# TARGET T0295 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0295.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 10.7648 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.002 0.001 0.002 0.007 0.006 0.006 0.977 2 S 0.014 0.017 0.011 0.024 0.017 0.026 0.891 3 F 0.045 0.022 0.036 0.036 0.135 0.081 0.645 4 L 0.043 0.013 0.049 0.033 0.098 0.077 0.687 5 T 0.046 0.022 0.012 0.037 0.098 0.037 0.749 6 N 0.020 0.010 0.004 0.024 0.065 0.012 0.865 7 F 0.014 0.006 0.052 0.694 0.031 0.067 0.137 8 D 0.006 0.004 0.044 0.838 0.030 0.040 0.038 9 E 0.007 0.003 0.062 0.860 0.010 0.023 0.036 10 W 0.007 0.005 0.025 0.902 0.007 0.013 0.040 11 D 0.002 0.001 0.018 0.935 0.007 0.029 0.007 12 N 0.001 0.001 0.010 0.960 0.003 0.024 0.002 13 L 0.002 0.001 0.007 0.974 0.001 0.011 0.004 14 L 0.005 0.001 0.005 0.974 0.002 0.010 0.004 15 R 0.003 0.001 0.004 0.987 0.001 0.004 0.001 16 I 0.003 0.001 0.005 0.984 0.001 0.007 0.001 17 C 0.004 0.001 0.004 0.973 0.001 0.016 0.002 18 F 0.014 0.001 0.008 0.937 0.005 0.029 0.006 19 S 0.026 0.002 0.008 0.896 0.012 0.044 0.012 20 R 0.017 0.001 0.013 0.846 0.019 0.082 0.022 21 K 0.013 0.002 0.015 0.740 0.029 0.159 0.041 22 R 0.034 0.006 0.029 0.520 0.063 0.161 0.188 23 K 0.132 0.007 0.029 0.263 0.134 0.089 0.345 24 T 0.350 0.028 0.020 0.279 0.064 0.063 0.196 25 L 0.257 0.010 0.025 0.504 0.044 0.070 0.090 26 H 0.224 0.005 0.044 0.450 0.045 0.105 0.127 27 A 0.229 0.006 0.058 0.427 0.050 0.073 0.157 28 I 0.245 0.018 0.048 0.503 0.040 0.063 0.083 29 F 0.171 0.020 0.055 0.438 0.054 0.097 0.165 30 K 0.080 0.008 0.041 0.394 0.090 0.177 0.209 31 R 0.029 0.003 0.023 0.605 0.107 0.095 0.138 32 N 0.007 0.001 0.013 0.857 0.039 0.049 0.033 33 A 0.008 0.004 0.011 0.892 0.025 0.030 0.030 34 V 0.001 0.001 0.002 0.987 0.001 0.005 0.003 35 L 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 36 N 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 37 M 0.001 0.001 0.003 0.993 0.001 0.003 0.001 38 L 0.001 0.001 0.004 0.975 0.002 0.017 0.001 39 E 0.001 0.001 0.005 0.958 0.002 0.031 0.002 40 H 0.001 0.001 0.008 0.872 0.005 0.110 0.004 41 N 0.003 0.002 0.009 0.747 0.014 0.187 0.038 42 Y 0.010 0.005 0.017 0.745 0.035 0.081 0.107 43 K 0.056 0.010 0.031 0.640 0.055 0.078 0.131 44 N 0.107 0.007 0.032 0.643 0.063 0.056 0.093 45 W 0.143 0.011 0.041 0.637 0.031 0.050 0.087 46 C 0.211 0.015 0.064 0.426 0.053 0.064 0.168 47 T 0.265 0.014 0.077 0.269 0.063 0.101 0.210 48 L 0.169 0.016 0.069 0.156 0.116 0.189 0.285 49 N 0.117 0.009 0.076 0.051 0.144 0.242 0.361 50 K 0.117 0.010 0.043 0.035 0.259 0.140 0.395 51 Q 0.211 0.026 0.038 0.031 0.161 0.096 0.437 52 V 0.233 0.073 0.006 0.012 0.200 0.012 0.465 53 P 0.080 0.020 0.011 0.007 0.031 0.036 0.815 54 V 0.049 0.028 0.027 0.019 0.216 0.391 0.271 55 N 0.038 0.009 0.017 0.025 0.228 0.292 0.391 56 F 0.027 0.011 0.004 0.089 0.316 0.015 0.538 57 P 0.037 0.031 0.008 0.336 0.038 0.027 0.523 58 F 0.010 0.004 0.009 0.911 0.005 0.009 0.052 59 K 0.005 0.001 0.005 0.968 0.002 0.003 0.016 60 K 0.001 0.001 0.003 0.993 0.001 0.001 0.001 61 Y 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.002 0.001 62 C 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 63 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 64 D 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 65 V 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 66 L 0.001 0.001 0.006 0.978 0.002 0.014 0.001 67 E 0.001 0.001 0.017 0.871 0.003 0.105 0.003 68 H 0.001 0.001 0.017 0.714 0.016 0.236 0.016 69 L 0.001 0.002 0.016 0.600 0.076 0.167 0.138 70 D 0.002 0.004 0.055 0.415 0.085 0.232 0.206 71 M 0.006 0.006 0.129 0.527 0.071 0.126 0.134 72 C 0.014 0.008 0.192 0.578 0.042 0.071 0.096 73 E 0.014 0.007 0.173 0.640 0.038 0.083 0.045 74 K 0.015 0.003 0.105 0.663 0.038 0.143 0.033 75 R 0.037 0.011 0.053 0.559 0.099 0.119 0.123 76 S 0.034 0.012 0.149 0.491 0.040 0.127 0.146 77 I 0.065 0.007 0.245 0.277 0.113 0.186 0.106 78 N 0.111 0.028 0.162 0.196 0.090 0.236 0.177 79 L 0.065 0.061 0.009 0.062 0.355 0.028 0.420 80 D 0.014 0.019 0.004 0.022 0.066 0.010 0.866 81 E 0.001 0.001 0.039 0.920 0.001 0.038 0.002 82 N 0.001 0.001 0.033 0.949 0.001 0.016 0.001 83 D 0.001 0.001 0.046 0.940 0.001 0.006 0.006 84 F 0.001 0.001 0.003 0.993 0.001 0.003 0.001 85 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 86 K 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 87 L 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 88 L 0.001 0.001 0.002 0.988 0.001 0.009 0.001 89 L 0.001 0.001 0.004 0.982 0.001 0.013 0.001 90 E 0.001 0.001 0.006 0.973 0.001 0.019 0.001 91 F 0.001 0.001 0.011 0.956 0.002 0.025 0.003 92 N 0.001 0.001 0.036 0.887 0.007 0.056 0.011 93 K 0.004 0.001 0.070 0.717 0.038 0.159 0.011 94 K 0.001 0.001 0.029 0.127 0.030 0.805 0.008 95 G 0.006 0.001 0.010 0.009 0.056 0.888 0.029 96 I 0.229 0.028 0.002 0.006 0.028 0.013 0.693 97 H 0.695 0.048 0.003 0.003 0.018 0.003 0.230 98 F 0.610 0.027 0.008 0.006 0.027 0.006 0.317 99 F 0.288 0.008 0.013 0.005 0.049 0.022 0.613