# TARGET T0293 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0293.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 396 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 V 0.006 0.007 0.087 0.304 0.296 0.044 0.046 0.210 2 S 0.031 0.018 0.117 0.206 0.297 0.044 0.048 0.239 3 L 0.024 0.019 0.075 0.266 0.276 0.042 0.047 0.251 4 N 0.078 0.088 0.079 0.065 0.090 0.077 0.057 0.466 5 F 0.028 0.051 0.077 0.087 0.078 0.116 0.059 0.505 6 K 0.020 0.053 0.023 0.017 0.014 0.072 0.061 0.740 7 D 0.454 0.444 0.003 0.002 0.002 0.008 0.055 0.034 8 P 0.119 0.547 0.005 0.003 0.003 0.043 0.057 0.224 9 E 0.008 0.707 0.004 0.003 0.004 0.018 0.021 0.236 10 A 0.016 0.864 0.002 0.001 0.002 0.016 0.020 0.079 11 V 0.015 0.487 0.006 0.004 0.003 0.016 0.443 0.026 12 R 0.017 0.857 0.003 0.001 0.002 0.007 0.095 0.018 13 A 0.016 0.344 0.009 0.002 0.004 0.015 0.562 0.048 14 L 0.003 0.520 0.025 0.008 0.011 0.018 0.379 0.037 15 T 0.022 0.857 0.010 0.004 0.010 0.013 0.044 0.040 16 C 0.053 0.722 0.023 0.014 0.013 0.031 0.054 0.090 17 T 0.031 0.501 0.054 0.017 0.029 0.052 0.170 0.147 18 L 0.057 0.366 0.063 0.031 0.029 0.064 0.176 0.214 19 L 0.111 0.250 0.056 0.029 0.037 0.092 0.147 0.278 20 R 0.105 0.045 0.138 0.034 0.029 0.075 0.226 0.346 21 E 0.275 0.023 0.019 0.013 0.023 0.087 0.058 0.502 22 D 0.168 0.005 0.023 0.006 0.008 0.051 0.057 0.682 23 F 0.016 0.003 0.030 0.016 0.040 0.183 0.020 0.692 24 G 0.011 0.001 0.032 0.014 0.061 0.066 0.038 0.778 25 L 0.024 0.001 0.045 0.146 0.094 0.092 0.025 0.572 26 S 0.007 0.001 0.159 0.110 0.179 0.065 0.039 0.442 27 I 0.004 0.001 0.078 0.119 0.159 0.082 0.028 0.529 28 D 0.003 0.001 0.274 0.144 0.135 0.065 0.024 0.354 29 I 0.029 0.003 0.108 0.070 0.043 0.073 0.050 0.624 30 P 0.277 0.032 0.077 0.047 0.032 0.067 0.210 0.259 31 L 0.076 0.012 0.066 0.023 0.040 0.141 0.066 0.575 32 E 0.021 0.004 0.073 0.031 0.078 0.102 0.074 0.617 33 R 0.009 0.003 0.132 0.066 0.142 0.113 0.096 0.439 34 L 0.019 0.004 0.130 0.076 0.163 0.116 0.063 0.430 35 I 0.062 0.005 0.122 0.125 0.126 0.115 0.062 0.382 36 P 0.014 0.007 0.068 0.028 0.057 0.152 0.031 0.644 37 T 0.055 0.031 0.033 0.016 0.038 0.146 0.036 0.646 38 V 0.135 0.110 0.030 0.024 0.027 0.125 0.090 0.458 39 P 0.032 0.133 0.060 0.029 0.044 0.115 0.181 0.406 40 L 0.056 0.484 0.033 0.026 0.049 0.044 0.116 0.192 41 R 0.053 0.621 0.022 0.027 0.035 0.033 0.069 0.140 42 L 0.012 0.446 0.044 0.042 0.068 0.046 0.098 0.244 43 N 0.007 0.691 0.015 0.029 0.049 0.020 0.120 0.068 44 Y 0.007 0.894 0.005 0.006 0.008 0.005 0.056 0.017 45 I 0.008 0.900 0.007 0.007 0.009 0.004 0.051 0.014 46 H 0.007 0.829 0.019 0.019 0.017 0.009 0.073 0.028 47 W 0.012 0.929 0.010 0.003 0.004 0.004 0.025 0.013 48 V 0.078 0.817 0.019 0.003 0.003 0.004 0.058 0.017 49 E 