# TARGET T0295 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0295.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 10.6155 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.033 0.016 0.018 0.019 0.193 0.722 2 S 0.053 0.039 0.027 0.027 0.225 0.630 3 F 0.034 0.027 0.014 0.010 0.182 0.733 4 L 0.034 0.036 0.009 0.007 0.209 0.705 5 T 0.040 0.023 0.006 0.012 0.196 0.722 6 N 0.048 0.010 0.015 0.125 0.244 0.557 7 F 0.010 0.002 0.018 0.861 0.072 0.037 8 D 0.008 0.002 0.018 0.923 0.033 0.016 9 E 0.014 0.005 0.019 0.932 0.018 0.013 10 W 0.020 0.003 0.019 0.920 0.021 0.017 11 D 0.012 0.001 0.016 0.914 0.031 0.027 12 N 0.008 0.001 0.013 0.950 0.018 0.012 13 L 0.017 0.001 0.011 0.941 0.020 0.011 14 L 0.029 0.001 0.010 0.942 0.013 0.005 15 R 0.040 0.001 0.007 0.944 0.007 0.002 16 I 0.026 0.001 0.003 0.965 0.003 0.003 17 C 0.031 0.001 0.003 0.950 0.006 0.010 18 F 0.086 0.002 0.011 0.850 0.023 0.028 19 S 0.128 0.004 0.013 0.725 0.067 0.062 20 R 0.077 0.009 0.040 0.635 0.190 0.048 21 K 0.055 0.009 0.046 0.465 0.318 0.108 22 R 0.025 0.003 0.041 0.428 0.388 0.115 23 K 0.154 0.017 0.031 0.377 0.324 0.097 24 T 0.290 0.013 0.016 0.458 0.093 0.130 25 L 0.262 0.006 0.025 0.596 0.056 0.055 26 H 0.170 0.002 0.030 0.721 0.038 0.040 27 A 0.190 0.001 0.034 0.714 0.032 0.028 28 I 0.181 0.004 0.033 0.653 0.058 0.071 29 F 0.113 0.012 0.029 0.638 0.087 0.120 30 K 0.087 0.012 0.022 0.518 0.105 0.255 31 R 0.022 0.002 0.031 0.699 0.077 0.168 32 N 0.006 0.001 0.030 0.868 0.049 0.047 33 A 0.009 0.003 0.042 0.849 0.053 0.045 34 V 0.005 0.002 0.016 0.950 0.015 0.013 35 L 0.004 0.001 0.014 0.964 0.010 0.008 36 N 0.002 0.001 0.014 0.968 0.010 0.005 37 M 0.002 0.001 0.016 0.963 0.012 0.007 38 L 0.002 0.001 0.017 0.949 0.019 0.012 39 E 0.002 0.001 0.024 0.922 0.039 0.013 40 H 0.003 0.001 0.026 0.821 0.094 0.057 41 N 0.009 0.002 0.021 0.345 0.202 0.421 42 Y 0.044 0.007 0.029 0.564 0.162 0.193 43 K 0.223 0.007 0.035 0.417 0.146 0.173 44 N 0.358 0.012 0.046 0.396 0.082 0.106 45 W 0.270 0.010 0.070 0.511 0.057 0.083 46 C 0.192 0.004 0.087 0.478 0.099 0.142 47 T 0.171 0.008 0.104 0.358 0.167 0.191 48 L 0.136 0.029 0.057 0.329 0.193 0.257 49 N 0.092 0.016 0.044 0.254 0.276 0.319 50 K 0.080 0.007 0.024 0.034 0.268 0.588 51 Q 0.213 0.021 0.025 0.033 0.184 0.524 52 V 0.179 0.046 0.015 0.017 0.162 0.581 53 P 0.076 0.031 0.019 0.012 0.502 0.359 54 V 0.026 0.014 0.022 0.018 0.526 0.394 55 N 0.020 0.006 0.016 0.015 0.480 0.464 56 F 0.030 0.022 0.011 0.050 0.402 0.485 57 P 0.015 0.012 0.006 0.129 0.107 0.731 58 F 0.002 0.002 0.018 0.932 0.019 0.026 59 K 0.004 0.001 0.012 0.954 0.017 0.013 60 K 0.006 0.001 0.015 0.945 0.021 0.012 61 Y 0.010 0.001 0.013 0.944 0.015 0.016 62 C 0.004 0.001 0.005 0.980 0.005 0.005 63 L 0.001 0.001 0.003 0.989 0.003 0.003 64 D 0.001 0.001 0.003 0.992 0.002 0.002 65 V 0.001 0.001 0.003 0.990 0.003 0.003 66 L 0.001 0.001 0.006 0.978 0.008 0.007 67 E 0.001 0.001 0.008 0.962 0.016 0.013 68 H 0.001 0.001 0.012 0.879 0.047 0.060 69 L 0.001 0.001 0.013 0.672 0.099 0.213 70 D 0.002 0.003 0.022 0.258 0.189 0.527 71 M 0.002 0.003 0.075 0.696 0.127 0.098 72 C 0.005 0.002 0.079 0.741 0.107 0.066 73 E 0.005 0.002 0.082 0.780 0.091 0.040 74 K 0.009 0.003 0.096 0.737 0.102 0.052 75 R 0.010 0.004 0.107 0.701 0.102 0.075 76 S 0.013 0.004 0.162 0.579 0.154 0.087 77 I 0.018 0.004 0.110 0.507 0.174 0.187 78 N 0.027 0.010 0.045 0.144 0.190 0.583 79 L 0.021 0.031 0.005 0.056 0.143 0.745 80 D 0.008 0.005 0.001 0.020 0.040 0.925 81 E 0.001 0.001 0.020 0.974 0.002 0.003 82 N 0.001 0.001 0.018 0.979 0.002 0.001 83 D 0.001 0.001 0.012 0.987 0.001 0.001 84 F 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 85 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 86 K 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 87 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 88 L 0.001 0.001 0.003 0.994 0.002 0.001 89 L 0.001 0.001 0.009 0.986 0.003 0.001 90 E 0.001 0.001 0.013 0.977 0.007 0.003 91 F 0.001 0.001 0.015 0.938 0.016 0.030 92 N 0.002 0.003 0.030 0.722 0.113 0.130 93 K 0.004 0.003 0.058 0.619 0.228 0.088 94 K 0.007 0.001 0.033 0.580 0.265 0.114 95 G 0.066 0.005 0.028 0.107 0.433 0.361 96 I 0.366 0.016 0.010 0.030 0.141 0.436 97 H 0.767 0.027 0.004 0.018 0.052 0.131 98 F 0.621 0.017 0.002 0.009 0.072 0.279 99 F 0.221 0.008 0.003 0.006 0.133 0.629