# TARGET T0295 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0295.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 10.6155 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.002 0.001 0.002 0.006 0.005 0.005 0.980 2 S 0.013 0.016 0.010 0.022 0.016 0.025 0.898 3 F 0.042 0.021 0.034 0.032 0.130 0.074 0.667 4 L 0.042 0.013 0.047 0.031 0.095 0.074 0.699 5 T 0.044 0.021 0.011 0.035 0.097 0.036 0.756 6 N 0.019 0.009 0.004 0.023 0.064 0.012 0.868 7 F 0.014 0.006 0.052 0.686 0.032 0.068 0.142 8 D 0.006 0.004 0.045 0.835 0.031 0.040 0.040 9 E 0.007 0.003 0.063 0.858 0.010 0.023 0.037 10 W 0.007 0.005 0.025 0.901 0.008 0.013 0.041 11 D 0.002 0.001 0.019 0.933 0.007 0.030 0.008 12 N 0.001 0.001 0.010 0.958 0.003 0.025 0.003 13 L 0.002 0.001 0.008 0.973 0.001 0.012 0.004 14 L 0.005 0.001 0.005 0.973 0.002 0.010 0.004 15 R 0.003 0.001 0.004 0.986 0.001 0.004 0.001 16 I 0.003 0.001 0.005 0.983 0.001 0.007 0.001 17 C 0.004 0.001 0.004 0.972 0.001 0.016 0.002 18 F 0.014 0.001 0.009 0.935 0.005 0.029 0.006 19 S 0.026 0.002 0.009 0.894 0.012 0.045 0.013 20 R 0.017 0.001 0.013 0.844 0.020 0.082 0.023 21 K 0.014 0.002 0.015 0.736 0.029 0.161 0.042 22 R 0.035 0.006 0.029 0.513 0.064 0.163 0.190 23 K 0.134 0.008 0.029 0.258 0.136 0.088 0.348 24 T 0.356 0.028 0.019 0.272 0.064 0.063 0.197 25 L 0.265 0.010 0.025 0.495 0.044 0.069 0.092 26 H 0.231 0.005 0.043 0.443 0.046 0.104 0.128 27 A 0.235 0.006 0.057 0.421 0.050 0.073 0.158 28 I 0.251 0.018 0.048 0.497 0.040 0.062 0.084 29 F 0.174 0.020 0.055 0.433 0.054 0.097 0.166 30 K 0.082 0.008 0.041 0.390 0.090 0.177 0.212 31 R 0.029 0.003 0.023 0.604 0.107 0.095 0.138 32 N 0.007 0.001 0.013 0.856 0.040 0.050 0.033 33 A 0.008 0.004 0.011 0.891 0.025 0.030 0.030 34 V 0.001 0.001 0.002 0.987 0.001 0.005 0.003 35 L 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 36 N 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 37 M 0.001 0.001 0.003 0.992 0.001 0.003 0.001 38 L 0.001 0.001 0.004 0.975 0.002 0.018 0.001 39 E 0.001 0.001 0.005 0.958 0.002 0.031 0.002 40 H 0.001 0.001 0.008 0.871 0.005 0.111 0.004 41 N 0.003 0.002 0.009 0.745 0.014 0.188 0.039 42 Y 0.011 0.005 0.017 0.743 0.035 0.081 0.108 43 K 0.057 0.010 0.031 0.637 0.055 0.078 0.132 44 N 0.109 0.007 0.032 0.640 0.063 0.056 0.094 45 W 0.145 0.011 0.041 0.634 0.031 0.050 0.088 46 C 0.212 0.015 0.064 0.424 0.053 0.064 0.169 47 T 0.266 0.014 0.077 0.268 0.064 0.101 0.210 48 L 0.169 0.016 0.069 0.155 0.116 0.190 0.285 49 N 0.116 0.009 0.076 0.050 0.145 0.244 0.360 50 K 0.117 0.010 0.043 0.035 0.259 0.140 0.396 51 Q 0.211 0.026 0.038 0.031 0.161 0.095 0.438 52 V 0.233 0.072 0.006 0.011 0.200 0.011 0.466 53 P 0.081 0.020 0.011 0.007 0.031 0.036 0.815 54 V 0.050 0.028 0.027 0.019 0.216 0.388 0.273 55 N 0.039 0.009 0.017 0.025 0.230 0.289 0.391 56 F 0.027 0.011 0.004 0.087 0.316 0.015 0.539 57 P 0.037 0.030 0.008 0.330 0.038 0.026 0.530 58 F 0.010 0.004 0.009 0.910 0.005 0.009 0.053 59 K 0.005 0.001 0.005 0.967 0.002 0.003 0.016 60 K 0.001 0.001 0.003 0.993 0.001 0.001 0.001 61 Y 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.002 0.001 62 C 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 63 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 64 D 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 65 V 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 66 L 0.001 0.001 0.006 0.978 0.002 0.014 0.001 67 E 0.001 0.001 0.017 0.870 0.003 0.106 0.003 68 H 0.001 0.001 0.017 0.713 0.016 0.235 0.017 69 L 0.001 0.002 0.016 0.600 0.076 0.166 0.138 70 D 0.002 0.004 0.055 0.416 0.085 0.232 0.206 71 M 0.006 0.006 0.129 0.527 0.071 0.126 0.134 72 C 0.014 0.008 0.191 0.578 0.042 0.071 0.096 73 E 0.014 0.007 0.172 0.640 0.039 0.084 0.045 74 K 0.015 0.003 0.104 0.664 0.039 0.142 0.033 75 R 0.037 0.011 0.053 0.559 0.099 0.118 0.123 76 S 0.035 0.012 0.148 0.492 0.040 0.126 0.147 77 I 0.066 0.007 0.243 0.279 0.113 0.186 0.107 78 N 0.112 0.028 0.161 0.197 0.090 0.235 0.177 79 L 0.065 0.061 0.009 0.062 0.354 0.028 0.420 80 D 0.014 0.019 0.004 0.022 0.066 0.010 0.866 81 E 0.001 0.001 0.039 0.919 0.001 0.038 0.002 82 N 0.001 0.001 0.033 0.949 0.001 0.016 0.001 83 D 0.001 0.001 0.046 0.940 0.001 0.006 0.006 84 F 0.001 0.001 0.003 0.993 0.001 0.003 0.001 85 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 86 K 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 87 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 88 L 0.001 0.001 0.002 0.988 0.001 0.009 0.001 89 L 0.001 0.001 0.004 0.982 0.001 0.013 0.001 90 E 0.001 0.001 0.006 0.973 0.001 0.019 0.001 91 F 0.001 0.001 0.011 0.956 0.002 0.025 0.003 92 N 0.001 0.001 0.036 0.887 0.007 0.056 0.011 93 K 0.004 0.001 0.070 0.717 0.038 0.159 0.011 94 K 0.001 0.001 0.029 0.128 0.030 0.804 0.008 95 G 0.006 0.001 0.010 0.009 0.057 0.888 0.029 96 I 0.229 0.028 0.002 0.006 0.028 0.013 0.693 97 H 0.695 0.048 0.003 0.003 0.018 0.003 0.230 98 F 0.610 0.027 0.008 0.006 0.027 0.006 0.317 99 F 0.288 0.008 0.013 0.005 0.049 0.022 0.614