0.063 0.559 0.045 0.007 0.005 0.022 0.151 0.147 50 D 0.105 0.444 0.034 0.003 0.003 0.038 0.061 0.311 51 L 0.313 0.177 0.058 0.004 0.003 0.059 0.131 0.255 52 I 0.187 0.092 0.031 0.004 0.004 0.074 0.087 0.521 53 G 0.075 0.039 0.007 0.001 0.002 0.057 0.040 0.779 54 H 0.048 0.061 0.017 0.004 0.003 0.108 0.072 0.686 55 Q 0.181 0.097 0.018 0.004 0.006 0.118 0.054 0.523 56 D 0.153 0.033 0.010 0.003 0.004 0.093 0.104 0.599 57 S 0.034 0.021 0.020 0.004 0.005 0.119 0.219 0.578 58 D 0.074 0.077 0.018 0.005 0.007 0.122 0.141 0.556 59 K 0.117 0.065 0.018 0.008 0.011 0.106 0.056 0.619 60 S 0.078 0.036 0.036 0.008 0.017 0.140 0.095 0.591 61 T 0.041 0.032 0.051 0.016 0.027 0.160 0.098 0.575 62 L 0.026 0.015 0.083 0.024 0.043 0.232 0.088 0.489 63 R 0.008 0.009 0.116 0.032 0.057 0.132 0.123 0.523 64 R 0.004 0.006 0.614 0.052 0.109 0.051 0.082 0.082 65 G 0.004 0.006 0.541 0.039 0.086 0.050 0.080 0.196 66 I 0.005 0.002 0.701 0.098 0.060 0.029 0.046 0.057 67 D 0.017 0.011 0.504 0.045 0.093 0.067 0.137 0.127 68 I 0.041 0.019 0.305 0.031 0.058 0.182 0.111 0.253 69 G 0.037 0.023 0.256 0.024 0.042 0.157 0.118 0.343 70 T 0.067 0.071 0.126 0.014 0.034 0.165 0.124 0.399 71 G 0.074 0.128 0.071 0.020 0.046 0.123 0.222 0.316 72 A 0.050 0.261 0.052 0.027 0.064 0.122 0.112 0.311 73 S 0.031 0.260 0.069 0.033 0.061 0.102 0.131 0.312 74 C 0.008 0.517 0.087 0.046 0.049 0.052 0.087 0.155 75 I 0.017 0.831 0.025 0.012 0.018 0.015 0.039 0.043 76 Y 0.025 0.854 0.028 0.009 0.008 0.007 0.052 0.018 77 P 0.054 0.830 0.019 0.005 0.008 0.011 0.039 0.033 78 L 0.026 0.048 0.025 0.003 0.003 0.009 0.858 0.028 79 L 0.074 0.360 0.025 0.013 0.011 0.033 0.360 0.125 80 G 0.129 0.102 0.022 0.009 0.018 0.059 0.126 0.535 81 A 0.016 0.019 0.031 0.023 0.017 0.097 0.170 0.628 82 T 0.318 0.018 0.016 0.008 0.017 0.076 0.100 0.446 83 L 0.371 0.004 0.008 0.002 0.003 0.082 0.039 0.492 84 N 0.029 0.003 0.031 0.005 0.016 0.191 0.019 0.706 85 G 0.005 0.002 0.049 0.004 0.024 0.138 0.027 0.751 86 W 0.002 0.002 0.318 0.086 0.104 0.114 0.062 0.312 87 Y 0.001 0.001 0.694 0.074 0.086 0.018 0.060 0.067 88 F 0.002 0.002 0.483 0.171 0.145 0.016 0.065 0.117 89 L 0.002 0.002 0.741 0.103 0.093 0.008 0.018 0.032 90 A 0.009 0.007 0.455 0.126 0.167 0.030 0.055 0.150 91 T 0.014 0.042 0.359 0.087 0.111 0.068 0.055 0.264 92 E 0.039 0.215 0.104 0.055 0.068 0.114 0.060 0.344 93 V 0.042 0.497 0.028 0.009 0.011 0.059 0.083 0.271 94 D 0.060 0.792 0.002 0.001 0.001 0.007 0.111 0.026 95 D 0.025 0.450 0.005 0.001 0.001 0.010 0.468 0.039 96 M 0.004 0.891 0.002 0.002 0.002 0.007 0.058 0.033 97 C 0.007 0.978 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.007 98 F 0.007 0.965 0.002 0.001 0.001 0.002 0.015 0.008 99 N 0.011 0.938 0.003 0.001 0.001 0.004 0.022 0.021 100 Y 