# TARGET T0295 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0295.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 50 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.679 0.214 0.074 0.027 0.005 0.001 0.001 2 S 0.561 0.249 0.105 0.060 0.021 0.004 0.001 3 F 0.324 0.232 0.178 0.167 0.078 0.019 0.001 4 L 0.471 0.302 0.125 0.065 0.028 0.009 0.001 5 T 0.145 0.140 0.211 0.263 0.175 0.059 0.007 6 N 0.445 0.367 0.123 0.051 0.012 0.002 0.001 7 F 0.086 0.202 0.302 0.283 0.107 0.019 0.001 8 D 0.621 0.286 0.069 0.018 0.005 0.001 0.001 9 E 0.101 0.249 0.305 0.236 0.091 0.016 0.002 10 W 0.061 0.070 0.109 0.233 0.344 0.174 0.009 11 D 0.070 0.212 0.285 0.254 0.137 0.040 0.003 12 N 0.249 0.273 0.203 0.143 0.083 0.043 0.006 13 L 0.111 0.091 0.095 0.158 0.247 0.245 0.053 14 L 0.091 0.054 0.070 0.160 0.251 0.298 0.075 15 R 0.124 0.186 0.225 0.219 0.135 0.077 0.033 16 I 0.235 0.180 0.146 0.148 0.153 0.106 0.033 17 C 0.079 0.056 0.070 0.138 0.195 0.301 0.162 18 F 0.288 0.135 0.105 0.153 0.143 0.135 0.041 19 S 0.408 0.238 0.153 0.105 0.066 0.025 0.006 20 R 0.503 0.213 0.115 0.090 0.047 0.024 0.008 21 K 0.347 0.164 0.122 0.146 0.114 0.088 0.019 22 R 0.371 0.193 0.165 0.137 0.091 0.038 0.005 23 K 0.421 0.292 0.155 0.086 0.034 0.010 0.002 24 T 0.489 0.200 0.121 0.096 0.062 0.029 0.004 25 L 0.272 0.126 0.120 0.171 0.173 0.120 0.019 26 H 0.367 0.249 0.162 0.132 0.067 0.020 0.003 27 A 0.402 0.236 0.133 0.106 0.085 0.034 0.004 28 I 0.356 0.184 0.147 0.148 0.098 0.063 0.006 29 F 0.295 0.169 0.137 0.182 0.140 0.070 0.006 30 K 0.339 0.298 0.190 0.115 0.048 0.010 0.001 31 R 0.377 0.283 0.177 0.111 0.042 0.010 0.001 32 N 0.732 0.201 0.051 0.013 0.002 0.001 0.001 33 A 0.436 0.362 0.147 0.044 0.009 0.001 0.001 34 V 0.177 0.123 0.157 0.265 0.221 0.055 0.002 35 L 0.110 0.229 0.270 0.245 0.119 0.027 0.001 36 N 0.372 0.420 0.149 0.044 0.012 0.003 0.001 37 M 0.080 0.169 0.299 0.305 0.120 0.026 0.002 38 L 0.033 0.035 0.061 0.179 0.372 0.297 0.024 39 E 0.152 0.275 0.263 0.189 0.086 0.029 0.005 40 H 0.295 0.391 0.195 0.080 0.028 0.009 0.001 41 N 0.077 0.129 0.217 0.277 0.205 0.089 0.008 42 Y 0.066 0.094 0.135 0.235 0.281 0.171 0.017 43 K 0.245 0.276 0.207 0.159 0.083 0.027 0.002 44 N 0.154 0.248 0.217 0.193 0.127 0.056 0.005 45 W 0.075 0.089 0.137 0.253 0.264 0.168 0.015 46 C 0.145 0.180 0.190 0.228 0.180 0.072 0.006 47 T 0.350 0.285 0.197 0.114 0.043 0.011 0.001 48 L 0.224 0.179 0.203 0.233 0.129 