 0.029 0.165 0.059 108 R 0.005 0.002 0.109 0.502 0.155 0.055 0.173 109 P 0.005 0.002 0.246 0.466 0.032 0.178 0.070 110 L 0.015 0.004 0.259 0.456 0.029 0.201 0.036 111 F 0.088 0.014 0.091 0.523 0.083 0.089 0.113 112 K 0.084 0.004 0.073 0.604 0.036 0.103 0.094 113 C 0.090 0.003 0.046 0.601 0.061 0.127 0.071 114 A 0.108 0.004 0.044 0.582 0.040 0.110 0.111 115 V 0.340 0.008 0.031 0.433 0.035 0.072 0.081 116 L 0.552 0.005 0.023 0.294 0.025 0.055 0.047 117 M 0.516 0.007 0.019 0.317 0.028 0.065 0.048 118 F 0.577 0.022 0.009 0.239 0.031 0.036 0.086 119 Q 0.373 0.009 0.011 0.239 0.052 0.018 0.299 120 K 0.024 0.001 0.043 0.847 0.020 0.042 0.024 121 E 0.010 0.001 0.025 0.888 0.013 0.047 0.015 122 F 0.017 0.002 0.034 0.868 0.006 0.050 0.023 123 A 0.081 0.005 0.025 0.758 0.024 0.055 0.051 124 E 0.259 0.003 0.028 0.608 0.032 0.031 0.040 125 R 0.286 0.003 0.030 0.604 0.019 0.035 0.024 126 M 0.292 0.007 0.011 0.594 0.015 0.047 0.032 127 L 0.357 0.014 0.011 0.429 0.035 0.073 0.080 128 A 0.321 0.015 0.007 0.266 0.098 0.038 0.254 129 N 0.158 0.018 0.006 0.091 0.088 0.035 0.604 130 V 0.017 0.007 0.030 0.135 0.128 0.444 0.239 131 G 0.013 0.010 0.022 0.047 0.279 0.423 0.205 132 D 0.011 0.009 0.026 0.031 0.315 0.044 0.565 133 S 0.007 0.006 0.111 0.188 0.157 0.428 0.102 134 N 0.016 0.009 0.143 0.203 0.105 0.441 0.084 135 Y 0.053 0.025 0.189 0.264 0.113 0.178 0.177 136 S 0.070 0.016 0.075 0.328 0.111 0.163 0.237 137 R 0.158 0.013 0.048 0.409 0.078 0.104 0.190 138 L 0.267 0.010 0.023 0.386 0.056 0.043 0.214 139 T 0.350 0.007 0.009 0.421 0.035 0.030 0.148 140 I 0.465 0.007 0.006 0.404 0.033 0.021 0.062 141 N 0.454 0.005 0.006 0.410 0.024 0.025 0.075 142 V 0.488 0.007 0.012 0.340 0.028 0.032 0.093 143 K 0.434 0.005 0.022 0.350 0.053 0.046 0.088 144 L 0.419 0.005 0.035 0.311 0.049 0.093 0.087 145 F 0.408 0.008 0.030 0.217 0.064 0.153 0.121 146 C 0.443 0.013 0.016 0.147 0.078 0.090 0.213 147 K 0.518 0.012 0.010 0.050 0.065 0.086 0.259 148 V 0.460 0.011 0.009 0.043 0.047 0.023 0.407 149 T 0.616 0.012 0.014 0.044 0.063 0.025 0.226 150 K 0.719 0.008 0.017 0.038 0.056 0.023 0.138 151 V 0.709 0.007 0.014 0.036 0.032 0.019 0.182 152 C 0.737 0.011 0.013 0.035 0.035 0.027 0.141 153 N 0.687 0.014 0.007 0.017 0.049 0.033 0.193 154 V 0.475 0.035 0.006 0.012 0.107 0.023 0.342 155 N 0.220 0.023 0.007 0.007 0.057 0.028 0.658 156 R 0.037 0.007 0.279 0.076 0.071 0.358 0.172 157 S 0.021 0.004 0.364 0.063 0.086 0.340 0.123 158 S 0.035 0.014 0.332 0.056 0.119 0.250 0.194 159 F 0.066 0.067 0.045 0.024 0.257 0.121 0.421 160 N 0.049 0.024 0.007 0.004 0.274 0.082 0.561 161 P 0.025 0.019 0.002 0.001 0.178 0.035 0.739 162 P 0.015 0.013 0.001 0.001 0.059 0.006 0.906 163 P 0.035 0.009 0.005 0.003 0.113 0.029 0.806 164 K 0.128 0.044 0.012 0.002 