0.040 0.382 0.015 0.001 0.001 0.011 0.523 0.027 101 A 0.028 0.822 0.009 0.001 0.001 0.008 0.112 0.017 102 K 0.030 0.744 0.017 0.001 0.002 0.014 0.035 0.156 103 K 0.012 0.651 0.029 0.002 0.002 0.027 0.026 0.250 104 N 0.168 0.386 0.082 0.005 0.004 0.036 0.224 0.095 105 V 0.281 0.152 0.059 0.008 0.004 0.064 0.210 0.223 106 E 0.234 0.100 0.013 0.002 0.003 0.060 0.039 0.549 107 Q 0.063 0.022 0.013 0.002 0.002 0.075 0.093 0.730 108 N 0.014 0.034 0.022 0.006 0.007 0.168 0.104 0.646 109 N 0.077 0.094 0.021 0.005 0.006 0.107 0.067 0.623 110 L 0.320 0.176 0.010 0.009 0.009 0.071 0.041 0.364 111 S 0.167 0.150 0.020 0.007 0.017 0.089 0.073 0.478 112 D 0.029 0.120 0.045 0.021 0.053 0.119 0.067 0.545 113 L 0.022 0.072 0.110 0.050 0.126 0.119 0.124 0.376 114 I 0.024 0.040 0.142 0.145 0.147 0.073 0.125 0.306 115 K 0.030 0.029 0.192 0.162 0.292 0.054 0.054 0.188 116 V 0.029 0.015 0.158 0.117 0.169 0.077 0.068 0.368 117 V 0.008 0.022 0.150 0.161 0.210 0.088 0.051 0.310 118 K 0.043 0.053 0.048 0.040 0.080 0.086 0.043 0.608 119 V 0.076 0.069 0.039 0.042 0.026 0.086 0.349 0.314 120 P 0.080 0.384 0.021 0.017 0.017 0.065 0.137 0.279 121 Q 0.158 0.503 0.011 0.005 0.010 0.041 0.041 0.231 122 A 0.063 0.643 0.009 0.011 0.012 0.034 0.023 0.206 123 T 0.036 0.719 0.011 0.005 0.011 0.027 0.034 0.157 124 L 0.031 0.808 0.012 0.006 0.006 0.024 0.017 0.095 125 L 0.071 0.621 0.082 0.016 0.015 0.025 0.079 0.090 126 M 0.203 0.593 0.027 0.005 0.004 0.023 0.036 0.109 127 D 0.210 0.485 0.037 0.005 0.005 0.023 0.058 0.179 128 A 0.055 0.371 0.016 0.004 0.004 0.034 0.027 0.489 129 L 0.094 0.140 0.022 0.007 0.007 0.055 0.176 0.500 130 K 0.083 0.097 0.018 0.013 0.007 0.084 0.217 0.482 131 E 0.206 0.056 0.011 0.004 0.006 0.065 0.108 0.543 132 E 0.180 0.027 0.007 0.004 0.005 0.068 0.067 0.643 133 S 0.054 0.018 0.009 0.005 0.012 0.099 0.070 0.732 134 E 0.014 0.007 0.031 0.006 0.016 0.155 0.093 0.678 135 I 0.010 0.008 0.137 0.050 0.066 0.189 0.111 0.430 136 I 0.006 0.004 0.162 0.029 0.042 0.169 0.101 0.486 137 Y 0.002 0.003 0.455 0.062 0.065 0.096 0.100 0.218 138 D 0.001 0.001 0.785 0.034 0.054 0.018 0.072 0.035 139 F 0.001 0.001 0.721 0.039 0.054 0.015 0.113 0.055 140 C 0.002 0.001 0.893 0.028 0.029 0.007 0.025 0.015 141 M 0.008 0.003 0.747 0.044 0.059 0.035 0.053 0.051 142 C 0.012 0.010 0.550 0.033 0.062 0.110 0.068 0.156 143 N 0.086 0.062 0.134 0.015 0.044 0.194 0.105 0.360 144 P 0.151 0.086 0.058 0.009 0.017 0.198 0.091 0.390 145 P 0.045 0.088 0.077 0.017 0.027 0.151 0.162 0.433 146 F 0.054 0.189 0.051 0.012 0.022 0.116 0.161 0.395 147 F 0.203 0.348 0.034 0.019 0.021 0.086 0.070 0.220 148 A 0.077 0.376 0.017 0.010 0.013 0.066 0.033 0.408 149 N 0.041 0.655 0.007 0.003 0.006 0.028 0.026 0.235 150 Q 0.080 0.670 0.015 0.007 0.006 