# TARGET T0293 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0293.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.73833 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 V 0.011 0.016 0.013 0.041 0.054 0.084 0.157 0.174 0.187 0.159 0.104 2 S 0.060 0.120 0.087 0.248 0.204 0.130 0.090 0.033 0.017 0.008 0.004 3 L 0.003 0.002 0.002 0.006 0.011 0.020 0.077 0.138 0.256 0.275 0.209 4 N 0.045 0.133 0.059 0.264 0.211 0.122 0.102 0.034 0.019 0.007 0.004 5 F 0.004 0.003 0.002 0.006 0.010 0.018 0.076 0.138 0.241 0.265 0.238 6 K 0.164 0.295 0.087 0.202 0.128 0.066 0.035 0.012 0.006 0.004 0.002 7 D 0.071 0.398 0.066 0.185 0.113 0.073 0.053 0.022 0.012 0.006 0.002 8 P 0.384 0.110 0.042 0.147 0.141 0.089 0.052 0.018 0.011 0.005 0.002 9 E 0.656 0.165 0.065 0.074 0.025 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 10 A 0.006 0.015 0.018 0.082 0.099 0.154 0.272 0.168 0.108 0.053 0.024 11 V 0.011 0.006 0.012 0.019 0.030 0.068 0.173 0.194 0.205 0.169 0.114 12 R 0.011 0.036 0.355 0.239 0.150 0.109 0.065 0.019 0.010 0.004 0.002 13 A 0.008 0.030 0.237 0.210 0.170 0.147 0.120 0.041 0.022 0.011 0.005 14 L 0.002 0.002 0.011 0.008 0.009 0.016 0.074 0.112 0.203 0.280 0.284 15 T 0.002 0.005 0.016 0.034 0.051 0.089 0.268 0.203 0.175 0.111 0.047 16 C 0.005 0.023 0.192 0.193 0.168 0.159 0.119 0.058 0.041 0.028 0.015 17 T 0.006 0.014 0.070 0.064 0.088 0.143 0.283 0.143 0.103 0.058 0.028 18 L 0.002 0.003 0.012 0.016 0.017 0.027 0.116 0.166 0.236 0.229 0.177 19 L 0.001 0.002 0.012 0.015 0.019 0.028 0.090 0.118 0.193 0.251 0.272 20 R 0.004 0.016 0.090 0.158 0.238 0.193 0.169 0.074 0.043 0.013 0.004 21 E 0.097 0.102 0.223 0.234 0.140 0.098 0.065 0.023 0.010 0.004 0.002 22 D 0.052 0.097 0.080 0.179 0.153 0.128 0.142 0.080 0.052 0.026 0.012 23 F 0.014 0.017 0.010 0.042 0.060 0.111 0.222 0.184 0.149 0.108 0.083 24 G 0.412 0.276 0.102 0.121 0.054 0.019 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 25 L 0.003 0.003 0.003 0.012 0.019 0.036 0.114 0.167 0.237 0.223 0.186 26 S 0.166 0.326 0.119 0.215 0.104 0.042 0.019 0.005 0.002 0.001 0.001 27 I 0.007 0.008 0.005 0.026 0.041 0.081 0.192 0.176 0.189 0.157 0.117 28 D 0.349 0.279 0.090 0.149 0.071 0.033 0.018 0.005 0.003 0.001 0.001 29 I 0.001 0.002 0.001 0.007 0.015 0.031 0.108 0.147 0.225 0.218 0.245 30 P 0.201 0.428 0.089 0.156 0.070 0.029 0.016 0.005 0.003 0.002 0.002 31 L 0.109 0.092 0.042 0.146 0.181 0.160 0.149 0.060 0.036 0.016 0.009 32 E 0.694 0.135 0.047 0.077 0.029 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 33 R 0.072 0.153 0.084 0.262 0.193 0.131 0.072 0.019 0.009 0.003 0.002 34 L 0.004 0.009 0.005 0.022 0.042 0.077 0.163 0.181 0.197 0.166 0.134 35 I 0.018 0.028 0.018 0.055 0.083 0.118 0.201 0.151 0.138 0.101 0.088 36 P 0.136 0.092 0.069 0.140 0.123 0.109 0.139 0.072 0.055 0.038 0.027 37 T 0.139 0.158 0.045 0.191 0.155 0.109 0.102 0.048 0.028 0.016 0.010 38 V 0.024 0.020 0.007 0.036 0.045 0.068 0.132 0.147 0.181 0.184 0.155 39 P 0.207 0.155 0.077 0.163 0.131 0.101 0.078 0.033 0.025 0.016 0.013 40 L 0.098 0.069 0.056 0.124 0.103 0.118 0.186 0.104 0.075 0.046 0.022 41 R 0.056 0.069 0.050 0.116 0.116 0.120 0.177 0.112 0.086 0.060 0.037 42 L 0.039 0.034 0.036 0.081 0.071 0.079 0.134 0.126 0.147 0.136 0.118 43 N 0.035 0.054 0.087 0.153 0.159 0.158 0.163 0.085 0.059 0.032 0.015 44 Y 0.011 0.014 0.035 0.046 0.039 0.053 0.163 0.170 0.197 0.173 0.098 45 I 0.010 0.016 0.045 0.071 0.059 0.069 0.133 0.149 0.174 0.162 0.113 46 H 0.014 0.032 0.084 0.102 0.099 0.115 0.184 0.139 0.124 0.073 0.034 47 W 0.015 0.028 0.070 0.091 0.088 0.105 0.175 0.150 0.138 0.094 0.046 48 V 0.011 0.023 0.036 0.048 0.050 0.059 0.131 0.150 0.207 0.178 0.108 49 E 0.042 0.058 0.042 0.125 0.155 0.132 0.168 0.120 0.095 0.044 0.020