0.161 0.062 0.591 165 V 0.260 0.028 0.008 0.002 0.093 0.013 0.596 166 D 0.424 0.005 0.005 0.002 0.192 0.014 0.359 167 S 0.858 0.003 0.004 0.001 0.028 0.005 0.101 168 V 0.954 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.033 169 I 0.976 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.019 170 V 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 171 K 0.938 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.047 172 L 0.924 0.002 0.001 0.002 0.005 0.004 0.063 173 I 0.839 0.010 0.001 0.002 0.024 0.003 0.121 174 P 0.602 0.018 0.001 0.002 0.035 0.006 0.336 175 K 0.169 0.009 0.008 0.006 0.143 0.039 0.625 176 E 0.058 0.008 0.048 0.016 0.282 0.164 0.424 177 S 0.034 0.005 0.085 0.024 0.238 0.206 0.409 178 S 0.064 0.017 0.077 0.029 0.226 0.101 0.487 179 F 0.158 0.025 0.048 0.021 0.156 0.078 0.513 180 L 0.182 0.036 0.024 0.013 0.085 0.050 0.610 181 T 0.163 0.090 0.016 0.019 0.189 0.043 0.479 182 N 0.068 0.037 0.006 0.016 0.131 0.013 0.730 183 F 0.001 0.001 0.085 0.864 0.004 0.035 0.011 184 D 0.001 0.001 0.076 0.884 0.003 0.033 0.003 185 E 0.001 0.001 0.095 0.876 0.002 0.021 0.005 186 W 0.001 0.001 0.014 0.967 0.002 0.009 0.006 187 D 0.001 0.001 0.009 0.959 0.002 0.024 0.004 188 N 0.001 0.001 0.003 0.962 0.002 0.030 0.002 189 L 0.001 0.001 0.004 0.966 0.002 0.019 0.007 190 L 0.003 0.001 0.004 0.969 0.005 0.009 0.010 191 R 0.002 0.001 0.005 0.976 0.003 0.010 0.005 192 I 0.001 0.001 0.004 0.974 0.002 0.015 0.003 193 C 0.001 0.001 0.003 0.965 0.002 0.023 0.006 194 F 0.001 0.001 0.003 0.942 0.007 0.032 0.014 195 S 0.001 0.001 0.004 0.954 0.009 0.023 0.009 196 R 0.001 0.001 0.004 0.961 0.007 0.019 0.009 197 K 0.001 0.001 0.006 0.952 0.004 0.019 0.017 198 R 0.001 0.001 0.005 0.963 0.003 0.013 0.014 199 K 0.001 0.001 0.005 0.968 0.008 0.013 0.005 200 T 0.001 0.001 0.003 0.981 0.002 0.009 0.003 201 L 0.001 0.001 0.002 0.988 0.001 0.007 0.002 202 H 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.006 0.001 203 A 0.001 0.001 0.002 0.982 0.001 0.013 0.002 204 I 0.001 0.001 0.006 0.967 0.002 0.020 0.004 205 F 0.001 0.001 0.010 0.953 0.005 0.022 0.008 206 K 0.002 0.001 0.032 0.893 0.009 0.054 0.009 207 R 0.001 0.001 0.023 0.819 0.009 0.141 0.007 208 N 0.002 0.001 0.017 0.712 0.022 0.221 0.025 209 A 0.007 0.009 0.011 0.462 0.174 0.105 0.231 210 V 0.013 0.008 0.019 0.303 0.058 0.074 0.525 211 L 0.005 0.002 0.049 0.784 0.029 0.052 0.079 212 N 0.004 0.001 0.041 0.855 0.020 0.040 0.039 213 M 0.006 0.002 0.057 0.857 0.012 0.035 0.031 214 L 0.008 0.002 0.025 0.902 0.008 0.022 0.034 215 E 0.006 0.001 0.023 0.919 0.006 0.030 0.015 216 H 0.004 0.001 0.018 0.906 0.008 0.050 0.012 217 N 0.006 0.001 0.017 0.897 0.008 0.046 0.025 218 Y 0.008 0.003 0.032 0.884 0.012 0.039 0.023 219 K 0.007 0.001 0.067 0.784 