0.028 0.060 0.135 151 L 0.106 0.481 0.029 0.017 0.013 0.043 0.105 0.206 152 E 0.303 0.275 0.018 0.008 0.010 0.044 0.089 0.253 153 A 0.164 0.134 0.015 0.009 0.012 0.079 0.109 0.478 154 K 0.022 0.046 0.013 0.010 0.018 0.095 0.075 0.721 155 G 0.057 0.058 0.010 0.011 0.017 0.091 0.075 0.681 156 V 0.151 0.066 0.017 0.024 0.025 0.118 0.095 0.505 157 N 0.124 0.039 0.016 0.016 0.023 0.113 0.069 0.599 158 S 0.033 0.020 0.022 0.017 0.028 0.120 0.060 0.700 159 R 0.033 0.009 0.026 0.017 0.022 0.113 0.034 0.746 160 N 0.353 0.018 0.023 0.024 0.022 0.100 0.079 0.381 161 P 0.076 0.009 0.013 0.009 0.012 0.111 0.025 0.745 162 R 0.022 0.004 0.015 0.006 0.013 0.117 0.015 0.809 163 R 0.034 0.008 0.014 0.010 0.014 0.146 0.050 0.723 164 P 0.051 0.017 0.020 0.011 0.012 0.168 0.080 0.641 165 P 0.159 0.053 0.026 0.012 0.017 0.127 0.105 0.502 166 P 0.146 0.038 0.022 0.008 0.016 0.118 0.082 0.569 167 S 0.069 0.025 0.045 0.016 0.030 0.138 0.167 0.511 168 S 0.080 0.035 0.033 0.012 0.028 0.163 0.072 0.577 169 V 0.055 0.027 0.036 0.016 0.026 0.189 0.059 0.593 170 N 0.048 0.072 0.021 0.006 0.012 0.155 0.043 0.644 171 T 0.054 0.079 0.016 0.005 0.009 0.113 0.335 0.389 172 G 0.038 0.408 0.014 0.009 0.009 0.093 0.167 0.261 173 G 0.035 0.832 0.004 0.002 0.005 0.021 0.026 0.074 174 I 0.017 0.919 0.004 0.004 0.006 0.008 0.009 0.034 175 T 0.019 0.877 0.010 0.006 0.018 0.009 0.021 0.039 176 E 0.064 0.609 0.038 0.033 0.032 0.034 0.093 0.096 177 I 0.074 0.166 0.188 0.079 0.066 0.062 0.222 0.143 178 M 0.195 0.079 0.111 0.029 0.045 0.088 0.096 0.357 179 A 0.415 0.033 0.029 0.008 0.012 0.063 0.039 0.401 180 E 0.052 0.055 0.007 0.004 0.007 0.065 0.019 0.791 181 G 0.010 0.060 0.005 0.003 0.007 0.072 0.010 0.833 182 G 0.018 0.327 0.017 0.024 0.021 0.083 0.099 0.411 183 E 0.019 0.911 0.002 0.003 0.002 0.007 0.021 0.033 184 L 0.020 0.899 0.006 0.002 0.002 0.005 0.038 0.028 185 E 0.004 0.908 0.006 0.007 0.005 0.005 0.041 0.025 186 F 0.006 0.965 0.003 0.001 0.001 0.002 0.015 0.007 187 V 0.007 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.003 188 K 0.009 0.889 0.006 0.002 0.001 0.002 0.079 0.012 189 R 0.012 0.870 0.005 0.001 0.001 0.006 0.065 0.041 190 I 0.046 0.666 0.021 0.002 0.001 0.012 0.216 0.035 191 I 0.072 0.724 0.008 0.001 0.001 0.013 0.125 0.056 192 H 0.038 0.647 0.008 0.001 0.001 0.019 0.046 0.241 193 D 0.017 0.804 0.003 0.001 0.001 0.014 0.022 0.139 194 S 0.055 0.735 0.011 0.001 0.001 0.020 0.115 0.061 195 L 0.059 0.731 0.011 0.003 0.002 0.022 0.065 0.107 196 Q 0.107 0.403 0.029 0.006 0.006 0.037 0.102 0.309 197 L 0.101 0.133 0.092 0.012 0.014 0.074 0.280 0.294 198 G 0.277 0.042 0.058 0.009 0.014 0.073 0.160 0.367 199 K 0.356 0.012 0.009 0.004 0.004 0.036 0.026 0.553 200 R 0.012 0.009 0.011 0.003 0.010 0.093 