0.031 0.002 49 N 0.431 0.260 0.160 0.095 0.042 0.011 0.001 50 K 0.528 0.259 0.129 0.059 0.021 0.004 0.001 51 Q 0.486 0.259 0.152 0.078 0.021 0.003 0.001 52 V 0.371 0.274 0.184 0.121 0.043 0.007 0.001 53 P 0.333 0.222 0.211 0.157 0.067 0.010 0.001 54 V 0.773 0.164 0.043 0.016 0.003 0.001 0.001 55 N 0.749 0.188 0.047 0.013 0.003 0.001 0.001 56 F 0.617 0.200 0.092 0.063 0.023 0.004 0.001 57 P 0.540 0.327 0.096 0.029 0.007 0.001 0.001 58 F 0.121 0.201 0.247 0.272 0.133 0.023 0.001 59 K 0.097 0.296 0.320 0.203 0.069 0.014 0.001 60 K 0.270 0.495 0.174 0.049 0.011 0.002 0.001 61 Y 0.019 0.168 0.386 0.318 0.096 0.012 0.001 62 C 0.005 0.012 0.030 0.140 0.466 0.333 0.013 63 L 0.015 0.149 0.342 0.342 0.133 0.018 0.001 64 D 0.126 0.545 0.245 0.068 0.014 0.002 0.001 65 V 0.005 0.032 0.166 0.493 0.268 0.036 0.001 66 L 0.012 0.030 0.082 0.275 0.442 0.155 0.004 67 E 0.384 0.457 0.125 0.030 0.005 0.001 0.001 68 H 0.566 0.339 0.076 0.016 0.002 0.001 0.001 69 L 0.338 0.304 0.214 0.111 0.027 0.004 0.001 70 D 0.641 0.275 0.066 0.014 0.003 0.001 0.001 71 M 0.308 0.201 0.191 0.210 0.080 0.010 0.001 72 C 0.479 0.278 0.144 0.072 0.023 0.004 0.001 73 E 0.540 0.266 0.117 0.056 0.017 0.003 0.001 74 K 0.603 0.235 0.097 0.046 0.015 0.004 0.001 75 R 0.379 0.219 0.166 0.139 0.075 0.021 0.002 76 S 0.345 0.203 0.159 0.149 0.096 0.042 0.006 77 I 0.363 0.257 0.151 0.128 0.071 0.027 0.003 78 N 0.407 0.275 0.158 0.097 0.044 0.018 0.002 79 L 0.212 0.158 0.180 0.208 0.164 0.069 0.009 80 D 0.329 0.258 0.176 0.144 0.070 0.020 0.002 81 E 0.179 0.190 0.208 0.211 0.153 0.055 0.004 82 N 0.383 0.325 0.179 0.079 0.025 0.007 0.001 83 D 0.067 0.201 0.267 0.281 0.141 0.037 0.005 84 F 0.011 0.016 0.034 0.101 0.346 0.440 0.052 85 L 0.018 0.067 0.136 0.275 0.294 0.185 0.024 86 K 0.059 0.242 0.314 0.255 0.099 0.027 0.003 87 L 0.015 0.023 0.044 0.132 0.349 0.389 0.049 88 L 0.011 0.011 0.013 0.055 0.194 0.559 0.156 89 L 0.072 0.190 0.285 0.283 0.122 0.043 0.006 90 E 0.085 0.201 0.274 0.266 0.138 0.035 0.001 91 F 0.037 0.049 0.078 0.237 0.390 0.200 0.009 92 N 0.120 0.213 0.272 0.268 0.108 0.019 0.001 93 K 0.483 0.378 0.108 0.026 0.004 0.001 0.001 94 K 0.356 0.403 0.173 0.058 0.009 0.001 0.001 95 G 0.316 0.367 0.188 0.096 0.027 0.005 0.001 96 I 0.071 0.096 0.191 0.288 0.259 0.090 0.004 97 H 0.134 0.197 0.200 0.233 0.159 0.070 0.007 98 F 0.077 0.068 0.111 0.201 0.255 0.245 0.043 99 F 0.076 0.054 0.078 0.152 0.267 0.297 0.078