0.016 0.101 0.025 220 N 0.006 0.001 0.064 0.760 0.015 0.138 0.016 221 W 0.014 0.005 0.046 0.576 0.043 0.255 0.061 222 C 0.029 0.009 0.036 0.264 0.080 0.375 0.207 223 T 0.059 0.023 0.055 0.185 0.177 0.152 0.350 224 L 0.071 0.015 0.045 0.106 0.148 0.079 0.537 225 N 0.022 0.006 0.194 0.116 0.086 0.420 0.156 226 K 0.038 0.008 0.165 0.051 0.155 0.386 0.199 227 Q 0.062 0.018 0.151 0.047 0.263 0.219 0.240 228 V 0.150 0.079 0.016 0.021 0.243 0.041 0.450 229 P 0.135 0.036 0.064 0.011 0.052 0.085 0.618 230 V 0.215 0.017 0.093 0.009 0.155 0.266 0.245 231 N 0.148 0.030 0.083 0.009 0.213 0.239 0.279 232 F 0.057 0.017 0.001 0.002 0.603 0.003 0.317 233 P 0.022 0.029 0.001 0.002 0.026 0.002 0.919 234 F 0.001 0.001 0.033 0.948 0.001 0.011 0.004 235 K 0.001 0.001 0.020 0.975 0.001 0.004 0.001 236 K 0.001 0.001 0.019 0.978 0.001 0.002 0.001 237 Y 0.001 0.001 0.003 0.992 0.001 0.004 0.001 238 C 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.006 0.001 239 L 0.001 0.001 0.001 0.986 0.001 0.010 0.001 240 D 0.001 0.001 0.002 0.983 0.001 0.011 0.003 241 V 0.001 0.001 0.003 0.974 0.002 0.017 0.003 242 L 0.001 0.001 0.006 0.965 0.002 0.024 0.002 243 E 0.001 0.001 0.022 0.912 0.003 0.051 0.010 244 H 0.001 0.001 0.040 0.878 0.005 0.063 0.012 245 L 0.004 0.002 0.040 0.810 0.028 0.078 0.037 246 D 0.009 0.003 0.069 0.654 0.040 0.162 0.062 247 M 0.009 0.002 0.047 0.749 0.031 0.110 0.053 248 C 0.023 0.007 0.035 0.707 0.057 0.084 0.086 249 E 0.027 0.006 0.053 0.633 0.041 0.140 0.100 250 K 0.030 0.003 0.070 0.576 0.063 0.156 0.102 251 R 0.052 0.008 0.052 0.353 0.141 0.138 0.256 252 S 0.042 0.013 0.098 0.287 0.079 0.200 0.281 253 I 0.074 0.008 0.079 0.185 0.128 0.215 0.311 254 N 0.122 0.021 0.040 0.183 0.085 0.131 0.418 255 L 0.082 0.021 0.012 0.208 0.119 0.038 0.521 256 D 0.045 0.011 0.008 0.335 0.057 0.042 0.502 257 E 0.005 0.001 0.009 0.839 0.021 0.092 0.033 258 N 0.004 0.001 0.009 0.836 0.028 0.095 0.027 259 D 0.012 0.002 0.012 0.865 0.025 0.026 0.058 260 F 0.009 0.002 0.008 0.949 0.004 0.010 0.018 261 L 0.009 0.001 0.006 0.963 0.002 0.009 0.009 262 K 0.008 0.001 0.006 0.970 0.002 0.010 0.005 263 L 0.005 0.001 0.009 0.959 0.003 0.014 0.009 264 L 0.005 0.001 0.010 0.945 0.004 0.026 0.009 265 L 0.004 0.001 0.015 0.931 0.005 0.037 0.007 266 E 0.003 0.001 0.025 0.880 0.007 0.072 0.012 267 F 0.003 0.001 0.020 0.768 0.014 0.177 0.016 268 N 0.009 0.008 0.020 0.390 0.109 0.290 0.174 269 K 0.017 0.010 0.071 0.252 0.102 0.340 0.209 270 K 0.018 0.005 0.086 0.101 0.120 0.567 0.103 271 G 0.035 0.008 0.060 0.043 0.177 0.376 0.300 272 I 0.088 0.027 0.034 0.023 0.116 0.040 0.671 273 H 0.199 0.060 0.027 0.012 0.058 0.043 0.600 274 F 0.139 0.042 0.016 0.008 0.014 0.017 0.764 275 F 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.985