0.011 0.851 201 L 0.003 0.007 0.083 0.014 0.093 0.197 0.033 0.571 202 R 0.005 0.012 0.163 0.173 0.288 0.069 0.124 0.167 203 W 0.003 0.012 0.202 0.265 0.223 0.029 0.082 0.183 204 Y 0.002 0.008 0.229 0.299 0.355 0.012 0.043 0.051 205 S 0.002 0.007 0.235 0.245 0.398 0.010 0.043 0.060 206 C 0.008 0.012 0.224 0.380 0.285 0.016 0.018 0.058 207 M 0.007 0.026 0.202 0.220 0.343 0.031 0.034 0.135 208 L 0.029 0.075 0.093 0.144 0.233 0.072 0.058 0.296 209 G 0.121 0.066 0.073 0.093 0.090 0.066 0.255 0.236 210 K 0.126 0.106 0.023 0.039 0.041 0.078 0.210 0.378 211 A 0.238 0.108 0.014 0.012 0.021 0.063 0.065 0.479 212 C 0.054 0.052 0.009 0.014 0.014 0.100 0.056 0.702 213 S 0.020 0.225 0.004 0.005 0.009 0.066 0.044 0.627 214 L 0.040 0.728 0.002 0.002 0.002 0.031 0.019 0.177 215 A 0.021 0.828 0.004 0.006 0.003 0.018 0.051 0.069 216 P 0.011 0.940 0.002 0.001 0.001 0.004 0.025 0.018 217 L 0.010 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.003 218 K 0.005 0.976 0.002 0.001 0.001 0.001 0.010 0.005 219 E 0.009 0.959 0.003 0.001 0.001 0.002 0.011 0.015 220 E 0.086 0.673 0.037 0.005 0.004 0.012 0.135 0.048 221 L 0.192 0.080 0.141 0.017 0.008 0.030 0.386 0.147 222 R 0.654 0.012 0.007 0.002 0.002 0.019 0.027 0.277 223 I 0.105 0.002 0.003 0.001 0.001 0.035 0.010 0.843 224 Q 0.002 0.001 0.006 0.002 0.004 0.100 0.005 0.881 225 G 0.016 0.001 0.004 0.002 0.005 0.051 0.011 0.911 226 V 0.089 0.006 0.018 0.037 0.017 0.118 0.092 0.623 227 P 0.024 0.007 0.075 0.028 0.057 0.097 0.051 0.661 228 K 0.016 0.004 0.069 0.091 0.236 0.058 0.068 0.459 229 V 0.004 0.003 0.125 0.156 0.200 0.051 0.035 0.427 230 T 0.003 0.005 0.123 0.284 0.359 0.032 0.023 0.170 231 Y 0.006 0.007 0.079 0.175 0.223 0.049 0.022 0.440 232 T 0.039 0.026 0.100 0.342 0.194 0.034 0.071 0.195 233 E 0.043 0.021 0.076 0.201 0.208 0.053 0.066 0.331 234 F 0.188 0.017 0.035 0.080 0.122 0.071 0.071 0.416 235 C 0.182 0.007 0.016 0.089 0.068 0.069 0.111 0.458 236 Q 0.026 0.008 0.005 0.014 0.040 0.076 0.030 0.801 237 G 0.039 0.017 0.006 0.020 0.068 0.074 0.026 0.749 238 R 0.043 0.030 0.016 0.131 0.214 0.097 0.033 0.436 239 T 0.018 0.033 0.026 0.150 0.308 0.068 0.030 0.367 240 M 0.009 0.022 0.037 0.220 0.474 0.044 0.031 0.163 241 R 0.001 0.015 0.035 0.264 0.561 0.014 0.036 0.074 242 W 0.001 0.007 0.040 0.338 0.538 0.009 0.022 0.044 243 A 0.001 0.004 0.042 0.423 0.481 0.006 0.021 0.021 244 L 0.002 0.005 0.061 0.361 0.518 0.008 0.022 0.023 245 A 0.005 0.008 0.072 0.250 0.584 0.014 0.023 0.044 246 W 0.006 0.004 0.037 0.357 0.506 0.015 0.025 0.050 247 S 0.024 0.010 0.050 0.205 0.417 0.054 0.060 0.181 248 F 0.046 0.010 0.033 0.175 0.269 0.092 0.064 0.311 249 Y 0.031 0.006 0.020 0.047 0.070 0.109 0.046 0.671 250 D 0.078 0.017 0.015 0.029 0.043 0.101 0.065 0.652