# TARGET T0293 # Using neural net dunbrack-30pc-1763-t2k-thin90-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-t2c3-n_notor2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0293.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 4.79834 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 V 0.027 0.002 0.010 0.049 0.043 0.054 0.033 0.001 0.001 0.003 0.778 2 S 0.015 0.001 0.002 0.054 0.056 0.085 0.101 0.001 0.001 0.003 0.681 3 L 0.034 0.001 0.004 0.140 0.063 0.090 0.059 0.001 0.001 0.006 0.603 4 N 0.034 0.002 0.001 0.089 0.032 0.067 0.280 0.001 0.001 0.005 0.489 5 F 0.076 0.001 0.005 0.086 0.012 0.021 0.054 0.001 0.001 0.008 0.737 6 K 0.045 0.001 0.002 0.128 0.015 0.033 0.457 0.001 0.001 0.011 0.307 7 D 0.067 0.001 0.002 0.017 0.003 0.005 0.296 0.001 0.001 0.008 0.601 8 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.984 9 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.803 0.001 0.001 0.004 0.190 10 A 0.183 0.036 0.001 0.005 0.002 0.006 0.563 0.001 0.001 0.022 0.183 11 V 0.078 0.848 0.001 0.004 0.003 0.003 0.009 0.002 0.001 0.001 0.052 12 R 0.040 0.922 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.031 13 A 0.028 0.884 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.078 14 L 0.049 0.916 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.016 15 T 0.030 0.893 0.012 0.002 0.004 0.009 0.004 0.022 0.001 0.001 0.025 16 C 0.019 0.824 0.013 0.010 0.008 0.019 0.005 0.026 0.001 0.001 0.076 17 T 0.080 0.740 0.007 0.016 0.011 0.015 0.006 0.027 0.001 0.001 0.097 18 L 0.080 0.694 0.023 0.032 0.021 0.031 0.014 0.010 0.001 0.002 0.094 19 L 0.031 0.585 0.021 0.054 0.055 0.084 0.029 0.011 0.001 0.001 0.130 20 R 0.046 0.285 0.009 0.071 0.051 0.094 0.025 0.010 0.001 0.002 0.406 21 E 0.077 0.287 0.007 0.052 0.061 0.114 0.073 0.011 0.001 0.005 0.315 22 D 0.219 0.166 0.012 0.027 0.041 0.066 0.106 0.027 0.001 0.014 0.323 23 F 0.170 0.135 0.032 0.039 0.047 0.050 0.100 0.019 0.001 0.008 0.398 24 G 0.124 0.029 0.014 0.034 0.049 0.054 0.134 0.013 0.001 0.019 0.529 25 L 0.139 0.019 0.170 0.065 0.061 0.065 0.101 0.002 0.001 0.011 0.366 26 S 0.013 0.008 0.005 0.092 0.085 0.104 0.124 0.002 0.001 0.003 0.565 27 I 0.040 0.005 0.006 0.152 0.118 0.141 0.057 0.001 0.001 0.005 0.475 28 D 0.026 0.007 0.002 0.130 0.059 0.127 0.129 0.001 0.001 0.005 0.513 29 I 0.035 0.003 0.004 0.146 0.105 0.175 0.099 0.001 0.001 0.005 0.426 30 P 0.002 0.001 0.001 0.012 0.006 0.010 0.022 0.001 0.001 0.001 0.946 31 L 0.018 0.001 0.001 0.051 0.025 0.059 0.119 0.001 0.001 0.006 0.719 32 E 0.136 0.004 0.001 0.035 0.018 0.030 0.128 0.001 0.001 0.010 0.638 33 R 0.229 0.017 0.001 0.043 0.041 0.035 0.111 0.002 0.001 0.007 0.515 34 L 0.213 0.030 0.008 0.062 0.031 0.064 0.100 0.001 0.001 0.007 0.482 35 I 0.065 0.019 0.005 0.118 0.098 0.153 0.128 0.001 0.001 0.003 0.409 36 P 0.002 0.001 0.001 0.007 0.003 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.976 37 T 0.016 0.003 0.001 0.053 0.051 0.127 0.081 0.001 0.001 0.002 0.666 38 V 0.099 0.007 0.002 0.055 0.021 0.052 0.069 0.001 0.001 0.004 0.690 39 P 0.010 0.006 0.001 0.013 0.006 0.011 0.014 0.001 0.001 0.001 0.939 40 L 0.065 0.026 0.002 0.085 0.051 0.118 0.159 0.001 0.001 0.006 0.487 41 R 0.103 0.095 0.001 0.040 0.027 0.046 0.083 0.001 0.001 0.004 0.599 42 L 0.084 0.358 0.003 0.067 0.052 0.109 0.034 0.003 0.001 0.004 0.286 43 N 0.049 0.296 0.004 0.041 0.091 0.146 0.084 0.004 0.001 0.005 0.280 44 Y 0.067 0.370 0.005 0.068 0.093 0.150 0.051 0.007 0.001 0.005 0.183 45 I 0.036 0.502 0.013 0.064 0.103 0.158 0.021 0.006 0.001 0.002 0.095 46 H 0.016 0.359 0.003 0.115 0.187 0.212 0.027 0.008 0.001 0.002 0.070 47 W 0.038 0.370 0.014 0.065 0.076 0.159 0.033 0.011 0.001 0.003 0.230 48 V 0.059 0.280 0.025 0.115 0.144 0.211 0.032 0.011 0.001 0.002 0.120 49 E 0.020 0.126 0.011 0.076 0.063 0.132 0.050 0.007 0.001 0.003 0.512